# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.033 0.009 0.002 0.073 0.043 0.080 0.108 0.003 0.001 0.053 0.595 2 R 0.025 0.006 0.001 0.093 0.084 0.090 0.146 0.001 0.001 0.063 0.490 3 L 0.002 0.005 0.001 0.054 0.049 0.059 0.134 0.001 0.001 0.035 0.659 4 S 0.019 0.033 0.003 0.056 0.051 0.053 0.125 0.003 0.001 0.056 0.600 5 L 0.406 0.164 0.003 0.026 0.012 0.013 0.050 0.022 0.002 0.062 0.241 6 P 0.239 0.324 0.003 0.013 0.006 0.009 0.057 0.020 0.001 0.027 0.300 7 K 0.055 0.303 0.005 0.019 0.009 0.031 0.068 0.007 0.001 0.036 0.465 8 Q 0.069 0.258 0.004 0.027 0.022 0.059 0.070 0.006 0.001 0.054 0.430 9 L 0.063 0.184 0.006 0.055 0.069 0.118 0.077 0.007 0.002 0.138 0.282 10 V 0.032 0.066 0.015 0.040 0.085 0.131 0.081 0.007 0.005 0.148 0.391 11 L 0.133 0.060 0.005 0.042 0.118 0.164 0.076 0.010 0.003 0.066 0.324 12 R 0.149 0.031 0.003 0.029 0.060 0.083 0.073 0.006 0.002 0.067 0.498 13 Q 0.020 0.013 0.005 0.028 0.072 0.119 0.117 0.003 0.001 0.046 0.577 14 S 0.072 0.026 0.005 0.027 0.036 0.058 0.111 0.004 0.001 0.044 0.616 15 I 0.240 0.027 0.005 0.024 0.035 0.032 0.096 0.007 0.002 0.055 0.477 16 V 0.096 0.042 0.004 0.028 0.022 0.031 0.119 0.005 0.001 0.041 0.611 17 G 0.101 0.037 0.006 0.038 0.020 0.046 0.095 0.006 0.001 0.075 0.575 18 A 0.046 0.032 0.001 0.060 0.052 0.093 0.149 0.002 0.001 0.044 0.520 19 E 0.017 0.032 0.001 0.060 0.071 0.162 0.099 0.002 0.001 0.071 0.483 20 V 0.004 0.010 0.001 0.073 0.190 0.224 0.078 0.001 0.001 0.154 0.264 21 G 0.012 0.014 0.003 0.112 0.230 0.356 0.039 0.002 0.001 0.102 0.130 22 V 0.013 0.007 0.002 0.065 0.320 0.244 0.050 0.002 0.001 0.051 0.246 23 W 0.035 0.002 0.005 0.053 0.195 0.287 0.054 0.003 0.002 0.077 0.288 24 T 0.042 0.004 0.001 0.100 0.166 0.188 0.071 0.002 0.001 0.040 0.386 25 G 0.066 0.002 0.002 0.022 0.027 0.039 0.091 0.001 0.001 0.031 0.719 26 E 0.002 0.001 0.001 0.016 0.106 0.147 0.209 0.001 0.001 0.007 0.512 27 T 0.008 0.002 0.001 0.017 0.011 0.032 0.079 0.001 0.001 0.014 0.836 28 I 0.007 0.001 0.001 0.016 0.099 0.081 0.235 0.001 0.001 0.050 0.510 29 P 0.182 0.023 0.002 0.058 0.015 0.034 0.094 0.004 0.001 0.080 0.509 30 V 0.093 0.017 0.001 0.062 0.032 0.034 0.102 0.005 0.001 0.035 0.618 31 R 0.042 0.012 0.003 0.083 0.021 0.065 0.101 0.005 0.001 0.031 0.636 32 T 0.050 0.004 0.001 0.104 0.108 0.150 0.086 0.001 0.001 0.051 0.444 33 C 0.006 0.006 0.001 0.160 0.078 0.118 0.083 0.001 0.001 0.033 0.513 34 F 0.036 0.021 0.002 0.048 0.099 0.090 0.113 0.003 0.001 0.034 0.553 35 G 0.168 0.019 0.005 0.052 0.124 0.141 0.089 0.008 0.002 0.092 0.300 36 P 0.016 0.015 0.001 0.031 0.063 0.114 0.132 0.001 0.001 0.040 0.586 37 L 0.041 0.022 0.002 0.086 0.093 0.225 0.086 0.003 0.001 0.055 0.388 38 I 0.018 0.012 0.002 0.056 0.096 0.185 0.128 0.002 0.001 0.060 0.442 39 G 0.017 0.013 0.002 0.098 0.129 0.181 0.085 0.002 0.001 0.070 0.403 40 Q 0.022 0.009 0.002 0.055 0.202 0.210 0.068 0.002 0.001 0.061 0.370 41 Q 0.019 0.013 0.002 0.084 0.119 0.134 0.103 0.002 0.001 0.066 0.459 42 S 0.040 0.026 0.004 0.040 0.078 0.080 0.090 0.004 0.001 0.056 0.582 43 H 0.108 0.089 0.002 0.047 0.056 0.079 0.091 0.009 0.001 0.037 0.481 44 S 0.081 0.081 0.002 0.015 0.017 0.030 0.082 0.005 0.001 0.045 0.642 45 M 0.019 0.048 0.002 0.025 0.054 0.079 0.121 0.002 0.001 0.049 0.599 46 E 0.054 0.133 0.004 0.030 0.026 0.062 0.081 0.009 0.001 0.075 0.526 47 V 0.158 0.066 0.005 0.022 0.026 0.025 0.096 0.013 0.003 0.210 0.376 48 A 0.090 0.150 0.007 0.022 0.027 0.033 0.086 0.011 0.003 0.083 0.490 49 E 0.092 0.234 0.003 0.012 0.011 0.023 0.060 0.010 0.001 0.049 0.504 50 W 0.105 0.237 0.009 0.013 0.009 0.015 0.072 0.020 0.005 0.058 0.458 51 T 0.140 0.307 0.008 0.006 0.012 0.017 0.062 0.015 0.003 0.046 0.385 52 D 0.176 0.128 0.012 0.010 0.009 0.014 0.069 0.011 0.004 0.149 0.417 53 K 0.080 0.155 0.015 0.019 0.016 0.021 0.133 0.008 0.004 0.089 0.461 54 A 0.136 0.278 0.007 0.009 0.009 0.019 0.071 0.012 0.002 0.048 0.409 55 V 0.131 0.279 0.006 0.014 0.013 0.026 0.078 0.009 0.001 0.039 0.404 56 N 0.028 0.258 0.005 0.023 0.027 0.071 0.077 0.004 0.001 0.063 0.444 57 H 0.043 0.229 0.005 0.049 0.080 0.184 0.064 0.006 0.001 0.058 0.281 58 I 0.032 0.095 0.002 0.038 0.157 0.309 0.069 0.002 0.001 0.064 0.231 59 W 0.011 0.038 0.001 0.044 0.218 0.351 0.042 0.001 0.001 0.047 0.247 60 K 0.008 0.009 0.003 0.066 0.232 0.462 0.026 0.001 0.001 0.084 0.108 61 I 0.013 0.003 0.009 0.053 0.302 0.350 0.037 0.001 0.002 0.059 0.171 62 Y 0.302 0.003 0.003 0.021 0.181 0.164 0.037 0.003 0.001 0.046 0.238 63 H 0.494 0.003 0.001 0.008 0.029 0.032 0.038 0.002 0.001 0.026 0.367 64 N 0.016 0.002 0.001 0.005 0.010 0.011 0.066 0.001 0.001 0.012 0.877 65 G 0.015 0.003 0.003 0.012 0.059 0.049 0.080 0.001 0.001 0.026 0.753 66 V 0.012 0.004 0.001 0.019 0.281 0.189 0.079 0.001 0.001 0.059 0.354 67 L 0.006 0.006 0.001 0.052 0.245 0.331 0.049 0.001 0.001 0.052 0.258 68 E 0.004 0.004 0.001 0.054 0.227 0.427 0.031 0.001 0.001 0.048 0.205 69 F 0.003 0.001 0.001 0.118 0.293 0.407 0.023 0.001 0.001 0.045 0.109 70 C 0.002 0.001 0.001 0.081 0.384 0.366 0.021 0.001 0.001 0.042 0.102 71 I 0.005 0.002 0.001 0.147 0.344 0.272 0.039 0.001 0.001 0.030 0.160 72 I 0.053 0.004 0.001 0.115 0.127 0.166 0.084 0.003 0.001 0.056 0.389 73 T 0.032 0.003 0.002 0.096 0.060 0.090 0.145 0.001 0.001 0.078 0.492 74 T 0.024 0.008 0.002 0.055 0.019 0.030 0.121 0.002 0.001 0.028 0.711 75 D 0.347 0.025 0.003 0.026 0.015 0.015 0.090 0.008 0.001 0.044 0.426 76 E 0.115 0.032 0.004 0.015 0.012 0.013 0.132 0.006 0.001 0.069 0.601 77 N 0.091 0.128 0.002 0.017 0.012 0.024 0.106 0.005 0.001 0.045 0.570 78 E 0.063 0.216 0.003 0.019 0.014 0.037 0.100 0.006 0.001 0.059 0.482 79 C 0.033 0.245 0.004 0.018 0.034 0.071 0.103 0.006 0.001 0.071 0.415 80 N 0.065 0.326 0.006 0.026 0.082 0.168 0.041 0.007 0.001 0.095 0.183 81 W 0.053 0.273 0.004 0.040 0.084 0.187 0.054 0.010 0.001 0.074 0.219 82 M 0.049 0.183 0.004 0.057 0.133 0.199 0.050 0.005 0.001 0.106 0.212 83 M 0.016 0.111 0.003 0.081 0.199 0.342 0.038 0.003 0.001 0.044 0.162 84 F 0.020 0.080 0.005 0.067 0.143 0.276 0.056 0.004 0.001 0.086 0.261 85 V 0.085 0.066 0.007 0.087 0.196 0.123 0.072 0.008 0.002 0.079 0.275 86 R 0.083 0.055 0.007 0.089 0.124 0.141 0.070 0.010 0.002 0.134 0.283 87 K 0.114 0.052 0.002 0.039 0.017 0.031 0.100 0.016 0.002 0.062 0.565 88 A 0.049 0.045 0.002 0.027 0.028 0.028 0.153 0.004 0.001 0.092 0.571 89 R 0.004 0.136 0.002 0.011 0.009 0.015 0.086 0.002 0.001 0.050 0.685 90 N 0.041 0.813 0.001 0.002 0.001 0.002 0.016 0.012 0.001 0.025 0.086 91 R 0.158 0.592 0.009 0.001 0.001 0.001 0.015 0.039 0.007 0.127 0.049 92 E 0.087 0.704 0.022 0.003 0.002 0.004 0.019 0.022 0.008 0.061 0.069 93 E 0.189 0.416 0.023 0.007 0.002 0.009 0.029 0.021 0.008 0.133 0.163 94 Q 0.131 0.280 0.044 0.029 0.013 0.026 0.074 0.028 0.009 0.074 0.290 95 N 0.068 0.134 0.015 0.016 0.027 0.077 0.097 0.015 0.007 0.077 0.467 96 L 0.086 0.030 0.006 0.021 0.053 0.073 0.102 0.005 0.003 0.078 0.542 97 V 0.014 0.016 0.003 0.050 0.192 0.174 0.108 0.001 0.001 0.050 0.389 98 A 0.013 0.004 0.009 0.015 0.114 0.189 0.083 0.002 0.003 0.064 0.505 99 Y 0.135 0.001 0.005 0.020 0.121 0.144 0.125 0.002 0.002 0.098 0.346 100 P 0.330 0.001 0.001 0.006 0.011 0.015 0.059 0.002 0.001 0.049 0.525 101 H 0.062 0.001 0.001 0.006 0.009 0.014 0.108 0.001 0.001 0.025 0.775 102 D 0.003 0.001 0.001 0.010 0.006 0.013 0.105 0.001 0.001 0.015 0.846 103 G 0.004 0.001 0.001 0.038 0.141 0.082 0.086 0.001 0.001 0.044 0.604 104 K 0.002 0.001 0.001 0.107 0.249 0.317 0.054 0.001 0.001 0.079 0.190 105 I 0.001 0.001 0.001 0.153 0.216 0.252 0.030 0.001 0.001 0.120 0.227 106 F 0.001 0.002 0.001 0.149 0.309 0.383 0.018 0.001 0.001 0.049 0.090 107 F 0.002 0.002 0.001 0.162 0.285 0.347 0.024 0.001 0.001 0.047 0.130 108 C 0.005 0.001 0.001 0.073 0.343 0.383 0.025 0.001 0.001 0.046 0.122 109 T 0.015 0.002 0.002 0.139 0.273 0.330 0.044 0.002 0.001 0.042 0.150 110 S 0.080 0.002 0.002 0.052 0.098 0.148 0.078 0.003 0.001 0.047 0.490 111 Q 0.011 0.001 0.001 0.019 0.173 0.227 0.118 0.001 0.001 0.015 0.438 112 D 0.002 0.001 0.001 0.005 0.023 0.070 0.086 0.001 0.001 0.015 0.798 113 I 0.005 0.001 0.001 0.004 0.087 0.099 0.157 0.001 0.001 0.018 0.629 114 P 0.697 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.029 0.003 0.001 0.022 0.236 115 P 0.168 0.002 0.001 0.004 0.009 0.006 0.081 0.001 0.001 0.022 0.706 116 E 0.004 0.003 0.001 0.007 0.004 0.008 0.054 0.001 0.001 0.008 0.911 117 N 0.024 0.004 0.002 0.027 0.149 0.111 0.058 0.001 0.001 0.056 0.568 118 E 0.004 0.004 0.001 0.059 0.200 0.302 0.080 0.001 0.001 0.095 0.255 119 L 0.002 0.005 0.001 0.048 0.239 0.410 0.027 0.001 0.001 0.041 0.227 120 L 0.004 0.005 0.001 0.077 0.256 0.442 0.022 0.001 0.001 0.043 0.150 121 F 0.002 0.003 0.001 0.136 0.286 0.329 0.030 0.001 0.001 0.043 0.170 122 Y 0.004 0.008 0.001 0.177 0.298 0.260 0.032 0.001 0.001 0.066 0.153 123 Y 0.034 0.039 0.002 0.338 0.066 0.051 0.069 0.007 0.001 0.108 0.287 124 S 0.148 0.501 0.001 0.009 0.009 0.008 0.031 0.039 0.001 0.023 0.231 125 R 0.039 0.332 0.004 0.003 0.006 0.006 0.049 0.007 0.001 0.318 0.237 126 D 0.022 0.767 0.012 0.001 0.002 0.004 0.022 0.008 0.003 0.033 0.125 127 Y 0.135 0.714 0.006 0.002 0.001 0.003 0.016 0.038 0.005 0.028 0.052 128 A 0.140 0.035 0.115 0.001 0.001 0.003 0.010 0.209 0.394 0.027 0.064 129 Q 0.709 0.009 0.015 0.002 0.009 0.012 0.021 0.005 0.007 0.018 0.192 130 Q 0.030 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.029 0.001 0.001 0.009 0.921 131 I 0.005 0.001 0.001 0.008 0.013 0.010 0.234 0.001 0.001 0.025 0.701 132 G 0.009 0.002 0.002 0.011 0.005 0.009 0.134 0.001 0.001 0.015 0.811 133 V 0.026 0.001 0.001 0.009 0.010 0.009 0.148 0.001 0.001 0.016 0.779 134 P 0.058 0.004 0.001 0.026 0.008 0.012 0.107 0.002 0.001 0.023 0.760 135 E 0.031 0.004 0.001 0.023 0.005 0.013 0.106 0.001 0.001 0.021 0.795