# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.066 0.124 0.046 0.015 0.128 0.020 0.044 0.228 0.182 0.104 0.042 2 R 0.091 0.103 0.043 0.011 0.153 0.018 0.046 0.180 0.169 0.133 0.052 3 L 0.065 0.270 0.076 0.016 0.178 0.021 0.062 0.095 0.095 0.085 0.035 4 S 0.117 0.142 0.103 0.033 0.169 0.024 0.046 0.048 0.071 0.188 0.060 5 L 0.045 0.417 0.282 0.016 0.150 0.008 0.011 0.014 0.018 0.024 0.012 6 P 0.132 0.335 0.185 0.010 0.244 0.007 0.013 0.021 0.024 0.011 0.017 7 K 0.036 0.124 0.038 0.012 0.087 0.047 0.187 0.181 0.231 0.040 0.018 8 Q 0.168 0.137 0.019 0.008 0.268 0.012 0.089 0.050 0.047 0.128 0.075 9 L 0.264 0.075 0.006 0.001 0.602 0.003 0.005 0.007 0.005 0.009 0.024 10 V 0.176 0.084 0.004 0.001 0.697 0.004 0.009 0.007 0.002 0.003 0.013 11 L 0.397 0.057 0.005 0.002 0.467 0.003 0.002 0.003 0.002 0.006 0.057 12 R 0.205 0.159 0.045 0.021 0.434 0.016 0.011 0.009 0.004 0.019 0.076 13 Q 0.206 0.214 0.048 0.013 0.365 0.011 0.015 0.016 0.014 0.040 0.058 14 S 0.140 0.239 0.131 0.024 0.290 0.016 0.022 0.033 0.023 0.035 0.047 15 I 0.164 0.125 0.074 0.038 0.217 0.035 0.056 0.117 0.073 0.049 0.051 16 V 0.040 0.218 0.094 0.119 0.085 0.098 0.112 0.107 0.060 0.046 0.023 17 G 0.072 0.045 0.094 0.208 0.067 0.059 0.029 0.058 0.043 0.242 0.084 18 A 0.040 0.109 0.105 0.058 0.093 0.037 0.064 0.220 0.145 0.100 0.029 19 E 0.111 0.105 0.077 0.046 0.117 0.043 0.058 0.107 0.070 0.187 0.080 20 V 0.075 0.237 0.120 0.051 0.158 0.029 0.039 0.073 0.066 0.100 0.051 21 G 0.115 0.232 0.077 0.025 0.279 0.021 0.029 0.073 0.047 0.056 0.046 22 V 0.254 0.130 0.034 0.008 0.371 0.010 0.018 0.053 0.037 0.030 0.056 23 W 0.202 0.101 0.050 0.037 0.204 0.074 0.072 0.083 0.042 0.063 0.070 24 T 0.076 0.226 0.099 0.091 0.140 0.053 0.052 0.085 0.083 0.056 0.041 25 G 0.036 0.038 0.050 0.091 0.032 0.038 0.037 0.078 0.172 0.375 0.054 26 E 0.036 0.306 0.130 0.014 0.213 0.008 0.029 0.077 0.092 0.073 0.022 27 T 0.137 0.145 0.029 0.005 0.242 0.008 0.028 0.057 0.086 0.199 0.062 28 I 0.047 0.387 0.281 0.013 0.168 0.008 0.012 0.025 0.029 0.019 0.012 29 P 0.042 0.257 0.440 0.023 0.094 0.032 0.025 0.048 0.027 0.006 0.006 30 V 0.006 0.075 0.016 0.009 0.013 0.020 0.273 0.282 0.281 0.020 0.005 31 R 0.016 0.013 0.012 0.008 0.011 0.006 0.010 0.035 0.030 0.718 0.141 32 T 0.033 0.569 0.085 0.002 0.235 0.003 0.007 0.014 0.009 0.024 0.019 33 C 0.275 0.121 0.018 0.005 0.411 0.018 0.024 0.020 0.013 0.024 0.070 34 F 0.222 0.173 0.049 0.050 0.267 0.026 0.018 0.019 0.019 0.034 0.123 35 G 0.142 0.264 0.101 0.019 0.392 0.012 0.010 0.016 0.008 0.013 0.022 36 P 0.184 0.253 0.089 0.011 0.356 0.011 0.010 0.023 0.018 0.013 0.031 37 L 0.337 0.077 0.036 0.029 0.276 0.040 0.048 0.027 0.019 0.035 0.076 38 I 0.060 0.112 0.057 0.166 0.090 0.128 0.154 0.061 0.071 0.064 0.036 39 G 0.052 0.118 0.153 0.252 0.062 0.040 0.019 0.041 0.051 0.151 0.062 40 Q 0.100 0.258 0.047 0.009 0.446 0.005 0.011 0.033 0.028 0.033 0.030 41 Q 0.295 0.134 0.018 0.005 0.323 0.010 0.018 0.041 0.027 0.024 0.104 42 S 0.117 0.213 0.091 0.046 0.203 0.069 0.066 0.049 0.025 0.051 0.070 43 H 0.054 0.414 0.279 0.027 0.126 0.013 0.008 0.024 0.013 0.024 0.018 44 S 0.047 0.075 0.029 0.008 0.078 0.010 0.015 0.357 0.286 0.074 0.022 45 M 0.009 0.026 0.013 0.003 0.023 0.009 0.035 0.603 0.250 0.023 0.005 46 E 0.026 0.027 0.009 0.003 0.035 0.005 0.027 0.593 0.149 0.107 0.017 47 V 0.046 0.042 0.012 0.007 0.055 0.008 0.025 0.499 0.181 0.097 0.028 48 A 0.015 0.037 0.024 0.010 0.028 0.019 0.028 0.591 0.181 0.054 0.011 49 E 0.018 0.061 0.023 0.005 0.047 0.008 0.056 0.527 0.159 0.083 0.011 50 W 0.050 0.080 0.042 0.009 0.093 0.012 0.056 0.364 0.145 0.118 0.030 51 T 0.056 0.175 0.072 0.013 0.121 0.014 0.036 0.285 0.103 0.086 0.038 52 D 0.071 0.138 0.053 0.013 0.129 0.018 0.047 0.289 0.109 0.091 0.041 53 K 0.043 0.132 0.066 0.017 0.080 0.026 0.070 0.317 0.131 0.091 0.028 54 A 0.088 0.096 0.065 0.021 0.129 0.020 0.040 0.258 0.092 0.135 0.056 55 V 0.043 0.121 0.044 0.021 0.091 0.028 0.049 0.354 0.153 0.075 0.023 56 N 0.053 0.069 0.050 0.032 0.072 0.034 0.050 0.307 0.110 0.174 0.047 57 H 0.082 0.121 0.046 0.014 0.156 0.015 0.034 0.290 0.095 0.111 0.036 58 I 0.143 0.088 0.021 0.009 0.181 0.015 0.028 0.308 0.101 0.060 0.047 59 W 0.111 0.133 0.036 0.011 0.234 0.020 0.033 0.263 0.092 0.036 0.030 60 K 0.166 0.124 0.023 0.006 0.400 0.011 0.029 0.149 0.041 0.024 0.027 61 I 0.221 0.129 0.021 0.007 0.330 0.011 0.031 0.119 0.037 0.034 0.060 62 Y 0.186 0.101 0.056 0.028 0.203 0.031 0.056 0.129 0.052 0.072 0.085 63 H 0.057 0.156 0.115 0.093 0.120 0.079 0.113 0.123 0.065 0.051 0.028 64 N 0.061 0.105 0.096 0.204 0.070 0.079 0.076 0.061 0.066 0.140 0.040 65 G 0.064 0.098 0.120 0.094 0.091 0.043 0.035 0.056 0.078 0.256 0.063 66 V 0.156 0.246 0.115 0.014 0.278 0.011 0.019 0.036 0.031 0.050 0.044 67 L 0.149 0.160 0.044 0.016 0.235 0.035 0.067 0.084 0.081 0.058 0.072 68 E 0.144 0.185 0.044 0.031 0.224 0.045 0.112 0.051 0.043 0.053 0.066 69 F 0.199 0.125 0.019 0.005 0.582 0.007 0.012 0.009 0.006 0.013 0.023 70 C 0.243 0.056 0.003 0.001 0.674 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.011 71 I 0.293 0.100 0.009 0.003 0.509 0.005 0.003 0.005 0.003 0.007 0.062 72 I 0.232 0.150 0.053 0.014 0.418 0.014 0.013 0.010 0.004 0.017 0.074 73 T 0.163 0.150 0.060 0.027 0.204 0.022 0.042 0.079 0.068 0.108 0.078 74 T 0.071 0.228 0.118 0.062 0.155 0.047 0.053 0.075 0.050 0.102 0.038 75 D 0.120 0.228 0.110 0.025 0.287 0.015 0.015 0.057 0.040 0.059 0.043 76 E 0.052 0.078 0.031 0.019 0.076 0.045 0.077 0.292 0.204 0.094 0.034 77 N 0.057 0.115 0.094 0.036 0.100 0.034 0.062 0.254 0.092 0.121 0.037 78 E 0.059 0.064 0.031 0.017 0.077 0.014 0.031 0.361 0.131 0.175 0.041 79 C 0.053 0.103 0.045 0.023 0.083 0.028 0.029 0.415 0.119 0.076 0.028 80 N 0.044 0.081 0.047 0.014 0.079 0.021 0.028 0.525 0.077 0.063 0.022 81 W 0.029 0.025 0.007 0.002 0.033 0.003 0.012 0.734 0.106 0.040 0.010 82 M 0.030 0.016 0.003 0.001 0.046 0.003 0.006 0.799 0.082 0.009 0.006 83 M 0.016 0.013 0.002 0.001 0.041 0.005 0.014 0.829 0.069 0.006 0.003 84 F 0.066 0.014 0.003 0.002 0.068 0.003 0.024 0.748 0.051 0.011 0.010 85 V 0.039 0.030 0.008 0.007 0.060 0.011 0.038 0.659 0.108 0.025 0.015 86 R 0.047 0.048 0.019 0.007 0.077 0.011 0.040 0.488 0.208 0.036 0.021 87 K 0.036 0.066 0.029 0.008 0.067 0.017 0.112 0.351 0.170 0.111 0.033 88 A 0.078 0.172 0.061 0.011 0.137 0.015 0.102 0.204 0.076 0.107 0.036 89 R 0.062 0.135 0.063 0.025 0.096 0.038 0.063 0.080 0.075 0.292 0.070 90 N 0.100 0.300 0.236 0.007 0.299 0.003 0.002 0.017 0.008 0.011 0.016 91 R 0.007 0.017 0.004 0.002 0.013 0.014 0.048 0.487 0.390 0.016 0.003 92 E 0.023 0.032 0.026 0.012 0.040 0.015 0.068 0.399 0.169 0.198 0.018 93 E 0.118 0.045 0.011 0.006 0.121 0.008 0.019 0.295 0.120 0.192 0.065 94 Q 0.109 0.115 0.031 0.012 0.186 0.032 0.062 0.248 0.077 0.083 0.044 95 N 0.181 0.120 0.025 0.012 0.267 0.024 0.051 0.132 0.057 0.075 0.055 96 L 0.246 0.112 0.019 0.006 0.493 0.011 0.021 0.032 0.017 0.020 0.023 97 V 0.212 0.123 0.018 0.006 0.543 0.008 0.015 0.015 0.007 0.011 0.043 98 A 0.272 0.125 0.022 0.006 0.473 0.004 0.006 0.005 0.004 0.018 0.066 99 Y 0.161 0.238 0.064 0.014 0.469 0.007 0.006 0.004 0.002 0.007 0.028 100 P 0.205 0.155 0.228 0.081 0.140 0.037 0.034 0.023 0.018 0.020 0.059 101 H 0.025 0.022 0.054 0.190 0.025 0.158 0.254 0.128 0.096 0.028 0.018 102 D 0.035 0.062 0.074 0.357 0.039 0.121 0.052 0.035 0.058 0.140 0.027 103 G 0.032 0.032 0.024 0.069 0.036 0.053 0.037 0.023 0.040 0.564 0.090 104 K 0.164 0.189 0.019 0.003 0.543 0.005 0.024 0.009 0.008 0.018 0.018 105 I 0.256 0.047 0.002 0.001 0.678 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 106 F 0.239 0.062 0.003 0.002 0.670 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.012 107 F 0.362 0.037 0.003 0.001 0.571 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 108 C 0.304 0.120 0.018 0.011 0.398 0.011 0.007 0.003 0.002 0.018 0.107 109 T 0.226 0.194 0.046 0.015 0.304 0.009 0.012 0.010 0.015 0.038 0.131 110 S 0.157 0.171 0.067 0.037 0.195 0.028 0.026 0.035 0.100 0.096 0.088 111 Q 0.044 0.374 0.095 0.025 0.188 0.031 0.063 0.032 0.075 0.047 0.028 112 D 0.142 0.089 0.038 0.014 0.194 0.012 0.038 0.033 0.058 0.277 0.104 113 I 0.047 0.425 0.256 0.015 0.179 0.007 0.010 0.007 0.018 0.023 0.011 114 P 0.018 0.203 0.699 0.013 0.050 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 115 P 0.009 0.091 0.026 0.009 0.020 0.018 0.216 0.263 0.338 0.006 0.004 116 E 0.020 0.012 0.008 0.007 0.011 0.012 0.031 0.040 0.051 0.712 0.096 117 N 0.057 0.447 0.052 0.003 0.299 0.007 0.022 0.022 0.013 0.044 0.033 118 E 0.297 0.057 0.004 0.001 0.576 0.004 0.010 0.010 0.005 0.007 0.031 119 L 0.223 0.111 0.010 0.004 0.600 0.006 0.006 0.008 0.004 0.004 0.024 120 L 0.292 0.067 0.005 0.002 0.585 0.004 0.005 0.007 0.002 0.003 0.028 121 F 0.262 0.143 0.021 0.007 0.427 0.007 0.006 0.012 0.007 0.016 0.091 122 Y 0.203 0.146 0.053 0.023 0.288 0.030 0.049 0.033 0.016 0.062 0.096 123 Y 0.080 0.255 0.144 0.042 0.161 0.029 0.043 0.058 0.048 0.098 0.043 124 S 0.093 0.261 0.137 0.032 0.178 0.018 0.015 0.083 0.057 0.086 0.040 125 R 0.019 0.060 0.024 0.010 0.045 0.019 0.036 0.458 0.269 0.049 0.011 126 D 0.018 0.038 0.016 0.006 0.036 0.008 0.029 0.596 0.173 0.068 0.013 127 Y 0.015 0.018 0.007 0.003 0.021 0.003 0.010 0.636 0.213 0.061 0.012 128 A 0.011 0.016 0.004 0.002 0.020 0.009 0.020 0.728 0.162 0.024 0.004 129 Q 0.008 0.048 0.016 0.002 0.017 0.005 0.033 0.658 0.179 0.029 0.005 130 Q 0.020 0.008 0.009 0.004 0.018 0.012 0.052 0.500 0.139 0.196 0.043 131 I 0.006 0.757 0.106 0.008 0.040 0.007 0.029 0.025 0.011 0.008 0.002 132 G 0.022 0.010 0.020 0.040 0.012 0.018 0.014 0.028 0.023 0.533 0.282 133 V 0.017 0.552 0.270 0.009 0.113 0.002 0.004 0.009 0.007 0.012 0.005 134 P 0.104 0.356 0.142 0.015 0.225 0.019 0.015 0.033 0.022 0.019 0.049 135 E 0.094 0.221 0.144 0.037 0.169 0.027 0.048 0.110 0.092 0.030 0.028