# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 999 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.064 0.050 0.219 0.244 0.011 0.050 0.021 0.011 0.009 0.003 0.027 0.044 0.197 0.007 0.017 0.026 2 R 0.021 0.079 0.169 0.233 0.048 0.113 0.056 0.014 0.013 0.007 0.025 0.024 0.125 0.030 0.009 0.034 3 L 0.032 0.091 0.092 0.495 0.007 0.051 0.007 0.051 0.009 0.003 0.037 0.016 0.061 0.003 0.030 0.016 4 S 0.024 0.125 0.213 0.369 0.009 0.040 0.008 0.005 0.055 0.008 0.012 0.020 0.026 0.002 0.003 0.080 5 L 0.129 0.040 0.213 0.460 0.016 0.050 0.009 0.008 0.004 0.001 0.020 0.009 0.027 0.002 0.003 0.011 6 P 0.012 0.108 0.218 0.272 0.031 0.251 0.014 0.018 0.006 0.004 0.018 0.017 0.016 0.006 0.002 0.007 7 K 0.012 0.133 0.033 0.640 0.002 0.061 0.002 0.033 0.007 0.001 0.046 0.009 0.010 0.001 0.006 0.003 8 Q 0.011 0.126 0.113 0.676 0.001 0.017 0.001 0.001 0.019 0.002 0.004 0.016 0.003 0.001 0.001 0.009 9 L 0.044 0.010 0.245 0.679 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 10 V 0.002 0.011 0.202 0.756 0.006 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.009 0.012 0.913 0.024 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.045 0.013 0.791 0.026 0.092 0.001 0.017 0.002 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 13 Q 0.004 0.056 0.019 0.767 0.009 0.074 0.001 0.023 0.010 0.004 0.020 0.005 0.004 0.001 0.001 0.002 14 S 0.030 0.084 0.047 0.292 0.040 0.364 0.003 0.007 0.026 0.014 0.029 0.043 0.013 0.001 0.001 0.005 15 I 0.011 0.046 0.025 0.052 0.565 0.040 0.053 0.011 0.002 0.002 0.130 0.011 0.009 0.040 0.001 0.002 16 V 0.002 0.082 0.028 0.074 0.014 0.030 0.006 0.490 0.003 0.002 0.020 0.059 0.012 0.003 0.172 0.003 17 G 0.007 0.027 0.046 0.037 0.026 0.028 0.058 0.011 0.315 0.117 0.024 0.017 0.029 0.015 0.008 0.235 18 A 0.595 0.026 0.049 0.069 0.003 0.023 0.005 0.061 0.009 0.004 0.044 0.023 0.035 0.001 0.046 0.009 19 E 0.022 0.109 0.226 0.072 0.049 0.112 0.079 0.007 0.076 0.072 0.031 0.041 0.020 0.052 0.002 0.030 20 V 0.126 0.082 0.107 0.563 0.001 0.006 0.001 0.053 0.002 0.001 0.011 0.007 0.009 0.001 0.029 0.003 21 G 0.010 0.008 0.301 0.478 0.003 0.074 0.003 0.001 0.030 0.045 0.005 0.012 0.012 0.001 0.001 0.019 22 V 0.058 0.030 0.102 0.729 0.016 0.021 0.002 0.002 0.001 0.001 0.016 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 23 W 0.001 0.018 0.021 0.585 0.284 0.055 0.008 0.006 0.001 0.002 0.003 0.007 0.004 0.007 0.001 0.001 24 T 0.004 0.049 0.034 0.442 0.026 0.201 0.005 0.151 0.006 0.002 0.029 0.008 0.019 0.002 0.018 0.003 25 G 0.005 0.074 0.023 0.316 0.017 0.106 0.006 0.020 0.173 0.060 0.111 0.039 0.025 0.002 0.003 0.019 26 E 0.176 0.126 0.060 0.397 0.004 0.027 0.003 0.011 0.012 0.006 0.042 0.068 0.047 0.001 0.007 0.013 27 T 0.019 0.090 0.379 0.355 0.007 0.035 0.003 0.002 0.012 0.001 0.005 0.019 0.020 0.001 0.001 0.051 28 I 0.022 0.030 0.424 0.406 0.022 0.034 0.011 0.004 0.001 0.001 0.010 0.004 0.020 0.001 0.002 0.008 29 P 0.001 0.019 0.028 0.037 0.482 0.289 0.065 0.012 0.001 0.003 0.011 0.004 0.008 0.040 0.001 0.001 30 V 0.003 0.037 0.005 0.084 0.005 0.025 0.002 0.464 0.004 0.001 0.284 0.010 0.012 0.002 0.059 0.002 31 R 0.007 0.079 0.026 0.061 0.003 0.015 0.005 0.005 0.415 0.071 0.020 0.223 0.009 0.002 0.004 0.056 32 T 0.577 0.020 0.209 0.117 0.003 0.007 0.003 0.003 0.004 0.001 0.005 0.007 0.015 0.001 0.005 0.023 33 C 0.023 0.023 0.575 0.133 0.035 0.123 0.030 0.003 0.004 0.006 0.006 0.007 0.013 0.008 0.001 0.010 34 F 0.011 0.209 0.136 0.567 0.002 0.016 0.001 0.030 0.002 0.001 0.006 0.004 0.007 0.001 0.005 0.003 35 G 0.006 0.013 0.029 0.794 0.011 0.079 0.002 0.004 0.020 0.017 0.007 0.004 0.009 0.001 0.001 0.005 36 P 0.034 0.053 0.170 0.626 0.013 0.048 0.001 0.007 0.002 0.001 0.024 0.007 0.010 0.001 0.001 0.002 37 L 0.003 0.017 0.018 0.291 0.452 0.135 0.024 0.005 0.003 0.003 0.011 0.014 0.003 0.020 0.001 0.001 38 I 0.005 0.137 0.065 0.467 0.004 0.020 0.002 0.223 0.002 0.001 0.010 0.008 0.008 0.001 0.046 0.002 39 G 0.006 0.022 0.029 0.456 0.009 0.041 0.003 0.003 0.193 0.150 0.016 0.010 0.017 0.001 0.001 0.044 40 Q 0.297 0.040 0.100 0.472 0.006 0.021 0.001 0.004 0.002 0.001 0.021 0.013 0.017 0.001 0.001 0.004 41 Q 0.006 0.043 0.149 0.437 0.008 0.285 0.003 0.004 0.004 0.003 0.010 0.023 0.016 0.001 0.001 0.007 42 S 0.006 0.176 0.101 0.595 0.006 0.059 0.002 0.008 0.001 0.001 0.015 0.008 0.015 0.001 0.001 0.005 43 H 0.005 0.029 0.012 0.129 0.004 0.718 0.002 0.004 0.003 0.004 0.032 0.028 0.026 0.001 0.001 0.002 44 S 0.006 0.014 0.014 0.022 0.002 0.107 0.001 0.003 0.001 0.001 0.732 0.036 0.060 0.001 0.001 0.001 45 M 0.003 0.031 0.010 0.036 0.001 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.182 0.661 0.055 0.001 0.002 0.001 46 E 0.002 0.019 0.034 0.024 0.001 0.022 0.006 0.001 0.001 0.001 0.024 0.317 0.519 0.002 0.011 0.019 47 V 0.001 0.002 0.012 0.010 0.001 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 0.021 0.909 0.001 0.003 0.006 48 A 0.001 0.011 0.011 0.014 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.040 0.860 0.005 0.003 0.010 49 E 0.003 0.007 0.011 0.041 0.001 0.012 0.004 0.001 0.002 0.001 0.017 0.025 0.833 0.006 0.008 0.030 50 W 0.006 0.013 0.088 0.028 0.001 0.013 0.017 0.001 0.002 0.001 0.012 0.022 0.703 0.021 0.011 0.062 51 T 0.012 0.021 0.060 0.029 0.001 0.042 0.010 0.003 0.001 0.001 0.018 0.018 0.718 0.007 0.026 0.033 52 D 0.010 0.021 0.037 0.025 0.004 0.087 0.014 0.003 0.003 0.001 0.074 0.030 0.616 0.017 0.010 0.047 53 K 0.030 0.069 0.053 0.046 0.003 0.026 0.014 0.008 0.003 0.001 0.177 0.115 0.362 0.017 0.038 0.037 54 A 0.009 0.038 0.082 0.024 0.006 0.060 0.065 0.004 0.005 0.002 0.031 0.158 0.401 0.033 0.030 0.052 55 V 0.014 0.020 0.075 0.029 0.003 0.031 0.030 0.013 0.002 0.001 0.075 0.029 0.560 0.017 0.063 0.037 56 N 0.019 0.078 0.077 0.058 0.002 0.046 0.012 0.011 0.019 0.005 0.056 0.132 0.353 0.008 0.028 0.098 57 H 0.072 0.034 0.123 0.102 0.003 0.047 0.017 0.004 0.011 0.002 0.050 0.052 0.383 0.012 0.014 0.076 58 I 0.042 0.052 0.313 0.157 0.003 0.069 0.015 0.005 0.004 0.001 0.031 0.044 0.213 0.012 0.011 0.031 59 W 0.013 0.118 0.180 0.383 0.001 0.028 0.008 0.004 0.004 0.001 0.010 0.026 0.191 0.002 0.009 0.021 60 K 0.012 0.018 0.118 0.569 0.006 0.035 0.006 0.002 0.003 0.001 0.012 0.009 0.184 0.003 0.002 0.021 61 I 0.014 0.028 0.155 0.487 0.029 0.070 0.011 0.009 0.002 0.001 0.020 0.013 0.143 0.007 0.003 0.009 62 Y 0.004 0.058 0.067 0.377 0.155 0.129 0.038 0.025 0.004 0.004 0.018 0.019 0.070 0.017 0.008 0.007 63 H 0.004 0.030 0.014 0.072 0.413 0.047 0.161 0.041 0.005 0.005 0.040 0.008 0.023 0.121 0.009 0.007 64 N 0.014 0.037 0.026 0.068 0.006 0.022 0.005 0.474 0.018 0.007 0.028 0.016 0.017 0.002 0.247 0.013 65 G 0.038 0.050 0.053 0.052 0.003 0.019 0.007 0.005 0.315 0.190 0.025 0.028 0.028 0.002 0.005 0.180 66 V 0.661 0.067 0.073 0.047 0.003 0.044 0.004 0.005 0.005 0.001 0.018 0.026 0.027 0.002 0.005 0.011 67 L 0.032 0.064 0.329 0.111 0.004 0.276 0.007 0.010 0.005 0.003 0.077 0.030 0.031 0.004 0.004 0.012 68 E 0.013 0.434 0.187 0.274 0.001 0.022 0.003 0.004 0.004 0.001 0.009 0.029 0.009 0.001 0.003 0.008 69 F 0.019 0.030 0.134 0.747 0.001 0.020 0.003 0.001 0.003 0.001 0.006 0.007 0.016 0.001 0.001 0.013 70 C 0.012 0.014 0.542 0.355 0.005 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.014 0.001 0.001 0.004 71 I 0.003 0.034 0.053 0.850 0.008 0.031 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 72 I 0.002 0.046 0.021 0.582 0.015 0.286 0.002 0.007 0.003 0.001 0.009 0.010 0.013 0.001 0.001 0.003 73 T 0.010 0.088 0.034 0.367 0.052 0.217 0.008 0.026 0.007 0.003 0.138 0.018 0.022 0.004 0.002 0.004 74 T 0.013 0.240 0.038 0.129 0.010 0.200 0.005 0.043 0.012 0.006 0.078 0.164 0.040 0.002 0.014 0.007 75 D 0.016 0.055 0.047 0.040 0.046 0.184 0.035 0.010 0.019 0.011 0.191 0.086 0.198 0.020 0.008 0.035 76 E 0.038 0.079 0.064 0.034 0.014 0.032 0.022 0.056 0.003 0.002 0.249 0.161 0.131 0.022 0.077 0.017 77 N 0.009 0.061 0.089 0.019 0.012 0.046 0.131 0.014 0.026 0.014 0.037 0.220 0.145 0.050 0.048 0.080 78 E 0.079 0.031 0.140 0.042 0.007 0.028 0.069 0.041 0.011 0.004 0.053 0.026 0.236 0.016 0.143 0.074 79 C 0.056 0.066 0.175 0.085 0.001 0.071 0.012 0.020 0.028 0.043 0.050 0.095 0.200 0.005 0.025 0.068 80 N 0.086 0.030 0.041 0.065 0.002 0.228 0.006 0.003 0.010 0.006 0.103 0.072 0.327 0.003 0.003 0.014 81 W 0.037 0.049 0.056 0.172 0.001 0.037 0.002 0.003 0.003 0.001 0.274 0.096 0.254 0.003 0.003 0.008 82 M 0.007 0.066 0.111 0.191 0.002 0.026 0.013 0.001 0.002 0.001 0.008 0.271 0.280 0.009 0.004 0.006 83 M 0.002 0.008 0.060 0.203 0.001 0.010 0.008 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.665 0.002 0.009 0.011 84 F 0.003 0.017 0.065 0.336 0.009 0.030 0.015 0.003 0.005 0.001 0.010 0.013 0.422 0.010 0.003 0.060 85 V 0.013 0.020 0.066 0.217 0.027 0.071 0.041 0.014 0.003 0.003 0.013 0.013 0.440 0.035 0.012 0.012 86 R 0.005 0.069 0.055 0.139 0.036 0.149 0.031 0.047 0.007 0.007 0.060 0.015 0.288 0.031 0.025 0.035 87 K 0.028 0.087 0.032 0.151 0.012 0.073 0.020 0.031 0.025 0.011 0.148 0.090 0.184 0.022 0.027 0.057 88 A 0.067 0.048 0.104 0.049 0.024 0.060 0.071 0.013 0.016 0.008 0.078 0.109 0.221 0.032 0.047 0.054 89 R 0.028 0.167 0.254 0.124 0.008 0.016 0.024 0.025 0.006 0.005 0.049 0.048 0.138 0.008 0.036 0.064 90 N 0.021 0.012 0.033 0.017 0.028 0.472 0.070 0.005 0.011 0.023 0.019 0.059 0.180 0.030 0.005 0.017 91 R 0.013 0.011 0.014 0.012 0.001 0.010 0.003 0.026 0.001 0.001 0.767 0.016 0.105 0.003 0.017 0.003 92 E 0.004 0.092 0.012 0.024 0.001 0.009 0.004 0.002 0.044 0.004 0.014 0.721 0.035 0.002 0.006 0.028 93 E 0.076 0.012 0.185 0.041 0.003 0.015 0.068 0.002 0.003 0.001 0.020 0.022 0.481 0.011 0.024 0.035 94 Q 0.011 0.112 0.502 0.140 0.001 0.021 0.006 0.007 0.002 0.001 0.006 0.019 0.114 0.004 0.011 0.044 95 N 0.033 0.035 0.161 0.443 0.001 0.153 0.007 0.001 0.012 0.002 0.009 0.008 0.081 0.003 0.003 0.048 96 L 0.021 0.080 0.287 0.555 0.002 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.020 0.001 0.001 0.009 97 V 0.006 0.029 0.080 0.848 0.003 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.003 98 A 0.002 0.030 0.156 0.797 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 99 Y 0.002 0.012 0.039 0.574 0.095 0.263 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 100 P 0.003 0.014 0.004 0.031 0.313 0.479 0.004 0.034 0.001 0.001 0.111 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 101 H 0.001 0.135 0.002 0.029 0.242 0.016 0.023 0.117 0.017 0.005 0.313 0.068 0.001 0.026 0.005 0.002 102 D 0.014 0.063 0.026 0.017 0.001 0.006 0.005 0.240 0.046 0.011 0.005 0.054 0.004 0.001 0.498 0.010 103 G 0.034 0.052 0.200 0.042 0.001 0.007 0.003 0.003 0.254 0.031 0.008 0.004 0.009 0.001 0.003 0.349 104 K 0.684 0.040 0.137 0.132 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 105 I 0.010 0.002 0.825 0.149 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 F 0.001 0.008 0.068 0.922 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 F 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 C 0.001 0.004 0.007 0.963 0.013 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 T 0.001 0.005 0.001 0.867 0.025 0.096 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 S 0.001 0.192 0.006 0.666 0.024 0.084 0.001 0.009 0.006 0.002 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 111 Q 0.003 0.053 0.011 0.879 0.002 0.016 0.001 0.013 0.004 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 112 D 0.007 0.074 0.116 0.721 0.011 0.036 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.016 113 I 0.026 0.033 0.273 0.584 0.035 0.022 0.003 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 114 P 0.001 0.002 0.008 0.005 0.926 0.031 0.018 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 115 P 0.001 0.003 0.001 0.012 0.001 0.030 0.001 0.860 0.001 0.001 0.071 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 116 E 0.001 0.098 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.748 0.027 0.010 0.094 0.001 0.001 0.001 0.008 117 N 0.945 0.005 0.016 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 118 E 0.002 0.001 0.975 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 L 0.002 0.054 0.052 0.887 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 120 L 0.001 0.002 0.007 0.984 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 F 0.001 0.005 0.047 0.843 0.040 0.056 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 122 Y 0.001 0.030 0.006 0.485 0.088 0.348 0.001 0.019 0.002 0.002 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 123 Y 0.004 0.182 0.004 0.342 0.007 0.158 0.001 0.056 0.006 0.007 0.175 0.046 0.006 0.001 0.003 0.001 124 S 0.010 0.060 0.009 0.042 0.005 0.451 0.002 0.007 0.022 0.019 0.100 0.235 0.031 0.001 0.002 0.005 125 R 0.023 0.037 0.023 0.034 0.002 0.019 0.002 0.004 0.001 0.001 0.622 0.082 0.139 0.002 0.004 0.005 126 D 0.005 0.033 0.028 0.017 0.002 0.068 0.006 0.002 0.002 0.001 0.049 0.535 0.234 0.005 0.004 0.010 127 Y 0.004 0.008 0.026 0.011 0.001 0.010 0.016 0.001 0.001 0.001 0.111 0.045 0.732 0.012 0.013 0.010 128 A 0.001 0.013 0.018 0.011 0.001 0.011 0.012 0.002 0.001 0.001 0.021 0.178 0.690 0.005 0.024 0.013 129 Q 0.002 0.003 0.011 0.012 0.001 0.010 0.008 0.001 0.003 0.001 0.007 0.013 0.878 0.005 0.010 0.034 130 Q 0.005 0.004 0.013 0.006 0.021 0.003 0.119 0.001 0.002 0.001 0.008 0.005 0.108 0.679 0.002 0.025 131 I 0.005 0.009 0.042 0.013 0.001 0.003 0.003 0.075 0.001 0.001 0.002 0.004 0.077 0.004 0.752 0.009 132 G 0.002 0.008 0.052 0.024 0.001 0.003 0.001 0.001 0.049 0.008 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.837 133 V 0.881 0.006 0.038 0.027 0.004 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 0.001 0.002 0.006 134 P 0.010 0.052 0.287 0.047 0.080 0.371 0.027 0.026 0.002 0.004 0.033 0.015 0.025 0.013 0.004 0.004 135 E 0.009 0.163 0.022 0.307 0.016 0.073 0.007 0.097 0.010 0.003 0.213 0.038 0.018 0.003 0.017 0.006