# TARGET TR435 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR435.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 999 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 A 0.452 0.201 0.164 0.115 0.053 0.015 0.001 2 R 0.588 0.217 0.130 0.047 0.013 0.003 0.001 3 L 0.553 0.232 0.125 0.068 0.017 0.004 0.001 4 S 0.722 0.199 0.064 0.011 0.003 0.001 0.001 5 L 0.210 0.198 0.201 0.247 0.120 0.023 0.001 6 P 0.463 0.276 0.162 0.075 0.018 0.005 0.001 7 K 0.504 0.280 0.128 0.061 0.021 0.005 0.001 8 Q 0.343 0.314 0.213 0.094 0.028 0.008 0.001 9 L 0.046 0.083 0.138 0.268 0.311 0.144 0.010 10 V 0.083 0.204 0.291 0.255 0.120 0.042 0.005 11 L 0.041 0.054 0.085 0.181 0.329 0.270 0.039 12 R 0.101 0.194 0.226 0.252 0.149 0.066 0.011 13 Q 0.174 0.245 0.232 0.177 0.108 0.054 0.010 14 S 0.126 0.137 0.171 0.233 0.204 0.114 0.015 15 I 0.208 0.229 0.208 0.187 0.106 0.054 0.007 16 V 0.270 0.277 0.207 0.142 0.071 0.030 0.003 17 G 0.296 0.271 0.191 0.127 0.076 0.034 0.006 18 A 0.156 0.214 0.214 0.243 0.111 0.050 0.012 19 E 0.271 0.275 0.232 0.126 0.056 0.033 0.007 20 V 0.027 0.065 0.107 0.229 0.321 0.215 0.036 21 G 0.016 0.030 0.074 0.132 0.259 0.348 0.141 22 V 0.008 0.017 0.031 0.049 0.107 0.501 0.287 23 W 0.018 0.044 0.120 0.267 0.258 0.215 0.078 24 T 0.008 0.016 0.029 0.071 0.266 0.437 0.174 25 G 0.033 0.105 0.217 0.268 0.226 0.122 0.029 26 E 0.128 0.321 0.226 0.200 0.080 0.040 0.005 27 T 0.076 0.262 0.272 0.228 0.125 0.036 0.002 28 I 0.030 0.046 0.107 0.317 0.375 0.120 0.005 29 P 0.256 0.399 0.223 0.090 0.025 0.005 0.001 30 V 0.267 0.371 0.169 0.136 0.045 0.011 0.001 31 R 0.228 0.263 0.268 0.158 0.063 0.019 0.001 32 T 0.146 0.262 0.259 0.206 0.092 0.032 0.003 33 C 0.030 0.069 0.123 0.221 0.316 0.212 0.029 34 F 0.031 0.056 0.087 0.149 0.203 0.366 0.108 35 G 0.047 0.077 0.105 0.188 0.248 0.246 0.089 36 P 0.104 0.210 0.216 0.238 0.129 0.070 0.032 37 L 0.053 0.068 0.093 0.155 0.249 0.275 0.105 38 I 0.097 0.132 0.149 0.206 0.184 0.169 0.061 39 G 0.127 0.152 0.164 0.203 0.192 0.130 0.032 40 Q 0.190 0.224 0.208 0.188 0.115 0.063 0.012 41 Q 0.183 0.172 0.174 0.184 0.160 0.109 0.017 42 S 0.197 0.193 0.200 0.185 0.129 0.081 0.015 43 H 0.272 0.257 0.166 0.149 0.092 0.053 0.011 44 S 0.231 0.222 0.232 0.186 0.089 0.034 0.006 45 M 0.314 0.294 0.198 0.123 0.047 0.021 0.003 46 E 0.098 0.177 0.281 0.240 0.154 0.047 0.004 47 V 0.043 0.049 0.093 0.213 0.388 0.202 0.013 48 A 0.165 0.326 0.267 0.172 0.055 0.013 0.001 49 E 0.301 0.420 0.169 0.080 0.024 0.006 0.001 50 W 0.120 0.141 0.208 0.294 0.185 0.050 0.002 51 T 0.291 0.259 0.228 0.159 0.049 0.012 0.001 52 D 0.600 0.278 0.086 0.027 0.007 0.001 0.001 53 K 0.433 0.282 0.163 0.080 0.034 0.008 0.001 54 A 0.253 0.246 0.218 0.164 0.083 0.032 0.003 55 V 0.307 0.317 0.181 0.131 0.049 0.014 0.002 56 N 0.327 0.323 0.169 0.115 0.048 0.017 0.002 57 H 0.065 0.101 0.164 0.243 0.272 0.137 0.018 58 I 0.047 0.086 0.149 0.218 0.245 0.202 0.054 59 W 0.035 0.074 0.125 0.201 0.271 0.230 0.064 60 K 0.075 0.170 0.206 0.236 0.167 0.105 0.040 61 I 0.034 0.051 0.081 0.145 0.248 0.327 0.113 62 Y 0.046 0.064 0.105 0.175 0.256 0.267 0.088 63 H 0.059 0.128 0.164 0.245 0.211 0.158 0.035 64 N 0.158 0.261 0.247 0.165 0.098 0.058 0.013 65 G 0.057 0.137 0.178 0.243 0.219 0.135 0.030 66 V 0.050 0.189 0.206 0.231 0.162 0.117 0.044 67 L 0.012 0.058 0.124 0.262 0.303 0.197 0.045 68 E 0.010 0.060 0.199 0.303 0.262 0.139 0.026 69 F 0.001 0.004 0.013 0.057 0.260 0.511 0.154 70 C 0.001 0.001 0.003 0.008 0.046 0.413 0.530 71 I 0.001 0.001 0.002 0.007 0.028 0.367 0.595 72 I 0.002 0.013 0.039 0.145 0.212 0.305 0.284 73 T 0.002 0.005 0.016 0.066 0.223 0.463 0.226 74 T 0.021 0.073 0.165 0.237 0.252 0.196 0.056 75 D 0.184 0.293 0.217 0.165 0.088 0.045 0.008 76 E 0.363 0.310 0.178 0.089 0.042 0.016 0.003 77 N 0.263 0.285 0.175 0.147 0.080 0.043 0.007 78 E 0.089 0.152 0.188 0.224 0.208 0.118 0.022 79 C 0.032 0.076 0.140 0.213 0.275 0.211 0.052 80 N 0.009 0.025 0.050 0.088 0.171 0.385 0.273 81 W 0.003 0.007 0.017 0.044 0.113 0.352 0.463 82 M 0.002 0.003 0.009 0.023 0.096 0.335 0.532 83 M 0.003 0.011 0.032 0.073 0.157 0.300 0.423 84 F 0.001 0.002 0.005 0.015 0.068 0.347 0.562 85 V 0.001 0.002 0.008 0.026 0.133 0.472 0.359 86 R 0.011 0.082 0.161 0.272 0.238 0.176 0.060 87 K 0.019 0.114 0.228 0.285 0.212 0.123 0.019 88 A 0.014 0.028 0.065 0.189 0.371 0.305 0.028 89 R 0.089 0.219 0.246 0.280 0.126 0.037 0.003 90 N 0.445 0.314 0.148 0.064 0.023 0.005 0.001 91 R 0.469 0.268 0.164 0.070 0.022 0.006 0.001 92 E 0.537 0.286 0.121 0.042 0.010 0.004 0.001 93 E 0.180 0.236 0.236 0.199 0.115 0.031 0.002 94 Q 0.168 0.252 0.240 0.200 0.101 0.036 0.004 95 N 0.045 0.063 0.104 0.185 0.292 0.264 0.047 96 L 0.062 0.118 0.177 0.243 0.222 0.154 0.024 97 V 0.070 0.181 0.239 0.254 0.160 0.080 0.016 98 A 0.040 0.060 0.098 0.170 0.263 0.318 0.052 99 Y 0.053 0.106 0.167 0.265 0.245 0.145 0.020 100 P 0.094 0.187 0.230 0.256 0.166 0.061 0.006 101 H 0.261 0.319 0.222 0.126 0.054 0.016 0.003 102 D 0.302 0.350 0.203 0.096 0.030 0.016 0.003 103 G 0.124 0.245 0.251 0.199 0.130 0.047 0.005 104 K 0.015 0.081 0.188 0.328 0.266 0.106 0.015 105 I 0.001 0.003 0.007 0.026 0.144 0.619 0.199 106 F 0.002 0.006 0.024 0.064 0.152 0.420 0.332 107 F 0.001 0.003 0.007 0.017 0.061 0.384 0.528 108 C 0.003 0.012 0.045 0.137 0.241 0.306 0.257 109 T 0.002 0.005 0.014 0.039 0.174 0.490 0.275 110 S 0.013 0.059 0.172 0.262 0.281 0.183 0.030 111 Q 0.092 0.289 0.245 0.221 0.096 0.053 0.004 112 D 0.086 0.273 0.288 0.202 0.113 0.038 0.001 113 I 0.040 0.065 0.161 0.373 0.286 0.072 0.002 114 P 0.349 0.418 0.156 0.060 0.014 0.002 0.001 115 P 0.525 0.321 0.102 0.041 0.010 0.002 0.001 116 E 0.479 0.272 0.178 0.054 0.013 0.004 0.001 117 N 0.075 0.189 0.302 0.261 0.135 0.036 0.002 118 E 0.023 0.071 0.166 0.250 0.321 0.151 0.019 119 L 0.006 0.014 0.028 0.060 0.166 0.554 0.173 120 L 0.024 0.071 0.146 0.260 0.245 0.188 0.066 121 F 0.016 0.039 0.054 0.112 0.233 0.377 0.169 122 Y 0.027 0.061 0.117 0.198 0.258 0.252 0.086 123 Y 0.031 0.059 0.114 0.228 0.272 0.234 0.061 124 S 0.115 0.205 0.221 0.204 0.155 0.087 0.013 125 R 0.271 0.255 0.209 0.165 0.067 0.029 0.004 126 D 0.465 0.297 0.153 0.056 0.020 0.008 0.001 127 Y 0.175 0.154 0.176 0.238 0.181 0.071 0.005 128 A 0.287 0.232 0.214 0.179 0.068 0.019 0.001 129 Q 0.612 0.261 0.093 0.026 0.007 0.002 0.001 130 Q 0.363 0.298 0.166 0.116 0.047 0.010 0.001 131 I 0.225 0.222 0.202 0.208 0.112 0.030 0.001 132 G 0.490 0.326 0.124 0.047 0.012 0.002 0.001 133 V 0.394 0.261 0.162 0.135 0.043 0.005 0.001 134 P 0.663 0.236 0.067 0.028 0.006 0.001 0.001 135 E 0.688 0.188 0.084 0.030 0.008 0.001 0.001