# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 83.5839 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.157 0.141 0.033 0.009 0.297 0.015 0.029 0.100 0.071 0.094 0.055 2 R 0.179 0.151 0.032 0.007 0.415 0.011 0.020 0.056 0.036 0.041 0.052 3 L 0.173 0.134 0.057 0.020 0.270 0.027 0.051 0.052 0.030 0.100 0.085 4 S 0.061 0.357 0.305 0.029 0.146 0.013 0.016 0.012 0.007 0.031 0.022 5 L 0.073 0.311 0.279 0.029 0.152 0.012 0.013 0.050 0.037 0.022 0.021 6 P 0.013 0.153 0.065 0.023 0.033 0.029 0.087 0.303 0.258 0.027 0.009 7 K 0.028 0.051 0.032 0.030 0.039 0.023 0.038 0.201 0.165 0.329 0.064 8 Q 0.090 0.200 0.048 0.007 0.202 0.009 0.018 0.184 0.101 0.099 0.042 9 L 0.149 0.156 0.023 0.006 0.314 0.010 0.022 0.189 0.055 0.043 0.034 10 V 0.231 0.111 0.015 0.004 0.324 0.009 0.023 0.159 0.044 0.043 0.038 11 L 0.190 0.122 0.029 0.010 0.282 0.020 0.034 0.170 0.041 0.049 0.053 12 R 0.143 0.133 0.057 0.022 0.209 0.027 0.042 0.183 0.057 0.060 0.068 13 Q 0.084 0.201 0.071 0.021 0.196 0.022 0.045 0.174 0.065 0.077 0.046 14 S 0.133 0.109 0.104 0.016 0.158 0.011 0.045 0.153 0.071 0.118 0.082 15 I 0.080 0.102 0.108 0.061 0.089 0.061 0.041 0.255 0.070 0.085 0.048 16 V 0.008 0.276 0.095 0.154 0.023 0.118 0.233 0.058 0.020 0.010 0.005 17 G 0.031 0.010 0.023 0.113 0.017 0.018 0.007 0.023 0.028 0.549 0.182 18 A 0.075 0.296 0.091 0.017 0.217 0.015 0.028 0.098 0.078 0.051 0.034 19 E 0.198 0.109 0.040 0.029 0.217 0.030 0.064 0.096 0.048 0.077 0.091 20 V 0.146 0.198 0.070 0.040 0.218 0.043 0.048 0.071 0.040 0.062 0.063 21 G 0.207 0.134 0.049 0.019 0.417 0.020 0.018 0.038 0.017 0.037 0.044 22 V 0.237 0.166 0.046 0.006 0.421 0.006 0.011 0.039 0.017 0.018 0.032 23 W 0.229 0.124 0.037 0.017 0.302 0.026 0.035 0.066 0.027 0.057 0.080 24 T 0.104 0.244 0.080 0.072 0.166 0.055 0.061 0.069 0.043 0.053 0.052 25 G 0.041 0.046 0.056 0.177 0.053 0.104 0.071 0.092 0.099 0.197 0.065 26 E 0.073 0.261 0.144 0.020 0.240 0.013 0.024 0.063 0.062 0.075 0.026 27 T 0.237 0.121 0.024 0.003 0.405 0.006 0.028 0.042 0.034 0.062 0.038 28 I 0.050 0.394 0.314 0.023 0.143 0.013 0.016 0.009 0.006 0.012 0.021 29 P 0.094 0.279 0.278 0.048 0.166 0.025 0.011 0.037 0.020 0.012 0.031 30 V 0.019 0.213 0.064 0.040 0.039 0.053 0.201 0.164 0.160 0.033 0.015 31 R 0.026 0.026 0.033 0.080 0.026 0.024 0.017 0.030 0.047 0.525 0.167 32 T 0.094 0.342 0.087 0.011 0.282 0.010 0.013 0.046 0.028 0.049 0.038 33 C 0.171 0.155 0.057 0.027 0.261 0.019 0.031 0.056 0.036 0.087 0.101 34 F 0.170 0.111 0.076 0.068 0.172 0.050 0.041 0.053 0.045 0.124 0.090 35 G 0.022 0.160 0.215 0.192 0.061 0.096 0.071 0.073 0.051 0.040 0.020 36 P 0.181 0.143 0.113 0.022 0.252 0.010 0.030 0.078 0.063 0.075 0.036 37 L 0.155 0.121 0.031 0.008 0.245 0.013 0.035 0.134 0.125 0.085 0.049 38 I 0.076 0.119 0.046 0.073 0.121 0.104 0.139 0.116 0.065 0.086 0.055 39 G 0.061 0.094 0.121 0.193 0.088 0.071 0.041 0.069 0.058 0.145 0.061 40 Q 0.124 0.163 0.084 0.015 0.285 0.010 0.023 0.096 0.082 0.087 0.031 41 Q 0.165 0.119 0.033 0.008 0.295 0.011 0.033 0.107 0.086 0.089 0.052 42 S 0.097 0.256 0.107 0.033 0.210 0.032 0.040 0.079 0.038 0.059 0.048 43 H 0.091 0.245 0.121 0.034 0.177 0.025 0.032 0.105 0.057 0.070 0.043 44 S 0.089 0.107 0.064 0.017 0.140 0.011 0.022 0.239 0.168 0.100 0.045 45 M 0.025 0.080 0.029 0.010 0.057 0.018 0.048 0.435 0.224 0.055 0.018 46 E 0.076 0.123 0.038 0.007 0.129 0.010 0.044 0.312 0.090 0.137 0.034 47 V 0.102 0.126 0.029 0.005 0.146 0.008 0.019 0.308 0.119 0.097 0.041 48 A 0.030 0.072 0.032 0.019 0.058 0.029 0.051 0.477 0.167 0.046 0.020 49 E 0.030 0.042 0.020 0.008 0.041 0.010 0.051 0.532 0.168 0.080 0.018 50 W 0.038 0.053 0.024 0.006 0.057 0.009 0.045 0.451 0.134 0.158 0.025 51 T 0.040 0.159 0.062 0.015 0.085 0.019 0.032 0.365 0.119 0.079 0.025 52 D 0.058 0.041 0.022 0.011 0.060 0.012 0.034 0.439 0.170 0.119 0.034 53 K 0.024 0.064 0.035 0.012 0.041 0.016 0.054 0.487 0.189 0.064 0.014 54 A 0.057 0.055 0.031 0.013 0.067 0.017 0.069 0.342 0.139 0.171 0.039 55 V 0.082 0.122 0.038 0.011 0.122 0.013 0.033 0.297 0.130 0.111 0.040 56 N 0.062 0.074 0.043 0.037 0.090 0.045 0.076 0.299 0.105 0.120 0.050 57 H 0.119 0.212 0.067 0.011 0.232 0.011 0.024 0.154 0.046 0.084 0.041 58 I 0.278 0.095 0.011 0.003 0.366 0.006 0.022 0.108 0.043 0.025 0.043 59 W 0.229 0.111 0.018 0.004 0.441 0.015 0.027 0.086 0.026 0.013 0.029 60 K 0.186 0.164 0.015 0.002 0.522 0.005 0.009 0.054 0.010 0.011 0.023 61 I 0.255 0.129 0.011 0.001 0.470 0.003 0.010 0.059 0.008 0.020 0.034 62 Y 0.168 0.128 0.152 0.041 0.190 0.032 0.041 0.098 0.021 0.037 0.092 63 H 0.041 0.064 0.089 0.279 0.041 0.207 0.060 0.128 0.033 0.033 0.025 64 N 0.007 0.172 0.095 0.359 0.017 0.115 0.153 0.032 0.019 0.026 0.006 65 G 0.021 0.014 0.027 0.083 0.017 0.014 0.006 0.011 0.029 0.595 0.181 66 V 0.120 0.351 0.050 0.006 0.328 0.006 0.014 0.025 0.029 0.034 0.040 67 L 0.293 0.136 0.022 0.011 0.406 0.015 0.031 0.016 0.011 0.013 0.045 68 E 0.223 0.192 0.036 0.022 0.383 0.033 0.033 0.017 0.009 0.018 0.036 69 F 0.233 0.085 0.008 0.002 0.654 0.003 0.002 0.003 0.001 0.003 0.006 70 C 0.364 0.027 0.002 0.001 0.588 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.012 71 I 0.244 0.138 0.019 0.005 0.477 0.007 0.007 0.011 0.007 0.010 0.075 72 I 0.287 0.095 0.017 0.007 0.363 0.012 0.014 0.017 0.012 0.046 0.130 73 T 0.169 0.139 0.056 0.022 0.237 0.018 0.027 0.070 0.047 0.126 0.088 74 T 0.049 0.185 0.107 0.105 0.110 0.091 0.100 0.076 0.044 0.102 0.031 75 D 0.162 0.200 0.183 0.015 0.330 0.005 0.006 0.031 0.021 0.030 0.017 76 E 0.015 0.031 0.011 0.005 0.025 0.014 0.034 0.421 0.403 0.029 0.011 77 N 0.035 0.083 0.049 0.022 0.057 0.031 0.127 0.320 0.138 0.112 0.025 78 E 0.049 0.042 0.020 0.009 0.052 0.010 0.024 0.319 0.177 0.243 0.054 79 C 0.057 0.098 0.042 0.019 0.107 0.020 0.031 0.430 0.096 0.069 0.030 80 N 0.087 0.084 0.046 0.015 0.120 0.021 0.025 0.406 0.101 0.064 0.031 81 W 0.091 0.090 0.009 0.002 0.122 0.004 0.017 0.470 0.078 0.085 0.033 82 M 0.220 0.062 0.008 0.004 0.270 0.009 0.031 0.261 0.082 0.018 0.035 83 M 0.085 0.122 0.016 0.005 0.201 0.020 0.041 0.404 0.058 0.025 0.022 84 F 0.253 0.088 0.008 0.002 0.302 0.005 0.025 0.200 0.030 0.051 0.037 85 V 0.234 0.105 0.019 0.006 0.330 0.014 0.036 0.113 0.045 0.041 0.057 86 R 0.065 0.299 0.090 0.028 0.209 0.030 0.042 0.143 0.057 0.015 0.022 87 K 0.111 0.064 0.019 0.006 0.142 0.013 0.061 0.232 0.162 0.136 0.055 88 A 0.092 0.179 0.075 0.010 0.194 0.011 0.035 0.159 0.080 0.116 0.049 89 R 0.056 0.156 0.073 0.061 0.101 0.078 0.108 0.141 0.059 0.125 0.042 90 N 0.065 0.361 0.243 0.018 0.177 0.005 0.006 0.044 0.022 0.040 0.019 91 R 0.014 0.020 0.007 0.003 0.024 0.005 0.020 0.432 0.438 0.028 0.010 92 E 0.018 0.037 0.016 0.006 0.037 0.013 0.055 0.500 0.234 0.070 0.013 93 E 0.152 0.058 0.011 0.002 0.154 0.006 0.038 0.347 0.101 0.097 0.035 94 Q 0.102 0.216 0.033 0.005 0.270 0.014 0.029 0.207 0.050 0.048 0.025 95 N 0.256 0.085 0.013 0.006 0.341 0.010 0.019 0.132 0.037 0.052 0.050 96 L 0.179 0.086 0.022 0.005 0.250 0.013 0.036 0.186 0.124 0.040 0.058 97 V 0.150 0.092 0.035 0.009 0.230 0.025 0.112 0.148 0.075 0.056 0.068 98 A 0.142 0.260 0.049 0.003 0.387 0.005 0.019 0.047 0.016 0.038 0.034 99 Y 0.155 0.277 0.049 0.004 0.429 0.006 0.012 0.014 0.005 0.017 0.031 100 P 0.149 0.179 0.321 0.046 0.143 0.021 0.018 0.041 0.015 0.024 0.044 101 H 0.013 0.041 0.076 0.338 0.019 0.225 0.103 0.107 0.046 0.022 0.010 102 D 0.017 0.180 0.117 0.355 0.035 0.078 0.112 0.026 0.017 0.053 0.010 103 G 0.015 0.022 0.030 0.093 0.017 0.025 0.010 0.012 0.035 0.602 0.137 104 K 0.086 0.445 0.041 0.004 0.380 0.003 0.005 0.005 0.006 0.011 0.013 105 I 0.340 0.033 0.002 0.001 0.615 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 106 F 0.224 0.095 0.009 0.002 0.641 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 107 F 0.437 0.029 0.003 0.001 0.488 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.031 108 C 0.170 0.258 0.044 0.009 0.448 0.010 0.008 0.004 0.003 0.010 0.036 109 T 0.296 0.148 0.017 0.003 0.463 0.004 0.006 0.005 0.005 0.013 0.041 110 S 0.204 0.171 0.032 0.008 0.405 0.016 0.010 0.017 0.037 0.041 0.058 111 Q 0.066 0.322 0.088 0.016 0.252 0.034 0.052 0.047 0.064 0.028 0.031 112 D 0.191 0.146 0.067 0.006 0.349 0.007 0.025 0.014 0.017 0.110 0.068 113 I 0.020 0.478 0.416 0.005 0.057 0.002 0.003 0.001 0.002 0.008 0.008 114 P 0.004 0.389 0.570 0.013 0.014 0.003 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 115 P 0.007 0.254 0.076 0.018 0.019 0.020 0.130 0.146 0.312 0.014 0.003 116 E 0.012 0.014 0.013 0.029 0.015 0.012 0.012 0.051 0.088 0.698 0.055 117 N 0.070 0.293 0.086 0.016 0.234 0.020 0.029 0.056 0.059 0.093 0.043 118 E 0.242 0.151 0.019 0.005 0.479 0.008 0.013 0.016 0.008 0.024 0.035 119 L 0.281 0.073 0.004 0.001 0.613 0.003 0.005 0.004 0.004 0.002 0.010 120 L 0.207 0.050 0.003 0.001 0.717 0.004 0.003 0.003 0.001 0.002 0.010 121 F 0.322 0.055 0.005 0.001 0.549 0.003 0.002 0.004 0.002 0.007 0.050 122 Y 0.220 0.124 0.038 0.008 0.442 0.010 0.013 0.012 0.005 0.027 0.101 123 Y 0.113 0.308 0.108 0.033 0.203 0.027 0.027 0.026 0.017 0.077 0.063 124 S 0.033 0.454 0.294 0.016 0.104 0.004 0.005 0.041 0.020 0.015 0.014 125 R 0.002 0.012 0.004 0.002 0.003 0.004 0.015 0.667 0.281 0.007 0.003 126 D 0.004 0.019 0.007 0.002 0.007 0.004 0.019 0.776 0.094 0.064 0.004 127 Y 0.011 0.025 0.002 0.001 0.014 0.001 0.005 0.753 0.132 0.051 0.005 128 A 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.775 0.186 0.019 0.001 129 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.694 0.270 0.004 0.001 130 Q 0.005 0.004 0.006 0.001 0.004 0.005 0.238 0.556 0.124 0.055 0.003 131 I 0.003 0.801 0.121 0.005 0.019 0.008 0.021 0.009 0.004 0.008 0.003 132 G 0.033 0.013 0.016 0.029 0.016 0.007 0.003 0.004 0.007 0.465 0.406 133 V 0.030 0.550 0.241 0.010 0.129 0.004 0.004 0.005 0.005 0.014 0.008 134 P 0.038 0.502 0.218 0.017 0.139 0.006 0.017 0.022 0.025 0.007 0.009 135 E 0.042 0.077 0.043 0.022 0.062 0.032 0.078 0.213 0.327 0.077 0.027