# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.170 0.038 0.031 0.032 0.051 0.144 0.024 0.511 2 M 0.116 0.051 0.035 0.025 0.046 0.068 0.014 0.645 3 Q 0.058 0.037 0.039 0.051 0.063 0.169 0.007 0.576 4 E 0.006 0.006 0.004 0.004 0.004 0.031 0.002 0.943 5 E 0.045 0.054 0.026 0.030 0.087 0.080 0.006 0.671 6 D 0.096 0.148 0.021 0.020 0.041 0.081 0.008 0.585 7 T 0.077 0.224 0.013 0.012 0.021 0.063 0.010 0.580 8 F 0.092 0.285 0.017 0.012 0.030 0.085 0.011 0.467 9 R 0.055 0.327 0.010 0.008 0.017 0.114 0.007 0.462 10 E 0.016 0.306 0.004 0.002 0.004 0.091 0.003 0.573 11 L 0.023 0.790 0.003 0.001 0.004 0.039 0.003 0.138 12 R 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.034 13 I 0.004 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.022 14 F 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 15 L 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 16 R 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 17 N 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 18 V 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 19 T 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 20 H 0.005 0.971 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.014 21 R 0.008 0.956 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.023 22 L 0.023 0.952 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.015 23 A 0.030 0.917 0.006 0.001 0.001 0.007 0.009 0.028 24 I 0.057 0.795 0.025 0.003 0.003 0.014 0.022 0.080 25 D 0.083 0.770 0.016 0.005 0.007 0.011 0.018 0.090 26 K 0.047 0.430 0.018 0.005 0.005 0.019 0.017 0.459 27 R 0.075 0.324 0.067 0.009 0.011 0.123 0.030 0.361 28 F 0.435 0.166 0.070 0.012 0.015 0.052 0.056 0.194 29 R 0.307 0.202 0.062 0.024 0.025 0.085 0.027 0.268 30 V 0.050 0.052 0.045 0.016 0.014 0.034 0.009 0.779 31 F 0.100 0.054 0.170 0.074 0.161 0.070 0.015 0.356 32 T 0.138 0.049 0.091 0.052 0.075 0.061 0.028 0.506 33 K 0.119 0.034 0.150 0.138 0.128 0.062 0.010 0.361 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 35 V 0.029 0.003 0.090 0.072 0.165 0.098 0.005 0.539 36 D 0.056 0.007 0.035 0.070 0.064 0.278 0.006 0.484 37 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.989 38 D 0.002 0.001 0.002 0.002 0.003 0.720 0.002 0.268 39 E 0.803 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.089 0.050 40 V 0.524 0.097 0.010 0.007 0.008 0.205 0.007 0.141 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.987 42 D 0.019 0.015 0.005 0.009 0.036 0.217 0.004 0.694 43 Y 0.478 0.047 0.014 0.019 0.054 0.052 0.020 0.316 44 V 0.099 0.179 0.052 0.114 0.141 0.091 0.008 0.314 45 T 0.058 0.161 0.195 0.070 0.074 0.152 0.010 0.279 46 V 0.113 0.296 0.094 0.060 0.081 0.046 0.014 0.297 47 I 0.040 0.254 0.313 0.052 0.140 0.026 0.009 0.166 48 K 0.039 0.163 0.288 0.053 0.069 0.050 0.021 0.317 49 Q 0.113 0.071 0.217 0.062 0.068 0.085 0.023 0.361 50 P 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.002 0.001 0.985 51 M 0.033 0.012 0.233 0.049 0.076 0.214 0.006 0.376 52 D 0.030 0.019 0.055 0.007 0.011 0.325 0.004 0.549 53 L 0.071 0.066 0.085 0.009 0.076 0.045 0.005 0.644 54 S 0.009 0.027 0.009 0.003 0.005 0.547 0.004 0.395 55 S 0.161 0.027 0.004 0.002 0.002 0.585 0.021 0.198 56 V 0.059 0.806 0.003 0.002 0.003 0.037 0.002 0.088 57 I 0.007 0.923 0.001 0.002 0.006 0.020 0.001 0.041 58 S 0.006 0.936 0.001 0.002 0.004 0.016 0.002 0.035 59 K 0.020 0.950 0.001 0.002 0.004 0.002 0.006 0.016 60 I 0.015 0.970 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.006 61 D 0.017 0.845 0.021 0.014 0.008 0.013 0.022 0.059 62 L 0.052 0.686 0.046 0.009 0.015 0.019 0.059 0.112 63 H 0.313 0.296 0.044 0.012 0.013 0.051 0.140 0.131 64 K 0.439 0.042 0.100 0.018 0.009 0.102 0.095 0.195 65 Y 0.056 0.034 0.215 0.043 0.040 0.057 0.013 0.542 66 L 0.037 0.010 0.233 0.174 0.214 0.088 0.007 0.237 67 T 0.008 0.011 0.010 0.008 0.014 0.288 0.003 0.658 68 V 0.028 0.027 0.106 0.011 0.111 0.059 0.003 0.655 69 K 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.155 0.001 0.832 70 D 0.058 0.014 0.002 0.001 0.001 0.771 0.011 0.141 71 Y 0.098 0.791 0.002 0.001 0.001 0.024 0.002 0.083 72 L 0.011 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.021 73 R 0.023 0.888 0.002 0.001 0.001 0.018 0.005 0.063 74 D 0.037 0.908 0.002 0.001 0.001 0.004 0.010 0.039 75 I 0.013 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.016 76 D 0.003 0.968 0.002 0.001 0.001 0.009 0.001 0.017 77 L 0.014 0.961 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 78 I 0.027 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 79 C 0.011 0.968 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 80 S 0.014 0.934 0.008 0.001 0.002 0.003 0.010 0.029 81 N 0.044 0.822 0.018 0.002 0.003 0.013 0.024 0.075 82 A 0.046 0.804 0.042 0.005 0.004 0.029 0.011 0.059 83 L 0.040 0.687 0.099 0.020 0.011 0.051 0.012 0.080 84 E 0.122 0.593 0.045 0.023 0.026 0.019 0.030 0.142 85 Y 0.199 0.466 0.049 0.024 0.037 0.013 0.046 0.166 86 N 0.124 0.263 0.077 0.055 0.054 0.037 0.032 0.358 87 P 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.990 88 D 0.017 0.007 0.022 0.009 0.017 0.225 0.009 0.694 89 R 0.394 0.008 0.025 0.004 0.007 0.084 0.029 0.450 90 D 0.160 0.028 0.020 0.006 0.007 0.337 0.007 0.436 91 P 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.982 92 G 0.015 0.044 0.010 0.003 0.008 0.414 0.002 0.504 93 D 0.044 0.210 0.017 0.003 0.010 0.546 0.003 0.167 94 R 0.005 0.919 0.002 0.001 0.002 0.008 0.001 0.063 95 L 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 96 I 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 97 R 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 98 H 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 99 R 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 100 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 101 C 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 102 A 0.007 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 103 L 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 104 R 0.003 0.983 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 105 D 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.014 106 T 0.008 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 107 A 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 108 Y 0.006 0.975 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.012 109 A 0.023 0.941 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.019 110 I 0.045 0.920 0.003 0.001 0.001 0.003 0.010 0.019 111 I 0.019 0.921 0.005 0.001 0.001 0.005 0.006 0.043 112 K 0.018 0.814 0.013 0.002 0.002 0.013 0.007 0.131 113 E 0.040 0.736 0.011 0.003 0.003 0.026 0.013 0.168 114 E 0.081 0.681 0.014 0.004 0.004 0.044 0.014 0.159 115 L 0.072 0.660 0.019 0.004 0.005 0.045 0.012 0.182 116 D 0.065 0.692 0.015 0.004 0.007 0.031 0.012 0.175 117 E 0.053 0.400 0.013 0.003 0.005 0.043 0.014 0.470 118 D 0.052 0.412 0.013 0.005 0.007 0.186 0.018 0.307 119 F 0.086 0.501 0.014 0.004 0.008 0.074 0.014 0.299 120 E 0.034 0.548 0.006 0.004 0.005 0.181 0.009 0.214 121 Q 0.136 0.519 0.009 0.005 0.006 0.111 0.021 0.193 122 L 0.039 0.851 0.003 0.002 0.004 0.013 0.005 0.082 123 C 0.039 0.785 0.008 0.005 0.010 0.019 0.009 0.125 124 E 0.061 0.591 0.016 0.010 0.012 0.052 0.022 0.236 125 E 0.070 0.473 0.017 0.011 0.011 0.043 0.025 0.351 126 I 0.082 0.587 0.027 0.016 0.026 0.038 0.014 0.210 127 Q 0.059 0.471 0.036 0.014 0.019 0.053 0.014 0.335 128 E 0.070 0.273 0.035 0.015 0.021 0.056 0.019 0.510 129 S 0.133 0.276 0.026 0.018 0.028 0.083 0.028 0.408 130 R 0.172 0.215 0.034 0.017 0.030 0.057 0.028 0.445