# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 999 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.007 0.026 0.551 0.006 0.070 0.062 0.001 0.001 0.026 0.081 0.052 0.033 0.082 2 R 0.004 0.020 0.505 0.010 0.143 0.059 0.002 0.001 0.015 0.065 0.070 0.036 0.072 3 L 0.003 0.018 0.261 0.008 0.233 0.066 0.001 0.001 0.015 0.091 0.205 0.028 0.072 4 S 0.002 0.019 0.432 0.009 0.054 0.025 0.001 0.001 0.016 0.170 0.197 0.033 0.043 5 L 0.001 0.017 0.680 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.012 0.190 0.024 0.028 0.022 6 P 0.001 0.005 0.864 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.010 0.057 0.012 0.007 0.031 7 K 0.002 0.009 0.460 0.070 0.081 0.013 0.001 0.001 0.057 0.152 0.093 0.042 0.019 8 Q 0.013 0.009 0.308 0.068 0.079 0.017 0.020 0.008 0.101 0.106 0.109 0.032 0.128 9 L 0.103 0.011 0.152 0.019 0.016 0.008 0.093 0.087 0.271 0.023 0.006 0.080 0.132 10 V 0.233 0.006 0.028 0.003 0.002 0.003 0.103 0.157 0.286 0.003 0.001 0.124 0.051 11 L 0.150 0.010 0.051 0.011 0.002 0.004 0.120 0.156 0.231 0.005 0.003 0.033 0.226 12 R 0.054 0.006 0.242 0.123 0.005 0.011 0.048 0.025 0.181 0.029 0.014 0.202 0.060 13 Q 0.032 0.011 0.288 0.026 0.027 0.027 0.018 0.009 0.132 0.110 0.054 0.041 0.225 14 S 0.023 0.024 0.301 0.022 0.050 0.056 0.009 0.004 0.053 0.146 0.107 0.105 0.100 15 I 0.021 0.032 0.284 0.010 0.082 0.061 0.004 0.002 0.017 0.132 0.150 0.084 0.120 16 V 0.010 0.027 0.270 0.026 0.081 0.050 0.002 0.001 0.008 0.123 0.287 0.034 0.079 17 G 0.008 0.009 0.278 0.011 0.052 0.023 0.001 0.001 0.005 0.208 0.318 0.055 0.031 18 A 0.012 0.013 0.246 0.028 0.053 0.022 0.001 0.001 0.007 0.223 0.308 0.019 0.068 19 E 0.025 0.016 0.188 0.023 0.023 0.016 0.003 0.001 0.010 0.271 0.259 0.130 0.036 20 V 0.109 0.016 0.269 0.032 0.012 0.010 0.013 0.006 0.023 0.072 0.070 0.035 0.335 21 G 0.260 0.014 0.075 0.023 0.006 0.010 0.037 0.010 0.024 0.025 0.014 0.429 0.072 22 V 0.579 0.005 0.018 0.005 0.002 0.004 0.039 0.016 0.018 0.003 0.003 0.048 0.260 23 W 0.520 0.007 0.023 0.038 0.004 0.007 0.057 0.017 0.019 0.006 0.004 0.209 0.090 24 T 0.315 0.007 0.063 0.051 0.010 0.014 0.049 0.010 0.049 0.020 0.028 0.147 0.236 25 G 0.147 0.010 0.165 0.056 0.030 0.011 0.021 0.003 0.030 0.077 0.082 0.093 0.275 26 E 0.053 0.012 0.196 0.018 0.016 0.005 0.006 0.001 0.024 0.121 0.050 0.402 0.095 27 T 0.018 0.034 0.292 0.005 0.010 0.003 0.003 0.001 0.015 0.073 0.036 0.036 0.473 28 I 0.004 0.029 0.691 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.010 0.092 0.006 0.123 0.031 29 P 0.001 0.002 0.859 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.055 0.006 0.019 0.044 30 V 0.001 0.007 0.094 0.033 0.233 0.010 0.001 0.001 0.007 0.091 0.499 0.007 0.016 31 R 0.002 0.006 0.176 0.018 0.082 0.006 0.001 0.001 0.006 0.167 0.503 0.020 0.013 32 T 0.022 0.020 0.519 0.012 0.053 0.008 0.011 0.004 0.043 0.097 0.019 0.041 0.149 33 C 0.097 0.035 0.120 0.005 0.006 0.009 0.071 0.033 0.163 0.023 0.009 0.327 0.100 34 F 0.261 0.028 0.081 0.029 0.002 0.005 0.046 0.045 0.091 0.011 0.010 0.043 0.349 35 G 0.062 0.006 0.129 0.045 0.002 0.004 0.012 0.007 0.025 0.034 0.005 0.643 0.026 36 P 0.039 0.007 0.116 0.008 0.005 0.006 0.010 0.005 0.032 0.028 0.018 0.011 0.715 37 L 0.067 0.011 0.128 0.075 0.028 0.028 0.013 0.006 0.042 0.060 0.067 0.437 0.039 38 I 0.065 0.011 0.132 0.076 0.035 0.027 0.009 0.004 0.040 0.086 0.273 0.032 0.211 39 G 0.047 0.008 0.279 0.032 0.041 0.028 0.006 0.001 0.012 0.157 0.159 0.123 0.106 40 Q 0.109 0.018 0.214 0.010 0.021 0.052 0.019 0.006 0.057 0.071 0.033 0.233 0.157 41 Q 0.100 0.039 0.143 0.008 0.011 0.058 0.028 0.007 0.031 0.040 0.026 0.059 0.450 42 S 0.063 0.024 0.373 0.040 0.007 0.060 0.007 0.002 0.025 0.073 0.025 0.237 0.065 43 H 0.009 0.004 0.621 0.006 0.008 0.066 0.001 0.001 0.014 0.091 0.019 0.037 0.125 44 S 0.003 0.003 0.176 0.008 0.051 0.514 0.001 0.001 0.005 0.040 0.141 0.007 0.052 45 M 0.005 0.004 0.059 0.006 0.111 0.697 0.001 0.001 0.003 0.033 0.047 0.022 0.013 46 E 0.009 0.004 0.043 0.002 0.083 0.736 0.001 0.001 0.003 0.016 0.021 0.008 0.073 47 V 0.006 0.005 0.039 0.004 0.064 0.786 0.001 0.001 0.003 0.009 0.032 0.010 0.041 48 A 0.004 0.002 0.028 0.004 0.041 0.841 0.001 0.001 0.001 0.008 0.046 0.012 0.013 49 E 0.005 0.002 0.021 0.002 0.051 0.806 0.001 0.001 0.002 0.011 0.071 0.005 0.023 50 W 0.006 0.004 0.059 0.004 0.034 0.716 0.001 0.001 0.002 0.029 0.105 0.014 0.025 51 T 0.004 0.006 0.181 0.005 0.035 0.524 0.001 0.001 0.003 0.060 0.133 0.020 0.029 52 D 0.003 0.007 0.240 0.003 0.058 0.430 0.001 0.001 0.004 0.066 0.139 0.016 0.035 53 K 0.002 0.012 0.214 0.004 0.066 0.370 0.001 0.001 0.004 0.062 0.216 0.012 0.038 54 A 0.002 0.009 0.305 0.006 0.073 0.286 0.001 0.001 0.004 0.090 0.172 0.024 0.026 55 V 0.002 0.007 0.188 0.007 0.091 0.261 0.001 0.001 0.005 0.099 0.297 0.011 0.031 56 N 0.003 0.009 0.205 0.010 0.058 0.194 0.001 0.001 0.006 0.130 0.330 0.023 0.033 57 H 0.014 0.016 0.280 0.016 0.057 0.236 0.002 0.001 0.013 0.112 0.126 0.057 0.071 58 I 0.057 0.022 0.214 0.026 0.034 0.183 0.010 0.004 0.032 0.055 0.100 0.055 0.209 59 W 0.146 0.016 0.145 0.042 0.025 0.143 0.020 0.006 0.031 0.038 0.057 0.176 0.154 60 K 0.243 0.014 0.070 0.024 0.020 0.120 0.034 0.010 0.027 0.025 0.024 0.208 0.182 61 I 0.286 0.017 0.051 0.020 0.019 0.097 0.045 0.013 0.022 0.016 0.026 0.100 0.289 62 Y 0.231 0.023 0.115 0.047 0.026 0.080 0.021 0.011 0.027 0.033 0.051 0.192 0.142 63 H 0.071 0.016 0.205 0.027 0.034 0.069 0.006 0.003 0.017 0.108 0.196 0.101 0.147 64 N 0.009 0.010 0.163 0.016 0.022 0.031 0.001 0.001 0.007 0.148 0.516 0.026 0.050 65 G 0.005 0.014 0.238 0.009 0.018 0.016 0.001 0.001 0.005 0.306 0.330 0.031 0.026 66 V 0.006 0.015 0.551 0.010 0.015 0.010 0.001 0.001 0.010 0.233 0.052 0.039 0.058 67 L 0.009 0.018 0.436 0.040 0.036 0.023 0.002 0.001 0.029 0.189 0.090 0.038 0.090 68 E 0.024 0.010 0.282 0.144 0.045 0.031 0.013 0.006 0.060 0.102 0.116 0.058 0.109 69 F 0.124 0.012 0.124 0.042 0.024 0.024 0.106 0.058 0.128 0.044 0.024 0.134 0.158 70 C 0.331 0.008 0.032 0.006 0.005 0.009 0.150 0.141 0.128 0.006 0.004 0.073 0.108 71 I 0.285 0.009 0.039 0.012 0.004 0.009 0.148 0.169 0.115 0.007 0.006 0.113 0.084 72 I 0.132 0.015 0.181 0.038 0.009 0.015 0.073 0.074 0.136 0.038 0.031 0.120 0.139 73 T 0.028 0.022 0.368 0.025 0.017 0.024 0.015 0.014 0.077 0.171 0.090 0.039 0.111 74 T 0.004 0.011 0.553 0.010 0.019 0.020 0.002 0.001 0.022 0.219 0.078 0.039 0.024 75 D 0.001 0.010 0.267 0.004 0.152 0.078 0.001 0.001 0.005 0.189 0.265 0.006 0.021 76 E 0.001 0.009 0.130 0.005 0.173 0.111 0.001 0.001 0.002 0.105 0.450 0.004 0.008 77 N 0.002 0.015 0.206 0.003 0.112 0.123 0.001 0.001 0.004 0.232 0.283 0.009 0.011 78 E 0.002 0.020 0.273 0.002 0.042 0.237 0.001 0.001 0.003 0.236 0.162 0.005 0.018 79 C 0.003 0.030 0.246 0.005 0.032 0.392 0.001 0.001 0.005 0.179 0.077 0.017 0.012 80 N 0.007 0.015 0.230 0.005 0.039 0.478 0.001 0.001 0.006 0.098 0.077 0.013 0.031 81 W 0.007 0.007 0.059 0.007 0.037 0.772 0.001 0.001 0.004 0.022 0.062 0.005 0.018 82 M 0.013 0.006 0.029 0.007 0.046 0.817 0.002 0.001 0.004 0.013 0.030 0.014 0.017 83 M 0.017 0.006 0.014 0.005 0.049 0.792 0.003 0.002 0.006 0.014 0.041 0.011 0.040 84 F 0.023 0.005 0.012 0.004 0.031 0.824 0.004 0.002 0.004 0.006 0.052 0.018 0.014 85 V 0.039 0.016 0.027 0.009 0.031 0.751 0.006 0.006 0.009 0.018 0.046 0.012 0.030 86 R 0.018 0.007 0.068 0.014 0.102 0.536 0.002 0.001 0.007 0.043 0.149 0.035 0.018 87 K 0.004 0.004 0.067 0.007 0.087 0.390 0.001 0.001 0.008 0.041 0.361 0.006 0.023 88 A 0.004 0.012 0.258 0.004 0.088 0.253 0.001 0.001 0.009 0.131 0.205 0.014 0.019 89 R 0.002 0.045 0.444 0.002 0.026 0.110 0.001 0.001 0.010 0.262 0.072 0.010 0.015 90 N 0.001 0.002 0.892 0.001 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.076 0.006 0.004 0.007 91 R 0.001 0.002 0.050 0.002 0.139 0.169 0.001 0.001 0.001 0.036 0.597 0.001 0.003 92 E 0.001 0.002 0.069 0.002 0.170 0.083 0.001 0.001 0.001 0.088 0.577 0.003 0.003 93 E 0.005 0.005 0.258 0.005 0.346 0.150 0.001 0.001 0.004 0.070 0.061 0.005 0.091 94 Q 0.019 0.024 0.172 0.027 0.086 0.202 0.004 0.002 0.036 0.086 0.113 0.144 0.085 95 N 0.073 0.013 0.149 0.019 0.037 0.083 0.007 0.003 0.037 0.032 0.110 0.050 0.389 96 L 0.208 0.008 0.145 0.039 0.013 0.049 0.019 0.005 0.028 0.030 0.039 0.312 0.104 97 V 0.339 0.010 0.053 0.012 0.004 0.017 0.043 0.006 0.020 0.015 0.012 0.219 0.249 98 A 0.326 0.016 0.067 0.023 0.003 0.009 0.028 0.005 0.018 0.013 0.010 0.109 0.372 99 Y 0.088 0.009 0.216 0.028 0.003 0.004 0.005 0.002 0.024 0.029 0.009 0.434 0.145 100 P 0.011 0.007 0.200 0.008 0.008 0.002 0.002 0.001 0.006 0.055 0.139 0.022 0.539 101 H 0.002 0.003 0.056 0.016 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.148 0.708 0.047 0.008 102 D 0.001 0.001 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.210 0.760 0.003 0.004 103 G 0.006 0.009 0.186 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.551 0.181 0.021 0.030 104 K 0.084 0.021 0.240 0.037 0.002 0.001 0.015 0.002 0.034 0.076 0.013 0.311 0.164 105 I 0.457 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.081 0.010 0.016 0.001 0.001 0.025 0.391 106 F 0.666 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.094 0.018 0.009 0.001 0.001 0.179 0.018 107 F 0.642 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.161 0.017 0.005 0.001 0.001 0.047 0.123 108 C 0.706 0.001 0.004 0.017 0.001 0.001 0.086 0.019 0.018 0.001 0.001 0.092 0.056 109 T 0.378 0.003 0.037 0.049 0.003 0.004 0.079 0.028 0.131 0.012 0.007 0.146 0.122 110 S 0.197 0.008 0.141 0.061 0.040 0.003 0.038 0.006 0.047 0.051 0.048 0.078 0.283 111 Q 0.041 0.010 0.240 0.020 0.037 0.004 0.008 0.001 0.032 0.188 0.087 0.256 0.078 112 D 0.012 0.024 0.407 0.004 0.017 0.002 0.002 0.001 0.021 0.123 0.064 0.036 0.286 113 I 0.001 0.070 0.652 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.007 0.216 0.005 0.032 0.011 114 P 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 0.008 115 P 0.001 0.001 0.019 0.005 0.219 0.026 0.001 0.001 0.001 0.024 0.702 0.001 0.002 116 E 0.001 0.001 0.008 0.003 0.051 0.010 0.001 0.001 0.001 0.032 0.893 0.001 0.001 117 N 0.008 0.008 0.384 0.005 0.228 0.069 0.001 0.001 0.008 0.084 0.037 0.017 0.152 118 E 0.073 0.052 0.169 0.009 0.018 0.097 0.025 0.005 0.057 0.029 0.008 0.175 0.282 119 L 0.211 0.024 0.022 0.011 0.005 0.041 0.071 0.011 0.032 0.005 0.010 0.301 0.258 120 L 0.469 0.006 0.022 0.040 0.005 0.055 0.054 0.012 0.017 0.005 0.011 0.209 0.096 121 F 0.549 0.006 0.029 0.015 0.004 0.041 0.024 0.006 0.012 0.010 0.009 0.127 0.168 122 Y 0.175 0.008 0.141 0.024 0.015 0.145 0.014 0.003 0.015 0.037 0.061 0.136 0.227 123 Y 0.073 0.017 0.164 0.024 0.046 0.187 0.005 0.002 0.012 0.096 0.191 0.068 0.115 124 S 0.014 0.008 0.378 0.011 0.022 0.149 0.001 0.001 0.005 0.170 0.152 0.041 0.049 125 R 0.004 0.007 0.226 0.004 0.062 0.355 0.001 0.001 0.003 0.187 0.123 0.012 0.019 126 D 0.004 0.011 0.185 0.002 0.078 0.478 0.001 0.001 0.003 0.101 0.091 0.009 0.037 127 Y 0.002 0.005 0.066 0.003 0.124 0.662 0.001 0.001 0.002 0.024 0.077 0.004 0.030 128 A 0.001 0.003 0.036 0.004 0.188 0.636 0.001 0.001 0.001 0.013 0.102 0.004 0.012 129 Q 0.001 0.003 0.026 0.002 0.203 0.648 0.001 0.001 0.002 0.014 0.089 0.004 0.009 130 Q 0.003 0.009 0.054 0.003 0.187 0.538 0.001 0.001 0.003 0.025 0.150 0.009 0.019 131 I 0.003 0.012 0.119 0.005 0.077 0.219 0.001 0.001 0.005 0.089 0.434 0.020 0.017 132 G 0.002 0.012 0.286 0.003 0.022 0.042 0.001 0.001 0.006 0.162 0.435 0.013 0.016 133 V 0.001 0.020 0.727 0.001 0.004 0.006 0.001 0.001 0.006 0.183 0.021 0.019 0.014 134 P 0.001 0.008 0.904 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.054 0.005 0.004 0.015 135 E 0.001 0.011 0.742 0.004 0.055 0.021 0.001 0.001 0.009 0.095 0.040 0.012 0.011