# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.444 0.151 0.162 0.119 0.049 0.025 0.027 0.005 0.014 0.004 0.001 2 R 0.315 0.182 0.221 0.163 0.035 0.031 0.024 0.005 0.020 0.002 0.002 3 L 0.194 0.313 0.281 0.125 0.027 0.022 0.018 0.001 0.017 0.001 0.001 4 S 0.088 0.264 0.286 0.112 0.079 0.066 0.044 0.011 0.043 0.006 0.001 5 L 0.009 0.452 0.365 0.003 0.045 0.012 0.002 0.001 0.110 0.001 0.001 6 P 0.050 0.007 0.876 0.004 0.002 0.018 0.001 0.001 0.004 0.001 0.037 7 K 0.330 0.108 0.393 0.078 0.033 0.017 0.011 0.013 0.008 0.003 0.005 8 Q 0.108 0.235 0.315 0.137 0.058 0.044 0.043 0.011 0.043 0.003 0.003 9 L 0.016 0.692 0.192 0.021 0.049 0.011 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 10 V 0.016 0.661 0.241 0.007 0.030 0.027 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 11 L 0.017 0.420 0.463 0.015 0.017 0.042 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 12 R 0.023 0.630 0.190 0.014 0.083 0.026 0.003 0.001 0.030 0.001 0.001 13 Q 0.061 0.382 0.363 0.028 0.078 0.050 0.006 0.002 0.026 0.002 0.001 14 S 0.078 0.373 0.310 0.037 0.122 0.031 0.010 0.003 0.027 0.008 0.001 15 I 0.246 0.318 0.227 0.056 0.075 0.043 0.007 0.002 0.020 0.004 0.001 16 V 0.198 0.187 0.297 0.201 0.032 0.029 0.026 0.001 0.024 0.003 0.002 17 G 0.067 0.021 0.058 0.032 0.126 0.014 0.091 0.372 0.008 0.210 0.001 18 A 0.185 0.174 0.393 0.141 0.051 0.014 0.022 0.002 0.013 0.005 0.001 19 E 0.091 0.144 0.217 0.099 0.120 0.048 0.121 0.100 0.022 0.037 0.001 20 V 0.054 0.543 0.223 0.080 0.059 0.015 0.010 0.001 0.015 0.001 0.001 21 G 0.035 0.199 0.160 0.016 0.420 0.027 0.024 0.062 0.010 0.046 0.001 22 V 0.026 0.756 0.134 0.006 0.052 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 23 W 0.053 0.596 0.176 0.022 0.052 0.063 0.002 0.001 0.033 0.001 0.001 24 T 0.068 0.488 0.162 0.088 0.132 0.027 0.014 0.002 0.019 0.002 0.001 25 G 0.096 0.121 0.155 0.049 0.284 0.027 0.058 0.125 0.016 0.069 0.001 26 E 0.127 0.439 0.239 0.056 0.079 0.024 0.014 0.002 0.018 0.002 0.001 27 T 0.131 0.217 0.315 0.122 0.029 0.114 0.026 0.004 0.037 0.002 0.004 28 I 0.022 0.553 0.218 0.004 0.051 0.015 0.002 0.001 0.134 0.001 0.001 29 P 0.170 0.009 0.744 0.014 0.003 0.035 0.002 0.001 0.004 0.001 0.019 30 V 0.384 0.137 0.187 0.215 0.030 0.015 0.017 0.003 0.009 0.001 0.001 31 R 0.027 0.007 0.024 0.029 0.076 0.013 0.210 0.529 0.007 0.076 0.001 32 T 0.043 0.547 0.195 0.073 0.088 0.013 0.017 0.002 0.020 0.002 0.001 33 C 0.062 0.441 0.313 0.034 0.038 0.085 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 34 F 0.052 0.613 0.170 0.059 0.039 0.042 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 35 G 0.031 0.215 0.221 0.005 0.422 0.014 0.004 0.001 0.043 0.042 0.001 36 P 0.286 0.012 0.639 0.014 0.006 0.017 0.002 0.001 0.003 0.001 0.018 37 L 0.244 0.246 0.286 0.116 0.029 0.032 0.016 0.004 0.025 0.003 0.001 38 I 0.222 0.331 0.219 0.140 0.043 0.015 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 39 G 0.047 0.018 0.080 0.013 0.187 0.012 0.087 0.400 0.005 0.151 0.001 40 Q 0.149 0.416 0.264 0.044 0.062 0.044 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 41 Q 0.115 0.411 0.241 0.042 0.019 0.113 0.006 0.001 0.050 0.001 0.002 42 S 0.125 0.330 0.212 0.194 0.071 0.042 0.006 0.002 0.017 0.001 0.001 43 H 0.061 0.242 0.335 0.071 0.150 0.055 0.018 0.002 0.060 0.007 0.001 44 S 0.851 0.011 0.093 0.020 0.006 0.010 0.003 0.001 0.002 0.001 0.004 45 M 0.918 0.013 0.023 0.027 0.006 0.005 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 46 E 0.851 0.026 0.031 0.067 0.006 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 47 V 0.850 0.055 0.049 0.016 0.004 0.011 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 48 A 0.898 0.011 0.036 0.035 0.003 0.012 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 49 E 0.778 0.026 0.025 0.140 0.007 0.009 0.010 0.001 0.004 0.001 0.001 50 W 0.578 0.041 0.064 0.226 0.017 0.019 0.035 0.009 0.010 0.001 0.001 51 T 0.504 0.081 0.155 0.152 0.018 0.022 0.039 0.004 0.022 0.002 0.001 52 D 0.490 0.052 0.173 0.164 0.015 0.040 0.039 0.006 0.016 0.002 0.001 53 K 0.531 0.093 0.146 0.165 0.020 0.021 0.012 0.004 0.007 0.002 0.001 54 A 0.369 0.111 0.176 0.184 0.038 0.051 0.038 0.008 0.018 0.006 0.001 55 V 0.449 0.148 0.162 0.146 0.029 0.019 0.024 0.003 0.015 0.003 0.001 56 N 0.189 0.105 0.135 0.226 0.060 0.047 0.174 0.029 0.025 0.009 0.001 57 H 0.138 0.289 0.192 0.179 0.080 0.041 0.046 0.011 0.020 0.003 0.001 58 I 0.134 0.480 0.217 0.060 0.062 0.021 0.007 0.001 0.015 0.001 0.001 59 W 0.078 0.530 0.198 0.039 0.101 0.028 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 60 K 0.023 0.823 0.061 0.006 0.068 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 61 I 0.024 0.847 0.065 0.005 0.038 0.016 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 62 Y 0.058 0.650 0.135 0.016 0.067 0.047 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 63 H 0.150 0.481 0.111 0.061 0.087 0.048 0.020 0.002 0.037 0.002 0.001 64 N 0.079 0.081 0.162 0.270 0.039 0.052 0.257 0.010 0.044 0.004 0.001 65 G 0.026 0.010 0.025 0.025 0.056 0.007 0.123 0.586 0.003 0.139 0.001 66 V 0.086 0.297 0.377 0.108 0.064 0.027 0.014 0.001 0.021 0.004 0.001 67 L 0.190 0.188 0.398 0.102 0.046 0.033 0.017 0.003 0.012 0.005 0.006 68 E 0.101 0.398 0.245 0.093 0.098 0.021 0.019 0.004 0.018 0.002 0.001 69 F 0.016 0.743 0.111 0.018 0.074 0.015 0.006 0.001 0.015 0.001 0.001 70 C 0.007 0.795 0.133 0.005 0.030 0.016 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 71 I 0.009 0.819 0.117 0.004 0.026 0.016 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 72 I 0.032 0.326 0.333 0.018 0.053 0.136 0.006 0.001 0.091 0.002 0.001 73 T 0.288 0.298 0.147 0.076 0.128 0.029 0.008 0.003 0.013 0.008 0.001 74 T 0.179 0.236 0.201 0.184 0.094 0.040 0.023 0.006 0.026 0.010 0.001 75 D 0.187 0.141 0.289 0.088 0.080 0.072 0.052 0.010 0.064 0.016 0.002 76 E 0.779 0.018 0.109 0.064 0.005 0.007 0.006 0.003 0.003 0.004 0.002 77 N 0.259 0.046 0.068 0.457 0.016 0.035 0.088 0.017 0.011 0.003 0.001 78 E 0.192 0.057 0.086 0.369 0.033 0.025 0.193 0.022 0.015 0.006 0.001 79 C 0.348 0.047 0.114 0.086 0.085 0.012 0.081 0.077 0.007 0.144 0.001 80 N 0.331 0.060 0.218 0.169 0.051 0.113 0.027 0.005 0.021 0.004 0.001 81 W 0.876 0.026 0.027 0.046 0.008 0.011 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 82 M 0.903 0.026 0.019 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 83 M 0.916 0.025 0.023 0.015 0.007 0.009 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 84 F 0.892 0.025 0.022 0.034 0.004 0.015 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 85 V 0.634 0.088 0.128 0.089 0.005 0.018 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 86 R 0.648 0.021 0.110 0.128 0.009 0.028 0.044 0.002 0.008 0.001 0.001 87 K 0.489 0.074 0.068 0.266 0.024 0.020 0.040 0.011 0.007 0.002 0.001 88 A 0.397 0.131 0.192 0.175 0.044 0.018 0.022 0.006 0.011 0.004 0.001 89 R 0.239 0.207 0.191 0.228 0.047 0.040 0.022 0.005 0.017 0.004 0.001 90 N 0.027 0.135 0.315 0.047 0.047 0.111 0.048 0.002 0.262 0.006 0.001 91 R 0.872 0.004 0.083 0.025 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 92 E 0.435 0.037 0.045 0.376 0.014 0.016 0.048 0.019 0.006 0.002 0.001 93 E 0.245 0.193 0.108 0.297 0.026 0.041 0.061 0.006 0.019 0.001 0.002 94 Q 0.220 0.404 0.235 0.073 0.025 0.011 0.013 0.001 0.017 0.001 0.001 95 N 0.122 0.225 0.369 0.106 0.056 0.053 0.028 0.004 0.034 0.001 0.001 96 L 0.051 0.583 0.208 0.053 0.047 0.029 0.009 0.001 0.017 0.001 0.001 97 V 0.024 0.808 0.120 0.007 0.024 0.008 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 98 A 0.030 0.556 0.286 0.013 0.057 0.030 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 99 Y 0.012 0.599 0.235 0.004 0.057 0.032 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 100 P 0.190 0.045 0.685 0.016 0.008 0.036 0.002 0.001 0.010 0.002 0.006 101 H 0.328 0.248 0.094 0.213 0.050 0.017 0.021 0.010 0.012 0.006 0.001 102 D 0.022 0.031 0.058 0.386 0.028 0.017 0.412 0.025 0.016 0.006 0.001 103 G 0.009 0.006 0.016 0.013 0.034 0.002 0.149 0.689 0.001 0.080 0.001 104 K 0.021 0.437 0.360 0.069 0.046 0.024 0.020 0.002 0.019 0.001 0.001 105 I 0.005 0.721 0.230 0.006 0.018 0.011 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 106 F 0.005 0.826 0.089 0.003 0.056 0.013 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 107 F 0.004 0.868 0.057 0.002 0.049 0.011 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 108 C 0.010 0.811 0.083 0.004 0.057 0.019 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 109 T 0.020 0.698 0.102 0.010 0.126 0.025 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 110 S 0.077 0.426 0.244 0.041 0.124 0.039 0.014 0.003 0.026 0.004 0.001 111 Q 0.103 0.524 0.159 0.051 0.096 0.019 0.018 0.004 0.023 0.002 0.001 112 D 0.078 0.163 0.308 0.147 0.031 0.150 0.060 0.007 0.049 0.002 0.005 113 I 0.028 0.566 0.274 0.018 0.035 0.017 0.002 0.001 0.059 0.001 0.001 114 P 0.014 0.019 0.908 0.001 0.006 0.011 0.001 0.001 0.035 0.002 0.004 115 P 0.322 0.003 0.591 0.020 0.002 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.049 116 E 0.178 0.018 0.072 0.130 0.047 0.012 0.123 0.382 0.009 0.029 0.001 117 N 0.149 0.179 0.311 0.212 0.065 0.021 0.030 0.012 0.016 0.004 0.001 118 E 0.133 0.401 0.344 0.040 0.026 0.029 0.007 0.001 0.016 0.001 0.002 119 L 0.120 0.547 0.219 0.029 0.029 0.036 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 120 L 0.034 0.783 0.080 0.014 0.065 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 121 F 0.067 0.616 0.170 0.014 0.063 0.041 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 122 Y 0.196 0.261 0.243 0.062 0.037 0.121 0.015 0.002 0.062 0.002 0.001 123 Y 0.270 0.174 0.151 0.225 0.059 0.060 0.032 0.005 0.019 0.005 0.001 124 S 0.253 0.102 0.159 0.140 0.129 0.051 0.088 0.020 0.026 0.031 0.001 125 R 0.649 0.059 0.133 0.081 0.027 0.020 0.015 0.004 0.009 0.004 0.001 126 D 0.530 0.043 0.102 0.217 0.020 0.042 0.025 0.005 0.011 0.003 0.001 127 Y 0.696 0.059 0.062 0.126 0.020 0.017 0.007 0.001 0.009 0.002 0.001 128 A 0.862 0.021 0.051 0.042 0.006 0.008 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 129 Q 0.865 0.020 0.043 0.047 0.006 0.007 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 130 Q 0.692 0.046 0.058 0.162 0.008 0.011 0.012 0.003 0.008 0.001 0.001 131 I 0.246 0.074 0.193 0.428 0.008 0.007 0.032 0.001 0.009 0.001 0.001 132 G 0.014 0.003 0.017 0.013 0.026 0.006 0.160 0.665 0.002 0.092 0.001 133 V 0.007 0.437 0.424 0.003 0.037 0.007 0.001 0.001 0.083 0.001 0.001 134 P 0.064 0.005 0.843 0.006 0.001 0.026 0.001 0.001 0.002 0.001 0.051 135 E 0.258 0.239 0.259 0.096 0.062 0.031 0.014 0.017 0.018 0.004 0.001