# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.026 0.048 0.002 0.032 0.037 0.083 0.114 0.002 0.001 0.057 0.597 2 M 0.022 0.048 0.003 0.020 0.028 0.046 0.107 0.005 0.001 0.044 0.676 3 Q 0.159 0.052 0.004 0.021 0.031 0.028 0.088 0.008 0.002 0.256 0.351 4 E 0.092 0.279 0.004 0.014 0.010 0.010 0.062 0.008 0.001 0.067 0.451 5 E 0.041 0.538 0.002 0.005 0.004 0.005 0.039 0.006 0.001 0.037 0.322 6 D 0.042 0.696 0.002 0.003 0.002 0.005 0.025 0.010 0.001 0.031 0.182 7 T 0.012 0.862 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.003 0.001 0.031 0.075 8 F 0.006 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.019 0.025 9 R 0.012 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.006 10 E 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 11 L 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 12 R 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 13 I 0.007 0.664 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.307 0.014 14 F 0.005 0.813 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.154 0.016 15 L 0.005 0.681 0.009 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.282 0.013 16 R 0.005 0.786 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.172 0.020 17 N 0.007 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.020 0.020 18 V 0.015 0.930 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.002 0.010 0.018 19 T 0.079 0.790 0.016 0.001 0.001 0.001 0.009 0.010 0.008 0.028 0.057 20 H 0.078 0.697 0.008 0.001 0.001 0.002 0.014 0.004 0.002 0.020 0.172 21 R 0.102 0.482 0.011 0.004 0.001 0.003 0.046 0.015 0.005 0.053 0.279 22 L 0.188 0.239 0.018 0.005 0.003 0.005 0.088 0.015 0.013 0.075 0.351 23 A 0.076 0.230 0.013 0.011 0.004 0.007 0.065 0.007 0.005 0.044 0.540 24 I 0.071 0.215 0.012 0.010 0.005 0.008 0.059 0.011 0.004 0.033 0.571 25 D 0.325 0.152 0.008 0.011 0.009 0.012 0.066 0.021 0.005 0.047 0.343 26 K 0.165 0.088 0.004 0.007 0.010 0.017 0.068 0.008 0.002 0.029 0.600 27 R 0.023 0.038 0.003 0.030 0.019 0.043 0.099 0.003 0.001 0.063 0.679 28 F 0.030 0.018 0.006 0.025 0.023 0.044 0.102 0.002 0.001 0.084 0.665 29 R 0.058 0.022 0.003 0.151 0.125 0.095 0.096 0.004 0.001 0.076 0.369 30 V 0.046 0.006 0.005 0.045 0.030 0.053 0.075 0.005 0.002 0.061 0.671 31 F 0.022 0.002 0.001 0.101 0.117 0.129 0.118 0.001 0.001 0.037 0.472 32 T 0.020 0.003 0.001 0.071 0.019 0.032 0.066 0.001 0.001 0.030 0.758 33 K 0.008 0.001 0.001 0.027 0.046 0.062 0.198 0.001 0.001 0.014 0.645 34 P 0.003 0.001 0.001 0.045 0.009 0.018 0.145 0.001 0.001 0.025 0.754 35 V 0.004 0.004 0.002 0.065 0.022 0.017 0.137 0.001 0.001 0.017 0.728 36 D 0.859 0.030 0.001 0.006 0.001 0.001 0.014 0.018 0.001 0.008 0.063 37 P 0.758 0.011 0.001 0.003 0.001 0.001 0.028 0.004 0.001 0.025 0.168 38 D 0.005 0.028 0.003 0.024 0.002 0.006 0.117 0.001 0.001 0.018 0.797 39 E 0.025 0.102 0.003 0.026 0.005 0.022 0.109 0.003 0.001 0.054 0.651 40 V 0.443 0.155 0.002 0.010 0.008 0.011 0.095 0.021 0.001 0.066 0.188 41 P 0.071 0.093 0.004 0.006 0.017 0.031 0.108 0.005 0.002 0.208 0.455 42 D 0.019 0.116 0.004 0.034 0.031 0.107 0.103 0.004 0.001 0.108 0.474 43 Y 0.045 0.187 0.004 0.040 0.056 0.121 0.103 0.005 0.001 0.109 0.329 44 V 0.023 0.112 0.004 0.063 0.125 0.134 0.068 0.004 0.001 0.073 0.394 45 T 0.029 0.078 0.004 0.109 0.093 0.237 0.056 0.004 0.001 0.123 0.266 46 V 0.037 0.015 0.004 0.103 0.088 0.166 0.091 0.004 0.002 0.103 0.388 47 I 0.033 0.007 0.003 0.218 0.127 0.104 0.115 0.002 0.001 0.066 0.326 48 K 0.029 0.016 0.002 0.063 0.049 0.055 0.092 0.002 0.001 0.068 0.623 49 Q 0.119 0.077 0.001 0.054 0.011 0.016 0.104 0.008 0.001 0.045 0.565 50 P 0.065 0.070 0.002 0.014 0.007 0.009 0.120 0.006 0.001 0.068 0.639 51 M 0.009 0.060 0.002 0.021 0.017 0.029 0.153 0.003 0.001 0.178 0.527 52 D 0.053 0.605 0.002 0.009 0.003 0.005 0.026 0.008 0.001 0.148 0.140 53 L 0.040 0.874 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.007 0.001 0.028 0.039 54 S 0.012 0.647 0.002 0.002 0.001 0.004 0.017 0.006 0.001 0.235 0.072 55 S 0.009 0.777 0.005 0.003 0.002 0.005 0.009 0.004 0.001 0.145 0.041 56 V 0.006 0.950 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.001 0.017 0.015 57 I 0.022 0.885 0.004 0.001 0.002 0.002 0.005 0.003 0.001 0.055 0.021 58 S 0.033 0.767 0.011 0.002 0.002 0.007 0.021 0.005 0.004 0.068 0.081 59 K 0.110 0.287 0.078 0.005 0.008 0.025 0.061 0.023 0.021 0.170 0.212 60 I 0.515 0.089 0.034 0.009 0.009 0.013 0.060 0.020 0.015 0.064 0.172 61 D 0.230 0.070 0.005 0.003 0.011 0.015 0.057 0.005 0.003 0.021 0.580 62 L 0.047 0.037 0.003 0.005 0.005 0.010 0.059 0.003 0.001 0.014 0.817 63 H 0.057 0.026 0.007 0.017 0.030 0.029 0.129 0.003 0.001 0.071 0.629 64 K 0.046 0.037 0.001 0.052 0.047 0.067 0.114 0.005 0.001 0.038 0.592 65 Y 0.023 0.019 0.001 0.039 0.027 0.029 0.098 0.001 0.001 0.047 0.717 66 L 0.002 0.031 0.001 0.062 0.085 0.092 0.117 0.001 0.001 0.031 0.577 67 T 0.067 0.673 0.001 0.012 0.004 0.009 0.019 0.007 0.001 0.040 0.167 68 V 0.129 0.782 0.001 0.002 0.002 0.001 0.009 0.009 0.001 0.013 0.051 69 K 0.025 0.703 0.003 0.003 0.003 0.008 0.030 0.003 0.001 0.076 0.145 70 D 0.031 0.644 0.013 0.014 0.003 0.012 0.023 0.008 0.004 0.131 0.118 71 Y 0.095 0.711 0.008 0.003 0.004 0.005 0.019 0.015 0.003 0.061 0.075 72 L 0.148 0.609 0.014 0.003 0.005 0.005 0.015 0.011 0.003 0.093 0.093 73 R 0.018 0.698 0.004 0.002 0.003 0.007 0.027 0.003 0.001 0.043 0.193 74 D 0.016 0.819 0.002 0.002 0.002 0.006 0.016 0.004 0.001 0.033 0.099 75 I 0.034 0.731 0.004 0.007 0.008 0.009 0.027 0.005 0.001 0.080 0.094 76 D 0.022 0.312 0.004 0.023 0.015 0.031 0.047 0.003 0.001 0.376 0.165 77 L 0.024 0.220 0.011 0.109 0.011 0.021 0.048 0.008 0.003 0.378 0.169 78 I 0.093 0.393 0.012 0.055 0.020 0.019 0.053 0.024 0.003 0.160 0.169 79 C 0.104 0.268 0.014 0.040 0.018 0.021 0.053 0.008 0.002 0.247 0.225 80 S 0.029 0.218 0.014 0.031 0.009 0.021 0.091 0.006 0.004 0.125 0.451 81 N 0.213 0.221 0.021 0.033 0.012 0.029 0.093 0.039 0.009 0.112 0.220 82 A 0.294 0.049 0.015 0.022 0.010 0.021 0.112 0.049 0.019 0.089 0.319 83 L 0.090 0.017 0.003 0.025 0.025 0.038 0.127 0.003 0.001 0.056 0.614 84 E 0.007 0.006 0.002 0.048 0.017 0.044 0.124 0.001 0.001 0.049 0.702 85 Y 0.011 0.008 0.004 0.064 0.024 0.028 0.204 0.002 0.001 0.069 0.584 86 N 0.447 0.018 0.004 0.043 0.013 0.014 0.082 0.020 0.003 0.083 0.274 87 P 0.202 0.010 0.001 0.017 0.004 0.005 0.124 0.004 0.001 0.048 0.584 88 D 0.006 0.018 0.001 0.023 0.003 0.007 0.126 0.001 0.001 0.036 0.778 89 R 0.025 0.225 0.002 0.013 0.006 0.007 0.094 0.004 0.001 0.050 0.574 90 D 0.094 0.680 0.001 0.008 0.004 0.005 0.031 0.013 0.001 0.056 0.107 91 P 0.010 0.908 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.015 0.052 92 G 0.009 0.942 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.015 0.022 93 D 0.020 0.874 0.002 0.001 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.071 0.021 94 R 0.011 0.908 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.003 0.001 0.049 0.020 95 L 0.006 0.929 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.036 0.015 96 I 0.007 0.969 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.010 0.004 97 R 0.008 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.020 0.015 98 H 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 99 R 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 100 A 0.008 0.909 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.062 0.014 101 C 0.022 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.100 0.033 102 A 0.007 0.227 0.008 0.002 0.001 0.001 0.011 0.005 0.003 0.694 0.042 103 L 0.012 0.847 0.028 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 0.002 0.062 0.032 104 R 0.024 0.914 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.023 0.031 105 D 0.024 0.821 0.013 0.001 0.001 0.001 0.008 0.018 0.009 0.018 0.088 106 T 0.100 0.738 0.025 0.001 0.001 0.002 0.014 0.018 0.008 0.022 0.072 107 A 0.245 0.415 0.012 0.002 0.001 0.001 0.018 0.031 0.010 0.021 0.245 108 Y 0.131 0.225 0.006 0.003 0.002 0.003 0.069 0.005 0.002 0.045 0.508 109 A 0.027 0.135 0.007 0.008 0.002 0.006 0.071 0.005 0.003 0.050 0.686 110 I 0.067 0.128 0.011 0.019 0.004 0.006 0.108 0.012 0.005 0.075 0.566 111 I 0.180 0.184 0.007 0.021 0.006 0.007 0.068 0.024 0.005 0.041 0.457 112 K 0.197 0.127 0.004 0.009 0.004 0.005 0.050 0.021 0.003 0.036 0.543 113 E 0.101 0.089 0.004 0.012 0.005 0.007 0.077 0.008 0.002 0.050 0.645 114 E 0.042 0.111 0.007 0.022 0.005 0.007 0.082 0.009 0.002 0.067 0.646 115 L 0.102 0.257 0.004 0.011 0.003 0.005 0.069 0.025 0.002 0.042 0.481 116 D 0.211 0.332 0.006 0.007 0.003 0.003 0.043 0.027 0.004 0.063 0.301 117 E 0.048 0.346 0.008 0.006 0.003 0.005 0.057 0.013 0.004 0.052 0.458 118 D 0.123 0.536 0.008 0.006 0.002 0.004 0.031 0.021 0.004 0.035 0.230 119 F 0.212 0.417 0.011 0.006 0.003 0.005 0.040 0.046 0.008 0.035 0.218 120 E 0.213 0.242 0.015 0.006 0.004 0.008 0.054 0.023 0.010 0.053 0.371 121 Q 0.133 0.183 0.011 0.010 0.007 0.013 0.065 0.012 0.004 0.042 0.519 122 L 0.097 0.218 0.007 0.009 0.007 0.012 0.083 0.017 0.003 0.039 0.506 123 C 0.192 0.153 0.007 0.006 0.009 0.014 0.089 0.017 0.005 0.063 0.445 124 E 0.086 0.109 0.005 0.009 0.016 0.023 0.095 0.007 0.003 0.051 0.596 125 E 0.063 0.053 0.011 0.015 0.020 0.038 0.094 0.009 0.004 0.078 0.613 126 I 0.198 0.026 0.011 0.021 0.029 0.037 0.110 0.015 0.007 0.085 0.461 127 Q 0.269 0.014 0.005 0.013 0.018 0.021 0.076 0.006 0.003 0.046 0.528 128 E 0.039 0.007 0.001 0.013 0.014 0.023 0.092 0.002 0.001 0.021 0.786 129 S 0.036 0.008 0.002 0.014 0.011 0.020 0.108 0.002 0.001 0.025 0.773 130 R 0.025 0.007 0.001 0.022 0.034 0.039 0.153 0.002 0.001 0.028 0.689