# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.550 0.137 0.047 0.090 0.057 0.039 0.037 0.020 0.013 0.007 0.003 2 R 0.186 0.140 0.054 0.177 0.144 0.100 0.089 0.044 0.036 0.021 0.010 3 L 0.047 0.043 0.029 0.072 0.076 0.122 0.208 0.137 0.137 0.077 0.054 4 S 0.204 0.215 0.111 0.170 0.111 0.062 0.059 0.028 0.019 0.014 0.006 5 L 0.037 0.048 0.040 0.091 0.090 0.125 0.179 0.142 0.112 0.074 0.062 6 P 0.270 0.232 0.070 0.157 0.104 0.053 0.046 0.026 0.019 0.015 0.008 7 K 0.240 0.197 0.058 0.160 0.120 0.092 0.073 0.029 0.017 0.009 0.005 8 Q 0.292 0.162 0.066 0.218 0.135 0.062 0.033 0.015 0.009 0.005 0.003 9 L 0.009 0.009 0.012 0.029 0.043 0.069 0.151 0.187 0.198 0.170 0.122 10 V 0.022 0.090 0.094 0.243 0.219 0.112 0.107 0.056 0.033 0.018 0.007 11 L 0.002 0.004 0.015 0.014 0.015 0.026 0.078 0.112 0.216 0.273 0.245 12 R 0.016 0.028 0.071 0.180 0.197 0.133 0.158 0.076 0.069 0.048 0.024 13 Q 0.063 0.095 0.120 0.198 0.161 0.099 0.109 0.057 0.048 0.034 0.016 14 S 0.036 0.030 0.030 0.083 0.086 0.131 0.192 0.135 0.127 0.085 0.065 15 I 0.187 0.117 0.055 0.108 0.090 0.086 0.128 0.079 0.069 0.048 0.032 16 V 0.217 0.149 0.066 0.166 0.112 0.079 0.086 0.047 0.039 0.024 0.015 17 G 0.319 0.140 0.058 0.115 0.094 0.070 0.075 0.045 0.037 0.025 0.021 18 A 0.082 0.082 0.034 0.134 0.123 0.144 0.149 0.089 0.075 0.051 0.037 19 E 0.260 0.160 0.052 0.154 0.110 0.089 0.074 0.039 0.030 0.018 0.013 20 V 0.016 0.024 0.019 0.055 0.078 0.109 0.177 0.193 0.149 0.108 0.072 21 G 0.035 0.042 0.032 0.083 0.077 0.100 0.155 0.124 0.138 0.117 0.097 22 V 0.003 0.004 0.007 0.011 0.013 0.026 0.077 0.130 0.208 0.265 0.257 23 W 0.015 0.038 0.042 0.097 0.097 0.102 0.144 0.142 0.127 0.120 0.077 24 T 0.003 0.004 0.007 0.013 0.014 0.026 0.067 0.106 0.177 0.267 0.316 25 G 0.072 0.106 0.044 0.230 0.177 0.125 0.095 0.053 0.045 0.031 0.022 26 E 0.178 0.120 0.057 0.130 0.141 0.094 0.105 0.061 0.051 0.039 0.025 27 T 0.106 0.179 0.041 0.213 0.183 0.099 0.080 0.042 0.029 0.018 0.011 28 I 0.008 0.006 0.006 0.013 0.012 0.028 0.070 0.106 0.208 0.240 0.303 29 P 0.241 0.317 0.092 0.213 0.082 0.025 0.015 0.007 0.004 0.003 0.001 30 V 0.133 0.142 0.056 0.162 0.126 0.113 0.102 0.059 0.051 0.032 0.024 31 R 0.258 0.104 0.036 0.135 0.127 0.092 0.085 0.049 0.051 0.038 0.024 32 T 0.125 0.138 0.059 0.169 0.146 0.125 0.112 0.052 0.039 0.023 0.011 33 C 0.021 0.029 0.037 0.068 0.071 0.086 0.142 0.171 0.161 0.123 0.092 34 F 0.024 0.030 0.031 0.063 0.067 0.083 0.166 0.142 0.160 0.136 0.098 35 G 0.025 0.032 0.036 0.066 0.078 0.077 0.154 0.157 0.158 0.127 0.090 36 P 0.075 0.071 0.069 0.163 0.149 0.118 0.120 0.079 0.073 0.052 0.030 37 L 0.025 0.016 0.018 0.037 0.040 0.074 0.133 0.150 0.190 0.178 0.141 38 I 0.073 0.097 0.050 0.176 0.160 0.123 0.122 0.078 0.057 0.043 0.021 39 G 0.104 0.075 0.041 0.097 0.097 0.108 0.139 0.115 0.108 0.073 0.043 40 Q 0.116 0.128 0.079 0.167 0.167 0.105 0.096 0.053 0.043 0.032 0.013 41 Q 0.108 0.077 0.057 0.125 0.106 0.089 0.148 0.100 0.087 0.065 0.039 42 S 0.034 0.042 0.032 0.072 0.075 0.103 0.165 0.138 0.140 0.118 0.081 43 H 0.106 0.324 0.116 0.184 0.105 0.057 0.055 0.023 0.016 0.011 0.004 44 S 0.196 0.106 0.065 0.166 0.154 0.110 0.109 0.051 0.025 0.012 0.006 45 M 0.490 0.105 0.105 0.129 0.069 0.042 0.030 0.013 0.008 0.006 0.002 46 E 0.042 0.085 0.089 0.214 0.164 0.140 0.149 0.060 0.033 0.018 0.008 47 V 0.002 0.005 0.014 0.015 0.022 0.043 0.138 0.212 0.219 0.181 0.151 48 A 0.050 0.050 0.290 0.242 0.157 0.095 0.066 0.024 0.013 0.010 0.002 49 E 0.068 0.062 0.432 0.219 0.113 0.053 0.032 0.010 0.006 0.004 0.001 50 W 0.017 0.025 0.035 0.051 0.061 0.123 0.239 0.162 0.136 0.092 0.057 51 T 0.032 0.038 0.046 0.063 0.070 0.125 0.238 0.142 0.116 0.085 0.045 52 D 0.214 0.122 0.335 0.149 0.074 0.040 0.030 0.017 0.010 0.007 0.003 53 K 0.223 0.143 0.177 0.157 0.103 0.080 0.066 0.025 0.014 0.008 0.004 54 A 0.197 0.119 0.049 0.095 0.083 0.088 0.134 0.081 0.072 0.051 0.031 55 V 0.066 0.055 0.038 0.089 0.109 0.166 0.194 0.119 0.082 0.050 0.032 56 N 0.224 0.148 0.230 0.174 0.090 0.057 0.036 0.018 0.012 0.008 0.004 57 H 0.032 0.036 0.051 0.093 0.105 0.160 0.206 0.134 0.093 0.058 0.031 58 I 0.024 0.028 0.036 0.068 0.076 0.091 0.156 0.139 0.158 0.134 0.090 59 W 0.007 0.011 0.029 0.048 0.065 0.108 0.173 0.169 0.164 0.137 0.089 60 K 0.020 0.044 0.155 0.193 0.159 0.124 0.121 0.073 0.057 0.038 0.017 61 I 0.008 0.012 0.028 0.039 0.041 0.066 0.164 0.174 0.194 0.166 0.109 62 Y 0.012 0.017 0.025 0.049 0.045 0.070 0.156 0.159 0.196 0.161 0.109 63 H 0.028 0.040 0.060 0.105 0.099 0.144 0.183 0.118 0.105 0.075 0.043 64 N 0.164 0.155 0.117 0.192 0.135 0.083 0.074 0.034 0.023 0.015 0.008 65 G 0.227 0.088 0.041 0.103 0.091 0.094 0.133 0.080 0.066 0.045 0.031 66 V 0.226 0.181 0.049 0.138 0.115 0.072 0.079 0.048 0.043 0.030 0.021 67 L 0.077 0.074 0.042 0.133 0.123 0.149 0.158 0.094 0.075 0.043 0.032 68 E 0.101 0.115 0.083 0.202 0.177 0.125 0.091 0.043 0.034 0.019 0.009 69 F 0.007 0.014 0.013 0.044 0.071 0.112 0.198 0.227 0.162 0.094 0.059 70 C 0.004 0.009 0.014 0.027 0.031 0.053 0.117 0.152 0.200 0.228 0.165 71 I 0.001 0.003 0.008 0.009 0.012 0.022 0.071 0.181 0.219 0.275 0.199 72 I 0.004 0.013 0.035 0.052 0.066 0.073 0.150 0.194 0.167 0.157 0.088 73 T 0.004 0.007 0.012 0.023 0.029 0.051 0.129 0.152 0.195 0.227 0.171 74 T 0.079 0.109 0.058 0.173 0.175 0.102 0.114 0.072 0.053 0.042 0.023 75 D 0.267 0.186 0.045 0.136 0.120 0.071 0.072 0.046 0.028 0.019 0.011 76 E 0.216 0.204 0.041 0.162 0.132 0.085 0.067 0.038 0.027 0.018 0.011 77 N 0.538 0.197 0.037 0.087 0.052 0.027 0.026 0.014 0.010 0.007 0.004 78 E 0.198 0.160 0.044 0.161 0.143 0.111 0.092 0.040 0.027 0.015 0.008 79 C 0.063 0.039 0.028 0.072 0.073 0.106 0.164 0.125 0.137 0.104 0.087 80 N 0.016 0.039 0.033 0.118 0.148 0.163 0.197 0.117 0.088 0.053 0.028 81 W 0.008 0.017 0.036 0.055 0.066 0.078 0.139 0.155 0.183 0.149 0.114 82 M 0.003 0.005 0.015 0.026 0.035 0.072 0.136 0.142 0.196 0.209 0.162 83 M 0.005 0.015 0.043 0.102 0.116 0.138 0.193 0.165 0.115 0.071 0.037 84 F 0.001 0.003 0.012 0.013 0.015 0.024 0.074 0.155 0.218 0.266 0.219 85 V 0.002 0.003 0.012 0.016 0.015 0.031 0.093 0.123 0.232 0.257 0.215 86 R 0.013 0.022 0.072 0.127 0.128 0.133 0.177 0.122 0.105 0.068 0.034 87 K 0.017 0.031 0.056 0.105 0.123 0.161 0.226 0.110 0.092 0.055 0.026 88 A 0.033 0.032 0.038 0.055 0.050 0.072 0.166 0.145 0.173 0.150 0.087 89 R 0.054 0.062 0.040 0.094 0.099 0.129 0.198 0.143 0.090 0.060 0.032 90 N 0.248 0.260 0.115 0.132 0.075 0.050 0.046 0.030 0.020 0.016 0.008 91 R 0.316 0.199 0.064 0.138 0.101 0.074 0.055 0.027 0.014 0.008 0.004 92 E 0.551 0.142 0.045 0.097 0.058 0.036 0.031 0.017 0.012 0.008 0.004 93 E 0.061 0.051 0.046 0.126 0.147 0.158 0.159 0.101 0.073 0.049 0.029 94 Q 0.022 0.058 0.095 0.167 0.158 0.138 0.158 0.089 0.063 0.035 0.017 95 N 0.007 0.013 0.040 0.053 0.059 0.082 0.171 0.150 0.184 0.144 0.097 96 L 0.011 0.018 0.058 0.093 0.107 0.126 0.188 0.128 0.125 0.093 0.052 97 V 0.023 0.045 0.097 0.232 0.197 0.126 0.132 0.059 0.049 0.027 0.012 98 A 0.007 0.009 0.014 0.023 0.023 0.051 0.136 0.156 0.234 0.187 0.160 99 Y 0.035 0.038 0.037 0.093 0.091 0.106 0.201 0.128 0.126 0.088 0.057 100 P 0.111 0.106 0.079 0.144 0.110 0.095 0.119 0.081 0.066 0.052 0.036 101 H 0.141 0.159 0.053 0.170 0.138 0.113 0.101 0.050 0.038 0.021 0.017 102 D 0.425 0.244 0.033 0.103 0.081 0.033 0.033 0.020 0.014 0.009 0.006 103 G 0.220 0.141 0.030 0.119 0.129 0.096 0.107 0.066 0.044 0.029 0.018 104 K 0.042 0.084 0.041 0.195 0.213 0.172 0.129 0.061 0.037 0.018 0.009 105 I 0.001 0.002 0.005 0.010 0.014 0.030 0.100 0.170 0.239 0.232 0.198 106 F 0.004 0.012 0.021 0.072 0.093 0.138 0.212 0.157 0.137 0.093 0.059 107 F 0.001 0.004 0.015 0.019 0.022 0.037 0.082 0.156 0.226 0.232 0.207 108 C 0.002 0.008 0.024 0.043 0.055 0.066 0.131 0.195 0.183 0.191 0.102 109 T 0.001 0.003 0.009 0.010 0.009 0.020 0.064 0.121 0.209 0.298 0.255 110 S 0.012 0.029 0.045 0.186 0.160 0.160 0.160 0.085 0.078 0.056 0.030 111 Q 0.060 0.063 0.066 0.129 0.161 0.134 0.173 0.082 0.070 0.043 0.019 112 D 0.102 0.145 0.048 0.192 0.178 0.107 0.107 0.053 0.037 0.022 0.009 113 I 0.015 0.010 0.008 0.018 0.016 0.037 0.093 0.124 0.219 0.226 0.234 114 P 0.252 0.464 0.055 0.127 0.059 0.016 0.013 0.006 0.004 0.003 0.001 115 P 0.282 0.311 0.036 0.105 0.097 0.055 0.048 0.030 0.018 0.010 0.007 116 E 0.696 0.143 0.020 0.058 0.040 0.017 0.011 0.006 0.005 0.004 0.002 117 N 0.064 0.096 0.034 0.183 0.206 0.160 0.143 0.060 0.031 0.015 0.006 118 E 0.013 0.031 0.038 0.104 0.144 0.106 0.166 0.186 0.114 0.063 0.034 119 L 0.003 0.006 0.017 0.029 0.040 0.079 0.197 0.194 0.194 0.156 0.085 120 L 0.004 0.016 0.070 0.110 0.106 0.112 0.173 0.136 0.137 0.090 0.046 121 F 0.006 0.011 0.038 0.055 0.075 0.099 0.189 0.164 0.175 0.126 0.062 122 Y 0.029 0.043 0.087 0.164 0.165 0.126 0.160 0.088 0.068 0.051 0.019 123 Y 0.009 0.012 0.019 0.030 0.032 0.066 0.157 0.205 0.200 0.167 0.103 124 S 0.079 0.163 0.088 0.185 0.147 0.097 0.105 0.055 0.040 0.030 0.011 125 R 0.238 0.121 0.082 0.146 0.119 0.095 0.091 0.050 0.031 0.019 0.008 126 D 0.411 0.185 0.100 0.143 0.069 0.040 0.025 0.012 0.008 0.005 0.002 127 Y 0.030 0.036 0.028 0.068 0.068 0.096 0.187 0.146 0.147 0.113 0.080 128 A 0.029 0.043 0.052 0.094 0.104 0.126 0.183 0.135 0.104 0.077 0.052 129 Q 0.133 0.115 0.296 0.236 0.120 0.048 0.028 0.012 0.006 0.004 0.001 130 Q 0.078 0.090 0.125 0.169 0.122 0.139 0.138 0.060 0.042 0.025 0.012 131 I 0.047 0.033 0.026 0.060 0.069 0.113 0.203 0.158 0.137 0.097 0.058 132 G 0.511 0.191 0.101 0.092 0.039 0.026 0.019 0.010 0.006 0.004 0.001 133 V 0.124 0.109 0.108 0.129 0.102 0.109 0.116 0.072 0.058 0.047 0.026 134 P 0.298 0.160 0.049 0.098 0.091 0.078 0.090 0.055 0.040 0.025 0.016 135 E 0.490 0.199 0.064 0.093 0.062 0.034 0.026 0.014 0.009 0.006 0.003