# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.011 0.483 0.002 0.056 0.027 0.001 0.001 0.008 0.167 0.223 0.016 0.006 2 M 0.001 0.028 0.442 0.002 0.056 0.038 0.001 0.001 0.005 0.301 0.091 0.005 0.031 3 Q 0.001 0.015 0.670 0.001 0.030 0.031 0.001 0.001 0.004 0.179 0.020 0.043 0.007 4 E 0.001 0.018 0.255 0.001 0.274 0.220 0.001 0.001 0.007 0.045 0.116 0.003 0.059 5 E 0.001 0.014 0.224 0.008 0.155 0.340 0.001 0.001 0.006 0.091 0.124 0.027 0.008 6 D 0.001 0.008 0.273 0.002 0.121 0.411 0.001 0.001 0.005 0.076 0.071 0.009 0.022 7 T 0.001 0.005 0.181 0.001 0.051 0.652 0.001 0.001 0.003 0.036 0.060 0.004 0.007 8 F 0.001 0.002 0.058 0.001 0.015 0.877 0.001 0.001 0.001 0.016 0.025 0.002 0.003 9 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.005 0.965 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.014 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.912 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 23 A 0.001 0.002 0.058 0.001 0.027 0.804 0.001 0.001 0.003 0.015 0.084 0.003 0.003 24 I 0.001 0.005 0.095 0.001 0.042 0.635 0.001 0.001 0.003 0.040 0.171 0.001 0.006 25 D 0.001 0.005 0.250 0.002 0.056 0.443 0.001 0.001 0.004 0.117 0.112 0.007 0.003 26 K 0.001 0.003 0.130 0.001 0.137 0.469 0.001 0.001 0.005 0.053 0.191 0.002 0.007 27 R 0.001 0.008 0.152 0.002 0.104 0.346 0.001 0.001 0.010 0.068 0.292 0.008 0.006 28 F 0.003 0.020 0.281 0.005 0.077 0.246 0.002 0.002 0.016 0.185 0.123 0.012 0.026 29 R 0.003 0.017 0.456 0.006 0.047 0.139 0.002 0.002 0.015 0.176 0.076 0.040 0.021 30 V 0.003 0.014 0.243 0.006 0.174 0.219 0.002 0.002 0.027 0.063 0.177 0.010 0.061 31 F 0.005 0.016 0.228 0.018 0.179 0.114 0.002 0.001 0.027 0.097 0.212 0.074 0.027 32 T 0.005 0.013 0.321 0.012 0.174 0.054 0.002 0.001 0.016 0.184 0.113 0.020 0.085 33 K 0.002 0.012 0.397 0.009 0.036 0.015 0.001 0.001 0.024 0.316 0.070 0.090 0.026 34 P 0.002 0.022 0.644 0.001 0.018 0.010 0.002 0.001 0.057 0.093 0.046 0.025 0.079 35 V 0.001 0.169 0.562 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.013 0.148 0.011 0.047 0.039 36 D 0.001 0.005 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.002 0.008 0.006 37 P 0.001 0.004 0.045 0.004 0.644 0.061 0.001 0.001 0.001 0.020 0.207 0.001 0.014 38 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.496 0.047 0.001 0.001 0.001 0.015 0.426 0.002 0.001 39 E 0.002 0.018 0.169 0.001 0.347 0.052 0.001 0.001 0.004 0.214 0.155 0.005 0.032 40 V 0.002 0.024 0.601 0.002 0.018 0.032 0.001 0.001 0.005 0.217 0.035 0.054 0.010 41 P 0.006 0.030 0.489 0.006 0.027 0.071 0.001 0.001 0.004 0.107 0.210 0.008 0.040 42 D 0.010 0.009 0.260 0.026 0.053 0.108 0.002 0.001 0.004 0.167 0.300 0.039 0.020 43 Y 0.034 0.007 0.176 0.017 0.110 0.205 0.002 0.001 0.016 0.086 0.119 0.055 0.173 44 V 0.120 0.017 0.156 0.044 0.067 0.142 0.011 0.006 0.048 0.042 0.032 0.127 0.187 45 T 0.181 0.013 0.067 0.026 0.030 0.098 0.037 0.024 0.086 0.019 0.021 0.255 0.143 46 V 0.263 0.005 0.033 0.019 0.020 0.054 0.069 0.022 0.071 0.006 0.018 0.062 0.358 47 I 0.203 0.011 0.047 0.036 0.015 0.034 0.026 0.017 0.079 0.012 0.024 0.408 0.087 48 K 0.062 0.016 0.211 0.049 0.018 0.047 0.020 0.014 0.072 0.082 0.090 0.039 0.280 49 Q 0.007 0.008 0.349 0.009 0.010 0.017 0.004 0.003 0.049 0.257 0.085 0.172 0.031 50 P 0.004 0.022 0.506 0.002 0.032 0.037 0.003 0.002 0.040 0.125 0.116 0.010 0.102 51 M 0.001 0.071 0.376 0.004 0.009 0.024 0.001 0.001 0.005 0.360 0.040 0.099 0.009 52 D 0.001 0.012 0.816 0.001 0.021 0.032 0.001 0.001 0.003 0.055 0.029 0.002 0.026 53 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.146 0.802 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.001 0.002 54 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.108 0.871 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.048 0.935 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 56 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 58 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 59 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.002 60 I 0.001 0.001 0.017 0.001 0.007 0.919 0.001 0.001 0.002 0.004 0.043 0.002 0.004 61 D 0.002 0.002 0.065 0.002 0.018 0.736 0.001 0.001 0.002 0.023 0.134 0.006 0.008 62 L 0.001 0.002 0.056 0.002 0.064 0.403 0.001 0.001 0.003 0.040 0.419 0.003 0.006 63 H 0.001 0.002 0.156 0.004 0.031 0.163 0.001 0.001 0.005 0.091 0.541 0.003 0.003 64 K 0.002 0.009 0.324 0.005 0.043 0.115 0.002 0.002 0.024 0.213 0.231 0.017 0.015 65 Y 0.006 0.042 0.464 0.002 0.040 0.077 0.006 0.003 0.062 0.118 0.091 0.019 0.069 66 L 0.003 0.087 0.479 0.006 0.008 0.031 0.004 0.004 0.032 0.218 0.020 0.083 0.026 67 T 0.001 0.012 0.837 0.002 0.007 0.027 0.001 0.001 0.012 0.048 0.006 0.013 0.034 68 V 0.001 0.003 0.081 0.002 0.207 0.654 0.001 0.001 0.003 0.013 0.015 0.003 0.017 69 K 0.001 0.001 0.006 0.002 0.346 0.626 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.002 0.001 70 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.167 0.804 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.001 0.002 71 Y 0.001 0.001 0.012 0.001 0.030 0.930 0.001 0.001 0.002 0.005 0.019 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.015 0.937 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.006 0.953 0.001 0.001 0.001 0.011 0.022 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.019 0.001 0.003 0.964 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 79 C 0.001 0.001 0.007 0.001 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 81 N 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.013 0.001 0.014 0.956 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 83 L 0.001 0.001 0.017 0.001 0.050 0.883 0.001 0.001 0.004 0.004 0.039 0.001 0.002 84 E 0.001 0.002 0.019 0.001 0.064 0.767 0.001 0.002 0.019 0.008 0.110 0.003 0.005 85 Y 0.006 0.046 0.118 0.003 0.025 0.472 0.005 0.009 0.031 0.086 0.163 0.012 0.025 86 N 0.001 0.014 0.721 0.001 0.004 0.033 0.001 0.001 0.006 0.168 0.025 0.019 0.007 87 P 0.001 0.004 0.280 0.001 0.065 0.079 0.001 0.001 0.002 0.085 0.478 0.001 0.006 88 D 0.001 0.001 0.043 0.001 0.043 0.032 0.001 0.001 0.001 0.038 0.841 0.001 0.001 89 R 0.001 0.010 0.217 0.001 0.050 0.065 0.001 0.001 0.002 0.363 0.291 0.001 0.002 90 D 0.001 0.010 0.522 0.001 0.016 0.093 0.001 0.001 0.002 0.304 0.047 0.003 0.002 91 P 0.001 0.009 0.068 0.001 0.023 0.567 0.001 0.001 0.001 0.042 0.287 0.001 0.002 92 G 0.001 0.002 0.023 0.001 0.034 0.805 0.001 0.001 0.001 0.020 0.112 0.001 0.002 93 D 0.001 0.001 0.007 0.001 0.022 0.955 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.001 94 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 98 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.009 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.007 0.001 0.037 0.917 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.015 0.001 0.041 0.849 0.001 0.001 0.001 0.010 0.082 0.001 0.001 110 I 0.001 0.003 0.107 0.001 0.022 0.727 0.001 0.001 0.004 0.067 0.065 0.003 0.002 111 I 0.001 0.006 0.409 0.001 0.021 0.419 0.001 0.001 0.005 0.074 0.059 0.002 0.004 112 K 0.001 0.005 0.284 0.001 0.070 0.469 0.001 0.001 0.003 0.074 0.091 0.001 0.003 113 E 0.001 0.003 0.106 0.001 0.195 0.536 0.001 0.001 0.003 0.048 0.105 0.001 0.002 114 E 0.001 0.004 0.109 0.001 0.160 0.599 0.001 0.001 0.005 0.036 0.082 0.001 0.002 115 L 0.001 0.007 0.179 0.001 0.079 0.555 0.001 0.001 0.009 0.069 0.093 0.002 0.003 116 D 0.001 0.005 0.229 0.001 0.061 0.524 0.001 0.001 0.005 0.070 0.099 0.003 0.003 117 E 0.001 0.004 0.105 0.001 0.063 0.622 0.001 0.001 0.002 0.057 0.141 0.001 0.003 118 D 0.001 0.005 0.214 0.001 0.048 0.537 0.001 0.001 0.003 0.064 0.120 0.004 0.003 119 F 0.001 0.003 0.078 0.001 0.064 0.758 0.001 0.001 0.002 0.029 0.061 0.001 0.005 120 E 0.001 0.004 0.073 0.001 0.054 0.761 0.001 0.001 0.003 0.029 0.068 0.004 0.003 121 Q 0.001 0.004 0.066 0.001 0.064 0.773 0.001 0.001 0.003 0.021 0.056 0.004 0.008 122 L 0.001 0.003 0.088 0.001 0.039 0.756 0.001 0.001 0.003 0.024 0.076 0.004 0.006 123 C 0.001 0.004 0.118 0.001 0.044 0.673 0.001 0.001 0.003 0.033 0.113 0.004 0.007 124 E 0.001 0.004 0.097 0.001 0.068 0.638 0.001 0.001 0.003 0.045 0.129 0.005 0.007 125 E 0.001 0.008 0.163 0.001 0.068 0.558 0.001 0.001 0.005 0.045 0.129 0.008 0.012 126 I 0.001 0.012 0.218 0.002 0.103 0.430 0.001 0.001 0.005 0.069 0.130 0.011 0.018 127 Q 0.001 0.009 0.239 0.003 0.117 0.271 0.001 0.001 0.006 0.080 0.252 0.008 0.013 128 E 0.001 0.010 0.226 0.001 0.091 0.194 0.001 0.001 0.004 0.129 0.323 0.010 0.010 129 S 0.001 0.019 0.464 0.001 0.034 0.072 0.001 0.001 0.004 0.257 0.129 0.007 0.011 130 R 0.001 0.009 0.736 0.001 0.014 0.031 0.001 0.001 0.002 0.146 0.052 0.006 0.004