# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.012 0.018 0.443 0.010 0.064 0.155 0.002 0.001 0.012 0.089 0.074 0.067 0.053 2 R 0.010 0.015 0.371 0.009 0.098 0.165 0.002 0.001 0.010 0.070 0.149 0.022 0.079 3 L 0.007 0.016 0.348 0.006 0.082 0.132 0.002 0.001 0.011 0.113 0.184 0.065 0.034 4 S 0.005 0.029 0.380 0.007 0.062 0.064 0.002 0.001 0.011 0.157 0.168 0.021 0.094 5 L 0.002 0.020 0.629 0.003 0.009 0.011 0.001 0.001 0.008 0.206 0.035 0.054 0.023 6 P 0.001 0.008 0.778 0.009 0.020 0.007 0.001 0.001 0.008 0.072 0.054 0.007 0.037 7 K 0.002 0.011 0.270 0.036 0.106 0.026 0.001 0.001 0.012 0.153 0.341 0.029 0.013 8 Q 0.010 0.017 0.406 0.032 0.069 0.017 0.005 0.002 0.056 0.114 0.151 0.029 0.092 9 L 0.055 0.019 0.315 0.025 0.015 0.006 0.015 0.011 0.151 0.038 0.006 0.146 0.197 10 V 0.064 0.014 0.083 0.015 0.002 0.003 0.034 0.022 0.344 0.009 0.002 0.243 0.162 11 L 0.110 0.016 0.063 0.022 0.006 0.004 0.052 0.040 0.214 0.007 0.004 0.039 0.421 12 R 0.047 0.005 0.098 0.084 0.005 0.006 0.016 0.014 0.195 0.017 0.006 0.470 0.039 13 Q 0.030 0.011 0.158 0.007 0.010 0.010 0.012 0.010 0.128 0.033 0.023 0.038 0.532 14 S 0.017 0.020 0.359 0.019 0.013 0.011 0.007 0.009 0.079 0.098 0.036 0.251 0.081 15 I 0.014 0.022 0.392 0.009 0.015 0.013 0.005 0.005 0.042 0.126 0.057 0.096 0.205 16 V 0.005 0.029 0.279 0.009 0.032 0.018 0.002 0.002 0.007 0.171 0.339 0.032 0.075 17 G 0.004 0.017 0.255 0.017 0.031 0.013 0.001 0.001 0.003 0.212 0.382 0.033 0.030 18 A 0.008 0.014 0.215 0.017 0.049 0.023 0.001 0.001 0.002 0.300 0.282 0.020 0.068 19 E 0.024 0.019 0.192 0.020 0.037 0.040 0.003 0.001 0.004 0.228 0.310 0.052 0.068 20 V 0.091 0.021 0.261 0.021 0.028 0.043 0.011 0.004 0.011 0.113 0.104 0.083 0.209 21 G 0.177 0.015 0.188 0.023 0.014 0.037 0.016 0.005 0.015 0.049 0.026 0.256 0.180 22 V 0.370 0.013 0.074 0.021 0.015 0.036 0.039 0.008 0.019 0.016 0.013 0.156 0.219 23 W 0.419 0.012 0.051 0.056 0.022 0.030 0.033 0.006 0.016 0.014 0.016 0.155 0.169 24 T 0.217 0.010 0.134 0.039 0.033 0.039 0.018 0.003 0.017 0.034 0.057 0.120 0.280 25 G 0.109 0.008 0.244 0.037 0.053 0.027 0.007 0.001 0.008 0.080 0.131 0.096 0.198 26 E 0.058 0.009 0.223 0.010 0.029 0.018 0.003 0.001 0.009 0.097 0.086 0.380 0.077 27 T 0.023 0.043 0.278 0.004 0.042 0.018 0.003 0.001 0.008 0.091 0.105 0.023 0.360 28 I 0.005 0.031 0.484 0.005 0.009 0.006 0.001 0.001 0.007 0.219 0.041 0.174 0.019 29 P 0.002 0.016 0.653 0.008 0.016 0.006 0.001 0.001 0.007 0.106 0.060 0.012 0.113 30 V 0.001 0.007 0.095 0.021 0.049 0.009 0.001 0.001 0.002 0.105 0.696 0.008 0.007 31 R 0.004 0.007 0.189 0.029 0.041 0.005 0.001 0.001 0.006 0.289 0.376 0.032 0.018 32 T 0.046 0.019 0.395 0.015 0.021 0.005 0.007 0.004 0.024 0.153 0.023 0.071 0.216 33 C 0.153 0.022 0.099 0.007 0.004 0.004 0.070 0.033 0.156 0.025 0.008 0.221 0.198 34 F 0.216 0.030 0.091 0.024 0.004 0.006 0.142 0.066 0.094 0.017 0.009 0.054 0.248 35 G 0.064 0.012 0.255 0.034 0.003 0.004 0.017 0.017 0.071 0.036 0.007 0.394 0.086 36 P 0.077 0.015 0.227 0.030 0.015 0.015 0.025 0.015 0.072 0.062 0.047 0.059 0.341 37 L 0.056 0.017 0.247 0.061 0.045 0.023 0.014 0.007 0.061 0.106 0.079 0.187 0.098 38 I 0.032 0.009 0.207 0.037 0.052 0.030 0.012 0.003 0.030 0.136 0.241 0.032 0.179 39 G 0.032 0.008 0.312 0.028 0.038 0.016 0.005 0.004 0.011 0.174 0.209 0.109 0.055 40 Q 0.082 0.022 0.257 0.010 0.045 0.043 0.010 0.003 0.022 0.113 0.067 0.164 0.160 41 Q 0.087 0.054 0.221 0.005 0.027 0.023 0.010 0.003 0.028 0.046 0.046 0.071 0.379 42 S 0.038 0.044 0.442 0.026 0.011 0.023 0.007 0.001 0.023 0.089 0.022 0.195 0.079 43 H 0.006 0.014 0.637 0.008 0.005 0.028 0.001 0.001 0.009 0.107 0.029 0.029 0.126 44 S 0.004 0.005 0.135 0.008 0.044 0.631 0.001 0.001 0.001 0.055 0.086 0.010 0.021 45 M 0.003 0.002 0.035 0.003 0.088 0.775 0.001 0.001 0.001 0.013 0.056 0.015 0.008 46 E 0.005 0.003 0.041 0.001 0.102 0.770 0.001 0.001 0.002 0.009 0.024 0.007 0.034 47 V 0.006 0.004 0.043 0.003 0.071 0.821 0.001 0.001 0.002 0.007 0.019 0.008 0.013 48 A 0.007 0.003 0.036 0.004 0.070 0.768 0.001 0.001 0.001 0.011 0.080 0.008 0.011 49 E 0.004 0.003 0.036 0.002 0.063 0.727 0.001 0.001 0.001 0.014 0.130 0.005 0.015 50 W 0.003 0.005 0.096 0.002 0.037 0.682 0.001 0.001 0.001 0.038 0.107 0.010 0.018 51 T 0.003 0.006 0.279 0.002 0.032 0.486 0.001 0.001 0.002 0.056 0.095 0.017 0.021 52 D 0.002 0.008 0.241 0.002 0.036 0.472 0.001 0.001 0.003 0.068 0.139 0.013 0.017 53 K 0.001 0.005 0.119 0.002 0.038 0.447 0.001 0.001 0.002 0.076 0.299 0.004 0.007 54 A 0.001 0.007 0.178 0.002 0.051 0.320 0.001 0.001 0.002 0.083 0.338 0.007 0.011 55 V 0.003 0.011 0.222 0.006 0.073 0.255 0.001 0.001 0.004 0.128 0.242 0.015 0.041 56 N 0.009 0.013 0.252 0.021 0.047 0.134 0.001 0.001 0.007 0.199 0.215 0.054 0.048 57 H 0.031 0.013 0.271 0.027 0.040 0.132 0.003 0.001 0.013 0.112 0.148 0.046 0.161 58 I 0.094 0.012 0.211 0.043 0.026 0.128 0.011 0.003 0.031 0.072 0.080 0.133 0.157 59 W 0.246 0.006 0.106 0.038 0.017 0.088 0.025 0.008 0.028 0.027 0.020 0.145 0.245 60 K 0.404 0.004 0.035 0.024 0.008 0.047 0.027 0.008 0.019 0.007 0.006 0.260 0.151 61 I 0.459 0.004 0.023 0.014 0.008 0.048 0.044 0.010 0.022 0.005 0.008 0.093 0.263 62 Y 0.329 0.009 0.085 0.043 0.021 0.074 0.032 0.008 0.023 0.017 0.034 0.162 0.162 63 H 0.112 0.007 0.141 0.025 0.026 0.052 0.010 0.003 0.017 0.075 0.113 0.196 0.223 64 N 0.021 0.007 0.171 0.016 0.021 0.021 0.002 0.001 0.005 0.178 0.336 0.062 0.158 65 G 0.007 0.008 0.223 0.012 0.013 0.007 0.001 0.001 0.004 0.310 0.302 0.072 0.040 66 V 0.010 0.019 0.437 0.020 0.019 0.010 0.002 0.001 0.009 0.223 0.131 0.037 0.083 67 L 0.022 0.024 0.304 0.042 0.041 0.026 0.005 0.003 0.022 0.187 0.175 0.061 0.089 68 E 0.089 0.017 0.236 0.125 0.029 0.019 0.016 0.010 0.030 0.104 0.072 0.108 0.144 69 F 0.249 0.007 0.051 0.034 0.007 0.010 0.073 0.033 0.074 0.028 0.010 0.227 0.197 70 C 0.329 0.006 0.026 0.019 0.003 0.005 0.155 0.090 0.082 0.007 0.004 0.071 0.202 71 I 0.343 0.008 0.046 0.014 0.003 0.005 0.107 0.078 0.106 0.008 0.003 0.193 0.087 72 I 0.122 0.013 0.196 0.016 0.004 0.006 0.041 0.029 0.148 0.039 0.012 0.116 0.257 73 T 0.026 0.021 0.435 0.009 0.008 0.008 0.010 0.010 0.056 0.158 0.078 0.076 0.102 74 T 0.006 0.025 0.472 0.008 0.012 0.008 0.003 0.002 0.021 0.274 0.113 0.023 0.033 75 D 0.002 0.014 0.516 0.002 0.030 0.024 0.001 0.001 0.006 0.262 0.116 0.008 0.019 76 E 0.001 0.008 0.123 0.002 0.117 0.085 0.001 0.001 0.001 0.147 0.508 0.003 0.006 77 N 0.001 0.014 0.133 0.002 0.098 0.091 0.001 0.001 0.001 0.215 0.434 0.006 0.004 78 E 0.002 0.021 0.272 0.002 0.082 0.200 0.001 0.001 0.002 0.217 0.181 0.004 0.017 79 C 0.003 0.021 0.255 0.003 0.029 0.355 0.001 0.001 0.003 0.182 0.126 0.011 0.010 80 N 0.003 0.014 0.205 0.005 0.020 0.579 0.001 0.001 0.002 0.100 0.047 0.009 0.016 81 W 0.003 0.002 0.018 0.002 0.023 0.920 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.002 0.007 82 M 0.007 0.001 0.009 0.005 0.055 0.889 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.003 0.004 83 M 0.014 0.001 0.006 0.004 0.071 0.858 0.002 0.002 0.001 0.004 0.027 0.004 0.007 84 F 0.028 0.002 0.008 0.004 0.067 0.820 0.003 0.002 0.003 0.005 0.043 0.005 0.010 85 V 0.028 0.003 0.029 0.009 0.075 0.727 0.003 0.002 0.004 0.020 0.078 0.007 0.015 86 R 0.013 0.007 0.117 0.006 0.063 0.447 0.002 0.001 0.012 0.078 0.218 0.018 0.019 87 K 0.004 0.008 0.305 0.002 0.034 0.194 0.001 0.001 0.012 0.173 0.237 0.008 0.022 88 A 0.001 0.013 0.463 0.001 0.024 0.106 0.001 0.001 0.010 0.207 0.151 0.013 0.008 89 R 0.001 0.020 0.337 0.001 0.019 0.074 0.001 0.001 0.006 0.363 0.169 0.004 0.007 90 N 0.001 0.010 0.611 0.001 0.024 0.069 0.001 0.001 0.002 0.217 0.060 0.003 0.004 91 R 0.001 0.004 0.064 0.002 0.205 0.218 0.001 0.001 0.001 0.071 0.430 0.001 0.003 92 E 0.001 0.010 0.141 0.003 0.161 0.102 0.001 0.001 0.001 0.116 0.451 0.007 0.006 93 E 0.008 0.012 0.261 0.007 0.269 0.173 0.001 0.001 0.004 0.090 0.096 0.012 0.065 94 Q 0.046 0.025 0.264 0.025 0.068 0.093 0.003 0.001 0.009 0.110 0.144 0.112 0.101 95 N 0.134 0.017 0.211 0.026 0.044 0.043 0.006 0.001 0.010 0.046 0.077 0.095 0.290 96 L 0.289 0.005 0.110 0.023 0.011 0.017 0.007 0.001 0.015 0.019 0.010 0.250 0.243 97 V 0.428 0.003 0.050 0.011 0.003 0.006 0.011 0.001 0.008 0.005 0.004 0.261 0.209 98 A 0.467 0.005 0.036 0.004 0.003 0.004 0.010 0.001 0.005 0.003 0.002 0.131 0.330 99 Y 0.266 0.006 0.087 0.008 0.002 0.004 0.008 0.001 0.007 0.009 0.003 0.403 0.198 100 P 0.086 0.005 0.194 0.006 0.008 0.004 0.003 0.001 0.004 0.018 0.037 0.104 0.531 101 H 0.007 0.001 0.048 0.027 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.708 0.084 0.032 102 D 0.001 0.001 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.182 0.765 0.011 0.013 103 G 0.010 0.004 0.114 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.550 0.227 0.056 0.026 104 K 0.176 0.018 0.241 0.010 0.001 0.001 0.012 0.002 0.010 0.050 0.010 0.167 0.303 105 I 0.396 0.004 0.021 0.007 0.001 0.001 0.113 0.019 0.020 0.003 0.001 0.094 0.323 106 F 0.634 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 0.121 0.017 0.008 0.001 0.001 0.126 0.035 107 F 0.732 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.139 0.016 0.010 0.001 0.001 0.037 0.056 108 C 0.780 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.091 0.010 0.008 0.001 0.001 0.039 0.045 109 T 0.593 0.001 0.012 0.013 0.002 0.001 0.069 0.011 0.035 0.002 0.002 0.078 0.180 110 S 0.343 0.006 0.113 0.023 0.025 0.005 0.029 0.005 0.041 0.019 0.035 0.105 0.252 111 Q 0.078 0.008 0.276 0.008 0.035 0.003 0.005 0.002 0.038 0.076 0.063 0.330 0.076 112 D 0.006 0.028 0.368 0.004 0.040 0.003 0.002 0.001 0.012 0.192 0.157 0.019 0.168 113 I 0.001 0.039 0.276 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.553 0.080 0.036 0.008 114 P 0.001 0.006 0.917 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 0.003 0.002 0.008 115 P 0.001 0.003 0.055 0.010 0.166 0.003 0.001 0.001 0.001 0.054 0.700 0.002 0.006 116 E 0.001 0.001 0.034 0.006 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.831 0.003 0.002 117 N 0.025 0.021 0.484 0.026 0.018 0.001 0.002 0.001 0.012 0.185 0.010 0.137 0.078 118 E 0.166 0.015 0.070 0.007 0.002 0.002 0.042 0.012 0.077 0.012 0.003 0.066 0.528 119 L 0.439 0.005 0.014 0.033 0.001 0.002 0.124 0.037 0.042 0.004 0.001 0.209 0.090 120 L 0.504 0.002 0.009 0.020 0.001 0.002 0.125 0.032 0.039 0.001 0.001 0.085 0.179 121 F 0.465 0.002 0.019 0.008 0.001 0.002 0.071 0.016 0.033 0.002 0.001 0.240 0.139 122 Y 0.240 0.006 0.127 0.030 0.004 0.008 0.045 0.011 0.077 0.019 0.011 0.179 0.243 123 Y 0.098 0.011 0.266 0.016 0.015 0.023 0.012 0.003 0.028 0.098 0.095 0.100 0.233 124 S 0.019 0.011 0.329 0.013 0.025 0.061 0.002 0.001 0.009 0.187 0.220 0.053 0.069 125 R 0.009 0.011 0.248 0.004 0.086 0.212 0.001 0.001 0.002 0.182 0.177 0.024 0.044 126 D 0.005 0.010 0.211 0.003 0.116 0.440 0.001 0.001 0.001 0.082 0.095 0.017 0.019 127 Y 0.003 0.004 0.045 0.001 0.116 0.749 0.001 0.001 0.001 0.019 0.049 0.003 0.010 128 A 0.002 0.004 0.029 0.002 0.125 0.747 0.001 0.001 0.001 0.009 0.076 0.003 0.003 129 Q 0.002 0.004 0.030 0.001 0.126 0.708 0.001 0.001 0.001 0.009 0.113 0.003 0.004 130 Q 0.002 0.004 0.061 0.001 0.089 0.654 0.001 0.001 0.001 0.017 0.163 0.002 0.007 131 I 0.001 0.003 0.085 0.001 0.050 0.296 0.001 0.001 0.001 0.040 0.515 0.004 0.003 132 G 0.001 0.006 0.158 0.001 0.019 0.039 0.001 0.001 0.001 0.121 0.647 0.003 0.006 133 V 0.001 0.011 0.777 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.005 0.163 0.022 0.010 0.004 134 P 0.001 0.010 0.904 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.009 0.049 0.013 0.002 0.009 135 E 0.001 0.015 0.803 0.001 0.010 0.006 0.001 0.001 0.016 0.101 0.037 0.005 0.005