# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 999 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.161 0.328 0.250 0.058 0.129 0.021 0.015 0.005 0.026 0.005 0.001 2 R 0.192 0.288 0.319 0.065 0.028 0.049 0.019 0.002 0.032 0.002 0.004 3 L 0.233 0.254 0.243 0.143 0.041 0.027 0.029 0.003 0.022 0.002 0.004 4 S 0.133 0.176 0.232 0.171 0.049 0.062 0.114 0.024 0.026 0.007 0.004 5 L 0.019 0.334 0.414 0.007 0.052 0.014 0.007 0.001 0.149 0.003 0.001 6 P 0.063 0.009 0.839 0.007 0.003 0.029 0.002 0.001 0.004 0.004 0.038 7 K 0.324 0.137 0.374 0.082 0.031 0.016 0.010 0.005 0.015 0.002 0.003 8 Q 0.129 0.248 0.309 0.112 0.041 0.051 0.075 0.010 0.021 0.002 0.002 9 L 0.019 0.583 0.267 0.021 0.066 0.023 0.007 0.001 0.013 0.001 0.001 10 V 0.013 0.537 0.329 0.005 0.031 0.066 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 11 L 0.014 0.411 0.373 0.010 0.012 0.161 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 12 R 0.057 0.578 0.171 0.022 0.084 0.051 0.005 0.001 0.028 0.003 0.001 13 Q 0.121 0.297 0.347 0.046 0.076 0.064 0.013 0.002 0.027 0.004 0.003 14 S 0.132 0.307 0.238 0.067 0.141 0.045 0.020 0.006 0.037 0.005 0.002 15 I 0.274 0.280 0.262 0.054 0.050 0.028 0.004 0.001 0.043 0.002 0.002 16 V 0.315 0.212 0.227 0.174 0.008 0.017 0.024 0.001 0.019 0.001 0.003 17 G 0.038 0.013 0.049 0.022 0.124 0.015 0.080 0.366 0.010 0.282 0.001 18 A 0.273 0.098 0.347 0.165 0.046 0.007 0.025 0.009 0.010 0.013 0.005 19 E 0.110 0.095 0.226 0.115 0.081 0.093 0.090 0.122 0.021 0.041 0.006 20 V 0.088 0.409 0.260 0.140 0.048 0.011 0.019 0.001 0.023 0.001 0.001 21 G 0.050 0.087 0.207 0.021 0.268 0.038 0.035 0.152 0.009 0.127 0.005 22 V 0.060 0.622 0.220 0.023 0.037 0.020 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 23 W 0.060 0.561 0.198 0.031 0.078 0.029 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 24 T 0.083 0.369 0.290 0.083 0.077 0.027 0.025 0.002 0.038 0.003 0.003 25 G 0.117 0.074 0.146 0.055 0.165 0.027 0.113 0.184 0.015 0.098 0.006 26 E 0.169 0.369 0.290 0.066 0.049 0.016 0.011 0.001 0.024 0.002 0.002 27 T 0.159 0.249 0.346 0.128 0.020 0.057 0.017 0.001 0.017 0.001 0.005 28 I 0.035 0.518 0.287 0.006 0.035 0.018 0.005 0.001 0.095 0.001 0.001 29 P 0.050 0.020 0.833 0.004 0.006 0.052 0.002 0.001 0.010 0.005 0.017 30 V 0.251 0.090 0.462 0.118 0.022 0.017 0.015 0.003 0.011 0.004 0.007 31 R 0.021 0.021 0.068 0.045 0.060 0.041 0.217 0.471 0.007 0.047 0.001 32 T 0.039 0.389 0.403 0.064 0.046 0.036 0.007 0.002 0.012 0.001 0.001 33 C 0.079 0.370 0.339 0.095 0.018 0.075 0.005 0.001 0.015 0.001 0.002 34 F 0.058 0.561 0.147 0.135 0.029 0.027 0.008 0.001 0.033 0.001 0.001 35 G 0.029 0.146 0.259 0.008 0.362 0.038 0.015 0.012 0.064 0.065 0.002 36 P 0.339 0.032 0.527 0.025 0.029 0.018 0.003 0.002 0.004 0.008 0.015 37 L 0.221 0.321 0.197 0.108 0.044 0.045 0.013 0.002 0.046 0.001 0.001 38 I 0.140 0.478 0.202 0.071 0.029 0.012 0.031 0.001 0.035 0.001 0.001 39 G 0.029 0.035 0.119 0.016 0.292 0.021 0.045 0.231 0.005 0.206 0.002 40 Q 0.071 0.539 0.244 0.037 0.046 0.035 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 41 Q 0.038 0.589 0.255 0.019 0.033 0.041 0.004 0.001 0.020 0.001 0.001 42 S 0.104 0.407 0.267 0.064 0.061 0.061 0.009 0.002 0.022 0.003 0.001 43 H 0.095 0.245 0.326 0.081 0.103 0.069 0.025 0.004 0.043 0.007 0.001 44 S 0.580 0.079 0.206 0.058 0.021 0.027 0.011 0.002 0.011 0.004 0.002 45 M 0.785 0.051 0.072 0.069 0.006 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 46 E 0.754 0.072 0.053 0.085 0.007 0.015 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 47 V 0.794 0.067 0.062 0.050 0.010 0.006 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 48 A 0.833 0.048 0.070 0.025 0.004 0.008 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 49 E 0.738 0.046 0.039 0.138 0.017 0.007 0.008 0.002 0.005 0.001 0.001 50 W 0.571 0.065 0.120 0.159 0.020 0.023 0.021 0.005 0.013 0.002 0.001 51 T 0.490 0.125 0.159 0.162 0.016 0.015 0.014 0.002 0.015 0.001 0.001 52 D 0.513 0.082 0.173 0.108 0.024 0.044 0.030 0.006 0.014 0.006 0.002 53 K 0.588 0.080 0.113 0.178 0.011 0.015 0.005 0.001 0.008 0.001 0.001 54 A 0.496 0.118 0.181 0.084 0.023 0.031 0.026 0.005 0.030 0.004 0.001 55 V 0.676 0.049 0.103 0.137 0.007 0.007 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 56 N 0.257 0.064 0.090 0.221 0.045 0.021 0.204 0.076 0.009 0.010 0.001 57 H 0.155 0.231 0.304 0.142 0.069 0.042 0.031 0.007 0.017 0.002 0.001 58 I 0.218 0.301 0.304 0.113 0.015 0.027 0.008 0.001 0.012 0.001 0.001 59 W 0.204 0.361 0.190 0.113 0.072 0.033 0.010 0.002 0.012 0.001 0.001 60 K 0.092 0.579 0.120 0.028 0.134 0.019 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 61 I 0.052 0.692 0.156 0.015 0.038 0.027 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 62 Y 0.107 0.500 0.240 0.042 0.035 0.041 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 63 H 0.213 0.301 0.168 0.127 0.075 0.041 0.022 0.003 0.038 0.008 0.002 64 N 0.102 0.117 0.128 0.328 0.036 0.020 0.232 0.009 0.022 0.005 0.002 65 G 0.031 0.014 0.042 0.018 0.087 0.005 0.099 0.507 0.004 0.192 0.001 66 V 0.104 0.235 0.378 0.163 0.025 0.040 0.033 0.003 0.016 0.002 0.002 67 L 0.119 0.324 0.414 0.067 0.033 0.024 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 68 E 0.215 0.361 0.216 0.108 0.045 0.023 0.015 0.002 0.012 0.001 0.001 69 F 0.019 0.557 0.132 0.035 0.227 0.010 0.004 0.001 0.015 0.001 0.001 70 C 0.012 0.718 0.155 0.009 0.066 0.024 0.003 0.001 0.014 0.001 0.001 71 I 0.014 0.764 0.149 0.008 0.022 0.027 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 72 I 0.048 0.482 0.250 0.035 0.058 0.078 0.014 0.001 0.031 0.002 0.001 73 T 0.160 0.292 0.189 0.085 0.184 0.033 0.017 0.005 0.025 0.008 0.002 74 T 0.215 0.308 0.207 0.102 0.075 0.037 0.017 0.003 0.031 0.004 0.002 75 D 0.319 0.123 0.230 0.124 0.059 0.062 0.025 0.004 0.043 0.007 0.003 76 E 0.797 0.034 0.063 0.081 0.006 0.005 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 77 N 0.343 0.048 0.060 0.442 0.024 0.024 0.037 0.009 0.009 0.003 0.001 78 E 0.377 0.072 0.101 0.290 0.023 0.013 0.094 0.008 0.017 0.003 0.001 79 C 0.346 0.055 0.153 0.133 0.051 0.015 0.128 0.070 0.009 0.038 0.001 80 N 0.412 0.077 0.201 0.121 0.040 0.059 0.039 0.019 0.019 0.012 0.001 81 W 0.771 0.042 0.083 0.081 0.010 0.006 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 82 M 0.856 0.070 0.037 0.017 0.006 0.005 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 83 M 0.756 0.166 0.032 0.013 0.017 0.004 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 84 F 0.616 0.164 0.114 0.029 0.035 0.024 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 85 V 0.530 0.284 0.087 0.044 0.012 0.014 0.003 0.001 0.025 0.001 0.001 86 R 0.495 0.082 0.168 0.110 0.029 0.058 0.031 0.005 0.012 0.007 0.003 87 K 0.356 0.102 0.061 0.354 0.039 0.019 0.040 0.008 0.017 0.002 0.001 88 A 0.366 0.139 0.177 0.142 0.053 0.021 0.059 0.014 0.018 0.009 0.002 89 R 0.268 0.143 0.182 0.273 0.038 0.035 0.030 0.005 0.018 0.005 0.003 90 N 0.078 0.162 0.355 0.079 0.082 0.058 0.053 0.007 0.107 0.016 0.002 91 R 0.712 0.016 0.172 0.063 0.006 0.007 0.006 0.002 0.003 0.005 0.007 92 E 0.324 0.054 0.091 0.328 0.028 0.026 0.104 0.030 0.010 0.004 0.001 93 E 0.276 0.207 0.248 0.167 0.025 0.028 0.032 0.003 0.014 0.001 0.001 94 Q 0.291 0.307 0.224 0.118 0.023 0.011 0.013 0.001 0.011 0.001 0.001 95 N 0.113 0.295 0.262 0.122 0.075 0.061 0.044 0.006 0.017 0.002 0.001 96 L 0.052 0.559 0.237 0.037 0.071 0.024 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 97 V 0.048 0.701 0.174 0.018 0.023 0.018 0.003 0.001 0.015 0.001 0.001 98 A 0.025 0.586 0.218 0.019 0.066 0.051 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 99 Y 0.008 0.533 0.227 0.003 0.076 0.031 0.002 0.001 0.120 0.001 0.001 100 P 0.265 0.029 0.596 0.017 0.012 0.031 0.003 0.001 0.006 0.012 0.028 101 H 0.276 0.075 0.067 0.473 0.024 0.019 0.032 0.011 0.017 0.005 0.001 102 D 0.012 0.018 0.022 0.281 0.026 0.004 0.585 0.037 0.009 0.006 0.001 103 G 0.004 0.012 0.046 0.008 0.071 0.003 0.161 0.580 0.002 0.113 0.001 104 K 0.014 0.449 0.413 0.046 0.023 0.035 0.012 0.001 0.006 0.001 0.001 105 I 0.003 0.711 0.234 0.007 0.020 0.019 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 106 F 0.007 0.823 0.073 0.004 0.072 0.014 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 107 F 0.001 0.787 0.071 0.002 0.117 0.010 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 108 C 0.002 0.814 0.048 0.002 0.103 0.012 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 109 T 0.014 0.605 0.203 0.008 0.100 0.029 0.003 0.001 0.037 0.001 0.001 110 S 0.114 0.416 0.232 0.082 0.065 0.040 0.016 0.001 0.029 0.002 0.004 111 Q 0.227 0.400 0.130 0.085 0.082 0.009 0.031 0.003 0.029 0.003 0.002 112 D 0.083 0.147 0.202 0.202 0.031 0.103 0.197 0.006 0.021 0.002 0.006 113 I 0.053 0.419 0.391 0.019 0.026 0.021 0.017 0.001 0.049 0.002 0.001 114 P 0.003 0.019 0.824 0.001 0.009 0.045 0.001 0.001 0.077 0.020 0.002 115 P 0.271 0.001 0.598 0.026 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.089 116 E 0.141 0.021 0.038 0.113 0.019 0.011 0.172 0.468 0.006 0.011 0.001 117 N 0.073 0.125 0.255 0.437 0.045 0.030 0.022 0.004 0.007 0.001 0.001 118 E 0.070 0.488 0.313 0.063 0.021 0.023 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 119 L 0.039 0.659 0.183 0.039 0.046 0.021 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 120 L 0.014 0.752 0.100 0.009 0.089 0.020 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 121 F 0.013 0.804 0.080 0.004 0.076 0.011 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 122 Y 0.057 0.326 0.320 0.027 0.032 0.181 0.015 0.001 0.038 0.001 0.002 123 Y 0.145 0.278 0.168 0.200 0.119 0.035 0.018 0.003 0.029 0.005 0.001 124 S 0.216 0.151 0.213 0.101 0.080 0.049 0.098 0.020 0.035 0.035 0.002 125 R 0.633 0.063 0.145 0.099 0.022 0.010 0.014 0.003 0.006 0.004 0.002 126 D 0.694 0.049 0.082 0.108 0.015 0.020 0.017 0.005 0.008 0.002 0.001 127 Y 0.802 0.031 0.037 0.104 0.007 0.007 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 128 A 0.902 0.021 0.036 0.025 0.002 0.004 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 129 Q 0.867 0.024 0.026 0.063 0.006 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 130 Q 0.715 0.048 0.063 0.134 0.007 0.010 0.009 0.002 0.012 0.001 0.001 131 I 0.322 0.106 0.158 0.331 0.008 0.008 0.050 0.001 0.016 0.001 0.001 132 G 0.042 0.015 0.082 0.039 0.039 0.030 0.263 0.391 0.005 0.092 0.003 133 V 0.010 0.282 0.520 0.004 0.033 0.016 0.003 0.001 0.130 0.002 0.001 134 P 0.078 0.002 0.803 0.007 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.003 0.073 135 E 0.258 0.205 0.302 0.104 0.039 0.033 0.017 0.011 0.026 0.003 0.002