# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.044 0.015 0.052 0.020 0.030 0.048 0.006 0.785 2 R 0.066 0.017 0.183 0.096 0.162 0.084 0.008 0.384 3 L 0.056 0.016 0.112 0.054 0.065 0.073 0.006 0.619 4 S 0.029 0.013 0.191 0.087 0.168 0.074 0.006 0.432 5 L 0.024 0.009 0.057 0.038 0.062 0.089 0.004 0.717 6 P 0.003 0.002 0.009 0.004 0.008 0.031 0.001 0.942 7 K 0.040 0.006 0.023 0.017 0.038 0.196 0.011 0.670 8 Q 0.247 0.030 0.028 0.025 0.032 0.149 0.019 0.471 9 L 0.127 0.081 0.033 0.075 0.079 0.181 0.010 0.413 10 V 0.087 0.121 0.047 0.094 0.141 0.104 0.007 0.399 11 L 0.060 0.147 0.044 0.168 0.283 0.049 0.007 0.241 12 R 0.050 0.186 0.028 0.116 0.209 0.034 0.011 0.366 13 Q 0.062 0.177 0.038 0.117 0.197 0.042 0.018 0.351 14 S 0.094 0.102 0.048 0.084 0.116 0.069 0.031 0.455 15 I 0.105 0.086 0.065 0.081 0.126 0.105 0.021 0.411 16 V 0.028 0.034 0.031 0.041 0.053 0.082 0.009 0.721 17 G 0.052 0.035 0.035 0.036 0.076 0.113 0.016 0.637 18 A 0.217 0.036 0.049 0.048 0.060 0.117 0.025 0.447 19 E 0.108 0.039 0.079 0.078 0.100 0.111 0.016 0.470 20 V 0.070 0.038 0.102 0.162 0.195 0.084 0.012 0.338 21 G 0.043 0.017 0.119 0.215 0.306 0.050 0.007 0.242 22 V 0.015 0.010 0.134 0.316 0.317 0.027 0.003 0.177 23 W 0.006 0.008 0.083 0.355 0.370 0.020 0.003 0.156 24 T 0.011 0.011 0.067 0.209 0.454 0.040 0.004 0.204 25 G 0.022 0.014 0.055 0.167 0.238 0.056 0.011 0.436 26 E 0.071 0.005 0.050 0.154 0.182 0.156 0.018 0.363 27 T 0.049 0.005 0.018 0.059 0.092 0.041 0.015 0.720 28 I 0.030 0.002 0.072 0.279 0.416 0.064 0.003 0.135 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 30 V 0.005 0.001 0.034 0.063 0.360 0.045 0.001 0.490 31 R 0.075 0.010 0.047 0.072 0.148 0.165 0.010 0.471 32 T 0.367 0.010 0.044 0.092 0.064 0.067 0.033 0.323 33 C 0.083 0.024 0.141 0.168 0.188 0.077 0.010 0.310 34 F 0.027 0.017 0.110 0.144 0.265 0.067 0.006 0.364 35 G 0.030 0.007 0.098 0.168 0.358 0.081 0.004 0.254 36 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 37 L 0.006 0.001 0.057 0.160 0.441 0.062 0.002 0.272 38 I 0.052 0.007 0.057 0.093 0.158 0.063 0.006 0.563 39 G 0.058 0.012 0.067 0.124 0.209 0.066 0.008 0.456 40 Q 0.075 0.013 0.079 0.161 0.190 0.102 0.008 0.372 41 Q 0.042 0.017 0.050 0.112 0.127 0.061 0.006 0.584 42 S 0.033 0.022 0.048 0.121 0.309 0.066 0.006 0.395 43 H 0.036 0.023 0.026 0.071 0.109 0.131 0.007 0.595 44 S 0.018 0.018 0.012 0.025 0.052 0.081 0.005 0.789 45 M 0.040 0.032 0.014 0.022 0.045 0.110 0.007 0.729 46 E 0.077 0.062 0.014 0.021 0.032 0.349 0.013 0.432 47 V 0.091 0.212 0.031 0.027 0.067 0.175 0.009 0.388 48 A 0.036 0.399 0.013 0.018 0.039 0.080 0.005 0.409 49 E 0.068 0.377 0.010 0.012 0.029 0.092 0.018 0.394 50 W 0.224 0.434 0.021 0.015 0.028 0.057 0.031 0.190 51 T 0.122 0.422 0.018 0.021 0.023 0.127 0.029 0.238 52 D 0.083 0.319 0.023 0.015 0.027 0.073 0.022 0.438 53 K 0.070 0.275 0.023 0.010 0.017 0.102 0.022 0.482 54 A 0.173 0.135 0.025 0.016 0.017 0.326 0.047 0.261 55 V 0.267 0.206 0.046 0.026 0.031 0.120 0.036 0.269 56 N 0.094 0.224 0.044 0.047 0.057 0.103 0.020 0.411 57 H 0.107 0.080 0.062 0.100 0.128 0.101 0.028 0.394 58 I 0.066 0.069 0.081 0.159 0.202 0.070 0.016 0.337 59 W 0.014 0.031 0.058 0.342 0.356 0.026 0.004 0.168 60 K 0.009 0.023 0.060 0.382 0.393 0.020 0.003 0.109 61 I 0.012 0.035 0.058 0.295 0.385 0.014 0.004 0.196 62 Y 0.007 0.019 0.049 0.347 0.477 0.012 0.003 0.086 63 H 0.012 0.026 0.026 0.256 0.257 0.049 0.009 0.365 64 N 0.020 0.014 0.023 0.048 0.104 0.083 0.017 0.690 65 G 0.204 0.009 0.038 0.043 0.089 0.148 0.070 0.401 66 V 0.327 0.004 0.062 0.053 0.051 0.182 0.029 0.292 67 L 0.014 0.002 0.092 0.169 0.175 0.106 0.003 0.440 68 E 0.003 0.001 0.104 0.287 0.453 0.042 0.001 0.110 69 F 0.008 0.002 0.227 0.155 0.273 0.069 0.002 0.264 70 C 0.003 0.001 0.358 0.199 0.347 0.021 0.001 0.069 71 I 0.001 0.001 0.371 0.229 0.321 0.013 0.001 0.062 72 I 0.002 0.002 0.265 0.216 0.293 0.041 0.002 0.179 73 T 0.009 0.003 0.167 0.123 0.289 0.108 0.006 0.296 74 T 0.011 0.003 0.038 0.037 0.062 0.403 0.011 0.436 75 D 0.086 0.003 0.030 0.022 0.047 0.245 0.024 0.543 76 E 0.040 0.008 0.013 0.007 0.014 0.146 0.006 0.766 77 N 0.020 0.005 0.006 0.008 0.011 0.683 0.006 0.261 78 E 0.328 0.032 0.014 0.009 0.024 0.193 0.024 0.376 79 C 0.168 0.222 0.027 0.023 0.052 0.153 0.011 0.344 80 N 0.077 0.152 0.025 0.032 0.054 0.243 0.011 0.406 81 W 0.070 0.292 0.019 0.020 0.046 0.099 0.013 0.441 82 M 0.067 0.431 0.039 0.043 0.092 0.096 0.010 0.222 83 M 0.049 0.578 0.023 0.036 0.041 0.101 0.010 0.162 84 F 0.064 0.738 0.021 0.015 0.029 0.012 0.010 0.111 85 V 0.035 0.834 0.018 0.014 0.035 0.003 0.004 0.058 86 R 0.033 0.710 0.039 0.034 0.044 0.018 0.008 0.115 87 K 0.036 0.344 0.022 0.022 0.026 0.035 0.024 0.491 88 A 0.211 0.322 0.090 0.028 0.088 0.026 0.027 0.209 89 R 0.108 0.222 0.049 0.017 0.019 0.155 0.034 0.395 90 N 0.106 0.108 0.053 0.013 0.029 0.103 0.033 0.554 91 R 0.064 0.075 0.020 0.007 0.018 0.040 0.009 0.767 92 E 0.011 0.018 0.003 0.005 0.004 0.524 0.006 0.430 93 E 0.219 0.062 0.016 0.016 0.019 0.337 0.023 0.308 94 Q 0.322 0.418 0.009 0.031 0.045 0.018 0.012 0.145 95 N 0.177 0.226 0.026 0.054 0.105 0.034 0.020 0.358 96 L 0.061 0.071 0.054 0.252 0.255 0.013 0.026 0.269 97 V 0.033 0.011 0.054 0.471 0.301 0.014 0.011 0.103 98 A 0.013 0.010 0.047 0.326 0.279 0.018 0.006 0.302 99 Y 0.005 0.002 0.152 0.333 0.443 0.011 0.001 0.053 100 P 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.989 101 H 0.006 0.001 0.037 0.103 0.293 0.076 0.003 0.481 102 D 0.022 0.003 0.011 0.029 0.040 0.117 0.007 0.771 103 G 0.269 0.003 0.016 0.036 0.084 0.079 0.051 0.462 104 K 0.361 0.003 0.045 0.095 0.076 0.172 0.017 0.231 105 I 0.011 0.001 0.058 0.334 0.298 0.053 0.002 0.243 106 F 0.001 0.001 0.024 0.390 0.556 0.008 0.001 0.021 107 F 0.002 0.001 0.054 0.274 0.472 0.017 0.001 0.180 108 C 0.001 0.001 0.049 0.384 0.540 0.004 0.001 0.021 109 T 0.003 0.001 0.049 0.320 0.462 0.021 0.002 0.142 110 S 0.006 0.001 0.057 0.252 0.558 0.009 0.003 0.114 111 Q 0.008 0.002 0.032 0.427 0.350 0.033 0.003 0.145 112 D 0.010 0.002 0.010 0.104 0.191 0.028 0.004 0.650 113 I 0.029 0.003 0.038 0.157 0.507 0.048 0.004 0.214 114 P 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.010 0.001 0.977 115 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 116 E 0.031 0.001 0.011 0.031 0.067 0.182 0.006 0.671 117 N 0.653 0.002 0.008 0.027 0.025 0.026 0.021 0.238 118 E 0.184 0.011 0.057 0.167 0.190 0.080 0.008 0.301 119 L 0.023 0.004 0.079 0.312 0.328 0.050 0.002 0.202 120 L 0.005 0.001 0.069 0.353 0.499 0.011 0.001 0.061 121 F 0.005 0.003 0.054 0.374 0.454 0.008 0.001 0.102 122 Y 0.005 0.003 0.060 0.292 0.527 0.007 0.001 0.103 123 Y 0.011 0.008 0.072 0.219 0.417 0.034 0.003 0.237 124 S 0.010 0.009 0.053 0.097 0.429 0.086 0.004 0.312 125 R 0.004 0.005 0.019 0.009 0.073 0.037 0.002 0.851 126 D 0.004 0.010 0.003 0.002 0.009 0.411 0.003 0.559 127 Y 0.066 0.041 0.003 0.003 0.006 0.658 0.010 0.214 128 A 0.066 0.561 0.005 0.004 0.006 0.210 0.003 0.144 129 Q 0.085 0.743 0.003 0.004 0.007 0.058 0.007 0.092 130 Q 0.074 0.861 0.002 0.001 0.004 0.002 0.009 0.048 131 I 0.091 0.839 0.002 0.004 0.007 0.002 0.026 0.029 132 G 0.197 0.340 0.066 0.032 0.022 0.031 0.130 0.182 133 V 0.086 0.118 0.295 0.048 0.027 0.094 0.030 0.302 134 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 135 E 0.009 0.007 0.026 0.010 0.021 0.089 0.004 0.833