# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.024 0.008 0.001 0.050 0.017 0.035 0.035 0.002 0.001 0.002 0.825 2 R 0.093 0.015 0.004 0.177 0.075 0.146 0.050 0.002 0.001 0.006 0.432 3 L 0.044 0.015 0.007 0.128 0.051 0.079 0.062 0.002 0.001 0.005 0.607 4 S 0.045 0.015 0.010 0.147 0.073 0.142 0.116 0.002 0.001 0.007 0.443 5 L 0.018 0.010 0.004 0.053 0.019 0.046 0.121 0.001 0.001 0.003 0.726 6 P 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.951 7 K 0.061 0.009 0.001 0.027 0.010 0.023 0.274 0.001 0.001 0.019 0.575 8 Q 0.408 0.046 0.007 0.043 0.014 0.021 0.115 0.002 0.001 0.013 0.333 9 L 0.179 0.139 0.012 0.085 0.055 0.066 0.136 0.002 0.001 0.008 0.317 10 V 0.067 0.232 0.022 0.117 0.091 0.114 0.062 0.002 0.001 0.007 0.285 11 L 0.066 0.182 0.003 0.097 0.119 0.187 0.057 0.005 0.001 0.003 0.283 12 R 0.074 0.227 0.005 0.076 0.064 0.117 0.047 0.008 0.001 0.004 0.378 13 Q 0.074 0.203 0.004 0.057 0.114 0.148 0.051 0.006 0.001 0.004 0.340 14 S 0.095 0.108 0.010 0.051 0.073 0.128 0.070 0.013 0.001 0.011 0.440 15 I 0.122 0.117 0.022 0.053 0.071 0.100 0.095 0.006 0.001 0.009 0.405 16 V 0.026 0.071 0.007 0.034 0.038 0.075 0.107 0.003 0.001 0.005 0.634 17 G 0.077 0.027 0.004 0.031 0.032 0.071 0.114 0.008 0.001 0.020 0.616 18 A 0.391 0.043 0.035 0.033 0.031 0.043 0.063 0.003 0.001 0.015 0.344 19 E 0.065 0.034 0.012 0.073 0.069 0.075 0.144 0.003 0.001 0.009 0.517 20 V 0.056 0.023 0.020 0.102 0.176 0.234 0.064 0.002 0.001 0.011 0.312 21 G 0.024 0.020 0.002 0.163 0.241 0.340 0.032 0.001 0.001 0.003 0.173 22 V 0.018 0.013 0.003 0.106 0.238 0.309 0.037 0.001 0.001 0.002 0.275 23 W 0.009 0.015 0.001 0.148 0.240 0.401 0.030 0.001 0.001 0.003 0.153 24 T 0.017 0.019 0.001 0.071 0.185 0.362 0.040 0.001 0.001 0.002 0.301 25 G 0.021 0.019 0.001 0.078 0.123 0.199 0.064 0.002 0.001 0.006 0.486 26 E 0.102 0.010 0.005 0.044 0.090 0.123 0.177 0.002 0.001 0.009 0.438 27 T 0.070 0.010 0.006 0.034 0.037 0.090 0.095 0.003 0.001 0.013 0.644 28 I 0.072 0.012 0.006 0.048 0.162 0.281 0.069 0.001 0.001 0.005 0.343 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 30 V 0.007 0.004 0.001 0.029 0.044 0.128 0.058 0.001 0.001 0.002 0.728 31 R 0.161 0.013 0.001 0.078 0.067 0.122 0.065 0.001 0.001 0.008 0.483 32 T 0.285 0.020 0.007 0.069 0.099 0.086 0.054 0.001 0.001 0.006 0.374 33 C 0.053 0.016 0.007 0.194 0.125 0.144 0.099 0.001 0.001 0.005 0.357 34 F 0.042 0.010 0.004 0.130 0.118 0.228 0.068 0.002 0.001 0.008 0.390 35 G 0.018 0.008 0.003 0.172 0.162 0.259 0.076 0.001 0.001 0.003 0.298 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 37 L 0.010 0.002 0.001 0.070 0.101 0.328 0.051 0.001 0.001 0.004 0.434 38 I 0.088 0.008 0.002 0.062 0.092 0.159 0.058 0.001 0.001 0.005 0.526 39 G 0.060 0.015 0.001 0.044 0.164 0.207 0.048 0.001 0.001 0.004 0.455 40 Q 0.115 0.018 0.002 0.043 0.130 0.156 0.067 0.001 0.001 0.003 0.465 41 Q 0.035 0.023 0.001 0.034 0.090 0.135 0.071 0.001 0.001 0.003 0.608 42 S 0.060 0.029 0.002 0.040 0.157 0.246 0.078 0.002 0.001 0.007 0.379 43 H 0.061 0.064 0.006 0.037 0.083 0.150 0.109 0.003 0.001 0.008 0.481 44 S 0.051 0.043 0.005 0.022 0.038 0.073 0.096 0.003 0.001 0.007 0.663 45 M 0.071 0.032 0.007 0.017 0.023 0.034 0.117 0.002 0.001 0.011 0.685 46 E 0.101 0.043 0.009 0.017 0.020 0.031 0.269 0.003 0.001 0.011 0.495 47 V 0.107 0.100 0.011 0.023 0.032 0.059 0.120 0.002 0.001 0.007 0.538 48 A 0.047 0.204 0.004 0.024 0.044 0.075 0.105 0.003 0.001 0.004 0.490 49 E 0.094 0.171 0.005 0.017 0.020 0.034 0.134 0.007 0.001 0.005 0.514 50 W 0.208 0.340 0.009 0.017 0.018 0.033 0.065 0.008 0.001 0.006 0.297 51 T 0.158 0.311 0.011 0.015 0.026 0.039 0.100 0.015 0.001 0.006 0.318 52 D 0.078 0.246 0.017 0.012 0.017 0.024 0.067 0.006 0.001 0.005 0.527 53 K 0.082 0.262 0.011 0.015 0.016 0.026 0.137 0.009 0.001 0.005 0.438 54 A 0.195 0.192 0.006 0.010 0.010 0.021 0.197 0.020 0.001 0.010 0.339 55 V 0.297 0.275 0.016 0.016 0.016 0.031 0.063 0.012 0.001 0.007 0.267 56 N 0.106 0.189 0.018 0.021 0.044 0.061 0.055 0.012 0.001 0.007 0.488 57 H 0.129 0.091 0.036 0.033 0.058 0.101 0.084 0.008 0.001 0.010 0.450 58 I 0.062 0.108 0.023 0.058 0.098 0.158 0.070 0.004 0.001 0.005 0.414 59 W 0.023 0.058 0.005 0.048 0.328 0.331 0.030 0.002 0.001 0.003 0.172 60 K 0.031 0.056 0.002 0.048 0.321 0.318 0.033 0.002 0.001 0.002 0.189 61 I 0.035 0.031 0.001 0.030 0.375 0.385 0.010 0.001 0.001 0.001 0.133 62 Y 0.009 0.033 0.001 0.032 0.396 0.430 0.013 0.001 0.001 0.002 0.083 63 H 0.013 0.057 0.003 0.032 0.283 0.294 0.056 0.003 0.001 0.004 0.255 64 N 0.018 0.029 0.003 0.031 0.080 0.182 0.073 0.004 0.001 0.010 0.570 65 G 0.232 0.004 0.009 0.014 0.044 0.056 0.109 0.004 0.001 0.123 0.405 66 V 0.462 0.002 0.071 0.010 0.015 0.015 0.193 0.001 0.001 0.037 0.195 67 L 0.010 0.003 0.008 0.049 0.099 0.119 0.113 0.001 0.001 0.007 0.591 68 E 0.004 0.001 0.001 0.056 0.345 0.494 0.026 0.001 0.001 0.005 0.067 69 F 0.011 0.004 0.001 0.132 0.270 0.368 0.044 0.001 0.001 0.001 0.169 70 C 0.012 0.002 0.001 0.109 0.297 0.453 0.017 0.001 0.001 0.001 0.109 71 I 0.003 0.003 0.001 0.193 0.277 0.415 0.024 0.001 0.001 0.003 0.082 72 I 0.004 0.003 0.001 0.160 0.289 0.368 0.031 0.001 0.001 0.001 0.144 73 T 0.005 0.003 0.002 0.186 0.111 0.371 0.084 0.001 0.001 0.004 0.232 74 T 0.010 0.002 0.001 0.065 0.078 0.127 0.403 0.001 0.001 0.015 0.297 75 D 0.085 0.002 0.002 0.017 0.018 0.020 0.280 0.001 0.001 0.041 0.535 76 E 0.040 0.005 0.002 0.014 0.004 0.006 0.175 0.001 0.001 0.010 0.744 77 N 0.018 0.006 0.001 0.007 0.005 0.007 0.635 0.001 0.001 0.015 0.304 78 E 0.307 0.016 0.007 0.011 0.004 0.012 0.353 0.001 0.001 0.029 0.259 79 C 0.119 0.154 0.012 0.019 0.034 0.066 0.248 0.003 0.001 0.009 0.336 80 N 0.026 0.103 0.007 0.012 0.098 0.102 0.122 0.002 0.001 0.010 0.519 81 W 0.055 0.148 0.012 0.019 0.023 0.081 0.160 0.004 0.001 0.005 0.493 82 M 0.060 0.387 0.004 0.020 0.106 0.132 0.101 0.003 0.001 0.003 0.184 83 M 0.048 0.516 0.004 0.016 0.086 0.087 0.072 0.005 0.001 0.003 0.163 84 F 0.088 0.590 0.003 0.015 0.048 0.072 0.022 0.005 0.001 0.001 0.156 85 V 0.123 0.538 0.002 0.017 0.075 0.084 0.005 0.002 0.001 0.001 0.154 86 R 0.020 0.581 0.006 0.015 0.115 0.089 0.026 0.007 0.001 0.003 0.138 87 K 0.045 0.380 0.027 0.025 0.078 0.142 0.048 0.009 0.001 0.002 0.245 88 A 0.106 0.420 0.005 0.035 0.050 0.170 0.052 0.010 0.001 0.004 0.148 89 R 0.140 0.208 0.012 0.014 0.017 0.043 0.117 0.022 0.001 0.008 0.419 90 N 0.102 0.184 0.009 0.005 0.011 0.015 0.114 0.019 0.001 0.006 0.536 91 R 0.060 0.081 0.020 0.005 0.003 0.004 0.057 0.003 0.001 0.004 0.764 92 E 0.005 0.059 0.001 0.002 0.002 0.003 0.505 0.002 0.001 0.001 0.421 93 E 0.106 0.061 0.003 0.005 0.004 0.010 0.577 0.005 0.001 0.009 0.219 94 Q 0.208 0.653 0.002 0.004 0.013 0.011 0.021 0.002 0.001 0.003 0.082 95 N 0.031 0.768 0.015 0.006 0.038 0.026 0.008 0.002 0.001 0.002 0.104 96 L 0.082 0.424 0.046 0.033 0.059 0.089 0.021 0.011 0.001 0.002 0.233 97 V 0.100 0.342 0.014 0.043 0.145 0.160 0.022 0.012 0.001 0.003 0.159 98 A 0.111 0.191 0.012 0.028 0.116 0.129 0.029 0.043 0.001 0.003 0.338 99 Y 0.139 0.040 0.003 0.024 0.203 0.298 0.016 0.007 0.001 0.001 0.269 100 P 0.002 0.003 0.001 0.006 0.011 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.956 101 H 0.008 0.012 0.001 0.019 0.145 0.194 0.125 0.002 0.001 0.004 0.491 102 D 0.051 0.005 0.002 0.017 0.024 0.065 0.051 0.002 0.001 0.011 0.773 103 G 0.184 0.004 0.007 0.018 0.070 0.058 0.071 0.001 0.001 0.050 0.537 104 K 0.402 0.001 0.045 0.017 0.046 0.034 0.269 0.001 0.001 0.041 0.143 105 I 0.011 0.002 0.005 0.060 0.166 0.245 0.148 0.001 0.001 0.009 0.353 106 F 0.001 0.001 0.001 0.025 0.280 0.675 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 107 F 0.001 0.001 0.001 0.027 0.373 0.503 0.007 0.001 0.001 0.001 0.086 108 C 0.001 0.001 0.001 0.019 0.447 0.502 0.003 0.001 0.001 0.001 0.027 109 T 0.003 0.001 0.001 0.020 0.287 0.558 0.010 0.001 0.001 0.001 0.121 110 S 0.005 0.001 0.001 0.027 0.350 0.481 0.011 0.001 0.001 0.001 0.124 111 Q 0.014 0.003 0.001 0.035 0.261 0.381 0.042 0.001 0.001 0.003 0.260 112 D 0.015 0.003 0.001 0.016 0.098 0.257 0.078 0.002 0.001 0.004 0.526 113 I 0.088 0.005 0.005 0.024 0.107 0.347 0.073 0.001 0.001 0.008 0.343 114 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.010 0.001 0.001 0.001 0.971 115 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 116 E 0.018 0.002 0.001 0.013 0.029 0.089 0.081 0.001 0.001 0.007 0.760 117 N 0.765 0.002 0.003 0.006 0.021 0.023 0.023 0.001 0.001 0.008 0.149 118 E 0.150 0.017 0.006 0.040 0.093 0.133 0.134 0.001 0.001 0.006 0.420 119 L 0.023 0.004 0.002 0.034 0.441 0.414 0.016 0.001 0.001 0.001 0.065 120 L 0.005 0.006 0.001 0.038 0.385 0.489 0.012 0.001 0.001 0.001 0.064 121 F 0.007 0.004 0.001 0.039 0.385 0.466 0.007 0.001 0.001 0.001 0.092 122 Y 0.007 0.003 0.001 0.065 0.293 0.534 0.009 0.001 0.001 0.001 0.088 123 Y 0.007 0.009 0.003 0.051 0.273 0.436 0.051 0.001 0.001 0.004 0.166 124 S 0.010 0.010 0.002 0.034 0.121 0.373 0.148 0.001 0.001 0.003 0.297 125 R 0.015 0.010 0.002 0.015 0.025 0.087 0.087 0.001 0.001 0.005 0.753 126 D 0.006 0.022 0.001 0.002 0.004 0.008 0.329 0.001 0.001 0.003 0.625 127 Y 0.092 0.052 0.002 0.003 0.003 0.008 0.570 0.004 0.001 0.004 0.263 128 A 0.087 0.726 0.002 0.003 0.006 0.011 0.043 0.002 0.001 0.003 0.118 129 Q 0.044 0.779 0.004 0.003 0.008 0.008 0.027 0.005 0.001 0.001 0.121 130 Q 0.126 0.727 0.005 0.002 0.003 0.004 0.021 0.013 0.001 0.001 0.099 131 I 0.105 0.832 0.005 0.002 0.004 0.003 0.003 0.012 0.001 0.001 0.032 132 G 0.281 0.253 0.026 0.008 0.009 0.014 0.022 0.189 0.001 0.003 0.196 133 V 0.076 0.085 0.669 0.011 0.008 0.014 0.015 0.007 0.001 0.002 0.114 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 135 E 0.006 0.001 0.001 0.007 0.006 0.017 0.016 0.001 0.001 0.003 0.941