# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.093 0.025 0.010 0.025 0.030 0.088 0.056 0.672 2 R 0.059 0.005 0.007 0.008 0.016 0.059 0.026 0.820 3 L 0.014 0.003 0.010 0.032 0.044 0.178 0.020 0.699 4 S 0.008 0.003 0.015 0.012 0.025 0.096 0.026 0.815 5 L 0.160 0.013 0.015 0.028 0.023 0.112 0.035 0.614 6 P 0.276 0.020 0.023 0.011 0.014 0.083 0.066 0.507 7 K 0.063 0.021 0.027 0.014 0.032 0.120 0.032 0.691 8 Q 0.013 0.008 0.124 0.032 0.146 0.107 0.059 0.511 9 L 0.012 0.007 0.103 0.133 0.190 0.083 0.056 0.416 10 V 0.006 0.004 0.159 0.229 0.292 0.054 0.043 0.214 11 L 0.007 0.004 0.109 0.116 0.175 0.070 0.057 0.461 12 R 0.064 0.023 0.093 0.211 0.186 0.075 0.086 0.262 13 Q 0.031 0.012 0.054 0.064 0.093 0.091 0.037 0.617 14 S 0.137 0.036 0.028 0.037 0.055 0.117 0.044 0.546 15 I 0.231 0.038 0.036 0.060 0.051 0.088 0.078 0.417 16 V 0.078 0.023 0.016 0.021 0.043 0.125 0.032 0.663 17 G 0.086 0.025 0.025 0.027 0.054 0.085 0.066 0.631 18 A 0.075 0.022 0.022 0.052 0.073 0.149 0.032 0.575 19 E 0.033 0.015 0.040 0.041 0.092 0.099 0.055 0.625 20 V 0.009 0.008 0.081 0.128 0.277 0.114 0.067 0.317 21 G 0.005 0.007 0.156 0.131 0.419 0.043 0.111 0.127 22 V 0.025 0.010 0.098 0.265 0.310 0.050 0.047 0.195 23 W 0.013 0.003 0.210 0.276 0.271 0.029 0.098 0.101 24 T 0.030 0.011 0.072 0.096 0.209 0.076 0.095 0.411 25 G 0.125 0.005 0.068 0.080 0.106 0.088 0.068 0.459 26 E 0.027 0.004 0.020 0.066 0.084 0.134 0.037 0.629 27 T 0.011 0.002 0.014 0.011 0.028 0.087 0.040 0.807 28 I 0.168 0.004 0.022 0.037 0.030 0.151 0.068 0.520 29 P 0.131 0.005 0.011 0.018 0.022 0.077 0.097 0.638 30 V 0.030 0.003 0.017 0.011 0.035 0.105 0.023 0.775 31 R 0.014 0.002 0.102 0.071 0.339 0.078 0.048 0.346 32 T 0.003 0.001 0.076 0.163 0.193 0.064 0.032 0.466 33 C 0.001 0.001 0.208 0.222 0.299 0.054 0.015 0.199 34 F 0.009 0.004 0.107 0.102 0.136 0.063 0.035 0.543 35 G 0.088 0.051 0.132 0.246 0.123 0.051 0.108 0.201 36 P 0.061 0.055 0.105 0.043 0.078 0.100 0.043 0.514 37 L 0.103 0.076 0.061 0.103 0.142 0.076 0.108 0.332 38 I 0.068 0.057 0.057 0.091 0.169 0.076 0.106 0.376 39 G 0.051 0.040 0.025 0.097 0.210 0.074 0.097 0.405 40 Q 0.019 0.031 0.033 0.200 0.244 0.084 0.051 0.337 41 Q 0.016 0.028 0.029 0.085 0.159 0.108 0.031 0.543 42 S 0.037 0.081 0.042 0.135 0.147 0.088 0.047 0.422 43 H 0.101 0.486 0.011 0.032 0.040 0.042 0.037 0.251 44 S 0.105 0.656 0.009 0.012 0.013 0.025 0.029 0.150 45 M 0.036 0.617 0.019 0.034 0.028 0.035 0.036 0.195 46 E 0.147 0.454 0.017 0.014 0.021 0.039 0.085 0.223 47 V 0.195 0.117 0.017 0.015 0.015 0.059 0.383 0.198 48 A 0.052 0.191 0.010 0.016 0.022 0.062 0.231 0.415 49 E 0.041 0.194 0.005 0.006 0.014 0.063 0.031 0.645 50 W 0.051 0.176 0.016 0.031 0.031 0.114 0.046 0.535 51 T 0.145 0.191 0.010 0.016 0.022 0.079 0.088 0.450 52 D 0.142 0.120 0.013 0.013 0.015 0.086 0.180 0.431 53 K 0.077 0.114 0.015 0.015 0.018 0.121 0.103 0.538 54 A 0.122 0.142 0.013 0.011 0.016 0.084 0.073 0.539 55 V 0.047 0.149 0.019 0.015 0.028 0.114 0.043 0.583 56 N 0.045 0.178 0.033 0.027 0.061 0.095 0.060 0.502 57 H 0.052 0.227 0.025 0.061 0.084 0.088 0.072 0.391 58 I 0.027 0.252 0.042 0.075 0.140 0.074 0.085 0.305 59 W 0.026 0.172 0.040 0.133 0.233 0.052 0.096 0.248 60 K 0.017 0.041 0.055 0.284 0.279 0.038 0.129 0.156 61 I 0.019 0.018 0.067 0.233 0.286 0.057 0.108 0.213 62 Y 0.118 0.012 0.053 0.156 0.223 0.065 0.086 0.288 63 H 0.163 0.007 0.016 0.069 0.089 0.074 0.047 0.535 64 N 0.017 0.003 0.011 0.018 0.047 0.092 0.020 0.792 65 G 0.021 0.003 0.020 0.021 0.056 0.139 0.036 0.704 66 V 0.070 0.008 0.034 0.067 0.067 0.138 0.091 0.524 67 L 0.017 0.006 0.049 0.062 0.091 0.120 0.054 0.601 68 E 0.003 0.003 0.177 0.089 0.258 0.068 0.060 0.344 69 F 0.002 0.002 0.327 0.199 0.298 0.026 0.059 0.087 70 C 0.002 0.002 0.334 0.209 0.257 0.024 0.055 0.117 71 I 0.005 0.004 0.363 0.230 0.242 0.027 0.033 0.096 72 I 0.069 0.024 0.219 0.152 0.202 0.072 0.065 0.197 73 T 0.029 0.021 0.146 0.078 0.121 0.120 0.095 0.390 74 T 0.062 0.036 0.055 0.034 0.059 0.129 0.068 0.556 75 D 0.241 0.062 0.028 0.032 0.045 0.099 0.140 0.353 76 E 0.066 0.038 0.015 0.017 0.026 0.153 0.064 0.622 77 N 0.085 0.113 0.011 0.016 0.029 0.115 0.054 0.578 78 E 0.038 0.171 0.010 0.016 0.033 0.123 0.036 0.572 79 C 0.034 0.321 0.021 0.026 0.069 0.094 0.067 0.367 80 N 0.035 0.493 0.021 0.074 0.110 0.043 0.092 0.131 81 W 0.022 0.535 0.024 0.064 0.112 0.039 0.078 0.126 82 M 0.019 0.378 0.057 0.094 0.181 0.034 0.108 0.129 83 M 0.024 0.316 0.065 0.198 0.228 0.034 0.060 0.076 84 F 0.053 0.212 0.113 0.104 0.207 0.052 0.103 0.156 85 V 0.093 0.111 0.093 0.161 0.181 0.056 0.098 0.207 86 R 0.086 0.061 0.045 0.103 0.153 0.064 0.129 0.359 87 K 0.114 0.076 0.016 0.019 0.029 0.101 0.052 0.594 88 A 0.022 0.037 0.025 0.041 0.043 0.149 0.040 0.644 89 R 0.019 0.022 0.006 0.005 0.005 0.073 0.018 0.852 90 N 0.531 0.242 0.003 0.004 0.004 0.029 0.071 0.117 91 R 0.108 0.099 0.012 0.007 0.009 0.123 0.120 0.523 92 E 0.079 0.142 0.013 0.011 0.026 0.095 0.154 0.481 93 E 0.083 0.119 0.020 0.022 0.043 0.094 0.112 0.506 94 Q 0.052 0.037 0.030 0.070 0.183 0.130 0.056 0.443 95 N 0.051 0.014 0.031 0.090 0.280 0.073 0.072 0.389 96 L 0.014 0.003 0.022 0.189 0.262 0.079 0.021 0.411 97 V 0.003 0.001 0.030 0.285 0.448 0.045 0.014 0.175 98 A 0.002 0.001 0.019 0.221 0.301 0.060 0.027 0.370 99 Y 0.046 0.001 0.041 0.235 0.241 0.073 0.061 0.302 100 P 0.521 0.001 0.009 0.023 0.025 0.044 0.027 0.350 101 H 0.304 0.003 0.006 0.011 0.020 0.074 0.012 0.570 102 D 0.012 0.003 0.012 0.007 0.055 0.094 0.008 0.808 103 G 0.003 0.006 0.044 0.077 0.371 0.107 0.023 0.369 104 K 0.001 0.002 0.082 0.382 0.388 0.024 0.032 0.087 105 I 0.001 0.002 0.092 0.462 0.320 0.009 0.060 0.055 106 F 0.001 0.002 0.258 0.260 0.383 0.005 0.074 0.018 107 F 0.002 0.003 0.199 0.311 0.420 0.006 0.040 0.020 108 C 0.005 0.003 0.205 0.367 0.365 0.006 0.028 0.019 109 T 0.022 0.011 0.107 0.190 0.452 0.028 0.086 0.103 110 S 0.058 0.011 0.067 0.150 0.255 0.075 0.065 0.319 111 Q 0.035 0.004 0.032 0.075 0.107 0.148 0.044 0.555 112 D 0.018 0.005 0.018 0.021 0.043 0.141 0.045 0.708 113 I 0.071 0.006 0.014 0.015 0.021 0.166 0.035 0.672 114 P 0.210 0.019 0.013 0.014 0.014 0.127 0.057 0.546 115 P 0.060 0.040 0.012 0.009 0.020 0.101 0.039 0.719 116 E 0.048 0.048 0.054 0.026 0.100 0.142 0.080 0.501 117 N 0.035 0.037 0.064 0.152 0.232 0.070 0.080 0.331 118 E 0.011 0.010 0.088 0.186 0.302 0.062 0.036 0.304 119 L 0.007 0.011 0.135 0.200 0.372 0.055 0.030 0.189 120 L 0.003 0.006 0.106 0.226 0.471 0.029 0.038 0.121 121 F 0.011 0.011 0.119 0.257 0.296 0.046 0.055 0.206 122 Y 0.118 0.070 0.052 0.245 0.182 0.062 0.092 0.179 123 Y 0.079 0.119 0.029 0.054 0.083 0.092 0.031 0.513 124 S 0.074 0.273 0.013 0.015 0.031 0.064 0.028 0.501 125 R 0.084 0.363 0.018 0.024 0.022 0.072 0.070 0.347 126 D 0.075 0.568 0.014 0.025 0.020 0.041 0.066 0.191 127 Y 0.246 0.451 0.011 0.013 0.016 0.031 0.069 0.163 128 A 0.148 0.066 0.073 0.036 0.036 0.067 0.229 0.345 129 Q 0.440 0.020 0.009 0.015 0.019 0.045 0.034 0.418 130 Q 0.294 0.003 0.006 0.006 0.008 0.049 0.021 0.614 131 I 0.005 0.001 0.007 0.008 0.023 0.147 0.007 0.802 132 G 0.007 0.001 0.005 0.006 0.022 0.066 0.010 0.885 133 V 0.040 0.002 0.007 0.040 0.020 0.110 0.026 0.755 134 P 0.058 0.007 0.023 0.030 0.033 0.106 0.051 0.692 135 E 0.069 0.007 0.016 0.022 0.040 0.097 0.035 0.715