# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 999 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.200 0.065 0.013 0.016 0.029 0.046 0.063 0.016 0.006 0.048 0.499 2 R 0.151 0.011 0.003 0.014 0.029 0.036 0.082 0.009 0.002 0.039 0.624 3 L 0.022 0.008 0.002 0.020 0.032 0.045 0.112 0.002 0.001 0.021 0.735 4 S 0.014 0.010 0.003 0.017 0.029 0.036 0.130 0.002 0.001 0.022 0.738 5 L 0.074 0.022 0.005 0.020 0.044 0.054 0.175 0.007 0.001 0.052 0.544 6 P 0.134 0.015 0.002 0.020 0.023 0.037 0.124 0.004 0.001 0.067 0.574 7 K 0.041 0.016 0.001 0.062 0.042 0.060 0.123 0.002 0.001 0.040 0.614 8 Q 0.007 0.010 0.001 0.089 0.056 0.159 0.089 0.001 0.001 0.028 0.559 9 L 0.006 0.009 0.001 0.128 0.156 0.272 0.066 0.001 0.001 0.053 0.308 10 V 0.006 0.006 0.001 0.165 0.243 0.291 0.056 0.002 0.001 0.059 0.172 11 L 0.015 0.014 0.001 0.132 0.210 0.206 0.059 0.002 0.001 0.052 0.309 12 R 0.059 0.019 0.002 0.190 0.157 0.179 0.066 0.004 0.001 0.059 0.266 13 Q 0.031 0.021 0.003 0.105 0.087 0.154 0.106 0.003 0.001 0.036 0.454 14 S 0.085 0.047 0.003 0.052 0.054 0.093 0.101 0.008 0.002 0.051 0.506 15 I 0.259 0.022 0.007 0.043 0.046 0.065 0.113 0.012 0.003 0.092 0.338 16 V 0.077 0.021 0.003 0.017 0.016 0.017 0.155 0.004 0.001 0.044 0.646 17 G 0.140 0.022 0.003 0.028 0.019 0.031 0.084 0.008 0.001 0.058 0.606 18 A 0.065 0.015 0.001 0.026 0.040 0.051 0.148 0.004 0.001 0.046 0.605 19 E 0.014 0.021 0.001 0.052 0.064 0.124 0.093 0.002 0.001 0.041 0.588 20 V 0.010 0.007 0.001 0.077 0.169 0.182 0.114 0.002 0.001 0.128 0.311 21 G 0.011 0.014 0.001 0.099 0.191 0.292 0.076 0.002 0.001 0.097 0.217 22 V 0.020 0.022 0.001 0.114 0.193 0.138 0.067 0.001 0.001 0.069 0.373 23 W 0.024 0.009 0.002 0.111 0.203 0.256 0.060 0.003 0.001 0.110 0.219 24 T 0.063 0.017 0.002 0.059 0.091 0.188 0.104 0.004 0.001 0.060 0.411 25 G 0.101 0.010 0.002 0.076 0.070 0.105 0.093 0.004 0.001 0.062 0.476 26 E 0.017 0.006 0.002 0.092 0.072 0.087 0.122 0.002 0.001 0.028 0.573 27 T 0.014 0.014 0.002 0.036 0.033 0.062 0.139 0.002 0.001 0.026 0.670 28 I 0.125 0.013 0.003 0.026 0.051 0.055 0.157 0.008 0.001 0.104 0.457 29 P 0.158 0.013 0.003 0.036 0.030 0.034 0.122 0.004 0.001 0.092 0.507 30 V 0.054 0.015 0.002 0.044 0.033 0.045 0.102 0.002 0.001 0.029 0.674 31 R 0.017 0.007 0.001 0.053 0.062 0.158 0.101 0.002 0.001 0.031 0.569 32 T 0.007 0.006 0.001 0.117 0.139 0.230 0.099 0.001 0.001 0.048 0.352 33 C 0.003 0.003 0.001 0.110 0.216 0.418 0.065 0.001 0.001 0.025 0.159 34 F 0.010 0.018 0.001 0.108 0.294 0.163 0.064 0.001 0.001 0.040 0.301 35 G 0.036 0.018 0.002 0.123 0.249 0.283 0.051 0.003 0.001 0.059 0.175 36 P 0.030 0.022 0.002 0.052 0.078 0.138 0.096 0.002 0.001 0.057 0.524 37 L 0.106 0.055 0.002 0.052 0.101 0.161 0.060 0.006 0.001 0.058 0.398 38 I 0.041 0.025 0.001 0.031 0.098 0.136 0.098 0.003 0.001 0.069 0.497 39 G 0.013 0.027 0.001 0.055 0.106 0.200 0.073 0.002 0.001 0.080 0.442 40 Q 0.015 0.015 0.001 0.051 0.169 0.217 0.072 0.002 0.001 0.078 0.379 41 Q 0.017 0.034 0.003 0.049 0.158 0.131 0.103 0.002 0.001 0.061 0.442 42 S 0.044 0.055 0.003 0.049 0.096 0.111 0.107 0.004 0.001 0.061 0.468 43 H 0.104 0.288 0.002 0.018 0.043 0.066 0.080 0.006 0.001 0.033 0.359 44 S 0.087 0.546 0.001 0.007 0.018 0.026 0.034 0.006 0.001 0.027 0.248 45 M 0.045 0.662 0.003 0.006 0.016 0.022 0.028 0.005 0.001 0.034 0.177 46 E 0.062 0.673 0.003 0.004 0.013 0.023 0.019 0.008 0.001 0.048 0.145 47 V 0.125 0.211 0.005 0.008 0.028 0.029 0.049 0.014 0.003 0.272 0.256 48 A 0.048 0.356 0.013 0.016 0.040 0.033 0.062 0.005 0.006 0.122 0.300 49 E 0.062 0.384 0.006 0.011 0.023 0.031 0.046 0.007 0.003 0.054 0.373 50 W 0.070 0.402 0.008 0.007 0.019 0.021 0.038 0.013 0.004 0.050 0.368 51 T 0.117 0.357 0.006 0.006 0.011 0.016 0.057 0.009 0.004 0.070 0.345 52 D 0.137 0.233 0.011 0.009 0.009 0.014 0.079 0.009 0.006 0.130 0.363 53 K 0.084 0.164 0.015 0.010 0.009 0.008 0.097 0.010 0.007 0.085 0.512 54 A 0.178 0.198 0.012 0.010 0.008 0.012 0.072 0.014 0.007 0.070 0.420 55 V 0.120 0.143 0.006 0.011 0.011 0.014 0.086 0.009 0.003 0.058 0.539 56 N 0.043 0.163 0.006 0.021 0.024 0.037 0.090 0.006 0.002 0.055 0.553 57 H 0.062 0.211 0.006 0.029 0.036 0.069 0.093 0.011 0.002 0.065 0.416 58 I 0.056 0.241 0.006 0.039 0.070 0.087 0.080 0.013 0.002 0.055 0.351 59 W 0.041 0.115 0.003 0.066 0.106 0.146 0.081 0.007 0.001 0.081 0.352 60 K 0.025 0.046 0.006 0.092 0.141 0.196 0.070 0.005 0.002 0.110 0.307 61 I 0.035 0.028 0.012 0.077 0.136 0.164 0.096 0.006 0.004 0.090 0.352 62 Y 0.178 0.017 0.013 0.058 0.082 0.111 0.086 0.011 0.006 0.076 0.362 63 H 0.187 0.010 0.002 0.033 0.043 0.056 0.076 0.006 0.001 0.031 0.553 64 N 0.041 0.007 0.001 0.023 0.025 0.039 0.136 0.002 0.001 0.029 0.695 65 G 0.026 0.008 0.002 0.030 0.042 0.066 0.155 0.002 0.001 0.028 0.641 66 V 0.052 0.008 0.001 0.033 0.047 0.098 0.133 0.004 0.001 0.048 0.576 67 L 0.026 0.006 0.001 0.043 0.118 0.157 0.134 0.002 0.001 0.043 0.470 68 E 0.004 0.003 0.001 0.091 0.157 0.210 0.078 0.001 0.001 0.041 0.414 69 F 0.002 0.002 0.001 0.161 0.207 0.408 0.033 0.001 0.001 0.057 0.130 70 C 0.002 0.001 0.001 0.130 0.232 0.342 0.053 0.001 0.001 0.074 0.166 71 I 0.005 0.002 0.001 0.202 0.285 0.249 0.035 0.001 0.001 0.055 0.166 72 I 0.029 0.005 0.001 0.187 0.154 0.200 0.080 0.001 0.001 0.074 0.269 73 T 0.036 0.010 0.001 0.074 0.063 0.095 0.112 0.002 0.001 0.062 0.545 74 T 0.075 0.013 0.001 0.048 0.028 0.039 0.126 0.003 0.001 0.081 0.585 75 D 0.120 0.030 0.003 0.030 0.020 0.032 0.156 0.005 0.001 0.081 0.523 76 E 0.050 0.019 0.001 0.013 0.012 0.015 0.104 0.004 0.001 0.050 0.731 77 N 0.100 0.069 0.001 0.024 0.025 0.031 0.097 0.005 0.001 0.089 0.559 78 E 0.021 0.201 0.002 0.023 0.028 0.036 0.119 0.003 0.001 0.043 0.523 79 C 0.016 0.432 0.003 0.020 0.049 0.054 0.073 0.005 0.001 0.068 0.279 80 N 0.045 0.729 0.003 0.008 0.030 0.041 0.016 0.009 0.001 0.057 0.062 81 W 0.029 0.785 0.003 0.008 0.028 0.020 0.015 0.003 0.001 0.049 0.059 82 M 0.021 0.610 0.008 0.020 0.047 0.064 0.028 0.005 0.002 0.095 0.100 83 M 0.034 0.519 0.015 0.028 0.053 0.078 0.031 0.008 0.006 0.113 0.115 84 F 0.043 0.305 0.013 0.021 0.071 0.079 0.046 0.012 0.006 0.161 0.242 85 V 0.099 0.225 0.023 0.028 0.057 0.050 0.063 0.022 0.012 0.171 0.249 86 R 0.201 0.119 0.011 0.032 0.035 0.043 0.052 0.023 0.007 0.151 0.326 87 K 0.094 0.033 0.003 0.024 0.013 0.013 0.079 0.008 0.003 0.091 0.639 88 A 0.024 0.039 0.007 0.032 0.014 0.019 0.200 0.005 0.005 0.058 0.597 89 R 0.016 0.036 0.003 0.007 0.004 0.004 0.084 0.006 0.002 0.033 0.806 90 N 0.475 0.192 0.006 0.007 0.006 0.006 0.034 0.026 0.005 0.099 0.145 91 R 0.114 0.038 0.004 0.009 0.005 0.005 0.122 0.006 0.002 0.175 0.521 92 E 0.055 0.147 0.012 0.027 0.010 0.014 0.101 0.006 0.004 0.176 0.448 93 E 0.171 0.106 0.010 0.023 0.018 0.031 0.103 0.015 0.004 0.075 0.445 94 Q 0.054 0.091 0.014 0.041 0.091 0.096 0.093 0.007 0.003 0.050 0.459 95 N 0.030 0.012 0.002 0.036 0.091 0.372 0.077 0.007 0.001 0.044 0.328 96 L 0.014 0.009 0.002 0.075 0.315 0.225 0.071 0.002 0.001 0.036 0.250 97 V 0.005 0.003 0.001 0.124 0.259 0.285 0.074 0.001 0.001 0.025 0.223 98 A 0.004 0.003 0.002 0.082 0.219 0.272 0.067 0.001 0.001 0.024 0.324 99 Y 0.070 0.003 0.005 0.051 0.147 0.269 0.088 0.005 0.002 0.051 0.308 100 P 0.287 0.003 0.003 0.026 0.064 0.074 0.063 0.003 0.001 0.039 0.437 101 H 0.094 0.002 0.001 0.021 0.011 0.017 0.140 0.001 0.001 0.024 0.689 102 D 0.003 0.001 0.001 0.017 0.010 0.027 0.147 0.001 0.001 0.028 0.766 103 G 0.001 0.001 0.001 0.060 0.068 0.106 0.195 0.001 0.001 0.069 0.499 104 K 0.001 0.002 0.001 0.178 0.157 0.439 0.028 0.001 0.001 0.084 0.110 105 I 0.001 0.001 0.001 0.186 0.232 0.261 0.021 0.001 0.001 0.238 0.061 106 F 0.001 0.001 0.001 0.524 0.161 0.150 0.015 0.001 0.001 0.120 0.029 107 F 0.001 0.005 0.001 0.609 0.127 0.140 0.015 0.001 0.001 0.061 0.042 108 C 0.010 0.017 0.002 0.223 0.247 0.307 0.030 0.001 0.001 0.072 0.092 109 T 0.086 0.031 0.003 0.069 0.130 0.360 0.080 0.005 0.001 0.068 0.167 110 S 0.202 0.007 0.002 0.073 0.075 0.170 0.075 0.005 0.001 0.090 0.301 111 Q 0.015 0.001 0.002 0.118 0.079 0.068 0.074 0.001 0.001 0.027 0.614 112 D 0.005 0.001 0.002 0.049 0.034 0.062 0.183 0.001 0.001 0.017 0.644 113 I 0.021 0.002 0.002 0.009 0.025 0.018 0.134 0.004 0.001 0.020 0.764 114 P 0.642 0.006 0.001 0.009 0.011 0.012 0.101 0.006 0.001 0.046 0.165 115 P 0.038 0.009 0.001 0.018 0.008 0.011 0.122 0.001 0.001 0.019 0.773 116 E 0.008 0.010 0.001 0.076 0.029 0.065 0.146 0.001 0.001 0.034 0.628 117 N 0.007 0.003 0.001 0.130 0.066 0.381 0.113 0.001 0.001 0.084 0.214 118 E 0.001 0.001 0.001 0.243 0.230 0.206 0.074 0.001 0.001 0.062 0.182 119 L 0.001 0.001 0.001 0.409 0.228 0.287 0.016 0.001 0.001 0.027 0.032 120 L 0.001 0.001 0.001 0.452 0.226 0.186 0.020 0.001 0.001 0.030 0.084 121 F 0.004 0.005 0.001 0.412 0.233 0.211 0.023 0.001 0.001 0.019 0.092 122 Y 0.031 0.012 0.001 0.219 0.138 0.250 0.066 0.003 0.001 0.056 0.224 123 Y 0.052 0.054 0.002 0.097 0.085 0.095 0.092 0.006 0.001 0.039 0.478 124 S 0.127 0.274 0.002 0.045 0.035 0.044 0.072 0.009 0.001 0.032 0.360 125 R 0.072 0.421 0.004 0.026 0.025 0.029 0.058 0.010 0.002 0.041 0.312 126 D 0.080 0.538 0.003 0.009 0.014 0.020 0.047 0.011 0.001 0.042 0.235 127 Y 0.218 0.468 0.008 0.006 0.012 0.014 0.029 0.015 0.003 0.070 0.158 128 A 0.316 0.122 0.032 0.012 0.035 0.032 0.059 0.017 0.011 0.081 0.283 129 Q 0.356 0.044 0.006 0.007 0.018 0.049 0.049 0.014 0.003 0.027 0.427 130 Q 0.161 0.004 0.001 0.008 0.028 0.039 0.060 0.006 0.001 0.029 0.664 131 I 0.012 0.001 0.001 0.014 0.037 0.040 0.141 0.001 0.001 0.014 0.739 132 G 0.014 0.002 0.001 0.009 0.020 0.038 0.087 0.001 0.001 0.012 0.815 133 V 0.067 0.003 0.001 0.007 0.027 0.024 0.122 0.003 0.001 0.020 0.727 134 P 0.075 0.006 0.001 0.015 0.019 0.024 0.132 0.001 0.001 0.029 0.697 135 E 0.026 0.007 0.001 0.021 0.014 0.027 0.102 0.001 0.001 0.025 0.777