# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.176 0.093 0.055 0.111 0.100 0.091 0.123 0.098 0.073 0.051 0.029 2 R 0.097 0.083 0.051 0.131 0.116 0.120 0.145 0.095 0.079 0.052 0.032 3 L 0.065 0.053 0.036 0.079 0.089 0.102 0.143 0.122 0.132 0.101 0.078 4 S 0.070 0.056 0.033 0.088 0.108 0.102 0.146 0.122 0.123 0.085 0.066 5 L 0.054 0.069 0.036 0.102 0.108 0.093 0.139 0.122 0.117 0.096 0.066 6 P 0.091 0.100 0.043 0.137 0.129 0.115 0.141 0.093 0.075 0.050 0.026 7 K 0.333 0.198 0.061 0.169 0.089 0.053 0.043 0.024 0.016 0.009 0.005 8 Q 0.085 0.050 0.034 0.100 0.099 0.116 0.165 0.124 0.105 0.076 0.046 9 L 0.050 0.070 0.049 0.152 0.146 0.144 0.158 0.093 0.070 0.044 0.025 10 V 0.013 0.017 0.027 0.044 0.057 0.080 0.124 0.124 0.186 0.182 0.145 11 L 0.016 0.026 0.047 0.095 0.119 0.140 0.179 0.126 0.116 0.089 0.046 12 R 0.036 0.063 0.086 0.154 0.128 0.128 0.155 0.095 0.077 0.055 0.023 13 Q 0.064 0.071 0.080 0.149 0.136 0.141 0.142 0.091 0.064 0.041 0.023 14 S 0.201 0.115 0.064 0.132 0.102 0.088 0.113 0.076 0.054 0.036 0.020 15 I 0.057 0.056 0.031 0.067 0.072 0.099 0.156 0.121 0.135 0.124 0.082 16 V 0.166 0.232 0.084 0.171 0.118 0.074 0.066 0.039 0.025 0.016 0.009 17 G 0.395 0.214 0.061 0.135 0.072 0.044 0.036 0.020 0.011 0.007 0.004 18 A 0.184 0.104 0.045 0.130 0.115 0.099 0.119 0.086 0.054 0.037 0.026 19 E 0.097 0.120 0.055 0.170 0.146 0.120 0.117 0.080 0.048 0.032 0.014 20 V 0.011 0.019 0.017 0.048 0.060 0.111 0.164 0.152 0.186 0.148 0.085 21 G 0.022 0.033 0.025 0.073 0.089 0.116 0.160 0.128 0.145 0.113 0.097 22 V 0.013 0.010 0.015 0.034 0.054 0.061 0.116 0.145 0.193 0.177 0.182 23 W 0.008 0.015 0.019 0.055 0.097 0.091 0.135 0.152 0.159 0.144 0.124 24 T 0.003 0.006 0.008 0.020 0.036 0.034 0.084 0.138 0.213 0.216 0.242 25 G 0.092 0.083 0.059 0.174 0.175 0.129 0.128 0.065 0.049 0.030 0.016 26 E 0.169 0.119 0.106 0.210 0.132 0.088 0.087 0.044 0.025 0.012 0.007 27 T 0.156 0.196 0.058 0.183 0.122 0.089 0.096 0.048 0.027 0.015 0.009 28 I 0.017 0.014 0.007 0.014 0.019 0.030 0.073 0.084 0.195 0.232 0.316 29 P 0.217 0.359 0.115 0.182 0.078 0.025 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 30 V 0.135 0.136 0.090 0.179 0.119 0.107 0.096 0.056 0.042 0.027 0.013 31 R 0.304 0.167 0.044 0.136 0.091 0.077 0.074 0.049 0.029 0.018 0.010 32 T 0.092 0.084 0.049 0.135 0.107 0.125 0.139 0.109 0.079 0.055 0.025 33 C 0.041 0.063 0.055 0.134 0.126 0.174 0.164 0.103 0.071 0.049 0.020 34 F 0.021 0.022 0.020 0.045 0.051 0.082 0.144 0.142 0.192 0.172 0.109 35 G 0.058 0.063 0.045 0.112 0.111 0.115 0.155 0.123 0.105 0.071 0.042 36 P 0.089 0.070 0.056 0.145 0.137 0.103 0.125 0.099 0.081 0.055 0.039 37 L 0.029 0.021 0.017 0.039 0.057 0.077 0.135 0.152 0.178 0.159 0.135 38 I 0.088 0.122 0.049 0.191 0.170 0.098 0.113 0.079 0.047 0.026 0.016 39 G 0.126 0.061 0.034 0.076 0.075 0.079 0.136 0.114 0.127 0.102 0.071 40 Q 0.161 0.151 0.077 0.209 0.149 0.086 0.078 0.041 0.026 0.014 0.008 41 Q 0.135 0.101 0.071 0.139 0.112 0.101 0.134 0.085 0.061 0.041 0.020 42 S 0.082 0.112 0.065 0.140 0.125 0.130 0.132 0.080 0.063 0.046 0.025 43 H 0.138 0.191 0.084 0.149 0.108 0.093 0.105 0.059 0.039 0.024 0.010 44 S 0.258 0.182 0.093 0.175 0.097 0.066 0.062 0.033 0.019 0.011 0.004 45 M 0.264 0.119 0.099 0.147 0.101 0.085 0.087 0.048 0.027 0.016 0.007 46 E 0.197 0.232 0.124 0.216 0.107 0.053 0.037 0.020 0.008 0.004 0.002 47 V 0.016 0.026 0.023 0.044 0.060 0.102 0.171 0.164 0.166 0.141 0.087 48 A 0.097 0.091 0.101 0.168 0.164 0.120 0.130 0.071 0.032 0.017 0.007 49 E 0.236 0.153 0.268 0.210 0.074 0.027 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 50 W 0.030 0.028 0.038 0.061 0.074 0.139 0.198 0.134 0.133 0.103 0.063 51 T 0.069 0.092 0.047 0.116 0.123 0.099 0.160 0.124 0.085 0.054 0.030 52 D 0.160 0.120 0.166 0.189 0.136 0.081 0.071 0.041 0.019 0.011 0.005 53 K 0.190 0.120 0.167 0.186 0.120 0.075 0.071 0.038 0.018 0.010 0.005 54 A 0.104 0.107 0.055 0.128 0.110 0.102 0.148 0.108 0.070 0.046 0.024 55 V 0.051 0.063 0.046 0.102 0.120 0.132 0.176 0.126 0.091 0.058 0.034 56 N 0.194 0.128 0.161 0.192 0.129 0.068 0.058 0.035 0.018 0.011 0.006 57 H 0.053 0.051 0.068 0.115 0.119 0.139 0.180 0.113 0.083 0.052 0.026 58 I 0.034 0.052 0.047 0.113 0.116 0.107 0.162 0.129 0.116 0.081 0.044 59 W 0.012 0.013 0.021 0.043 0.063 0.115 0.196 0.157 0.170 0.138 0.072 60 K 0.052 0.101 0.213 0.260 0.166 0.084 0.061 0.031 0.017 0.010 0.005 61 I 0.015 0.012 0.026 0.040 0.059 0.102 0.184 0.160 0.169 0.147 0.086 62 Y 0.020 0.035 0.028 0.067 0.078 0.116 0.181 0.136 0.150 0.125 0.064 63 H 0.085 0.146 0.101 0.152 0.115 0.108 0.130 0.067 0.050 0.031 0.014 64 N 0.374 0.207 0.102 0.157 0.076 0.034 0.025 0.013 0.006 0.004 0.002 65 G 0.445 0.137 0.039 0.089 0.062 0.053 0.072 0.044 0.029 0.020 0.011 66 V 0.138 0.146 0.041 0.160 0.126 0.105 0.105 0.075 0.050 0.035 0.019 67 L 0.021 0.032 0.026 0.069 0.094 0.140 0.177 0.147 0.130 0.102 0.063 68 E 0.035 0.063 0.082 0.164 0.156 0.147 0.141 0.093 0.061 0.040 0.018 69 F 0.007 0.011 0.017 0.040 0.048 0.113 0.199 0.154 0.190 0.153 0.069 70 C 0.005 0.009 0.010 0.035 0.049 0.088 0.144 0.131 0.199 0.186 0.143 71 I 0.004 0.004 0.007 0.013 0.024 0.037 0.074 0.103 0.212 0.268 0.255 72 I 0.010 0.017 0.026 0.060 0.099 0.132 0.179 0.139 0.150 0.124 0.064 73 T 0.021 0.031 0.027 0.063 0.078 0.113 0.200 0.142 0.156 0.109 0.060 74 T 0.218 0.212 0.068 0.162 0.099 0.071 0.076 0.040 0.028 0.016 0.010 75 D 0.357 0.258 0.054 0.126 0.067 0.044 0.044 0.024 0.014 0.008 0.005 76 E 0.413 0.184 0.037 0.120 0.078 0.052 0.048 0.031 0.017 0.012 0.007 77 N 0.337 0.204 0.053 0.115 0.074 0.066 0.062 0.040 0.025 0.017 0.009 78 E 0.098 0.123 0.071 0.180 0.148 0.132 0.118 0.064 0.035 0.020 0.011 79 C 0.038 0.033 0.042 0.071 0.078 0.121 0.173 0.138 0.135 0.104 0.068 80 N 0.035 0.064 0.080 0.149 0.138 0.135 0.162 0.098 0.076 0.041 0.021 81 W 0.010 0.016 0.031 0.058 0.076 0.076 0.158 0.168 0.176 0.131 0.101 82 M 0.008 0.010 0.021 0.037 0.052 0.070 0.124 0.140 0.191 0.184 0.163 83 M 0.012 0.022 0.040 0.079 0.115 0.120 0.184 0.163 0.128 0.083 0.052 84 F 0.005 0.008 0.022 0.032 0.054 0.049 0.121 0.193 0.197 0.175 0.145 85 V 0.004 0.005 0.014 0.023 0.040 0.045 0.107 0.150 0.217 0.211 0.184 86 R 0.042 0.051 0.091 0.127 0.119 0.117 0.164 0.103 0.099 0.058 0.029 87 K 0.039 0.045 0.077 0.151 0.177 0.126 0.180 0.105 0.057 0.026 0.017 88 A 0.036 0.025 0.048 0.052 0.068 0.060 0.143 0.164 0.156 0.137 0.111 89 R 0.059 0.079 0.103 0.146 0.142 0.120 0.176 0.080 0.054 0.029 0.013 90 N 0.068 0.293 0.240 0.162 0.080 0.055 0.049 0.022 0.016 0.010 0.006 91 R 0.212 0.151 0.109 0.182 0.136 0.074 0.073 0.035 0.017 0.008 0.005 92 E 0.709 0.155 0.055 0.045 0.014 0.007 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 93 E 0.028 0.030 0.054 0.117 0.126 0.175 0.204 0.113 0.083 0.047 0.024 94 Q 0.033 0.068 0.137 0.124 0.115 0.130 0.159 0.108 0.068 0.042 0.018 95 N 0.011 0.029 0.118 0.123 0.126 0.135 0.182 0.119 0.086 0.049 0.022 96 L 0.006 0.006 0.027 0.020 0.029 0.054 0.131 0.181 0.215 0.208 0.123 97 V 0.030 0.053 0.089 0.195 0.153 0.125 0.139 0.092 0.067 0.038 0.017 98 A 0.020 0.014 0.041 0.043 0.074 0.057 0.136 0.220 0.155 0.125 0.116 99 Y 0.022 0.019 0.034 0.059 0.089 0.093 0.171 0.174 0.155 0.116 0.071 100 P 0.068 0.068 0.082 0.118 0.118 0.093 0.172 0.108 0.086 0.055 0.033 101 H 0.093 0.154 0.110 0.165 0.136 0.104 0.110 0.057 0.037 0.022 0.012 102 D 0.247 0.187 0.075 0.146 0.095 0.068 0.078 0.043 0.031 0.019 0.010 103 G 0.352 0.117 0.050 0.107 0.073 0.074 0.104 0.055 0.036 0.022 0.010 104 K 0.111 0.168 0.111 0.257 0.141 0.087 0.064 0.029 0.017 0.009 0.005 105 I 0.006 0.008 0.012 0.017 0.025 0.045 0.090 0.113 0.224 0.242 0.218 106 F 0.007 0.024 0.032 0.095 0.130 0.140 0.175 0.135 0.117 0.087 0.058 107 F 0.007 0.009 0.028 0.037 0.049 0.087 0.136 0.143 0.191 0.193 0.120 108 C 0.016 0.023 0.041 0.094 0.130 0.179 0.203 0.132 0.092 0.060 0.030 109 T 0.011 0.014 0.019 0.044 0.060 0.052 0.141 0.196 0.191 0.157 0.115 110 S 0.014 0.014 0.015 0.030 0.041 0.064 0.117 0.106 0.200 0.229 0.170 111 Q 0.095 0.129 0.095 0.208 0.165 0.109 0.102 0.048 0.030 0.014 0.007 112 D 0.222 0.211 0.088 0.185 0.110 0.065 0.059 0.031 0.016 0.009 0.005 113 I 0.028 0.017 0.010 0.022 0.036 0.050 0.120 0.130 0.185 0.177 0.226 114 P 0.181 0.469 0.076 0.131 0.065 0.031 0.023 0.011 0.006 0.004 0.002 115 P 0.144 0.253 0.078 0.187 0.116 0.086 0.066 0.032 0.021 0.012 0.006 116 E 0.779 0.113 0.019 0.041 0.018 0.011 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 117 N 0.229 0.130 0.067 0.184 0.102 0.081 0.100 0.053 0.032 0.016 0.006 118 E 0.008 0.024 0.041 0.100 0.119 0.199 0.195 0.119 0.098 0.067 0.029 119 L 0.001 0.004 0.011 0.014 0.021 0.057 0.116 0.138 0.243 0.262 0.132 120 L 0.004 0.017 0.049 0.087 0.106 0.172 0.207 0.142 0.112 0.074 0.029 121 F 0.006 0.006 0.022 0.029 0.044 0.060 0.130 0.177 0.189 0.203 0.135 122 Y 0.010 0.009 0.023 0.045 0.080 0.114 0.185 0.182 0.149 0.137 0.064 123 Y 0.006 0.012 0.014 0.027 0.046 0.078 0.180 0.192 0.204 0.172 0.070 124 S 0.015 0.054 0.045 0.087 0.096 0.139 0.223 0.122 0.114 0.070 0.034 125 R 0.342 0.132 0.143 0.160 0.094 0.053 0.047 0.015 0.008 0.003 0.002 126 D 0.482 0.152 0.108 0.125 0.061 0.027 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 127 Y 0.007 0.015 0.017 0.038 0.050 0.093 0.162 0.138 0.202 0.181 0.098 128 A 0.011 0.013 0.019 0.043 0.073 0.137 0.231 0.158 0.134 0.127 0.055 129 Q 0.013 0.063 0.586 0.211 0.071 0.032 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 130 Q 0.018 0.047 0.116 0.143 0.141 0.164 0.197 0.102 0.039 0.023 0.010 131 I 0.012 0.008 0.008 0.014 0.020 0.039 0.091 0.138 0.235 0.232 0.202 132 G 0.427 0.196 0.089 0.125 0.074 0.031 0.029 0.016 0.008 0.004 0.002 133 V 0.075 0.073 0.098 0.112 0.117 0.103 0.150 0.105 0.076 0.054 0.038 134 P 0.335 0.264 0.063 0.106 0.074 0.047 0.055 0.028 0.016 0.008 0.005 135 E 0.666 0.158 0.029 0.062 0.031 0.018 0.018 0.009 0.005 0.002 0.001