# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.069 0.056 0.134 0.240 0.007 0.082 0.013 0.009 0.006 0.004 0.047 0.081 0.215 0.006 0.010 0.021 2 R 0.029 0.078 0.205 0.241 0.015 0.073 0.033 0.010 0.007 0.004 0.042 0.040 0.152 0.029 0.011 0.032 3 L 0.023 0.061 0.182 0.412 0.007 0.035 0.016 0.022 0.007 0.003 0.035 0.028 0.117 0.004 0.027 0.022 4 S 0.029 0.079 0.241 0.374 0.009 0.041 0.015 0.004 0.019 0.006 0.008 0.013 0.054 0.004 0.004 0.100 5 L 0.075 0.043 0.238 0.493 0.015 0.046 0.013 0.005 0.002 0.003 0.013 0.008 0.030 0.002 0.003 0.010 6 P 0.008 0.048 0.085 0.126 0.048 0.583 0.016 0.011 0.002 0.006 0.019 0.014 0.023 0.004 0.002 0.003 7 K 0.008 0.181 0.017 0.209 0.002 0.079 0.001 0.071 0.008 0.003 0.376 0.015 0.018 0.001 0.006 0.004 8 Q 0.021 0.257 0.072 0.324 0.001 0.015 0.002 0.002 0.092 0.004 0.007 0.160 0.018 0.001 0.003 0.020 9 L 0.075 0.013 0.464 0.377 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.028 0.001 0.001 0.011 10 V 0.006 0.011 0.421 0.508 0.006 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.010 0.001 0.001 0.002 11 L 0.002 0.030 0.032 0.862 0.011 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.044 0.021 0.781 0.033 0.078 0.003 0.007 0.003 0.002 0.011 0.003 0.008 0.001 0.001 0.002 13 Q 0.010 0.069 0.045 0.685 0.021 0.055 0.003 0.036 0.007 0.003 0.034 0.006 0.016 0.001 0.003 0.005 14 S 0.017 0.081 0.086 0.451 0.026 0.169 0.004 0.013 0.022 0.023 0.029 0.042 0.025 0.001 0.002 0.009 15 I 0.014 0.025 0.023 0.077 0.580 0.063 0.083 0.005 0.002 0.003 0.053 0.013 0.014 0.043 0.001 0.004 16 V 0.003 0.049 0.021 0.063 0.012 0.029 0.002 0.658 0.003 0.001 0.026 0.022 0.012 0.002 0.094 0.001 17 G 0.003 0.036 0.017 0.046 0.029 0.043 0.024 0.009 0.333 0.242 0.029 0.021 0.025 0.013 0.004 0.125 18 A 0.549 0.052 0.042 0.085 0.002 0.024 0.006 0.044 0.011 0.004 0.058 0.036 0.039 0.001 0.040 0.009 19 E 0.036 0.123 0.473 0.091 0.004 0.027 0.015 0.003 0.054 0.015 0.007 0.040 0.019 0.006 0.003 0.086 20 V 0.153 0.035 0.233 0.517 0.001 0.010 0.002 0.008 0.003 0.001 0.008 0.005 0.013 0.001 0.006 0.006 21 G 0.010 0.009 0.438 0.465 0.006 0.036 0.002 0.001 0.004 0.003 0.004 0.003 0.011 0.001 0.001 0.008 22 V 0.017 0.022 0.042 0.872 0.008 0.017 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 23 W 0.002 0.022 0.023 0.781 0.094 0.056 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 24 T 0.003 0.037 0.029 0.504 0.020 0.234 0.002 0.119 0.003 0.003 0.019 0.003 0.012 0.001 0.009 0.001 25 G 0.004 0.263 0.038 0.494 0.006 0.031 0.002 0.010 0.042 0.024 0.050 0.011 0.009 0.001 0.001 0.013 26 E 0.174 0.028 0.057 0.547 0.018 0.045 0.010 0.013 0.010 0.005 0.028 0.039 0.015 0.003 0.004 0.004 27 T 0.012 0.096 0.442 0.327 0.009 0.036 0.006 0.007 0.007 0.002 0.009 0.007 0.013 0.001 0.003 0.023 28 I 0.026 0.037 0.107 0.643 0.074 0.048 0.010 0.004 0.004 0.007 0.008 0.011 0.011 0.001 0.001 0.008 29 P 0.002 0.006 0.007 0.017 0.718 0.127 0.073 0.004 0.001 0.002 0.007 0.002 0.003 0.031 0.001 0.001 30 V 0.001 0.014 0.001 0.008 0.001 0.019 0.001 0.815 0.003 0.001 0.066 0.003 0.002 0.001 0.066 0.001 31 R 0.002 0.052 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.813 0.024 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 0.075 32 T 0.901 0.004 0.064 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 33 C 0.003 0.001 0.888 0.015 0.005 0.078 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 34 F 0.002 0.400 0.036 0.503 0.002 0.010 0.001 0.024 0.001 0.001 0.015 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 35 G 0.002 0.008 0.010 0.813 0.017 0.073 0.002 0.001 0.028 0.013 0.007 0.015 0.006 0.001 0.001 0.004 36 P 0.042 0.052 0.241 0.479 0.024 0.044 0.003 0.024 0.001 0.001 0.035 0.008 0.042 0.001 0.002 0.002 37 L 0.003 0.029 0.024 0.306 0.224 0.241 0.029 0.009 0.008 0.013 0.036 0.030 0.014 0.029 0.001 0.005 38 I 0.012 0.193 0.045 0.348 0.005 0.036 0.003 0.206 0.005 0.001 0.024 0.025 0.026 0.001 0.069 0.002 39 G 0.006 0.050 0.063 0.370 0.003 0.063 0.004 0.005 0.151 0.073 0.031 0.026 0.048 0.002 0.002 0.102 40 Q 0.384 0.031 0.117 0.345 0.005 0.014 0.005 0.004 0.002 0.001 0.032 0.022 0.028 0.002 0.002 0.007 41 Q 0.015 0.045 0.291 0.373 0.025 0.129 0.014 0.004 0.003 0.003 0.012 0.019 0.044 0.006 0.003 0.013 42 S 0.007 0.153 0.112 0.590 0.013 0.042 0.007 0.012 0.002 0.002 0.013 0.009 0.026 0.001 0.004 0.007 43 H 0.004 0.026 0.010 0.077 0.003 0.792 0.001 0.009 0.003 0.008 0.011 0.019 0.032 0.001 0.001 0.002 44 S 0.003 0.010 0.007 0.013 0.001 0.076 0.001 0.004 0.001 0.002 0.819 0.015 0.044 0.001 0.001 0.001 45 M 0.003 0.054 0.008 0.023 0.001 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.063 0.768 0.065 0.001 0.002 0.001 46 E 0.006 0.009 0.035 0.044 0.001 0.037 0.007 0.002 0.003 0.001 0.011 0.094 0.710 0.011 0.005 0.025 47 V 0.002 0.005 0.072 0.021 0.001 0.029 0.012 0.001 0.001 0.001 0.033 0.014 0.793 0.002 0.008 0.005 48 A 0.002 0.015 0.022 0.027 0.002 0.026 0.010 0.005 0.001 0.001 0.043 0.046 0.773 0.008 0.005 0.015 49 E 0.014 0.015 0.022 0.063 0.002 0.016 0.009 0.007 0.005 0.001 0.031 0.041 0.694 0.027 0.018 0.036 50 W 0.009 0.021 0.104 0.035 0.004 0.021 0.037 0.003 0.003 0.001 0.016 0.022 0.588 0.036 0.024 0.075 51 T 0.013 0.023 0.126 0.032 0.003 0.054 0.035 0.009 0.001 0.001 0.029 0.025 0.568 0.013 0.036 0.031 52 D 0.012 0.025 0.041 0.026 0.005 0.118 0.020 0.011 0.004 0.004 0.117 0.047 0.499 0.018 0.014 0.037 53 K 0.021 0.099 0.038 0.035 0.002 0.016 0.009 0.011 0.005 0.002 0.159 0.111 0.429 0.010 0.022 0.031 54 A 0.020 0.021 0.069 0.021 0.012 0.063 0.063 0.005 0.007 0.004 0.028 0.123 0.446 0.056 0.017 0.045 55 V 0.016 0.041 0.173 0.026 0.004 0.033 0.036 0.025 0.002 0.001 0.087 0.027 0.408 0.011 0.086 0.025 56 N 0.017 0.077 0.112 0.066 0.003 0.052 0.020 0.012 0.021 0.010 0.038 0.111 0.320 0.007 0.023 0.112 57 H 0.115 0.047 0.144 0.101 0.003 0.053 0.014 0.007 0.010 0.004 0.068 0.045 0.318 0.007 0.010 0.054 58 I 0.031 0.094 0.290 0.172 0.002 0.060 0.009 0.006 0.004 0.001 0.036 0.050 0.217 0.003 0.008 0.018 59 W 0.012 0.112 0.225 0.381 0.001 0.039 0.004 0.003 0.003 0.001 0.012 0.029 0.160 0.001 0.004 0.013 60 K 0.009 0.015 0.135 0.694 0.004 0.022 0.002 0.002 0.002 0.001 0.021 0.005 0.079 0.002 0.001 0.008 61 I 0.009 0.020 0.180 0.573 0.033 0.045 0.011 0.003 0.001 0.001 0.010 0.010 0.093 0.003 0.002 0.006 62 Y 0.004 0.039 0.053 0.515 0.176 0.091 0.016 0.009 0.002 0.002 0.009 0.007 0.055 0.011 0.002 0.008 63 H 0.002 0.013 0.008 0.056 0.661 0.047 0.080 0.027 0.002 0.003 0.014 0.003 0.011 0.067 0.003 0.003 64 N 0.003 0.051 0.011 0.032 0.006 0.019 0.002 0.705 0.014 0.007 0.020 0.006 0.007 0.001 0.109 0.006 65 G 0.026 0.028 0.021 0.039 0.005 0.016 0.006 0.012 0.384 0.254 0.039 0.021 0.013 0.002 0.003 0.132 66 V 0.623 0.075 0.082 0.053 0.004 0.039 0.011 0.007 0.006 0.003 0.018 0.046 0.018 0.002 0.007 0.007 67 L 0.028 0.120 0.443 0.147 0.004 0.107 0.009 0.014 0.010 0.003 0.033 0.027 0.023 0.003 0.009 0.020 68 E 0.030 0.197 0.221 0.490 0.001 0.008 0.002 0.004 0.012 0.001 0.004 0.012 0.005 0.001 0.003 0.010 69 F 0.021 0.008 0.236 0.711 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 70 C 0.008 0.005 0.288 0.685 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.005 0.020 0.964 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 I 0.001 0.013 0.009 0.811 0.014 0.148 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 T 0.003 0.083 0.010 0.570 0.037 0.228 0.001 0.008 0.002 0.003 0.050 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 74 T 0.005 0.284 0.024 0.365 0.016 0.143 0.002 0.026 0.007 0.005 0.052 0.066 0.003 0.001 0.001 0.001 75 D 0.004 0.039 0.021 0.065 0.040 0.550 0.010 0.015 0.008 0.011 0.123 0.077 0.029 0.003 0.003 0.003 76 E 0.005 0.099 0.026 0.037 0.015 0.030 0.011 0.035 0.005 0.003 0.568 0.089 0.052 0.009 0.011 0.006 77 N 0.011 0.055 0.032 0.033 0.011 0.046 0.021 0.026 0.023 0.010 0.049 0.458 0.116 0.016 0.060 0.031 78 E 0.053 0.035 0.147 0.029 0.010 0.014 0.030 0.017 0.022 0.010 0.069 0.029 0.240 0.026 0.058 0.211 79 C 0.087 0.020 0.139 0.032 0.004 0.113 0.018 0.019 0.012 0.021 0.042 0.109 0.314 0.004 0.025 0.040 80 N 0.030 0.040 0.037 0.015 0.003 0.159 0.008 0.006 0.005 0.008 0.196 0.084 0.386 0.002 0.003 0.020 81 W 0.014 0.022 0.017 0.031 0.001 0.030 0.001 0.006 0.003 0.001 0.259 0.255 0.352 0.001 0.003 0.005 82 M 0.003 0.016 0.043 0.027 0.001 0.018 0.003 0.001 0.002 0.001 0.024 0.271 0.584 0.001 0.002 0.004 83 M 0.001 0.007 0.016 0.067 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.863 0.001 0.001 0.003 84 F 0.001 0.013 0.027 0.097 0.001 0.020 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 0.807 0.001 0.001 0.007 85 V 0.005 0.011 0.052 0.256 0.011 0.021 0.030 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.564 0.023 0.002 0.010 86 R 0.003 0.027 0.051 0.227 0.022 0.077 0.022 0.010 0.001 0.001 0.009 0.007 0.475 0.026 0.030 0.012 87 K 0.006 0.052 0.033 0.172 0.032 0.036 0.047 0.020 0.015 0.012 0.044 0.011 0.246 0.114 0.025 0.133 88 A 0.047 0.080 0.063 0.082 0.033 0.112 0.077 0.023 0.012 0.006 0.032 0.047 0.225 0.021 0.080 0.060 89 R 0.036 0.141 0.249 0.079 0.015 0.013 0.033 0.040 0.011 0.014 0.075 0.024 0.110 0.022 0.027 0.111 90 N 0.060 0.028 0.050 0.038 0.037 0.389 0.043 0.022 0.012 0.023 0.024 0.118 0.095 0.021 0.025 0.014 91 R 0.012 0.036 0.030 0.015 0.003 0.044 0.005 0.045 0.005 0.005 0.661 0.017 0.087 0.004 0.021 0.012 92 E 0.015 0.137 0.018 0.040 0.001 0.016 0.004 0.004 0.031 0.004 0.022 0.637 0.042 0.002 0.009 0.018 93 E 0.138 0.030 0.259 0.089 0.006 0.041 0.032 0.003 0.011 0.003 0.025 0.044 0.223 0.009 0.010 0.078 94 Q 0.018 0.059 0.635 0.119 0.001 0.036 0.009 0.007 0.002 0.001 0.012 0.014 0.066 0.002 0.006 0.014 95 N 0.020 0.127 0.209 0.351 0.003 0.124 0.007 0.004 0.007 0.003 0.012 0.022 0.084 0.002 0.004 0.021 96 L 0.019 0.047 0.190 0.601 0.002 0.030 0.002 0.005 0.002 0.001 0.048 0.007 0.037 0.002 0.002 0.007 97 V 0.006 0.030 0.220 0.679 0.004 0.011 0.002 0.003 0.002 0.001 0.007 0.006 0.022 0.001 0.002 0.005 98 A 0.005 0.012 0.111 0.840 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.007 99 Y 0.008 0.009 0.071 0.700 0.078 0.111 0.006 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 100 P 0.001 0.009 0.005 0.038 0.739 0.168 0.006 0.011 0.001 0.002 0.015 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 101 H 0.001 0.043 0.001 0.019 0.262 0.033 0.014 0.386 0.006 0.007 0.178 0.012 0.001 0.031 0.005 0.001 102 D 0.003 0.063 0.005 0.022 0.001 0.006 0.001 0.372 0.198 0.033 0.015 0.030 0.003 0.001 0.237 0.010 103 G 0.137 0.021 0.038 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.447 0.027 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.291 104 K 0.714 0.005 0.228 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 I 0.005 0.004 0.695 0.284 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.001 0.008 0.019 0.968 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 C 0.001 0.007 0.013 0.958 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 T 0.001 0.006 0.005 0.727 0.037 0.208 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 110 S 0.002 0.331 0.012 0.444 0.070 0.085 0.005 0.010 0.002 0.001 0.025 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 111 Q 0.006 0.058 0.015 0.642 0.012 0.031 0.004 0.143 0.012 0.005 0.030 0.017 0.004 0.001 0.017 0.002 112 D 0.017 0.160 0.193 0.272 0.007 0.037 0.005 0.004 0.122 0.010 0.004 0.005 0.005 0.001 0.003 0.155 113 I 0.127 0.040 0.235 0.582 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 114 P 0.001 0.001 0.006 0.003 0.341 0.638 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 P 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.021 0.001 0.454 0.001 0.001 0.514 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 116 E 0.001 0.138 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.733 0.003 0.001 0.118 0.001 0.001 0.001 0.002 117 N 0.817 0.002 0.144 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 118 E 0.001 0.001 0.995 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.001 0.008 0.050 0.931 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.002 0.003 0.980 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.001 0.005 0.013 0.864 0.067 0.033 0.001 0.009 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 122 Y 0.001 0.057 0.007 0.401 0.158 0.308 0.004 0.020 0.006 0.016 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 123 Y 0.010 0.176 0.008 0.293 0.031 0.162 0.003 0.146 0.011 0.013 0.107 0.027 0.006 0.001 0.004 0.002 124 S 0.008 0.071 0.027 0.050 0.007 0.459 0.003 0.032 0.031 0.053 0.118 0.110 0.019 0.001 0.006 0.006 125 R 0.029 0.037 0.025 0.028 0.002 0.029 0.002 0.010 0.008 0.007 0.673 0.090 0.048 0.001 0.004 0.007 126 D 0.013 0.039 0.021 0.023 0.001 0.068 0.002 0.006 0.004 0.002 0.040 0.667 0.105 0.002 0.003 0.004 127 Y 0.004 0.014 0.032 0.017 0.001 0.094 0.007 0.003 0.002 0.001 0.078 0.073 0.652 0.005 0.005 0.011 128 A 0.002 0.017 0.021 0.022 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.041 0.097 0.760 0.002 0.005 0.006 129 Q 0.003 0.004 0.016 0.018 0.002 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.014 0.034 0.863 0.005 0.004 0.018 130 Q 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.902 0.001 0.005 131 I 0.001 0.006 0.029 0.005 0.001 0.001 0.009 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.892 0.003 132 G 0.002 0.004 0.025 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.041 0.018 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.870 133 V 0.912 0.005 0.028 0.035 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.002 134 P 0.007 0.023 0.193 0.050 0.127 0.477 0.040 0.005 0.001 0.004 0.022 0.010 0.025 0.013 0.002 0.003 135 E 0.004 0.253 0.021 0.159 0.041 0.066 0.009 0.146 0.004 0.002 0.220 0.026 0.018 0.007 0.019 0.003