# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.025 0.006 0.030 0.076 0.147 0.122 0.030 0.564 2 R 0.013 0.005 0.049 0.111 0.165 0.126 0.030 0.500 3 L 0.004 0.003 0.056 0.099 0.111 0.122 0.028 0.576 4 S 0.065 0.035 0.051 0.044 0.071 0.122 0.092 0.520 5 L 0.385 0.112 0.013 0.011 0.012 0.063 0.131 0.274 6 P 0.104 0.188 0.016 0.010 0.014 0.096 0.064 0.509 7 K 0.054 0.177 0.023 0.014 0.041 0.104 0.082 0.506 8 Q 0.062 0.237 0.042 0.055 0.091 0.093 0.087 0.334 9 L 0.054 0.185 0.050 0.116 0.159 0.069 0.088 0.279 10 V 0.067 0.054 0.064 0.112 0.130 0.069 0.205 0.298 11 L 0.084 0.075 0.056 0.087 0.190 0.074 0.101 0.334 12 R 0.129 0.047 0.031 0.063 0.083 0.093 0.085 0.470 13 Q 0.016 0.015 0.053 0.098 0.128 0.110 0.046 0.534 14 S 0.035 0.013 0.030 0.036 0.068 0.100 0.042 0.676 15 I 0.356 0.013 0.017 0.034 0.026 0.091 0.097 0.366 16 V 0.063 0.012 0.015 0.010 0.019 0.127 0.042 0.712 17 G 0.049 0.009 0.015 0.010 0.029 0.122 0.084 0.682 18 A 0.026 0.013 0.057 0.090 0.125 0.151 0.042 0.496 19 E 0.015 0.012 0.067 0.115 0.181 0.101 0.060 0.448 20 V 0.009 0.007 0.089 0.176 0.275 0.055 0.152 0.238 21 G 0.004 0.006 0.102 0.180 0.519 0.026 0.047 0.116 22 V 0.013 0.005 0.088 0.386 0.235 0.042 0.043 0.188 23 W 0.019 0.002 0.142 0.348 0.229 0.032 0.076 0.152 24 T 0.043 0.005 0.052 0.077 0.245 0.071 0.069 0.438 25 G 0.169 0.003 0.019 0.049 0.067 0.105 0.048 0.541 26 E 0.004 0.002 0.042 0.190 0.228 0.071 0.012 0.451 27 T 0.009 0.006 0.022 0.036 0.079 0.085 0.033 0.730 28 I 0.025 0.006 0.044 0.172 0.084 0.125 0.052 0.492 29 P 0.147 0.041 0.038 0.043 0.052 0.104 0.132 0.443 30 V 0.063 0.023 0.032 0.048 0.079 0.106 0.056 0.593 31 R 0.038 0.016 0.076 0.054 0.107 0.084 0.040 0.585 32 T 0.047 0.018 0.086 0.105 0.144 0.104 0.049 0.447 33 C 0.018 0.016 0.083 0.109 0.157 0.097 0.046 0.473 34 F 0.036 0.041 0.048 0.071 0.090 0.123 0.063 0.528 35 G 0.060 0.040 0.068 0.090 0.197 0.092 0.171 0.283 36 P 0.041 0.056 0.036 0.091 0.134 0.090 0.070 0.483 37 L 0.091 0.062 0.041 0.155 0.183 0.080 0.067 0.321 38 I 0.044 0.031 0.043 0.095 0.132 0.083 0.160 0.412 39 G 0.082 0.031 0.030 0.074 0.191 0.099 0.117 0.377 40 Q 0.070 0.029 0.039 0.146 0.130 0.087 0.108 0.393 41 Q 0.054 0.034 0.034 0.066 0.095 0.100 0.056 0.562 42 S 0.047 0.037 0.028 0.048 0.077 0.103 0.060 0.601 43 H 0.082 0.116 0.018 0.028 0.047 0.082 0.055 0.571 44 S 0.192 0.242 0.007 0.011 0.013 0.056 0.075 0.404 45 M 0.037 0.201 0.013 0.021 0.021 0.087 0.043 0.578 46 E 0.052 0.288 0.019 0.013 0.025 0.065 0.061 0.476 47 V 0.214 0.139 0.016 0.012 0.012 0.055 0.289 0.262 48 A 0.078 0.225 0.022 0.014 0.014 0.090 0.122 0.436 49 E 0.046 0.342 0.010 0.006 0.010 0.068 0.035 0.484 50 W 0.074 0.356 0.036 0.011 0.013 0.066 0.090 0.355 51 T 0.128 0.413 0.016 0.012 0.015 0.057 0.079 0.281 52 D 0.188 0.195 0.015 0.007 0.011 0.058 0.179 0.347 53 K 0.067 0.200 0.021 0.009 0.010 0.112 0.105 0.474 54 A 0.052 0.364 0.015 0.007 0.013 0.079 0.052 0.417 55 V 0.066 0.393 0.016 0.016 0.027 0.059 0.079 0.343 56 N 0.038 0.301 0.024 0.034 0.070 0.086 0.079 0.368 57 H 0.025 0.296 0.035 0.074 0.159 0.060 0.080 0.270 58 I 0.022 0.225 0.041 0.075 0.258 0.049 0.074 0.256 59 W 0.019 0.091 0.047 0.207 0.350 0.033 0.079 0.174 60 K 0.008 0.010 0.071 0.265 0.315 0.028 0.151 0.152 61 I 0.008 0.002 0.067 0.307 0.315 0.039 0.075 0.186 62 Y 0.157 0.002 0.048 0.132 0.133 0.061 0.076 0.390 63 H 0.441 0.003 0.007 0.022 0.023 0.048 0.074 0.381 64 N 0.025 0.001 0.005 0.005 0.017 0.102 0.011 0.832 65 G 0.016 0.001 0.023 0.056 0.117 0.109 0.019 0.658 66 V 0.003 0.001 0.037 0.165 0.310 0.072 0.035 0.376 67 L 0.006 0.003 0.063 0.224 0.231 0.068 0.068 0.337 68 E 0.003 0.003 0.067 0.223 0.500 0.026 0.037 0.140 69 F 0.003 0.003 0.109 0.314 0.372 0.022 0.055 0.122 70 C 0.004 0.001 0.092 0.369 0.398 0.023 0.031 0.083 71 I 0.006 0.002 0.143 0.303 0.346 0.035 0.029 0.136 72 I 0.063 0.008 0.116 0.127 0.186 0.087 0.089 0.324 73 T 0.031 0.008 0.053 0.077 0.104 0.143 0.069 0.515 74 T 0.016 0.023 0.033 0.028 0.042 0.129 0.048 0.681 75 D 0.279 0.268 0.009 0.006 0.007 0.050 0.181 0.201 76 E 0.089 0.246 0.015 0.009 0.012 0.097 0.135 0.397 77 N 0.037 0.527 0.009 0.013 0.017 0.065 0.058 0.275 78 E 0.022 0.778 0.007 0.007 0.018 0.026 0.034 0.108 79 C 0.018 0.740 0.011 0.019 0.028 0.025 0.048 0.111 80 N 0.017 0.789 0.011 0.022 0.033 0.016 0.054 0.058 81 W 0.016 0.789 0.015 0.014 0.032 0.013 0.055 0.068 82 M 0.028 0.702 0.027 0.030 0.047 0.019 0.064 0.083 83 M 0.033 0.562 0.058 0.042 0.070 0.028 0.091 0.117 84 F 0.033 0.572 0.041 0.035 0.049 0.026 0.079 0.165 85 V 0.086 0.391 0.047 0.037 0.057 0.049 0.093 0.240 86 R 0.152 0.137 0.065 0.035 0.040 0.072 0.232 0.267 87 K 0.094 0.080 0.028 0.019 0.029 0.083 0.114 0.552 88 A 0.046 0.065 0.023 0.015 0.019 0.133 0.060 0.640 89 R 0.022 0.075 0.020 0.013 0.021 0.139 0.028 0.682 90 N 0.125 0.456 0.005 0.005 0.006 0.048 0.121 0.235 91 R 0.075 0.322 0.010 0.007 0.015 0.074 0.226 0.271 92 E 0.040 0.328 0.029 0.027 0.051 0.088 0.145 0.293 93 E 0.030 0.341 0.058 0.044 0.137 0.058 0.107 0.226 94 Q 0.019 0.143 0.073 0.143 0.171 0.048 0.160 0.243 95 N 0.015 0.059 0.040 0.204 0.459 0.027 0.084 0.113 96 L 0.022 0.018 0.032 0.237 0.405 0.042 0.094 0.151 97 V 0.005 0.006 0.014 0.380 0.409 0.027 0.033 0.125 98 A 0.005 0.002 0.038 0.203 0.393 0.052 0.053 0.254 99 Y 0.010 0.001 0.035 0.303 0.285 0.051 0.077 0.239 100 P 0.125 0.001 0.012 0.037 0.066 0.065 0.058 0.635 101 H 0.796 0.001 0.002 0.005 0.003 0.024 0.039 0.131 102 D 0.022 0.002 0.003 0.002 0.010 0.099 0.012 0.850 103 G 0.014 0.001 0.010 0.024 0.089 0.115 0.022 0.724 104 K 0.001 0.001 0.014 0.300 0.615 0.012 0.011 0.048 105 I 0.001 0.002 0.052 0.283 0.437 0.018 0.074 0.134 106 F 0.001 0.001 0.025 0.558 0.350 0.006 0.034 0.025 107 F 0.003 0.002 0.064 0.390 0.438 0.010 0.040 0.054 108 C 0.004 0.001 0.045 0.490 0.388 0.011 0.019 0.043 109 T 0.022 0.002 0.029 0.292 0.527 0.023 0.022 0.083 110 S 0.115 0.003 0.014 0.172 0.250 0.074 0.059 0.314 111 Q 0.008 0.001 0.014 0.124 0.146 0.134 0.021 0.552 112 D 0.004 0.001 0.021 0.084 0.165 0.129 0.034 0.563 113 I 0.009 0.001 0.013 0.047 0.065 0.147 0.023 0.695 114 P 0.655 0.010 0.002 0.007 0.004 0.034 0.147 0.140 115 P 0.164 0.036 0.003 0.004 0.009 0.122 0.040 0.622 116 E 0.045 0.029 0.010 0.009 0.021 0.154 0.036 0.697 117 N 0.012 0.014 0.027 0.112 0.382 0.105 0.095 0.252 118 E 0.003 0.015 0.047 0.198 0.456 0.039 0.092 0.149 119 L 0.002 0.013 0.026 0.278 0.580 0.012 0.036 0.052 120 L 0.005 0.011 0.063 0.354 0.369 0.014 0.118 0.067 121 F 0.006 0.006 0.092 0.344 0.416 0.016 0.058 0.061 122 Y 0.005 0.012 0.090 0.340 0.342 0.041 0.039 0.131 123 Y 0.019 0.102 0.080 0.136 0.209 0.066 0.130 0.257 124 S 0.060 0.812 0.005 0.008 0.009 0.014 0.029 0.063 125 R 0.069 0.777 0.007 0.007 0.007 0.020 0.038 0.075 126 D 0.022 0.881 0.004 0.002 0.003 0.011 0.043 0.034 127 Y 0.088 0.762 0.009 0.003 0.005 0.017 0.071 0.045 128 A 0.135 0.099 0.135 0.007 0.008 0.034 0.479 0.103 129 Q 0.729 0.027 0.006 0.006 0.008 0.033 0.015 0.175 130 Q 0.078 0.005 0.003 0.002 0.004 0.037 0.017 0.854 131 I 0.003 0.002 0.005 0.003 0.003 0.232 0.006 0.746 132 G 0.010 0.004 0.010 0.006 0.015 0.101 0.016 0.837 133 V 0.093 0.005 0.009 0.014 0.009 0.087 0.046 0.738 134 P 0.090 0.005 0.047 0.009 0.015 0.123 0.060 0.651 135 E 0.039 0.005 0.041 0.007 0.019 0.116 0.048 0.726