# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.274 0.141 0.066 0.119 0.105 0.068 0.096 0.065 0.037 0.018 0.012 2 M 0.422 0.125 0.064 0.095 0.073 0.048 0.074 0.045 0.029 0.015 0.009 3 Q 0.208 0.151 0.111 0.165 0.119 0.069 0.084 0.047 0.027 0.013 0.007 4 E 0.177 0.181 0.137 0.181 0.118 0.062 0.070 0.041 0.020 0.009 0.004 5 E 0.173 0.110 0.118 0.174 0.126 0.088 0.111 0.057 0.026 0.013 0.004 6 D 0.154 0.138 0.257 0.194 0.101 0.057 0.052 0.026 0.012 0.006 0.002 7 T 0.071 0.129 0.227 0.220 0.140 0.078 0.072 0.038 0.015 0.007 0.002 8 F 0.048 0.062 0.140 0.116 0.106 0.117 0.187 0.113 0.062 0.039 0.011 9 R 0.083 0.078 0.343 0.185 0.108 0.079 0.073 0.029 0.013 0.006 0.002 10 E 0.070 0.097 0.426 0.221 0.104 0.038 0.026 0.012 0.004 0.002 0.001 11 L 0.006 0.012 0.050 0.040 0.066 0.103 0.240 0.194 0.143 0.107 0.038 12 R 0.007 0.011 0.057 0.059 0.099 0.185 0.288 0.137 0.089 0.054 0.016 13 I 0.024 0.027 0.619 0.151 0.076 0.044 0.035 0.015 0.005 0.003 0.001 14 F 0.007 0.019 0.131 0.113 0.132 0.195 0.252 0.085 0.040 0.019 0.006 15 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.009 0.046 0.084 0.241 0.301 0.308 16 R 0.014 0.022 0.166 0.157 0.206 0.165 0.163 0.061 0.027 0.014 0.005 17 N 0.015 0.044 0.706 0.142 0.055 0.021 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 18 V 0.006 0.009 0.025 0.031 0.066 0.145 0.304 0.193 0.112 0.072 0.035 19 T 0.016 0.015 0.017 0.026 0.035 0.060 0.174 0.166 0.213 0.191 0.086 20 H 0.046 0.070 0.386 0.220 0.126 0.069 0.050 0.019 0.009 0.004 0.002 21 R 0.049 0.082 0.416 0.217 0.114 0.057 0.042 0.015 0.005 0.002 0.001 22 L 0.013 0.012 0.025 0.027 0.043 0.095 0.214 0.172 0.172 0.141 0.086 23 A 0.080 0.098 0.119 0.164 0.153 0.110 0.124 0.078 0.040 0.024 0.010 24 I 0.037 0.090 0.259 0.175 0.117 0.105 0.107 0.053 0.029 0.020 0.007 25 D 0.068 0.080 0.142 0.151 0.137 0.138 0.145 0.067 0.037 0.024 0.011 26 K 0.357 0.213 0.123 0.136 0.063 0.036 0.035 0.021 0.009 0.004 0.002 27 R 0.102 0.102 0.079 0.180 0.143 0.111 0.121 0.079 0.044 0.026 0.013 28 F 0.012 0.010 0.014 0.021 0.036 0.073 0.153 0.148 0.194 0.189 0.150 29 R 0.063 0.109 0.204 0.262 0.173 0.088 0.056 0.026 0.012 0.006 0.003 30 V 0.023 0.025 0.055 0.072 0.093 0.143 0.205 0.139 0.113 0.081 0.050 31 F 0.008 0.010 0.013 0.030 0.039 0.045 0.102 0.127 0.219 0.212 0.195 32 T 0.029 0.035 0.036 0.093 0.115 0.145 0.204 0.127 0.107 0.077 0.033 33 K 0.067 0.125 0.193 0.266 0.150 0.082 0.055 0.031 0.017 0.009 0.005 34 P 0.100 0.055 0.035 0.093 0.111 0.127 0.200 0.128 0.075 0.051 0.026 35 V 0.029 0.016 0.008 0.022 0.030 0.048 0.105 0.131 0.208 0.227 0.176 36 D 0.057 0.432 0.090 0.155 0.089 0.064 0.052 0.024 0.018 0.013 0.006 37 P 0.268 0.194 0.053 0.158 0.123 0.077 0.065 0.031 0.017 0.009 0.005 38 D 0.943 0.042 0.004 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.206 0.191 0.035 0.197 0.120 0.087 0.081 0.041 0.023 0.011 0.006 40 V 0.013 0.024 0.011 0.027 0.042 0.071 0.110 0.133 0.191 0.197 0.181 41 P 0.122 0.111 0.103 0.205 0.184 0.117 0.084 0.042 0.018 0.009 0.004 42 D 0.128 0.181 0.247 0.230 0.096 0.051 0.034 0.018 0.008 0.004 0.002 43 Y 0.013 0.016 0.014 0.053 0.073 0.081 0.165 0.183 0.178 0.132 0.093 44 V 0.036 0.024 0.021 0.066 0.091 0.139 0.242 0.165 0.112 0.072 0.032 45 T 0.083 0.139 0.382 0.231 0.091 0.039 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 46 V 0.032 0.024 0.045 0.070 0.106 0.132 0.243 0.153 0.098 0.066 0.032 47 I 0.031 0.031 0.023 0.041 0.039 0.052 0.135 0.128 0.209 0.207 0.103 48 K 0.064 0.128 0.168 0.210 0.137 0.108 0.085 0.044 0.031 0.019 0.007 49 Q 0.101 0.205 0.259 0.227 0.096 0.051 0.031 0.017 0.008 0.004 0.002 50 P 0.113 0.057 0.037 0.093 0.115 0.112 0.179 0.155 0.071 0.043 0.026 51 M 0.274 0.078 0.042 0.073 0.072 0.067 0.112 0.113 0.080 0.057 0.030 52 D 0.036 0.264 0.124 0.203 0.137 0.083 0.078 0.038 0.021 0.012 0.005 53 L 0.031 0.023 0.029 0.053 0.093 0.111 0.223 0.165 0.130 0.083 0.059 54 S 0.830 0.083 0.046 0.028 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.081 0.083 0.080 0.245 0.223 0.092 0.115 0.052 0.017 0.006 0.004 56 V 0.006 0.008 0.013 0.015 0.023 0.024 0.072 0.122 0.229 0.293 0.194 57 I 0.010 0.020 0.075 0.151 0.192 0.226 0.206 0.067 0.032 0.017 0.004 58 S 0.006 0.036 0.811 0.109 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.006 0.014 0.047 0.093 0.138 0.223 0.290 0.126 0.040 0.018 0.005 60 I 0.009 0.004 0.008 0.006 0.010 0.024 0.097 0.134 0.244 0.289 0.176 61 D 0.042 0.163 0.458 0.214 0.081 0.022 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 62 L 0.057 0.061 0.286 0.173 0.144 0.104 0.102 0.043 0.018 0.010 0.004 63 H 0.429 0.173 0.107 0.090 0.054 0.045 0.055 0.027 0.011 0.005 0.002 64 K 0.173 0.219 0.123 0.230 0.112 0.057 0.051 0.023 0.008 0.003 0.001 65 Y 0.031 0.016 0.044 0.041 0.063 0.090 0.165 0.159 0.139 0.157 0.093 66 L 0.060 0.092 0.142 0.185 0.166 0.153 0.117 0.046 0.023 0.012 0.003 67 T 0.029 0.334 0.227 0.166 0.082 0.058 0.054 0.027 0.013 0.008 0.003 68 V 0.017 0.014 0.017 0.045 0.092 0.171 0.277 0.152 0.114 0.064 0.038 69 K 0.890 0.049 0.033 0.020 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.020 0.047 0.093 0.215 0.171 0.206 0.164 0.048 0.022 0.010 0.003 71 Y 0.001 0.003 0.005 0.006 0.012 0.022 0.071 0.105 0.233 0.287 0.255 72 L 0.012 0.014 0.067 0.119 0.185 0.237 0.228 0.082 0.032 0.017 0.005 73 R 0.007 0.036 0.771 0.129 0.035 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 D 0.001 0.005 0.015 0.037 0.082 0.116 0.281 0.238 0.115 0.078 0.032 75 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.021 0.077 0.099 0.270 0.338 0.186 76 D 0.036 0.054 0.502 0.248 0.101 0.034 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 77 L 0.004 0.004 0.057 0.037 0.087 0.154 0.298 0.181 0.085 0.062 0.030 78 I 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.028 0.053 0.226 0.304 0.370 79 C 0.001 0.001 0.003 0.008 0.031 0.086 0.266 0.189 0.186 0.149 0.080 80 S 0.010 0.036 0.664 0.194 0.058 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 81 N 0.002 0.004 0.018 0.035 0.093 0.142 0.359 0.226 0.069 0.035 0.017 82 A 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.006 0.019 0.053 0.194 0.330 0.389 83 L 0.008 0.014 0.042 0.088 0.146 0.168 0.258 0.130 0.076 0.048 0.023 84 E 0.013 0.038 0.351 0.205 0.147 0.108 0.067 0.033 0.019 0.013 0.006 85 Y 0.005 0.007 0.015 0.016 0.028 0.071 0.166 0.143 0.196 0.194 0.157 86 N 0.024 0.039 0.021 0.049 0.054 0.095 0.175 0.127 0.176 0.148 0.093 87 P 0.263 0.192 0.086 0.152 0.105 0.062 0.068 0.032 0.021 0.012 0.007 88 D 0.562 0.199 0.057 0.093 0.041 0.018 0.015 0.008 0.004 0.002 0.001 89 R 0.344 0.164 0.034 0.104 0.077 0.074 0.088 0.051 0.031 0.021 0.012 90 D 0.207 0.154 0.039 0.128 0.111 0.105 0.098 0.072 0.041 0.027 0.018 91 P 0.113 0.159 0.059 0.164 0.151 0.127 0.103 0.063 0.032 0.018 0.010 92 G 0.048 0.042 0.032 0.061 0.072 0.092 0.168 0.139 0.151 0.119 0.076 93 D 0.043 0.033 0.044 0.121 0.141 0.156 0.193 0.112 0.082 0.050 0.025 94 R 0.065 0.085 0.151 0.214 0.158 0.120 0.106 0.052 0.028 0.015 0.007 95 L 0.006 0.015 0.029 0.060 0.096 0.110 0.198 0.167 0.147 0.101 0.071 96 I 0.002 0.003 0.010 0.017 0.035 0.063 0.171 0.167 0.217 0.191 0.124 97 R 0.032 0.043 0.389 0.237 0.149 0.068 0.050 0.017 0.008 0.004 0.002 98 H 0.009 0.029 0.229 0.182 0.166 0.138 0.136 0.061 0.026 0.017 0.006 99 R 0.001 0.004 0.013 0.017 0.030 0.081 0.205 0.173 0.215 0.197 0.065 100 A 0.012 0.016 0.089 0.089 0.118 0.200 0.288 0.100 0.052 0.029 0.007 101 C 0.008 0.017 0.756 0.120 0.048 0.027 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 102 A 0.004 0.009 0.061 0.049 0.076 0.220 0.340 0.114 0.072 0.042 0.013 103 L 0.001 0.002 0.005 0.003 0.006 0.016 0.075 0.098 0.259 0.314 0.222 104 R 0.011 0.029 0.343 0.199 0.193 0.108 0.080 0.024 0.009 0.004 0.001 105 D 0.037 0.043 0.757 0.107 0.035 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 106 T 0.013 0.027 0.062 0.076 0.111 0.195 0.285 0.138 0.055 0.027 0.011 107 A 0.025 0.020 0.025 0.036 0.048 0.073 0.206 0.213 0.165 0.140 0.049 108 Y 0.024 0.036 0.364 0.186 0.127 0.119 0.092 0.031 0.013 0.007 0.002 109 A 0.019 0.058 0.650 0.157 0.065 0.026 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 110 I 0.013 0.011 0.026 0.023 0.040 0.099 0.219 0.175 0.173 0.143 0.077 111 I 0.042 0.108 0.080 0.105 0.102 0.113 0.186 0.115 0.079 0.052 0.019 112 K 0.132 0.161 0.310 0.207 0.097 0.042 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 113 E 0.538 0.119 0.160 0.098 0.044 0.017 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 114 E 0.266 0.190 0.088 0.136 0.090 0.070 0.082 0.045 0.020 0.010 0.004 115 L 0.041 0.087 0.037 0.077 0.086 0.135 0.208 0.141 0.095 0.067 0.027 116 D 0.155 0.215 0.201 0.181 0.109 0.061 0.046 0.019 0.008 0.004 0.001 117 E 0.543 0.125 0.164 0.100 0.038 0.014 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 118 D 0.210 0.255 0.102 0.154 0.089 0.062 0.067 0.035 0.016 0.009 0.003 119 F 0.025 0.038 0.021 0.061 0.086 0.140 0.260 0.167 0.114 0.064 0.024 120 E 0.413 0.157 0.224 0.126 0.046 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.098 0.099 0.370 0.213 0.108 0.058 0.035 0.013 0.004 0.002 0.001 122 L 0.045 0.088 0.080 0.116 0.111 0.114 0.191 0.134 0.067 0.042 0.013 123 C 0.022 0.034 0.038 0.072 0.095 0.175 0.290 0.143 0.075 0.044 0.011 124 E 0.147 0.138 0.565 0.117 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.215 0.141 0.216 0.200 0.111 0.047 0.044 0.019 0.004 0.002 0.001 126 I 0.056 0.059 0.039 0.050 0.060 0.088 0.195 0.159 0.138 0.106 0.048 127 Q 0.224 0.273 0.184 0.163 0.080 0.034 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 128 E 0.233 0.111 0.333 0.176 0.078 0.033 0.021 0.010 0.003 0.001 0.001 129 S 0.263 0.247 0.160 0.122 0.069 0.044 0.054 0.025 0.010 0.005 0.002 130 R 0.069 0.073 0.053 0.121 0.136 0.141 0.187 0.118 0.061 0.029 0.012