# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.043 0.074 0.028 0.047 0.077 0.108 0.062 0.562 2 M 0.073 0.092 0.025 0.036 0.049 0.108 0.071 0.547 3 Q 0.124 0.151 0.019 0.024 0.023 0.078 0.233 0.348 4 E 0.068 0.396 0.008 0.006 0.010 0.064 0.073 0.376 5 E 0.069 0.522 0.008 0.005 0.006 0.041 0.060 0.290 6 D 0.017 0.779 0.005 0.004 0.005 0.022 0.042 0.127 7 T 0.006 0.926 0.002 0.001 0.002 0.007 0.018 0.039 8 F 0.004 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.011 9 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 10 E 0.003 0.932 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.014 11 L 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 12 R 0.004 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 13 I 0.005 0.494 0.005 0.001 0.001 0.003 0.479 0.014 14 F 0.005 0.877 0.001 0.001 0.001 0.002 0.103 0.011 15 L 0.006 0.212 0.012 0.001 0.001 0.002 0.761 0.007 16 R 0.011 0.558 0.018 0.001 0.001 0.016 0.354 0.041 17 N 0.007 0.910 0.005 0.001 0.001 0.007 0.019 0.049 18 V 0.010 0.937 0.009 0.001 0.001 0.004 0.012 0.026 19 T 0.033 0.863 0.007 0.001 0.002 0.013 0.029 0.052 20 H 0.041 0.769 0.005 0.001 0.002 0.017 0.026 0.138 21 R 0.073 0.610 0.027 0.003 0.004 0.031 0.077 0.174 22 L 0.117 0.477 0.018 0.004 0.006 0.049 0.055 0.274 23 A 0.070 0.265 0.030 0.006 0.009 0.069 0.056 0.494 24 I 0.075 0.314 0.017 0.004 0.008 0.058 0.030 0.494 25 D 0.355 0.171 0.017 0.005 0.006 0.061 0.071 0.314 26 K 0.105 0.155 0.018 0.010 0.014 0.094 0.065 0.539 27 R 0.072 0.063 0.025 0.008 0.018 0.118 0.071 0.624 28 F 0.087 0.032 0.076 0.024 0.025 0.122 0.171 0.462 29 R 0.128 0.023 0.053 0.022 0.039 0.121 0.090 0.524 30 V 0.065 0.008 0.028 0.016 0.021 0.082 0.043 0.736 31 F 0.040 0.007 0.052 0.034 0.064 0.159 0.035 0.609 32 T 0.078 0.005 0.022 0.022 0.048 0.110 0.033 0.683 33 K 0.027 0.004 0.022 0.067 0.064 0.096 0.024 0.696 34 P 0.006 0.003 0.024 0.050 0.090 0.148 0.034 0.644 35 V 0.001 0.001 0.019 0.021 0.027 0.114 0.007 0.809 36 D 0.745 0.049 0.003 0.002 0.002 0.008 0.138 0.054 37 P 0.547 0.051 0.002 0.002 0.002 0.029 0.060 0.307 38 D 0.004 0.005 0.003 0.003 0.004 0.066 0.007 0.906 39 E 0.018 0.037 0.008 0.007 0.016 0.068 0.030 0.817 40 V 0.206 0.112 0.008 0.040 0.021 0.093 0.148 0.372 41 P 0.054 0.041 0.011 0.036 0.040 0.081 0.107 0.631 42 D 0.031 0.080 0.021 0.056 0.090 0.103 0.100 0.519 43 Y 0.025 0.071 0.078 0.068 0.186 0.086 0.094 0.391 44 V 0.025 0.057 0.082 0.178 0.166 0.066 0.059 0.367 45 T 0.013 0.023 0.118 0.196 0.390 0.028 0.043 0.189 46 V 0.030 0.012 0.085 0.158 0.163 0.057 0.090 0.406 47 I 0.042 0.010 0.116 0.150 0.167 0.091 0.047 0.377 48 K 0.027 0.016 0.050 0.033 0.048 0.085 0.055 0.686 49 Q 0.058 0.096 0.027 0.031 0.039 0.084 0.082 0.583 50 P 0.062 0.118 0.027 0.015 0.023 0.097 0.092 0.565 51 M 0.016 0.133 0.034 0.028 0.031 0.087 0.154 0.517 52 D 0.020 0.865 0.003 0.003 0.004 0.012 0.031 0.063 53 L 0.012 0.929 0.001 0.001 0.001 0.004 0.028 0.024 54 S 0.005 0.318 0.004 0.002 0.004 0.008 0.628 0.031 55 S 0.006 0.649 0.006 0.003 0.004 0.006 0.307 0.020 56 V 0.022 0.895 0.009 0.004 0.004 0.004 0.044 0.017 57 I 0.022 0.845 0.009 0.006 0.007 0.008 0.030 0.074 58 S 0.022 0.689 0.009 0.007 0.015 0.020 0.027 0.212 59 K 0.063 0.176 0.100 0.037 0.038 0.057 0.246 0.282 60 I 0.199 0.066 0.027 0.017 0.015 0.095 0.115 0.466 61 D 0.201 0.038 0.017 0.013 0.011 0.055 0.044 0.620 62 L 0.036 0.018 0.007 0.002 0.006 0.066 0.016 0.849 63 H 0.117 0.012 0.025 0.017 0.028 0.137 0.074 0.590 64 K 0.021 0.009 0.045 0.041 0.069 0.085 0.035 0.694 65 Y 0.025 0.014 0.035 0.026 0.029 0.128 0.030 0.714 66 L 0.006 0.044 0.072 0.046 0.059 0.137 0.047 0.589 67 T 0.049 0.766 0.003 0.002 0.002 0.017 0.084 0.076 68 V 0.038 0.887 0.002 0.001 0.001 0.005 0.042 0.025 69 K 0.016 0.832 0.003 0.002 0.002 0.011 0.082 0.053 70 D 0.011 0.775 0.005 0.001 0.002 0.010 0.154 0.042 71 Y 0.013 0.910 0.003 0.001 0.001 0.003 0.052 0.018 72 L 0.026 0.802 0.004 0.002 0.002 0.010 0.100 0.054 73 R 0.007 0.870 0.002 0.001 0.001 0.011 0.025 0.084 74 D 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 75 I 0.005 0.903 0.005 0.001 0.001 0.004 0.066 0.015 76 D 0.014 0.541 0.012 0.002 0.002 0.009 0.385 0.035 77 L 0.017 0.521 0.053 0.004 0.005 0.013 0.324 0.063 78 I 0.016 0.840 0.037 0.004 0.005 0.011 0.031 0.055 79 C 0.071 0.655 0.034 0.007 0.012 0.029 0.052 0.141 80 S 0.036 0.389 0.043 0.011 0.017 0.058 0.097 0.349 81 N 0.075 0.420 0.032 0.022 0.041 0.078 0.104 0.227 82 A 0.102 0.060 0.093 0.029 0.058 0.105 0.302 0.252 83 L 0.104 0.049 0.045 0.038 0.049 0.109 0.122 0.485 84 E 0.015 0.018 0.051 0.049 0.108 0.130 0.047 0.582 85 Y 0.006 0.005 0.081 0.021 0.040 0.139 0.021 0.688 86 N 0.762 0.014 0.009 0.004 0.005 0.023 0.094 0.089 87 P 0.285 0.020 0.008 0.003 0.003 0.066 0.064 0.551 88 D 0.005 0.013 0.003 0.001 0.002 0.114 0.014 0.846 89 R 0.017 0.178 0.008 0.002 0.004 0.100 0.039 0.652 90 D 0.095 0.733 0.002 0.003 0.001 0.020 0.088 0.058 91 P 0.016 0.888 0.002 0.002 0.002 0.011 0.027 0.052 92 G 0.006 0.961 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.018 93 D 0.010 0.937 0.003 0.001 0.001 0.003 0.038 0.009 94 R 0.006 0.930 0.002 0.001 0.001 0.003 0.047 0.010 95 L 0.004 0.953 0.002 0.001 0.001 0.002 0.029 0.009 96 I 0.004 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 0.005 97 R 0.007 0.955 0.002 0.001 0.001 0.002 0.019 0.014 98 H 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 99 R 0.006 0.954 0.002 0.001 0.001 0.002 0.023 0.011 100 A 0.006 0.931 0.002 0.001 0.001 0.002 0.046 0.012 101 C 0.012 0.933 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.021 102 A 0.010 0.234 0.021 0.001 0.001 0.007 0.699 0.028 103 L 0.022 0.874 0.009 0.001 0.001 0.010 0.055 0.028 104 R 0.025 0.907 0.003 0.001 0.001 0.005 0.013 0.046 105 D 0.020 0.776 0.013 0.001 0.001 0.017 0.041 0.131 106 T 0.076 0.688 0.012 0.002 0.003 0.026 0.081 0.113 107 A 0.200 0.423 0.017 0.002 0.003 0.027 0.160 0.167 108 Y 0.058 0.300 0.010 0.002 0.003 0.072 0.038 0.517 109 A 0.024 0.281 0.009 0.002 0.003 0.047 0.023 0.611 110 I 0.071 0.326 0.032 0.004 0.005 0.062 0.085 0.414 111 I 0.259 0.233 0.013 0.003 0.004 0.058 0.091 0.339 112 K 0.190 0.210 0.007 0.001 0.002 0.042 0.042 0.507 113 E 0.080 0.151 0.011 0.001 0.002 0.072 0.036 0.646 114 E 0.065 0.125 0.021 0.003 0.004 0.099 0.071 0.613 115 L 0.108 0.206 0.011 0.003 0.004 0.068 0.060 0.540 116 D 0.131 0.295 0.008 0.003 0.004 0.055 0.063 0.441 117 E 0.042 0.254 0.011 0.003 0.004 0.088 0.037 0.562 118 D 0.094 0.527 0.011 0.002 0.004 0.041 0.060 0.261 119 F 0.162 0.457 0.012 0.003 0.004 0.043 0.086 0.234 120 E 0.091 0.295 0.018 0.005 0.007 0.069 0.082 0.434 121 Q 0.075 0.252 0.021 0.007 0.012 0.080 0.061 0.492 122 L 0.170 0.213 0.027 0.007 0.012 0.067 0.100 0.404 123 C 0.148 0.122 0.019 0.010 0.013 0.091 0.098 0.499 124 E 0.049 0.100 0.017 0.011 0.017 0.094 0.034 0.678 125 E 0.091 0.068 0.044 0.014 0.023 0.100 0.104 0.555 126 I 0.137 0.031 0.049 0.023 0.027 0.110 0.107 0.515 127 Q 0.180 0.017 0.020 0.015 0.020 0.089 0.050 0.609 128 E 0.085 0.011 0.017 0.010 0.017 0.105 0.033 0.723 129 S 0.042 0.007 0.024 0.012 0.023 0.142 0.041 0.710 130 R 0.034 0.008 0.034 0.025 0.045 0.132 0.050 0.672