# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.054 0.063 0.004 0.019 0.040 0.061 0.105 0.003 0.001 0.006 0.645 2 R 0.124 0.086 0.004 0.022 0.038 0.054 0.111 0.004 0.001 0.006 0.550 3 L 0.202 0.152 0.005 0.022 0.047 0.068 0.075 0.006 0.001 0.004 0.418 4 S 0.111 0.047 0.004 0.019 0.022 0.052 0.041 0.010 0.001 0.009 0.686 5 L 0.188 0.023 0.026 0.042 0.049 0.066 0.073 0.004 0.001 0.003 0.526 6 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 7 K 0.003 0.001 0.001 0.006 0.014 0.020 0.048 0.001 0.001 0.001 0.907 8 Q 0.031 0.001 0.001 0.037 0.018 0.025 0.073 0.001 0.001 0.001 0.814 9 L 0.134 0.005 0.001 0.145 0.163 0.213 0.046 0.001 0.001 0.004 0.288 10 V 0.027 0.006 0.001 0.349 0.246 0.218 0.040 0.001 0.001 0.004 0.110 11 L 0.009 0.006 0.001 0.187 0.188 0.221 0.033 0.001 0.001 0.001 0.355 12 R 0.011 0.005 0.001 0.309 0.219 0.375 0.016 0.001 0.001 0.002 0.062 13 Q 0.008 0.006 0.001 0.079 0.093 0.138 0.097 0.001 0.001 0.002 0.575 14 S 0.018 0.006 0.001 0.086 0.115 0.214 0.106 0.001 0.001 0.003 0.451 15 I 0.066 0.007 0.002 0.085 0.067 0.133 0.105 0.001 0.001 0.010 0.523 16 V 0.019 0.009 0.002 0.037 0.028 0.040 0.244 0.001 0.001 0.009 0.611 17 G 0.093 0.013 0.002 0.027 0.051 0.088 0.253 0.002 0.001 0.029 0.441 18 A 0.289 0.022 0.005 0.040 0.034 0.052 0.081 0.003 0.001 0.011 0.463 19 E 0.054 0.012 0.010 0.038 0.049 0.057 0.228 0.003 0.001 0.009 0.540 20 V 0.133 0.012 0.009 0.074 0.136 0.174 0.099 0.001 0.001 0.006 0.355 21 G 0.045 0.014 0.003 0.125 0.124 0.240 0.069 0.002 0.001 0.007 0.371 22 V 0.046 0.012 0.005 0.177 0.214 0.290 0.051 0.001 0.001 0.003 0.202 23 W 0.008 0.011 0.001 0.118 0.245 0.337 0.070 0.001 0.001 0.003 0.207 24 T 0.009 0.018 0.001 0.094 0.239 0.378 0.060 0.001 0.001 0.003 0.198 25 G 0.037 0.029 0.001 0.066 0.138 0.262 0.069 0.001 0.001 0.009 0.387 26 E 0.112 0.027 0.004 0.066 0.161 0.181 0.157 0.002 0.001 0.011 0.279 27 T 0.057 0.010 0.003 0.021 0.025 0.080 0.072 0.004 0.001 0.005 0.724 28 I 0.145 0.012 0.012 0.082 0.153 0.266 0.062 0.001 0.001 0.005 0.262 29 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.977 30 V 0.002 0.001 0.001 0.004 0.017 0.061 0.025 0.001 0.001 0.001 0.890 31 R 0.055 0.013 0.001 0.048 0.099 0.168 0.058 0.001 0.001 0.011 0.548 32 T 0.441 0.010 0.004 0.030 0.045 0.051 0.104 0.001 0.001 0.007 0.309 33 C 0.150 0.028 0.002 0.096 0.154 0.147 0.059 0.001 0.001 0.005 0.358 34 F 0.032 0.019 0.003 0.111 0.091 0.257 0.049 0.001 0.001 0.002 0.436 35 G 0.036 0.012 0.002 0.189 0.201 0.239 0.051 0.001 0.001 0.003 0.266 36 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.986 37 L 0.007 0.008 0.001 0.066 0.198 0.465 0.043 0.001 0.001 0.002 0.209 38 I 0.052 0.029 0.001 0.090 0.103 0.154 0.068 0.001 0.001 0.009 0.494 39 G 0.095 0.031 0.004 0.039 0.073 0.126 0.057 0.002 0.001 0.013 0.561 40 Q 0.269 0.041 0.004 0.073 0.179 0.161 0.068 0.001 0.001 0.005 0.199 41 Q 0.035 0.030 0.002 0.033 0.114 0.122 0.070 0.003 0.001 0.001 0.590 42 S 0.064 0.026 0.005 0.064 0.171 0.352 0.053 0.001 0.001 0.004 0.258 43 H 0.026 0.026 0.003 0.029 0.066 0.107 0.156 0.002 0.001 0.003 0.581 44 S 0.035 0.019 0.002 0.025 0.038 0.094 0.083 0.002 0.001 0.005 0.699 45 M 0.018 0.017 0.003 0.011 0.016 0.030 0.259 0.001 0.001 0.006 0.639 46 E 0.084 0.030 0.004 0.012 0.011 0.022 0.357 0.001 0.001 0.009 0.470 47 V 0.128 0.290 0.007 0.021 0.030 0.065 0.064 0.002 0.001 0.007 0.385 48 A 0.031 0.365 0.003 0.013 0.039 0.052 0.067 0.003 0.001 0.004 0.423 49 E 0.115 0.364 0.004 0.007 0.020 0.031 0.098 0.009 0.001 0.003 0.349 50 W 0.280 0.473 0.004 0.005 0.009 0.019 0.019 0.017 0.001 0.002 0.172 51 T 0.148 0.443 0.023 0.009 0.012 0.020 0.041 0.017 0.001 0.002 0.285 52 D 0.057 0.172 0.016 0.009 0.009 0.013 0.042 0.013 0.001 0.003 0.667 53 K 0.093 0.149 0.012 0.013 0.011 0.019 0.076 0.011 0.001 0.005 0.612 54 A 0.175 0.167 0.013 0.012 0.009 0.014 0.167 0.011 0.001 0.005 0.427 55 V 0.200 0.233 0.011 0.022 0.014 0.026 0.081 0.008 0.001 0.007 0.397 56 N 0.115 0.213 0.014 0.022 0.019 0.025 0.086 0.007 0.001 0.007 0.492 57 H 0.147 0.129 0.018 0.023 0.027 0.033 0.126 0.007 0.001 0.007 0.483 58 I 0.151 0.200 0.015 0.044 0.053 0.084 0.104 0.005 0.001 0.005 0.337 59 W 0.070 0.221 0.011 0.049 0.077 0.128 0.081 0.004 0.001 0.004 0.356 60 K 0.044 0.227 0.006 0.062 0.178 0.199 0.057 0.004 0.001 0.003 0.221 61 I 0.028 0.259 0.004 0.053 0.159 0.202 0.040 0.005 0.001 0.001 0.248 62 Y 0.034 0.219 0.003 0.066 0.217 0.286 0.023 0.003 0.001 0.002 0.145 63 H 0.045 0.218 0.003 0.043 0.177 0.193 0.059 0.007 0.001 0.002 0.252 64 N 0.099 0.134 0.005 0.034 0.074 0.103 0.079 0.017 0.001 0.007 0.448 65 G 0.256 0.056 0.014 0.037 0.043 0.074 0.067 0.018 0.001 0.018 0.417 66 V 0.243 0.021 0.065 0.047 0.049 0.062 0.173 0.006 0.001 0.009 0.325 67 L 0.065 0.009 0.010 0.073 0.079 0.101 0.095 0.003 0.001 0.010 0.554 68 E 0.037 0.007 0.008 0.118 0.099 0.150 0.127 0.002 0.001 0.006 0.445 69 F 0.054 0.004 0.002 0.239 0.190 0.211 0.075 0.001 0.001 0.004 0.219 70 C 0.019 0.004 0.002 0.262 0.184 0.278 0.041 0.001 0.001 0.003 0.206 71 I 0.007 0.002 0.001 0.357 0.213 0.358 0.013 0.001 0.001 0.003 0.046 72 I 0.005 0.002 0.001 0.216 0.264 0.397 0.021 0.001 0.001 0.001 0.093 73 T 0.005 0.005 0.001 0.217 0.149 0.277 0.059 0.001 0.001 0.003 0.284 74 T 0.013 0.005 0.002 0.178 0.102 0.220 0.193 0.001 0.001 0.009 0.278 75 D 0.050 0.004 0.001 0.058 0.032 0.067 0.161 0.001 0.001 0.019 0.607 76 E 0.021 0.002 0.001 0.012 0.005 0.012 0.158 0.001 0.001 0.005 0.783 77 N 0.039 0.005 0.002 0.012 0.007 0.013 0.523 0.001 0.001 0.015 0.383 78 E 0.335 0.026 0.005 0.014 0.007 0.014 0.174 0.002 0.001 0.024 0.400 79 C 0.126 0.080 0.012 0.018 0.012 0.024 0.158 0.002 0.001 0.011 0.556 80 N 0.071 0.067 0.009 0.015 0.020 0.030 0.294 0.002 0.001 0.013 0.479 81 W 0.084 0.171 0.008 0.024 0.025 0.049 0.113 0.002 0.001 0.006 0.518 82 M 0.029 0.452 0.005 0.027 0.047 0.091 0.111 0.002 0.001 0.003 0.233 83 M 0.045 0.584 0.002 0.025 0.062 0.058 0.084 0.003 0.001 0.004 0.133 84 F 0.045 0.745 0.003 0.017 0.031 0.037 0.012 0.006 0.001 0.001 0.103 85 V 0.042 0.771 0.006 0.035 0.042 0.050 0.009 0.005 0.001 0.001 0.039 86 R 0.036 0.686 0.008 0.027 0.057 0.045 0.014 0.012 0.001 0.002 0.113 87 K 0.100 0.410 0.012 0.041 0.034 0.065 0.018 0.051 0.001 0.002 0.266 88 A 0.211 0.310 0.032 0.044 0.027 0.050 0.057 0.050 0.001 0.002 0.217 89 R 0.161 0.163 0.038 0.052 0.027 0.035 0.087 0.031 0.001 0.008 0.397 90 N 0.093 0.110 0.068 0.037 0.020 0.033 0.148 0.016 0.001 0.005 0.468 91 R 0.060 0.021 0.005 0.019 0.008 0.017 0.031 0.004 0.001 0.012 0.823 92 E 0.037 0.028 0.012 0.015 0.012 0.022 0.501 0.003 0.001 0.018 0.355 93 E 0.458 0.032 0.009 0.013 0.008 0.014 0.260 0.003 0.001 0.023 0.179 94 Q 0.281 0.221 0.016 0.032 0.095 0.095 0.103 0.005 0.001 0.010 0.142 95 N 0.079 0.106 0.017 0.052 0.147 0.167 0.091 0.005 0.001 0.011 0.323 96 L 0.111 0.041 0.017 0.048 0.207 0.354 0.030 0.003 0.001 0.004 0.185 97 V 0.022 0.014 0.002 0.038 0.347 0.467 0.031 0.001 0.001 0.001 0.075 98 A 0.007 0.014 0.002 0.030 0.204 0.437 0.030 0.002 0.001 0.001 0.275 99 Y 0.007 0.004 0.001 0.035 0.338 0.566 0.008 0.001 0.001 0.001 0.041 100 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.017 0.016 0.001 0.001 0.001 0.953 101 H 0.003 0.002 0.001 0.015 0.192 0.532 0.029 0.001 0.001 0.001 0.226 102 D 0.043 0.003 0.001 0.019 0.069 0.130 0.067 0.001 0.001 0.014 0.653 103 G 0.276 0.003 0.005 0.014 0.038 0.044 0.126 0.001 0.001 0.016 0.478 104 K 0.279 0.003 0.003 0.018 0.072 0.072 0.203 0.001 0.001 0.005 0.344 105 I 0.036 0.003 0.002 0.032 0.253 0.288 0.085 0.001 0.001 0.002 0.299 106 F 0.008 0.001 0.001 0.054 0.263 0.632 0.011 0.001 0.001 0.001 0.030 107 F 0.004 0.003 0.001 0.075 0.336 0.510 0.013 0.001 0.001 0.001 0.059 108 C 0.001 0.003 0.001 0.056 0.435 0.476 0.006 0.001 0.001 0.001 0.022 109 T 0.001 0.008 0.001 0.037 0.416 0.505 0.007 0.001 0.001 0.001 0.025 110 S 0.004 0.017 0.001 0.042 0.282 0.559 0.017 0.001 0.001 0.002 0.077 111 Q 0.029 0.032 0.001 0.032 0.286 0.402 0.064 0.001 0.001 0.007 0.147 112 D 0.179 0.024 0.005 0.026 0.043 0.159 0.055 0.006 0.001 0.012 0.491 113 I 0.299 0.016 0.018 0.026 0.082 0.162 0.067 0.001 0.001 0.005 0.325 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.001 0.001 0.951 115 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.998 116 E 0.012 0.001 0.001 0.015 0.087 0.294 0.048 0.001 0.001 0.002 0.540 117 N 0.777 0.002 0.001 0.010 0.027 0.045 0.022 0.001 0.001 0.004 0.110 118 E 0.086 0.010 0.001 0.020 0.048 0.046 0.111 0.001 0.001 0.002 0.676 119 L 0.039 0.007 0.001 0.052 0.425 0.390 0.025 0.001 0.001 0.002 0.060 120 L 0.012 0.008 0.001 0.065 0.268 0.505 0.025 0.001 0.001 0.001 0.115 121 F 0.008 0.003 0.001 0.032 0.330 0.574 0.010 0.001 0.001 0.001 0.040 122 Y 0.007 0.010 0.001 0.027 0.382 0.413 0.021 0.001 0.001 0.001 0.139 123 Y 0.002 0.011 0.001 0.021 0.350 0.512 0.020 0.001 0.001 0.001 0.083 124 S 0.007 0.014 0.001 0.021 0.135 0.375 0.152 0.001 0.001 0.003 0.290 125 R 0.072 0.021 0.003 0.020 0.028 0.067 0.156 0.001 0.001 0.021 0.611 126 D 0.047 0.045 0.005 0.010 0.012 0.029 0.297 0.001 0.001 0.011 0.544 127 Y 0.100 0.154 0.007 0.012 0.019 0.047 0.148 0.002 0.001 0.009 0.501 128 A 0.079 0.402 0.004 0.009 0.021 0.042 0.075 0.003 0.001 0.004 0.360 129 Q 0.094 0.553 0.003 0.006 0.031 0.031 0.063 0.009 0.001 0.004 0.206 130 Q 0.196 0.632 0.003 0.004 0.016 0.014 0.019 0.016 0.001 0.002 0.099 131 I 0.186 0.575 0.008 0.003 0.010 0.018 0.024 0.036 0.001 0.002 0.138 132 G 0.365 0.130 0.033 0.011 0.008 0.018 0.014 0.078 0.001 0.027 0.315 133 V 0.147 0.029 0.442 0.013 0.011 0.010 0.086 0.009 0.001 0.002 0.252 134 P 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.975 135 E 0.004 0.002 0.001 0.008 0.007 0.018 0.070 0.001 0.001 0.001 0.890