# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.120 0.384 0.223 0.095 0.098 0.031 0.020 0.004 0.021 0.002 0.002 2 R 0.053 0.563 0.258 0.034 0.037 0.027 0.006 0.001 0.019 0.001 0.001 3 L 0.041 0.461 0.365 0.024 0.023 0.066 0.003 0.001 0.013 0.001 0.003 4 S 0.019 0.350 0.465 0.009 0.040 0.041 0.004 0.001 0.067 0.002 0.001 5 L 0.054 0.028 0.813 0.004 0.010 0.030 0.002 0.001 0.045 0.005 0.009 6 P 0.737 0.003 0.205 0.027 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.011 7 K 0.510 0.043 0.092 0.240 0.025 0.027 0.029 0.023 0.007 0.003 0.001 8 Q 0.422 0.182 0.202 0.123 0.025 0.015 0.014 0.002 0.013 0.001 0.001 9 L 0.393 0.255 0.200 0.072 0.029 0.027 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 10 V 0.317 0.419 0.141 0.042 0.036 0.018 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 11 L 0.259 0.317 0.286 0.033 0.042 0.034 0.003 0.001 0.024 0.001 0.001 12 R 0.339 0.269 0.238 0.054 0.036 0.030 0.008 0.001 0.024 0.001 0.001 13 Q 0.326 0.263 0.157 0.118 0.075 0.019 0.013 0.002 0.025 0.002 0.001 14 S 0.197 0.258 0.223 0.124 0.093 0.034 0.028 0.006 0.030 0.007 0.001 15 I 0.220 0.320 0.260 0.072 0.030 0.041 0.013 0.001 0.038 0.002 0.003 16 V 0.243 0.087 0.337 0.211 0.020 0.023 0.059 0.002 0.011 0.004 0.002 17 G 0.015 0.006 0.020 0.025 0.034 0.007 0.093 0.658 0.004 0.137 0.001 18 A 0.120 0.275 0.442 0.064 0.056 0.012 0.007 0.002 0.018 0.003 0.001 19 E 0.058 0.233 0.479 0.060 0.033 0.079 0.021 0.003 0.026 0.004 0.004 20 V 0.041 0.606 0.210 0.052 0.057 0.008 0.007 0.001 0.015 0.001 0.002 21 G 0.018 0.227 0.126 0.014 0.497 0.022 0.015 0.034 0.016 0.031 0.001 22 V 0.014 0.792 0.131 0.006 0.031 0.017 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 23 W 0.031 0.565 0.254 0.013 0.054 0.059 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 24 T 0.069 0.430 0.203 0.094 0.113 0.024 0.029 0.002 0.031 0.003 0.002 25 G 0.026 0.091 0.083 0.042 0.384 0.014 0.111 0.133 0.011 0.104 0.001 26 E 0.085 0.409 0.291 0.080 0.078 0.024 0.011 0.001 0.018 0.002 0.002 27 T 0.052 0.427 0.349 0.059 0.028 0.056 0.007 0.001 0.015 0.001 0.005 28 I 0.011 0.504 0.335 0.003 0.035 0.014 0.002 0.001 0.094 0.002 0.001 29 P 0.025 0.008 0.863 0.003 0.003 0.051 0.001 0.001 0.008 0.001 0.037 30 V 0.459 0.042 0.333 0.105 0.019 0.009 0.012 0.002 0.010 0.002 0.006 31 R 0.084 0.037 0.083 0.064 0.140 0.025 0.076 0.367 0.012 0.113 0.001 32 T 0.098 0.304 0.402 0.105 0.039 0.029 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 33 C 0.114 0.568 0.185 0.034 0.050 0.018 0.005 0.001 0.022 0.002 0.001 34 F 0.101 0.353 0.250 0.140 0.088 0.027 0.017 0.001 0.017 0.003 0.003 35 G 0.020 0.110 0.178 0.007 0.344 0.008 0.019 0.016 0.191 0.108 0.001 36 P 0.156 0.017 0.757 0.017 0.009 0.018 0.001 0.001 0.004 0.001 0.021 37 L 0.063 0.348 0.407 0.057 0.034 0.058 0.006 0.002 0.023 0.001 0.001 38 I 0.121 0.335 0.369 0.079 0.051 0.014 0.012 0.001 0.015 0.002 0.002 39 G 0.038 0.050 0.094 0.033 0.392 0.021 0.071 0.151 0.012 0.137 0.001 40 Q 0.162 0.348 0.309 0.062 0.066 0.026 0.004 0.001 0.020 0.001 0.002 41 Q 0.142 0.331 0.356 0.049 0.043 0.047 0.005 0.001 0.024 0.001 0.001 42 S 0.165 0.363 0.254 0.076 0.069 0.036 0.009 0.002 0.022 0.002 0.002 43 H 0.100 0.301 0.309 0.063 0.107 0.048 0.015 0.002 0.048 0.004 0.001 44 S 0.414 0.089 0.328 0.066 0.034 0.031 0.009 0.001 0.020 0.003 0.004 45 M 0.723 0.053 0.118 0.057 0.018 0.011 0.006 0.001 0.008 0.002 0.001 46 E 0.547 0.082 0.178 0.107 0.025 0.034 0.011 0.001 0.013 0.001 0.001 47 V 0.515 0.156 0.192 0.069 0.017 0.025 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 48 A 0.687 0.084 0.138 0.044 0.013 0.016 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 49 E 0.682 0.067 0.077 0.109 0.021 0.016 0.014 0.002 0.011 0.002 0.001 50 W 0.525 0.061 0.093 0.213 0.036 0.018 0.027 0.005 0.017 0.004 0.001 51 T 0.455 0.094 0.152 0.186 0.024 0.026 0.035 0.004 0.020 0.005 0.001 52 D 0.519 0.047 0.151 0.151 0.018 0.035 0.054 0.004 0.014 0.006 0.001 53 K 0.630 0.045 0.098 0.167 0.014 0.014 0.018 0.004 0.007 0.003 0.001 54 A 0.521 0.056 0.111 0.200 0.021 0.030 0.037 0.006 0.013 0.004 0.001 55 V 0.401 0.150 0.133 0.227 0.018 0.020 0.029 0.003 0.017 0.002 0.001 56 N 0.283 0.148 0.186 0.144 0.058 0.031 0.103 0.015 0.021 0.009 0.001 57 H 0.154 0.326 0.206 0.125 0.087 0.034 0.032 0.006 0.025 0.003 0.001 58 I 0.155 0.454 0.245 0.050 0.048 0.023 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 59 W 0.086 0.661 0.132 0.018 0.065 0.021 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 60 K 0.039 0.740 0.117 0.009 0.050 0.029 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 61 I 0.051 0.620 0.208 0.011 0.025 0.068 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 62 Y 0.110 0.471 0.256 0.033 0.043 0.053 0.006 0.001 0.027 0.001 0.001 63 H 0.258 0.316 0.128 0.095 0.070 0.034 0.038 0.002 0.052 0.006 0.001 64 N 0.080 0.035 0.133 0.280 0.037 0.014 0.375 0.016 0.009 0.020 0.001 65 G 0.009 0.005 0.014 0.010 0.024 0.003 0.097 0.711 0.002 0.126 0.001 66 V 0.059 0.320 0.513 0.035 0.037 0.016 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 67 L 0.056 0.428 0.396 0.029 0.030 0.033 0.005 0.001 0.017 0.001 0.002 68 E 0.046 0.605 0.182 0.029 0.103 0.015 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 69 F 0.027 0.653 0.110 0.024 0.148 0.018 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 70 C 0.014 0.731 0.134 0.008 0.067 0.025 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 71 I 0.022 0.621 0.242 0.009 0.030 0.056 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 72 I 0.037 0.487 0.282 0.024 0.030 0.105 0.006 0.001 0.028 0.001 0.001 73 T 0.143 0.322 0.199 0.112 0.088 0.053 0.024 0.004 0.049 0.005 0.002 74 T 0.144 0.179 0.150 0.258 0.097 0.052 0.063 0.011 0.030 0.016 0.001 75 D 0.075 0.101 0.226 0.126 0.086 0.083 0.122 0.012 0.115 0.051 0.002 76 E 0.752 0.017 0.095 0.102 0.006 0.007 0.004 0.001 0.004 0.005 0.007 77 N 0.397 0.027 0.079 0.344 0.023 0.038 0.056 0.017 0.008 0.010 0.001 78 E 0.395 0.073 0.118 0.282 0.027 0.033 0.034 0.013 0.019 0.005 0.001 79 C 0.569 0.076 0.170 0.099 0.014 0.018 0.032 0.009 0.007 0.005 0.001 80 N 0.582 0.060 0.095 0.100 0.044 0.029 0.053 0.019 0.008 0.011 0.001 81 W 0.700 0.131 0.062 0.061 0.021 0.011 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 82 M 0.642 0.225 0.071 0.025 0.020 0.007 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 83 M 0.590 0.248 0.047 0.020 0.070 0.009 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 84 F 0.454 0.286 0.122 0.057 0.035 0.028 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 85 V 0.352 0.415 0.104 0.054 0.026 0.017 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 86 R 0.251 0.214 0.264 0.069 0.080 0.054 0.018 0.001 0.047 0.001 0.001 87 K 0.307 0.203 0.223 0.143 0.035 0.041 0.020 0.002 0.025 0.001 0.001 88 A 0.306 0.154 0.221 0.116 0.073 0.056 0.034 0.011 0.022 0.006 0.001 89 R 0.257 0.244 0.205 0.189 0.040 0.032 0.010 0.002 0.018 0.002 0.001 90 N 0.051 0.100 0.407 0.050 0.053 0.145 0.060 0.002 0.114 0.016 0.001 91 R 0.869 0.005 0.072 0.032 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 92 E 0.850 0.007 0.019 0.099 0.005 0.008 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 93 E 0.434 0.045 0.050 0.409 0.009 0.018 0.018 0.003 0.012 0.001 0.001 94 Q 0.457 0.156 0.157 0.130 0.012 0.018 0.048 0.003 0.016 0.001 0.001 95 N 0.362 0.178 0.158 0.119 0.040 0.048 0.065 0.004 0.022 0.003 0.002 96 L 0.484 0.222 0.115 0.102 0.044 0.013 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 97 V 0.280 0.429 0.140 0.055 0.052 0.022 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 98 A 0.182 0.484 0.192 0.047 0.027 0.047 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 99 Y 0.034 0.492 0.230 0.005 0.041 0.022 0.003 0.001 0.172 0.001 0.001 100 P 0.186 0.012 0.718 0.019 0.003 0.038 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 101 H 0.272 0.220 0.146 0.187 0.040 0.035 0.039 0.013 0.040 0.006 0.001 102 D 0.086 0.048 0.239 0.200 0.037 0.020 0.310 0.024 0.009 0.025 0.001 103 G 0.016 0.009 0.020 0.028 0.048 0.004 0.114 0.645 0.002 0.112 0.001 104 K 0.039 0.386 0.435 0.040 0.061 0.017 0.007 0.001 0.010 0.001 0.001 105 I 0.012 0.653 0.268 0.006 0.022 0.025 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 106 F 0.008 0.834 0.110 0.003 0.024 0.015 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 107 F 0.009 0.718 0.127 0.004 0.096 0.024 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 108 C 0.013 0.765 0.112 0.008 0.070 0.017 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 109 T 0.018 0.735 0.092 0.009 0.110 0.012 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 110 S 0.041 0.515 0.233 0.028 0.117 0.038 0.007 0.001 0.017 0.001 0.003 111 Q 0.052 0.589 0.212 0.031 0.063 0.018 0.007 0.001 0.025 0.001 0.001 112 D 0.048 0.295 0.424 0.061 0.031 0.113 0.011 0.001 0.010 0.001 0.007 113 I 0.018 0.503 0.348 0.011 0.031 0.020 0.005 0.001 0.059 0.003 0.001 114 P 0.011 0.037 0.870 0.001 0.004 0.028 0.001 0.001 0.037 0.002 0.008 115 P 0.231 0.005 0.654 0.029 0.004 0.013 0.003 0.001 0.004 0.003 0.055 116 E 0.062 0.027 0.083 0.067 0.047 0.015 0.053 0.578 0.003 0.066 0.001 117 N 0.119 0.217 0.322 0.187 0.084 0.021 0.022 0.006 0.015 0.005 0.001 118 E 0.060 0.483 0.282 0.038 0.086 0.019 0.010 0.001 0.019 0.001 0.001 119 L 0.020 0.725 0.177 0.009 0.032 0.026 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 120 L 0.009 0.657 0.243 0.004 0.013 0.069 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 121 F 0.016 0.806 0.095 0.005 0.025 0.024 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 122 Y 0.024 0.551 0.213 0.016 0.095 0.058 0.005 0.001 0.037 0.001 0.001 123 Y 0.037 0.423 0.239 0.047 0.124 0.075 0.009 0.002 0.041 0.003 0.001 124 S 0.120 0.153 0.431 0.018 0.103 0.080 0.015 0.001 0.063 0.015 0.001 125 R 0.974 0.001 0.011 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 D 0.962 0.002 0.004 0.025 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Y 0.912 0.016 0.004 0.061 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 128 A 0.987 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.982 0.003 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.962 0.004 0.002 0.024 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 131 I 0.125 0.003 0.021 0.829 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 132 G 0.008 0.001 0.007 0.008 0.002 0.002 0.544 0.402 0.001 0.026 0.001 133 V 0.006 0.244 0.673 0.004 0.010 0.011 0.002 0.001 0.049 0.001 0.001 134 P 0.047 0.002 0.884 0.006 0.001 0.033 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 135 E 0.457 0.094 0.245 0.128 0.028 0.024 0.004 0.003 0.013 0.002 0.003