# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.125 0.225 0.105 0.018 0.296 0.011 0.018 0.042 0.026 0.086 0.048 2 M 0.107 0.126 0.059 0.024 0.144 0.022 0.027 0.072 0.077 0.231 0.112 3 Q 0.030 0.520 0.249 0.016 0.117 0.007 0.010 0.019 0.010 0.011 0.010 4 E 0.119 0.145 0.053 0.011 0.160 0.012 0.030 0.249 0.143 0.045 0.031 5 E 0.022 0.076 0.033 0.023 0.044 0.031 0.053 0.399 0.215 0.086 0.019 6 D 0.055 0.102 0.050 0.015 0.100 0.015 0.023 0.370 0.100 0.133 0.035 7 T 0.025 0.052 0.011 0.002 0.044 0.003 0.012 0.615 0.138 0.080 0.018 8 F 0.016 0.026 0.005 0.002 0.023 0.003 0.008 0.780 0.089 0.038 0.009 9 R 0.004 0.010 0.003 0.001 0.007 0.002 0.003 0.899 0.064 0.005 0.002 10 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.030 0.003 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.017 0.003 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.011 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.012 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.004 0.002 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.013 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.020 0.003 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.952 0.042 0.002 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.940 0.050 0.004 0.001 21 R 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.875 0.082 0.023 0.001 22 L 0.005 0.010 0.002 0.001 0.008 0.001 0.012 0.763 0.172 0.023 0.003 23 A 0.012 0.010 0.004 0.001 0.012 0.003 0.054 0.714 0.145 0.038 0.007 24 I 0.033 0.075 0.026 0.006 0.049 0.012 0.071 0.442 0.085 0.183 0.017 25 D 0.081 0.197 0.118 0.019 0.164 0.012 0.019 0.198 0.076 0.083 0.033 26 K 0.027 0.042 0.017 0.006 0.045 0.010 0.035 0.478 0.286 0.038 0.016 27 R 0.042 0.050 0.022 0.008 0.058 0.013 0.097 0.340 0.152 0.181 0.037 28 F 0.113 0.183 0.050 0.009 0.178 0.013 0.038 0.132 0.070 0.153 0.061 29 R 0.090 0.281 0.101 0.021 0.219 0.022 0.029 0.105 0.059 0.041 0.032 30 V 0.144 0.124 0.035 0.008 0.235 0.012 0.039 0.188 0.127 0.058 0.031 31 F 0.165 0.099 0.027 0.005 0.261 0.011 0.062 0.117 0.102 0.093 0.057 32 T 0.121 0.172 0.068 0.022 0.214 0.029 0.060 0.074 0.055 0.113 0.072 33 K 0.083 0.337 0.122 0.023 0.243 0.018 0.025 0.032 0.025 0.054 0.037 34 P 0.197 0.131 0.057 0.009 0.397 0.007 0.017 0.060 0.038 0.051 0.036 35 V 0.041 0.322 0.093 0.036 0.158 0.053 0.068 0.076 0.043 0.090 0.021 36 D 0.120 0.264 0.204 0.006 0.366 0.002 0.003 0.009 0.006 0.010 0.011 37 P 0.007 0.008 0.004 0.002 0.010 0.006 0.010 0.273 0.660 0.011 0.008 38 D 0.009 0.079 0.025 0.014 0.024 0.033 0.347 0.279 0.135 0.048 0.007 39 E 0.040 0.039 0.033 0.014 0.036 0.011 0.020 0.041 0.046 0.604 0.116 40 V 0.048 0.407 0.192 0.017 0.152 0.009 0.007 0.052 0.025 0.057 0.032 41 P 0.085 0.238 0.099 0.033 0.177 0.025 0.033 0.193 0.075 0.024 0.018 42 D 0.038 0.090 0.060 0.020 0.061 0.020 0.043 0.309 0.174 0.140 0.045 43 Y 0.135 0.104 0.013 0.002 0.164 0.006 0.026 0.288 0.125 0.074 0.061 44 V 0.151 0.109 0.021 0.009 0.282 0.028 0.049 0.228 0.060 0.032 0.032 45 T 0.165 0.185 0.020 0.004 0.393 0.009 0.015 0.130 0.037 0.023 0.019 46 V 0.243 0.085 0.006 0.001 0.373 0.004 0.019 0.153 0.044 0.041 0.030 47 I 0.193 0.092 0.022 0.008 0.348 0.016 0.047 0.119 0.054 0.038 0.063 48 K 0.151 0.102 0.034 0.029 0.195 0.052 0.099 0.104 0.057 0.107 0.070 49 Q 0.053 0.365 0.218 0.020 0.220 0.012 0.014 0.026 0.017 0.036 0.017 50 P 0.153 0.094 0.043 0.007 0.250 0.008 0.024 0.144 0.140 0.082 0.055 51 M 0.035 0.294 0.117 0.016 0.107 0.021 0.038 0.194 0.091 0.066 0.021 52 D 0.051 0.301 0.082 0.007 0.121 0.005 0.015 0.248 0.088 0.050 0.031 53 L 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.823 0.139 0.013 0.004 54 S 0.002 0.004 0.002 0.002 0.003 0.005 0.008 0.883 0.083 0.008 0.001 55 S 0.005 0.008 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.928 0.021 0.030 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.950 0.041 0.004 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.928 0.061 0.002 0.001 58 S 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.955 0.030 0.005 0.001 59 K 0.005 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.889 0.047 0.035 0.002 60 I 0.011 0.022 0.007 0.001 0.013 0.002 0.012 0.780 0.131 0.017 0.005 61 D 0.011 0.007 0.005 0.006 0.009 0.015 0.100 0.707 0.105 0.029 0.007 62 L 0.023 0.164 0.070 0.020 0.047 0.027 0.101 0.361 0.079 0.092 0.015 63 H 0.026 0.102 0.061 0.065 0.048 0.033 0.040 0.184 0.109 0.246 0.087 64 K 0.099 0.124 0.038 0.010 0.161 0.014 0.026 0.155 0.111 0.190 0.071 65 Y 0.149 0.127 0.038 0.008 0.253 0.007 0.025 0.188 0.063 0.074 0.069 66 L 0.055 0.219 0.080 0.044 0.112 0.079 0.102 0.145 0.028 0.102 0.034 67 T 0.009 0.606 0.316 0.005 0.043 0.001 0.001 0.009 0.002 0.003 0.004 68 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.534 0.457 0.002 0.002 69 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.877 0.112 0.002 0.001 70 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.933 0.036 0.020 0.001 71 Y 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.043 0.026 0.001 72 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.845 0.139 0.005 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.918 0.070 0.003 0.001 74 D 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.900 0.026 0.049 0.003 75 I 0.027 0.014 0.003 0.001 0.017 0.001 0.007 0.629 0.282 0.006 0.014 76 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.941 0.041 0.002 0.001 77 L 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.965 0.014 0.006 0.001 78 I 0.005 0.013 0.001 0.001 0.010 0.001 0.005 0.924 0.012 0.029 0.002 79 C 0.018 0.003 0.001 0.002 0.012 0.001 0.003 0.895 0.045 0.012 0.007 80 S 0.002 0.004 0.003 0.009 0.003 0.016 0.035 0.838 0.085 0.004 0.001 81 N 0.044 0.015 0.009 0.002 0.030 0.003 0.020 0.618 0.082 0.162 0.015 82 A 0.018 0.023 0.002 0.001 0.017 0.001 0.012 0.510 0.375 0.031 0.010 83 L 0.011 0.009 0.001 0.002 0.017 0.012 0.130 0.617 0.178 0.016 0.007 84 E 0.086 0.026 0.009 0.003 0.089 0.006 0.066 0.502 0.086 0.106 0.021 85 Y 0.047 0.214 0.091 0.023 0.167 0.032 0.064 0.154 0.036 0.141 0.031 86 N 0.264 0.094 0.087 0.007 0.408 0.003 0.005 0.056 0.019 0.030 0.028 87 P 0.018 0.025 0.016 0.009 0.028 0.025 0.028 0.478 0.321 0.038 0.013 88 D 0.022 0.233 0.076 0.018 0.065 0.025 0.225 0.203 0.074 0.046 0.011 89 R 0.026 0.027 0.021 0.023 0.021 0.014 0.010 0.044 0.051 0.632 0.132 90 D 0.017 0.537 0.271 0.008 0.089 0.003 0.004 0.042 0.012 0.011 0.008 91 P 0.015 0.038 0.012 0.003 0.021 0.005 0.014 0.675 0.179 0.027 0.010 92 G 0.008 0.038 0.011 0.003 0.016 0.003 0.008 0.768 0.105 0.035 0.005 93 D 0.007 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.900 0.067 0.006 0.002 94 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.967 0.022 0.003 0.001 95 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.014 0.006 0.001 96 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.021 0.002 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.017 0.001 0.001 98 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.011 0.002 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.975 0.022 0.002 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.973 0.026 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.014 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.013 0.004 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.040 0.004 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.963 0.034 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.938 0.048 0.005 0.001 106 T 0.001 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.878 0.076 0.025 0.001 107 A 0.005 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.013 0.703 0.243 0.024 0.004 108 Y 0.002 0.005 0.001 0.001 0.004 0.002 0.037 0.706 0.229 0.012 0.001 109 A 0.015 0.021 0.009 0.001 0.021 0.003 0.139 0.549 0.144 0.089 0.007 110 I 0.073 0.218 0.055 0.003 0.156 0.006 0.033 0.239 0.086 0.107 0.026 111 I 0.106 0.137 0.046 0.010 0.167 0.016 0.042 0.237 0.110 0.080 0.050 112 K 0.065 0.082 0.036 0.013 0.095 0.016 0.061 0.316 0.176 0.112 0.028 113 E 0.038 0.161 0.081 0.016 0.108 0.016 0.056 0.240 0.146 0.111 0.027 114 E 0.097 0.094 0.037 0.006 0.171 0.008 0.037 0.251 0.138 0.122 0.039 115 L 0.080 0.188 0.051 0.011 0.173 0.017 0.036 0.169 0.090 0.148 0.039 116 D 0.125 0.203 0.091 0.014 0.268 0.010 0.018 0.130 0.059 0.050 0.033 117 E 0.028 0.061 0.026 0.011 0.055 0.018 0.048 0.450 0.226 0.059 0.018 118 D 0.076 0.137 0.058 0.010 0.152 0.011 0.037 0.256 0.095 0.133 0.034 119 F 0.065 0.108 0.030 0.006 0.105 0.009 0.022 0.341 0.177 0.101 0.036 120 E 0.050 0.105 0.039 0.013 0.097 0.019 0.042 0.374 0.142 0.091 0.028 121 Q 0.074 0.128 0.045 0.007 0.136 0.008 0.027 0.373 0.119 0.064 0.020 122 L 0.056 0.060 0.018 0.005 0.084 0.009 0.049 0.438 0.163 0.092 0.026 123 C 0.077 0.118 0.040 0.014 0.122 0.019 0.038 0.313 0.119 0.106 0.036 124 E 0.046 0.096 0.051 0.027 0.079 0.026 0.047 0.343 0.136 0.112 0.037 125 E 0.121 0.118 0.045 0.008 0.191 0.008 0.032 0.216 0.080 0.141 0.040 126 I 0.119 0.167 0.044 0.008 0.209 0.011 0.024 0.198 0.095 0.083 0.043 127 Q 0.081 0.103 0.047 0.028 0.133 0.033 0.059 0.277 0.116 0.080 0.043 128 E 0.101 0.106 0.046 0.017 0.157 0.019 0.046 0.252 0.101 0.118 0.037 129 S 0.110 0.113 0.063 0.018 0.182 0.017 0.036 0.173 0.093 0.141 0.054 130 R 0.096 0.172 0.071 0.017 0.184 0.021 0.035 0.179 0.101 0.081 0.043