# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.041 0.007 0.002 0.012 0.025 0.049 0.137 0.002 0.001 0.005 0.721 2 M 0.008 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.973 3 Q 0.017 0.008 0.002 0.010 0.031 0.038 0.476 0.001 0.001 0.003 0.415 4 E 0.011 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.022 0.001 0.001 0.001 0.956 5 E 0.092 0.083 0.001 0.015 0.037 0.100 0.107 0.001 0.001 0.003 0.561 6 D 0.188 0.092 0.003 0.007 0.016 0.018 0.109 0.002 0.001 0.007 0.560 7 T 0.099 0.189 0.004 0.005 0.007 0.009 0.148 0.001 0.001 0.003 0.536 8 F 0.049 0.287 0.006 0.006 0.010 0.026 0.223 0.002 0.001 0.004 0.386 9 R 0.036 0.467 0.002 0.003 0.010 0.016 0.124 0.002 0.001 0.003 0.337 10 E 0.022 0.637 0.002 0.001 0.003 0.004 0.083 0.001 0.001 0.001 0.246 11 L 0.008 0.928 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.043 12 R 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 13 I 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 14 F 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 15 L 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 16 R 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 17 N 0.005 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 18 V 0.009 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 19 T 0.007 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 20 H 0.011 0.956 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.019 21 R 0.019 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.024 22 L 0.035 0.920 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.028 23 A 0.056 0.849 0.010 0.002 0.001 0.002 0.010 0.016 0.001 0.001 0.053 24 I 0.078 0.741 0.030 0.003 0.002 0.004 0.016 0.023 0.001 0.001 0.103 25 D 0.176 0.552 0.014 0.004 0.006 0.008 0.016 0.044 0.001 0.002 0.177 26 K 0.084 0.343 0.027 0.005 0.003 0.004 0.020 0.012 0.001 0.002 0.500 27 R 0.064 0.255 0.033 0.011 0.006 0.011 0.230 0.021 0.001 0.003 0.365 28 F 0.400 0.190 0.019 0.015 0.015 0.032 0.079 0.027 0.001 0.011 0.212 29 R 0.224 0.372 0.017 0.022 0.027 0.031 0.038 0.010 0.001 0.004 0.254 30 V 0.045 0.171 0.021 0.024 0.024 0.028 0.036 0.009 0.001 0.002 0.640 31 F 0.165 0.142 0.008 0.058 0.043 0.098 0.064 0.015 0.001 0.004 0.402 32 T 0.199 0.153 0.014 0.040 0.028 0.061 0.068 0.029 0.001 0.013 0.395 33 K 0.217 0.067 0.027 0.051 0.062 0.079 0.063 0.008 0.001 0.003 0.422 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 35 V 0.033 0.005 0.015 0.074 0.075 0.195 0.078 0.001 0.001 0.007 0.517 36 D 0.093 0.005 0.003 0.022 0.044 0.065 0.238 0.002 0.001 0.004 0.524 37 P 0.004 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.981 38 D 0.006 0.006 0.001 0.006 0.006 0.008 0.634 0.001 0.001 0.002 0.331 39 E 0.455 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.423 0.002 0.001 0.017 0.094 40 V 0.680 0.108 0.002 0.018 0.007 0.015 0.044 0.002 0.001 0.004 0.120 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 42 D 0.006 0.007 0.002 0.025 0.024 0.055 0.050 0.001 0.001 0.004 0.825 43 Y 0.229 0.025 0.012 0.072 0.028 0.073 0.082 0.003 0.001 0.006 0.471 44 V 0.089 0.057 0.004 0.058 0.102 0.098 0.220 0.002 0.001 0.004 0.367 45 T 0.069 0.064 0.009 0.143 0.135 0.142 0.107 0.001 0.001 0.008 0.321 46 V 0.103 0.129 0.001 0.138 0.109 0.116 0.035 0.001 0.001 0.002 0.366 47 I 0.057 0.167 0.002 0.216 0.087 0.141 0.035 0.003 0.001 0.004 0.290 48 K 0.059 0.123 0.011 0.191 0.051 0.104 0.118 0.013 0.001 0.011 0.320 49 Q 0.104 0.086 0.013 0.085 0.046 0.107 0.149 0.012 0.001 0.005 0.393 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 51 M 0.012 0.007 0.003 0.016 0.012 0.037 0.160 0.001 0.001 0.004 0.747 52 D 0.175 0.012 0.002 0.005 0.002 0.007 0.198 0.002 0.001 0.005 0.592 53 L 0.177 0.161 0.007 0.009 0.006 0.014 0.067 0.001 0.001 0.002 0.555 54 S 0.004 0.131 0.001 0.001 0.002 0.002 0.414 0.001 0.001 0.001 0.446 55 S 0.017 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.777 0.001 0.001 0.001 0.138 56 V 0.104 0.835 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.052 57 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 58 S 0.010 0.963 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 59 K 0.009 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 60 I 0.007 0.979 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 61 D 0.036 0.831 0.006 0.001 0.003 0.006 0.008 0.037 0.001 0.001 0.071 62 L 0.082 0.704 0.029 0.003 0.002 0.003 0.014 0.043 0.001 0.002 0.119 63 H 0.316 0.371 0.017 0.005 0.005 0.005 0.028 0.066 0.001 0.006 0.181 64 K 0.404 0.088 0.153 0.010 0.004 0.004 0.068 0.023 0.001 0.006 0.242 65 Y 0.110 0.167 0.064 0.036 0.010 0.016 0.068 0.008 0.001 0.004 0.517 66 L 0.140 0.085 0.040 0.071 0.040 0.060 0.148 0.007 0.001 0.010 0.398 67 T 0.045 0.065 0.007 0.013 0.010 0.015 0.215 0.005 0.001 0.004 0.621 68 V 0.018 0.047 0.007 0.013 0.005 0.015 0.030 0.001 0.001 0.001 0.862 69 K 0.003 0.042 0.001 0.002 0.002 0.004 0.507 0.001 0.001 0.001 0.437 70 D 0.073 0.054 0.001 0.002 0.001 0.001 0.634 0.002 0.001 0.004 0.229 71 Y 0.105 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.067 72 L 0.027 0.916 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.038 73 R 0.030 0.856 0.002 0.001 0.001 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.079 74 D 0.041 0.833 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.008 0.001 0.001 0.109 75 I 0.039 0.886 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 0.052 76 D 0.003 0.796 0.006 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 0.001 0.170 77 L 0.014 0.836 0.008 0.002 0.002 0.001 0.069 0.004 0.001 0.001 0.066 78 I 0.043 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 79 C 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 80 S 0.026 0.878 0.008 0.002 0.003 0.004 0.003 0.008 0.001 0.001 0.067 81 N 0.045 0.853 0.008 0.003 0.005 0.008 0.008 0.015 0.001 0.001 0.053 82 A 0.115 0.609 0.018 0.008 0.009 0.011 0.014 0.045 0.001 0.002 0.170 83 L 0.106 0.399 0.052 0.031 0.064 0.063 0.041 0.034 0.001 0.002 0.209 84 E 0.108 0.267 0.025 0.026 0.043 0.042 0.045 0.026 0.001 0.003 0.415 85 Y 0.308 0.117 0.005 0.047 0.118 0.148 0.015 0.004 0.001 0.002 0.236 86 N 0.039 0.151 0.008 0.028 0.329 0.155 0.065 0.013 0.001 0.008 0.204 87 P 0.003 0.013 0.006 0.009 0.007 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.940 88 D 0.007 0.004 0.001 0.010 0.011 0.022 0.725 0.003 0.001 0.003 0.214 89 R 0.683 0.002 0.007 0.003 0.001 0.003 0.056 0.001 0.001 0.104 0.140 90 D 0.188 0.020 0.019 0.008 0.005 0.004 0.301 0.001 0.001 0.006 0.449 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 92 G 0.007 0.010 0.001 0.011 0.007 0.037 0.429 0.001 0.001 0.004 0.494 93 D 0.081 0.070 0.001 0.005 0.009 0.020 0.156 0.001 0.001 0.002 0.654 94 R 0.025 0.572 0.001 0.002 0.006 0.007 0.047 0.001 0.001 0.001 0.340 95 L 0.019 0.799 0.001 0.001 0.002 0.002 0.097 0.001 0.001 0.001 0.077 96 I 0.019 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 97 R 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 98 H 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 99 R 0.007 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 100 A 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 101 C 0.003 0.980 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 102 A 0.013 0.959 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.021 103 L 0.011 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.014 104 R 0.007 0.960 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.022 105 D 0.011 0.951 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 106 T 0.011 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 107 A 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 108 Y 0.026 0.924 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.001 0.001 0.028 109 A 0.087 0.836 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.039 110 I 0.185 0.690 0.021 0.002 0.002 0.002 0.005 0.030 0.001 0.001 0.064 111 I 0.058 0.583 0.054 0.005 0.005 0.006 0.015 0.022 0.001 0.001 0.252 112 K 0.046 0.322 0.030 0.010 0.009 0.013 0.038 0.017 0.001 0.002 0.513 113 E 0.143 0.283 0.012 0.011 0.009 0.012 0.077 0.020 0.001 0.004 0.430 114 E 0.210 0.226 0.011 0.011 0.009 0.011 0.084 0.014 0.001 0.005 0.418 115 L 0.138 0.256 0.018 0.016 0.015 0.022 0.073 0.009 0.001 0.004 0.449 116 D 0.110 0.221 0.010 0.016 0.017 0.028 0.086 0.009 0.001 0.005 0.499 117 E 0.121 0.124 0.011 0.011 0.008 0.012 0.065 0.006 0.001 0.005 0.637 118 D 0.109 0.117 0.008 0.007 0.008 0.012 0.196 0.009 0.001 0.007 0.526 119 F 0.132 0.120 0.023 0.010 0.010 0.016 0.098 0.004 0.001 0.007 0.579 120 E 0.039 0.166 0.005 0.008 0.013 0.018 0.241 0.003 0.001 0.004 0.503 121 Q 0.142 0.168 0.008 0.009 0.011 0.015 0.234 0.004 0.001 0.007 0.402 122 L 0.089 0.619 0.003 0.006 0.012 0.017 0.048 0.003 0.001 0.003 0.201 123 C 0.079 0.616 0.007 0.008 0.016 0.024 0.044 0.008 0.001 0.003 0.194 124 E 0.084 0.567 0.008 0.007 0.015 0.016 0.039 0.008 0.001 0.003 0.253 125 E 0.163 0.429 0.013 0.006 0.013 0.019 0.043 0.013 0.001 0.004 0.296 126 I 0.094 0.453 0.010 0.007 0.022 0.023 0.037 0.010 0.001 0.003 0.342 127 Q 0.076 0.355 0.014 0.011 0.033 0.050 0.077 0.014 0.001 0.005 0.366 128 E 0.128 0.266 0.018 0.012 0.016 0.028 0.078 0.010 0.001 0.005 0.438 129 S 0.168 0.267 0.012 0.012 0.029 0.043 0.089 0.016 0.001 0.010 0.356 130 R 0.298 0.118 0.024 0.011 0.024 0.030 0.056 0.009 0.001 0.013 0.418