# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.179 0.124 0.132 0.354 0.070 0.023 0.083 0.010 0.016 0.009 0.001 2 M 0.074 0.116 0.208 0.124 0.120 0.036 0.197 0.074 0.022 0.029 0.001 3 Q 0.028 0.496 0.363 0.010 0.026 0.016 0.004 0.001 0.053 0.001 0.001 4 E 0.081 0.028 0.778 0.014 0.005 0.070 0.002 0.001 0.005 0.001 0.017 5 E 0.355 0.221 0.226 0.099 0.042 0.026 0.006 0.003 0.019 0.002 0.002 6 D 0.341 0.117 0.242 0.090 0.090 0.053 0.031 0.006 0.022 0.007 0.001 7 T 0.610 0.084 0.131 0.102 0.027 0.025 0.008 0.002 0.010 0.001 0.001 8 F 0.739 0.060 0.069 0.082 0.017 0.020 0.005 0.001 0.007 0.001 0.001 9 R 0.893 0.019 0.043 0.018 0.008 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 10 E 0.982 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.972 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.931 0.003 0.005 0.053 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.880 0.012 0.018 0.079 0.002 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 23 A 0.823 0.021 0.031 0.087 0.008 0.009 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 24 I 0.563 0.078 0.074 0.226 0.013 0.023 0.011 0.001 0.010 0.001 0.001 25 D 0.416 0.070 0.263 0.076 0.030 0.053 0.033 0.002 0.052 0.005 0.001 26 K 0.911 0.005 0.038 0.033 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.703 0.019 0.032 0.200 0.010 0.012 0.016 0.002 0.004 0.001 0.001 28 F 0.475 0.106 0.083 0.257 0.022 0.017 0.020 0.003 0.014 0.001 0.001 29 R 0.435 0.164 0.215 0.058 0.030 0.028 0.040 0.004 0.022 0.003 0.001 30 V 0.517 0.171 0.185 0.080 0.013 0.018 0.007 0.001 0.007 0.001 0.002 31 F 0.297 0.135 0.164 0.258 0.051 0.033 0.030 0.004 0.024 0.003 0.001 32 T 0.216 0.253 0.211 0.163 0.049 0.021 0.051 0.005 0.024 0.001 0.004 33 K 0.030 0.478 0.255 0.013 0.033 0.013 0.006 0.001 0.169 0.001 0.001 34 P 0.018 0.015 0.813 0.006 0.003 0.101 0.001 0.001 0.002 0.001 0.041 35 V 0.034 0.778 0.110 0.032 0.016 0.017 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 36 D 0.009 0.159 0.538 0.005 0.042 0.114 0.012 0.001 0.115 0.005 0.001 37 P 0.935 0.001 0.032 0.014 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 38 D 0.831 0.006 0.021 0.101 0.005 0.010 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 39 E 0.147 0.026 0.046 0.740 0.005 0.011 0.014 0.004 0.005 0.001 0.001 40 V 0.086 0.205 0.556 0.014 0.010 0.013 0.027 0.001 0.085 0.003 0.001 41 P 0.448 0.013 0.445 0.020 0.002 0.027 0.004 0.001 0.003 0.001 0.038 42 D 0.412 0.055 0.110 0.306 0.026 0.025 0.034 0.018 0.008 0.004 0.001 43 Y 0.245 0.231 0.233 0.128 0.078 0.025 0.020 0.007 0.030 0.002 0.001 44 V 0.190 0.458 0.240 0.037 0.030 0.021 0.008 0.001 0.014 0.001 0.001 45 T 0.162 0.466 0.215 0.040 0.051 0.047 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 46 V 0.129 0.632 0.125 0.036 0.039 0.019 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 47 I 0.138 0.383 0.298 0.039 0.051 0.054 0.007 0.001 0.029 0.001 0.001 48 K 0.162 0.318 0.299 0.081 0.038 0.055 0.015 0.001 0.024 0.001 0.005 49 Q 0.021 0.255 0.364 0.009 0.036 0.025 0.009 0.001 0.277 0.002 0.001 50 P 0.264 0.006 0.562 0.033 0.004 0.037 0.003 0.001 0.004 0.001 0.087 51 M 0.220 0.240 0.148 0.262 0.041 0.045 0.012 0.012 0.018 0.003 0.001 52 D 0.060 0.071 0.522 0.037 0.031 0.192 0.016 0.001 0.063 0.005 0.001 53 L 0.965 0.002 0.017 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.977 0.001 0.003 0.012 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.960 0.006 0.004 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.986 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.992 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 S 0.980 0.002 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.890 0.010 0.014 0.067 0.005 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 60 I 0.942 0.005 0.020 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 61 D 0.883 0.006 0.013 0.077 0.003 0.006 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 62 L 0.397 0.009 0.024 0.523 0.003 0.006 0.032 0.002 0.002 0.001 0.001 63 H 0.273 0.027 0.087 0.131 0.022 0.018 0.354 0.065 0.010 0.013 0.001 64 K 0.418 0.137 0.186 0.152 0.022 0.030 0.036 0.003 0.013 0.002 0.001 65 Y 0.233 0.197 0.271 0.142 0.032 0.067 0.024 0.003 0.028 0.002 0.001 66 L 0.255 0.231 0.325 0.091 0.029 0.043 0.008 0.002 0.015 0.002 0.002 67 T 0.073 0.145 0.437 0.035 0.068 0.116 0.011 0.001 0.106 0.007 0.001 68 V 0.955 0.001 0.033 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.989 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.948 0.002 0.003 0.042 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.950 0.012 0.005 0.028 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 L 0.989 0.002 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.981 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.956 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.992 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.985 0.004 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.971 0.016 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 C 0.946 0.017 0.008 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 80 S 0.874 0.014 0.019 0.078 0.006 0.003 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 81 N 0.581 0.038 0.044 0.244 0.023 0.017 0.036 0.005 0.011 0.001 0.001 82 A 0.582 0.107 0.105 0.129 0.029 0.015 0.017 0.001 0.014 0.001 0.001 83 L 0.492 0.238 0.117 0.080 0.019 0.031 0.010 0.001 0.012 0.001 0.001 84 E 0.241 0.346 0.188 0.089 0.030 0.080 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 85 Y 0.170 0.401 0.153 0.145 0.041 0.047 0.006 0.002 0.034 0.001 0.001 86 N 0.027 0.105 0.404 0.020 0.041 0.103 0.061 0.001 0.224 0.013 0.001 87 P 0.861 0.002 0.063 0.049 0.002 0.005 0.001 0.001 0.003 0.002 0.013 88 D 0.315 0.012 0.043 0.564 0.005 0.018 0.032 0.005 0.003 0.001 0.001 89 R 0.131 0.031 0.123 0.325 0.029 0.041 0.165 0.109 0.011 0.034 0.001 90 D 0.060 0.109 0.534 0.017 0.019 0.047 0.033 0.002 0.159 0.018 0.001 91 P 0.854 0.001 0.115 0.013 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 92 G 0.902 0.003 0.016 0.046 0.006 0.015 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 93 D 0.984 0.002 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 94 R 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 95 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 96 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 97 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 H 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 C 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.991 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.987 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.988 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.970 0.002 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.987 0.002 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.976 0.003 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.917 0.007 0.011 0.055 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 110 I 0.675 0.047 0.087 0.153 0.007 0.011 0.005 0.001 0.016 0.001 0.001 111 I 0.574 0.058 0.235 0.062 0.008 0.025 0.018 0.001 0.018 0.001 0.001 112 K 0.659 0.039 0.155 0.103 0.008 0.019 0.008 0.001 0.007 0.001 0.001 113 E 0.482 0.105 0.198 0.106 0.037 0.026 0.014 0.002 0.029 0.002 0.001 114 E 0.360 0.080 0.391 0.080 0.015 0.046 0.007 0.001 0.017 0.001 0.003 115 L 0.341 0.171 0.309 0.089 0.015 0.047 0.007 0.001 0.017 0.001 0.002 116 D 0.271 0.126 0.373 0.071 0.032 0.063 0.017 0.002 0.039 0.004 0.002 117 E 0.677 0.042 0.156 0.078 0.013 0.014 0.006 0.001 0.009 0.002 0.002 118 D 0.366 0.076 0.195 0.220 0.030 0.054 0.030 0.004 0.022 0.003 0.001 119 F 0.526 0.088 0.207 0.100 0.019 0.021 0.015 0.002 0.018 0.002 0.002 120 E 0.615 0.082 0.167 0.078 0.014 0.019 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 121 Q 0.459 0.122 0.231 0.094 0.025 0.032 0.010 0.001 0.022 0.002 0.001 122 L 0.448 0.108 0.253 0.110 0.018 0.032 0.010 0.001 0.017 0.001 0.001 123 C 0.500 0.135 0.160 0.112 0.030 0.019 0.018 0.003 0.020 0.003 0.001 124 E 0.574 0.089 0.150 0.093 0.038 0.016 0.018 0.003 0.015 0.003 0.001 125 E 0.374 0.141 0.235 0.146 0.029 0.033 0.015 0.002 0.022 0.002 0.001 126 I 0.333 0.191 0.286 0.095 0.022 0.033 0.011 0.002 0.024 0.001 0.001 127 Q 0.340 0.170 0.255 0.114 0.030 0.039 0.022 0.002 0.024 0.003 0.001 128 E 0.364 0.112 0.198 0.180 0.042 0.034 0.037 0.006 0.020 0.006 0.002 129 S 0.278 0.123 0.200 0.236 0.045 0.036 0.041 0.010 0.024 0.007 0.001 130 R 0.213 0.203 0.283 0.134 0.047 0.036 0.033 0.006 0.037 0.006 0.002