# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 758 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.480 0.165 0.117 0.090 0.064 0.039 0.021 0.011 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 R 0.384 0.190 0.148 0.111 0.089 0.037 0.019 0.010 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 L 0.240 0.119 0.119 0.162 0.144 0.096 0.059 0.033 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 4 S 0.332 0.170 0.158 0.119 0.100 0.054 0.033 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 5 L 0.173 0.090 0.109 0.160 0.167 0.125 0.072 0.051 0.024 0.020 0.007 0.002 0.001 0.001 6 P 0.259 0.169 0.141 0.142 0.127 0.068 0.040 0.025 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 7 K 0.188 0.113 0.118 0.155 0.143 0.102 0.062 0.048 0.028 0.025 0.012 0.003 0.002 0.001 8 Q 0.111 0.105 0.111 0.156 0.174 0.116 0.084 0.048 0.045 0.027 0.013 0.006 0.002 0.001 9 L 0.034 0.019 0.030 0.063 0.087 0.145 0.133 0.142 0.110 0.112 0.073 0.028 0.017 0.005 10 V 0.052 0.054 0.069 0.127 0.147 0.123 0.121 0.107 0.083 0.048 0.034 0.023 0.007 0.005 11 L 0.016 0.008 0.012 0.023 0.038 0.075 0.095 0.177 0.158 0.178 0.116 0.066 0.032 0.007 12 R 0.045 0.057 0.070 0.113 0.137 0.124 0.113 0.129 0.090 0.057 0.035 0.019 0.008 0.004 13 Q 0.081 0.073 0.092 0.117 0.126 0.117 0.099 0.090 0.072 0.063 0.040 0.020 0.006 0.004 14 S 0.070 0.062 0.080 0.122 0.163 0.156 0.115 0.091 0.074 0.042 0.015 0.007 0.002 0.001 15 I 0.070 0.085 0.108 0.168 0.174 0.128 0.094 0.072 0.055 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 16 V 0.169 0.144 0.148 0.165 0.123 0.102 0.064 0.039 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 17 G 0.264 0.198 0.168 0.122 0.096 0.061 0.037 0.024 0.017 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 18 A 0.114 0.109 0.123 0.147 0.151 0.119 0.088 0.069 0.034 0.024 0.013 0.004 0.002 0.001 19 E 0.136 0.136 0.120 0.117 0.132 0.107 0.090 0.073 0.043 0.021 0.016 0.006 0.003 0.002 20 V 0.025 0.024 0.041 0.075 0.118 0.141 0.138 0.118 0.110 0.090 0.063 0.031 0.016 0.009 21 G 0.014 0.015 0.023 0.049 0.092 0.115 0.148 0.138 0.136 0.103 0.076 0.053 0.023 0.015 22 V 0.018 0.011 0.015 0.026 0.035 0.062 0.082 0.117 0.143 0.153 0.164 0.094 0.057 0.024 23 W 0.023 0.023 0.036 0.067 0.091 0.101 0.127 0.137 0.130 0.088 0.080 0.054 0.025 0.017 24 T 0.014 0.008 0.012 0.023 0.039 0.076 0.091 0.117 0.164 0.169 0.145 0.086 0.042 0.014 25 G 0.047 0.068 0.089 0.145 0.165 0.133 0.113 0.091 0.072 0.039 0.022 0.010 0.004 0.002 26 E 0.203 0.155 0.130 0.140 0.121 0.085 0.063 0.041 0.026 0.017 0.014 0.004 0.002 0.001 27 T 0.116 0.134 0.152 0.179 0.178 0.099 0.063 0.035 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 28 I 0.060 0.055 0.089 0.137 0.175 0.172 0.133 0.102 0.043 0.023 0.007 0.002 0.001 0.001 29 P 0.266 0.173 0.179 0.134 0.112 0.063 0.035 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 30 V 0.267 0.128 0.126 0.143 0.140 0.082 0.045 0.031 0.018 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 31 R 0.210 0.155 0.129 0.154 0.147 0.084 0.050 0.031 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 32 T 0.178 0.115 0.121 0.135 0.132 0.100 0.077 0.065 0.037 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 33 C 0.085 0.053 0.066 0.108 0.143 0.167 0.124 0.091 0.064 0.046 0.029 0.014 0.006 0.003 34 F 0.056 0.031 0.041 0.075 0.118 0.144 0.129 0.087 0.103 0.078 0.066 0.045 0.018 0.008 35 G 0.071 0.051 0.054 0.107 0.102 0.114 0.127 0.108 0.095 0.069 0.058 0.028 0.013 0.006 36 P 0.097 0.080 0.092 0.100 0.102 0.110 0.118 0.092 0.083 0.044 0.048 0.021 0.008 0.005 37 L 0.047 0.029 0.040 0.057 0.083 0.122 0.113 0.147 0.119 0.102 0.080 0.035 0.019 0.006 38 I 0.066 0.058 0.077 0.107 0.148 0.129 0.120 0.095 0.085 0.051 0.031 0.021 0.006 0.005 39 G 0.095 0.063 0.071 0.105 0.121 0.127 0.107 0.097 0.080 0.070 0.038 0.017 0.007 0.003 40 Q 0.189 0.170 0.146 0.146 0.122 0.080 0.059 0.038 0.026 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 41 Q 0.116 0.091 0.103 0.135 0.141 0.133 0.114 0.075 0.047 0.024 0.015 0.004 0.002 0.001 42 S 0.092 0.079 0.113 0.131 0.165 0.154 0.125 0.069 0.039 0.017 0.009 0.003 0.001 0.001 43 H 0.261 0.180 0.164 0.140 0.107 0.064 0.041 0.021 0.012 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 44 S 0.300 0.175 0.171 0.124 0.107 0.054 0.031 0.017 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 45 M 0.474 0.181 0.121 0.093 0.063 0.034 0.016 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 46 E 0.296 0.205 0.148 0.151 0.110 0.044 0.022 0.012 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 47 V 0.091 0.055 0.077 0.158 0.186 0.175 0.115 0.076 0.041 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 48 A 0.428 0.236 0.150 0.099 0.049 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 E 0.641 0.175 0.099 0.043 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 W 0.192 0.123 0.140 0.204 0.187 0.087 0.038 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 51 T 0.470 0.166 0.127 0.101 0.071 0.035 0.016 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.637 0.164 0.090 0.063 0.030 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 K 0.676 0.169 0.082 0.042 0.018 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.457 0.183 0.150 0.086 0.072 0.030 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 V 0.309 0.159 0.125 0.153 0.124 0.066 0.034 0.018 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 56 N 0.443 0.203 0.130 0.084 0.063 0.037 0.020 0.009 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 57 H 0.092 0.068 0.092 0.147 0.171 0.145 0.100 0.083 0.044 0.032 0.017 0.006 0.002 0.001 58 I 0.043 0.043 0.051 0.095 0.139 0.144 0.147 0.143 0.085 0.052 0.031 0.019 0.005 0.002 59 W 0.028 0.027 0.037 0.067 0.083 0.124 0.123 0.163 0.113 0.108 0.074 0.033 0.014 0.005 60 K 0.081 0.066 0.081 0.098 0.113 0.111 0.104 0.106 0.092 0.057 0.046 0.029 0.010 0.006 61 I 0.032 0.021 0.032 0.053 0.082 0.118 0.112 0.141 0.130 0.123 0.078 0.047 0.022 0.008 62 Y 0.037 0.041 0.055 0.107 0.141 0.151 0.142 0.111 0.100 0.058 0.029 0.017 0.007 0.003 63 H 0.099 0.098 0.118 0.163 0.148 0.127 0.094 0.055 0.044 0.027 0.018 0.006 0.002 0.001 64 N 0.219 0.181 0.182 0.141 0.112 0.064 0.043 0.024 0.019 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 65 G 0.154 0.142 0.149 0.154 0.136 0.111 0.065 0.042 0.024 0.013 0.007 0.002 0.001 0.001 66 V 0.123 0.138 0.139 0.161 0.170 0.102 0.066 0.050 0.029 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 67 L 0.086 0.097 0.111 0.157 0.160 0.128 0.095 0.071 0.041 0.031 0.016 0.005 0.003 0.001 68 E 0.070 0.081 0.091 0.115 0.137 0.128 0.118 0.086 0.079 0.045 0.029 0.012 0.005 0.004 69 F 0.009 0.009 0.019 0.036 0.064 0.096 0.115 0.144 0.137 0.135 0.131 0.059 0.029 0.017 70 C 0.006 0.007 0.011 0.025 0.045 0.067 0.100 0.131 0.141 0.126 0.140 0.112 0.054 0.035 71 I 0.005 0.003 0.005 0.010 0.013 0.029 0.054 0.111 0.147 0.172 0.191 0.149 0.078 0.033 72 I 0.006 0.008 0.015 0.031 0.057 0.073 0.104 0.217 0.171 0.123 0.093 0.052 0.031 0.019 73 T 0.013 0.009 0.011 0.022 0.040 0.075 0.073 0.105 0.133 0.172 0.165 0.105 0.054 0.022 74 T 0.073 0.102 0.133 0.202 0.170 0.109 0.085 0.041 0.045 0.019 0.012 0.006 0.002 0.002 75 D 0.161 0.150 0.116 0.164 0.136 0.101 0.063 0.035 0.044 0.016 0.012 0.002 0.001 0.001 76 E 0.189 0.250 0.191 0.155 0.092 0.057 0.034 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 77 N 0.354 0.302 0.176 0.076 0.042 0.023 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.206 0.172 0.221 0.115 0.136 0.077 0.037 0.020 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 79 C 0.061 0.060 0.075 0.142 0.223 0.152 0.113 0.089 0.040 0.030 0.009 0.003 0.002 0.001 80 N 0.061 0.077 0.078 0.126 0.145 0.135 0.125 0.110 0.065 0.042 0.020 0.009 0.004 0.002 81 W 0.017 0.020 0.034 0.068 0.117 0.141 0.138 0.124 0.113 0.093 0.065 0.043 0.014 0.011 82 M 0.010 0.007 0.012 0.023 0.035 0.064 0.103 0.103 0.147 0.139 0.156 0.124 0.052 0.023 83 M 0.013 0.014 0.024 0.045 0.053 0.081 0.116 0.149 0.165 0.118 0.108 0.062 0.031 0.021 84 F 0.004 0.003 0.005 0.009 0.020 0.038 0.057 0.149 0.164 0.171 0.173 0.117 0.063 0.025 85 V 0.006 0.006 0.009 0.018 0.035 0.060 0.090 0.164 0.149 0.164 0.127 0.090 0.060 0.021 86 R 0.028 0.041 0.057 0.101 0.128 0.120 0.134 0.106 0.096 0.081 0.053 0.032 0.012 0.012 87 K 0.033 0.039 0.062 0.098 0.144 0.155 0.139 0.110 0.097 0.061 0.037 0.017 0.006 0.004 88 A 0.036 0.040 0.046 0.099 0.142 0.158 0.148 0.130 0.105 0.055 0.024 0.009 0.005 0.002 89 R 0.064 0.093 0.119 0.182 0.171 0.134 0.107 0.060 0.038 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 90 N 0.329 0.172 0.179 0.106 0.089 0.054 0.032 0.018 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 91 R 0.252 0.146 0.160 0.139 0.133 0.076 0.043 0.025 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 92 E 0.219 0.142 0.130 0.153 0.162 0.082 0.046 0.029 0.018 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 93 E 0.137 0.098 0.118 0.157 0.167 0.112 0.077 0.059 0.037 0.025 0.008 0.003 0.001 0.001 94 Q 0.156 0.083 0.090 0.128 0.125 0.121 0.091 0.077 0.052 0.040 0.024 0.010 0.003 0.002 95 N 0.064 0.065 0.073 0.113 0.138 0.112 0.105 0.112 0.089 0.064 0.036 0.019 0.007 0.004 96 L 0.027 0.019 0.026 0.047 0.060 0.090 0.115 0.208 0.140 0.123 0.078 0.041 0.020 0.007 97 V 0.026 0.034 0.052 0.079 0.117 0.132 0.126 0.161 0.103 0.075 0.045 0.027 0.013 0.008 98 A 0.029 0.016 0.022 0.038 0.067 0.099 0.098 0.135 0.136 0.151 0.094 0.068 0.033 0.013 99 Y 0.033 0.051 0.084 0.178 0.174 0.142 0.132 0.076 0.063 0.034 0.018 0.010 0.004 0.002 100 P 0.050 0.059 0.076 0.145 0.146 0.173 0.117 0.078 0.082 0.038 0.024 0.008 0.003 0.002 101 H 0.110 0.147 0.160 0.180 0.143 0.110 0.063 0.040 0.027 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 102 D 0.258 0.272 0.171 0.122 0.075 0.040 0.026 0.020 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 103 G 0.114 0.170 0.177 0.144 0.145 0.107 0.065 0.037 0.022 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 104 K 0.035 0.051 0.075 0.118 0.191 0.172 0.143 0.101 0.060 0.029 0.015 0.005 0.003 0.002 105 I 0.011 0.010 0.019 0.038 0.079 0.133 0.166 0.138 0.143 0.110 0.075 0.040 0.025 0.013 106 F 0.007 0.007 0.013 0.031 0.065 0.085 0.124 0.127 0.137 0.126 0.125 0.089 0.038 0.026 107 F 0.007 0.004 0.006 0.011 0.014 0.031 0.052 0.088 0.140 0.162 0.208 0.148 0.089 0.039 108 C 0.010 0.008 0.013 0.028 0.047 0.059 0.092 0.157 0.172 0.145 0.100 0.101 0.041 0.027 109 T 0.004 0.004 0.005 0.011 0.022 0.044 0.065 0.184 0.193 0.204 0.146 0.066 0.040 0.013 110 S 0.010 0.019 0.027 0.080 0.129 0.148 0.121 0.123 0.160 0.114 0.037 0.020 0.007 0.006 111 Q 0.101 0.122 0.132 0.154 0.144 0.109 0.088 0.056 0.042 0.025 0.018 0.006 0.002 0.001 112 D 0.096 0.150 0.161 0.175 0.178 0.101 0.061 0.039 0.026 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 113 I 0.025 0.033 0.063 0.136 0.174 0.205 0.183 0.111 0.042 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 114 P 0.140 0.141 0.199 0.166 0.174 0.080 0.050 0.028 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 115 P 0.328 0.149 0.163 0.128 0.108 0.058 0.029 0.017 0.009 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 116 E 0.275 0.169 0.135 0.140 0.133 0.068 0.034 0.021 0.014 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 117 N 0.085 0.072 0.080 0.158 0.179 0.139 0.096 0.085 0.051 0.036 0.013 0.005 0.002 0.001 118 E 0.056 0.056 0.057 0.123 0.168 0.142 0.121 0.109 0.086 0.049 0.017 0.010 0.003 0.002 119 L 0.032 0.017 0.029 0.050 0.066 0.114 0.118 0.144 0.129 0.111 0.107 0.044 0.028 0.010 120 L 0.038 0.029 0.045 0.084 0.116 0.127 0.137 0.102 0.106 0.074 0.058 0.049 0.020 0.016 121 F 0.028 0.013 0.019 0.033 0.048 0.083 0.103 0.137 0.135 0.145 0.126 0.077 0.040 0.013 122 Y 0.067 0.063 0.070 0.121 0.141 0.118 0.121 0.114 0.088 0.041 0.032 0.014 0.006 0.003 123 Y 0.047 0.049 0.060 0.124 0.123 0.177 0.132 0.080 0.074 0.060 0.047 0.018 0.006 0.003 124 S 0.182 0.142 0.132 0.134 0.149 0.106 0.059 0.031 0.044 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 125 R 0.274 0.200 0.151 0.164 0.099 0.046 0.029 0.017 0.010 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 126 D 0.506 0.261 0.144 0.046 0.021 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Y 0.161 0.106 0.147 0.145 0.193 0.124 0.061 0.033 0.020 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 128 A 0.284 0.171 0.137 0.156 0.124 0.054 0.038 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 129 Q 0.652 0.218 0.075 0.030 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 Q 0.343 0.183 0.159 0.119 0.102 0.047 0.024 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 131 I 0.171 0.089 0.128 0.162 0.177 0.126 0.077 0.043 0.015 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 132 G 0.588 0.183 0.100 0.056 0.038 0.018 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 133 V 0.313 0.123 0.141 0.150 0.132 0.068 0.035 0.017 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 134 P 0.330 0.134 0.125 0.136 0.119 0.074 0.040 0.021 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 135 E 0.461 0.183 0.133 0.089 0.060 0.035 0.018 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001