# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.043 0.095 0.075 0.110 0.011 0.095 0.043 0.069 0.029 0.011 0.039 0.113 0.110 0.014 0.108 0.035 2 M 0.041 0.058 0.253 0.085 0.005 0.022 0.027 0.011 0.040 0.023 0.076 0.019 0.106 0.003 0.030 0.201 3 Q 0.207 0.044 0.182 0.167 0.012 0.080 0.018 0.007 0.010 0.011 0.022 0.106 0.088 0.005 0.006 0.035 4 E 0.038 0.051 0.209 0.127 0.029 0.196 0.020 0.016 0.004 0.003 0.093 0.051 0.133 0.012 0.005 0.010 5 E 0.012 0.148 0.062 0.242 0.003 0.094 0.005 0.027 0.010 0.003 0.101 0.123 0.148 0.001 0.008 0.011 6 D 0.014 0.028 0.023 0.092 0.001 0.225 0.003 0.003 0.009 0.006 0.080 0.182 0.318 0.001 0.002 0.015 7 T 0.013 0.026 0.026 0.029 0.002 0.049 0.003 0.002 0.001 0.001 0.270 0.166 0.402 0.002 0.001 0.006 8 F 0.002 0.010 0.017 0.017 0.001 0.031 0.003 0.001 0.001 0.001 0.050 0.308 0.554 0.001 0.002 0.002 9 R 0.001 0.002 0.005 0.003 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.046 0.901 0.001 0.001 0.002 10 E 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.053 0.901 0.001 0.001 0.002 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.044 0.946 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.998 0.001 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.003 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.956 0.013 0.002 0.020 22 L 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.924 0.016 0.013 0.013 23 A 0.003 0.012 0.023 0.006 0.001 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.814 0.025 0.025 0.051 24 I 0.011 0.024 0.057 0.025 0.001 0.008 0.013 0.003 0.002 0.002 0.011 0.014 0.647 0.022 0.030 0.131 25 D 0.012 0.006 0.044 0.008 0.006 0.147 0.033 0.002 0.002 0.001 0.015 0.025 0.613 0.044 0.015 0.028 26 K 0.014 0.050 0.034 0.012 0.002 0.020 0.010 0.009 0.001 0.001 0.400 0.025 0.356 0.011 0.034 0.019 27 R 0.014 0.152 0.031 0.043 0.002 0.023 0.011 0.008 0.015 0.004 0.026 0.389 0.174 0.026 0.032 0.050 28 F 0.038 0.021 0.327 0.088 0.001 0.007 0.018 0.002 0.005 0.001 0.011 0.014 0.343 0.002 0.031 0.091 29 R 0.025 0.016 0.307 0.081 0.013 0.098 0.026 0.004 0.002 0.003 0.009 0.018 0.358 0.012 0.003 0.027 30 V 0.035 0.084 0.100 0.178 0.016 0.105 0.018 0.024 0.003 0.002 0.107 0.017 0.269 0.015 0.014 0.014 31 F 0.008 0.100 0.053 0.248 0.018 0.123 0.018 0.020 0.015 0.011 0.057 0.106 0.155 0.025 0.023 0.019 32 T 0.034 0.218 0.164 0.286 0.004 0.009 0.014 0.008 0.019 0.003 0.016 0.020 0.070 0.002 0.030 0.105 33 K 0.047 0.007 0.405 0.353 0.009 0.038 0.034 0.002 0.005 0.005 0.004 0.007 0.046 0.002 0.002 0.035 34 P 0.050 0.048 0.388 0.291 0.012 0.137 0.010 0.011 0.001 0.001 0.011 0.003 0.026 0.003 0.002 0.007 35 V 0.004 0.167 0.029 0.755 0.001 0.007 0.001 0.005 0.005 0.002 0.008 0.008 0.004 0.001 0.001 0.004 36 D 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 37 P 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 38 D 0.001 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 0.949 0.005 0.001 0.011 0.001 39 E 0.005 0.010 0.059 0.016 0.001 0.002 0.011 0.001 0.026 0.002 0.003 0.014 0.209 0.001 0.012 0.629 40 V 0.071 0.002 0.487 0.020 0.002 0.013 0.061 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.301 0.002 0.002 0.031 41 P 0.021 0.029 0.309 0.057 0.005 0.200 0.008 0.022 0.001 0.001 0.044 0.017 0.276 0.004 0.004 0.003 42 D 0.003 0.229 0.016 0.193 0.003 0.208 0.002 0.006 0.013 0.003 0.096 0.054 0.152 0.001 0.003 0.016 43 Y 0.021 0.097 0.055 0.308 0.002 0.024 0.010 0.002 0.008 0.002 0.077 0.110 0.249 0.004 0.003 0.028 44 V 0.019 0.057 0.399 0.205 0.001 0.020 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.034 0.232 0.001 0.011 0.008 45 T 0.009 0.023 0.259 0.408 0.003 0.028 0.003 0.001 0.003 0.001 0.008 0.007 0.217 0.002 0.001 0.027 46 V 0.016 0.027 0.135 0.683 0.004 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.082 0.001 0.001 0.011 47 I 0.005 0.031 0.107 0.359 0.066 0.279 0.032 0.005 0.001 0.001 0.009 0.006 0.068 0.029 0.002 0.003 48 K 0.003 0.587 0.025 0.333 0.002 0.004 0.002 0.013 0.004 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.010 0.009 49 Q 0.016 0.003 0.066 0.790 0.004 0.055 0.011 0.001 0.009 0.013 0.002 0.003 0.006 0.001 0.001 0.020 50 P 0.123 0.029 0.589 0.191 0.007 0.036 0.002 0.004 0.001 0.001 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 51 M 0.002 0.055 0.033 0.881 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 52 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.970 0.001 0.001 0.003 56 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.990 0.001 0.001 0.001 58 S 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.002 59 K 0.001 0.002 0.005 0.009 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.909 0.028 0.001 0.032 60 I 0.003 0.002 0.022 0.004 0.004 0.006 0.048 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.841 0.020 0.037 0.006 61 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.002 0.024 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.022 0.917 0.004 0.003 62 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.002 0.001 0.004 0.002 0.006 0.007 0.899 0.004 63 H 0.005 0.005 0.016 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.109 0.012 0.001 0.009 0.023 0.001 0.023 0.789 64 K 0.863 0.003 0.072 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 0.041 65 Y 0.023 0.014 0.731 0.025 0.002 0.171 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.015 0.002 0.001 0.003 66 L 0.001 0.466 0.289 0.198 0.001 0.010 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 0.004 0.008 0.001 0.001 0.005 67 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 69 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.005 71 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.004 74 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.980 0.002 0.001 0.005 75 I 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.977 0.001 0.002 0.001 76 D 0.001 0.004 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.950 0.001 0.001 0.005 77 L 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.001 0.001 0.007 78 I 0.001 0.003 0.020 0.007 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.951 0.002 0.001 0.006 79 C 0.001 0.002 0.005 0.010 0.003 0.019 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.914 0.017 0.001 0.004 80 S 0.002 0.014 0.009 0.007 0.001 0.007 0.002 0.011 0.001 0.001 0.038 0.016 0.842 0.015 0.026 0.009 81 N 0.003 0.011 0.006 0.009 0.001 0.026 0.004 0.002 0.007 0.003 0.024 0.103 0.708 0.011 0.021 0.064 82 A 0.020 0.007 0.028 0.004 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.035 0.016 0.825 0.006 0.011 0.031 83 L 0.008 0.025 0.075 0.023 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.009 0.059 0.757 0.004 0.008 0.018 84 E 0.004 0.018 0.072 0.066 0.003 0.028 0.021 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.693 0.029 0.003 0.045 85 Y 0.011 0.033 0.166 0.138 0.003 0.016 0.015 0.012 0.002 0.001 0.021 0.008 0.476 0.007 0.058 0.032 86 N 0.007 0.018 0.040 0.047 0.009 0.233 0.029 0.002 0.009 0.006 0.010 0.026 0.499 0.007 0.005 0.053 87 P 0.026 0.019 0.031 0.014 0.077 0.022 0.093 0.008 0.001 0.001 0.284 0.008 0.186 0.213 0.005 0.012 88 D 0.005 0.078 0.036 0.021 0.002 0.021 0.008 0.158 0.005 0.001 0.020 0.127 0.049 0.019 0.442 0.008 89 R 0.006 0.025 0.078 0.021 0.001 0.005 0.017 0.002 0.069 0.020 0.009 0.011 0.081 0.003 0.016 0.636 90 D 0.257 0.004 0.033 0.010 0.003 0.367 0.017 0.003 0.002 0.003 0.021 0.047 0.217 0.005 0.004 0.009 91 P 0.003 0.021 0.012 0.002 0.001 0.032 0.001 0.004 0.001 0.001 0.833 0.023 0.063 0.001 0.002 0.002 92 G 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.911 0.042 0.001 0.001 0.001 93 D 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.145 0.800 0.001 0.001 0.002 94 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.048 0.936 0.001 0.001 0.001 95 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.988 0.001 0.001 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 98 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.003 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.002 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.988 0.003 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.984 0.001 0.003 0.003 109 A 0.001 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.852 0.002 0.001 0.130 110 I 0.008 0.003 0.121 0.008 0.001 0.005 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.783 0.010 0.005 0.020 111 I 0.004 0.012 0.108 0.025 0.002 0.061 0.024 0.003 0.001 0.001 0.011 0.009 0.706 0.012 0.012 0.012 112 K 0.007 0.051 0.026 0.062 0.004 0.050 0.008 0.009 0.003 0.002 0.073 0.034 0.592 0.030 0.019 0.032 113 E 0.023 0.033 0.036 0.070 0.001 0.028 0.006 0.005 0.007 0.002 0.059 0.156 0.493 0.010 0.023 0.048 114 E 0.017 0.047 0.126 0.051 0.002 0.049 0.018 0.002 0.002 0.001 0.024 0.041 0.541 0.012 0.011 0.058 115 L 0.019 0.049 0.146 0.105 0.002 0.041 0.009 0.006 0.002 0.001 0.044 0.040 0.484 0.004 0.017 0.029 116 D 0.006 0.014 0.034 0.031 0.003 0.277 0.009 0.002 0.002 0.002 0.022 0.055 0.521 0.008 0.003 0.011 117 E 0.008 0.049 0.028 0.031 0.001 0.017 0.003 0.005 0.001 0.001 0.395 0.044 0.394 0.003 0.008 0.012 118 D 0.004 0.060 0.024 0.040 0.001 0.071 0.008 0.002 0.005 0.001 0.016 0.360 0.367 0.009 0.007 0.023 119 F 0.007 0.008 0.067 0.019 0.001 0.014 0.010 0.001 0.001 0.001 0.061 0.012 0.767 0.003 0.010 0.019 120 E 0.009 0.044 0.069 0.040 0.002 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 0.020 0.133 0.616 0.007 0.005 0.020 121 Q 0.011 0.020 0.046 0.077 0.002 0.035 0.015 0.002 0.001 0.001 0.027 0.024 0.701 0.009 0.005 0.024 122 L 0.005 0.041 0.117 0.062 0.004 0.038 0.018 0.004 0.002 0.001 0.026 0.032 0.597 0.013 0.012 0.029 123 C 0.010 0.023 0.038 0.062 0.003 0.101 0.013 0.006 0.004 0.002 0.028 0.041 0.625 0.011 0.017 0.017 124 E 0.022 0.057 0.062 0.081 0.001 0.018 0.005 0.006 0.005 0.002 0.108 0.043 0.510 0.006 0.016 0.058 125 E 0.037 0.053 0.103 0.126 0.005 0.049 0.019 0.002 0.008 0.002 0.015 0.130 0.374 0.022 0.008 0.046 126 I 0.017 0.019 0.250 0.090 0.007 0.049 0.044 0.005 0.001 0.001 0.029 0.011 0.428 0.017 0.016 0.016 127 Q 0.009 0.102 0.090 0.159 0.008 0.123 0.016 0.028 0.006 0.003 0.030 0.039 0.323 0.010 0.025 0.028 128 E 0.030 0.065 0.052 0.226 0.011 0.059 0.022 0.011 0.020 0.009 0.094 0.046 0.264 0.012 0.011 0.069 129 S 0.037 0.051 0.126 0.091 0.038 0.118 0.075 0.014 0.008 0.004 0.047 0.088 0.212 0.054 0.017 0.020 130 R 0.020 0.074 0.110 0.101 0.025 0.064 0.059 0.056 0.008 0.005 0.129 0.036 0.197 0.024 0.066 0.024