# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1174 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.633 0.215 0.087 0.042 0.018 0.004 0.001 2 M 0.493 0.247 0.141 0.080 0.033 0.006 0.001 3 Q 0.558 0.249 0.120 0.054 0.016 0.003 0.001 4 E 0.676 0.225 0.064 0.027 0.008 0.001 0.001 5 E 0.757 0.192 0.036 0.011 0.003 0.001 0.001 6 D 0.727 0.205 0.049 0.016 0.003 0.001 0.001 7 T 0.609 0.276 0.081 0.027 0.006 0.001 0.001 8 F 0.265 0.210 0.250 0.189 0.072 0.014 0.001 9 R 0.355 0.253 0.223 0.118 0.042 0.007 0.001 10 E 0.445 0.347 0.137 0.052 0.016 0.003 0.001 11 L 0.147 0.169 0.191 0.234 0.185 0.068 0.006 12 R 0.085 0.161 0.234 0.257 0.185 0.074 0.004 13 I 0.201 0.286 0.258 0.163 0.069 0.022 0.002 14 F 0.088 0.166 0.280 0.266 0.150 0.045 0.006 15 L 0.043 0.049 0.063 0.135 0.297 0.352 0.061 16 R 0.067 0.172 0.273 0.286 0.150 0.049 0.003 17 N 0.224 0.383 0.224 0.120 0.036 0.012 0.001 18 V 0.040 0.093 0.174 0.292 0.280 0.114 0.007 19 T 0.046 0.073 0.133 0.257 0.334 0.148 0.008 20 H 0.204 0.353 0.255 0.124 0.052 0.011 0.001 21 R 0.286 0.362 0.205 0.107 0.032 0.007 0.001 22 L 0.132 0.144 0.243 0.285 0.159 0.036 0.001 23 A 0.396 0.303 0.176 0.088 0.029 0.006 0.001 24 I 0.436 0.299 0.153 0.077 0.027 0.007 0.001 25 D 0.350 0.250 0.200 0.138 0.050 0.011 0.001 26 K 0.430 0.321 0.144 0.070 0.028 0.007 0.001 27 R 0.198 0.269 0.233 0.183 0.082 0.031 0.004 28 F 0.069 0.082 0.131 0.218 0.301 0.180 0.020 29 R 0.108 0.248 0.276 0.212 0.106 0.045 0.004 30 V 0.062 0.102 0.169 0.220 0.243 0.167 0.038 31 F 0.026 0.041 0.055 0.116 0.270 0.390 0.103 32 T 0.067 0.150 0.227 0.264 0.189 0.093 0.010 33 K 0.127 0.253 0.251 0.207 0.113 0.045 0.003 34 P 0.123 0.239 0.286 0.202 0.110 0.039 0.002 35 V 0.067 0.079 0.179 0.352 0.245 0.073 0.003 36 D 0.522 0.344 0.092 0.029 0.012 0.002 0.001 37 P 0.604 0.270 0.083 0.035 0.007 0.001 0.001 38 D 0.772 0.200 0.022 0.005 0.001 0.001 0.001 39 E 0.440 0.390 0.112 0.047 0.009 0.001 0.001 40 V 0.071 0.110 0.248 0.288 0.228 0.054 0.002 41 P 0.175 0.276 0.297 0.179 0.060 0.012 0.001 42 D 0.293 0.388 0.203 0.081 0.029 0.006 0.001 43 Y 0.024 0.048 0.077 0.166 0.298 0.331 0.056 44 V 0.023 0.074 0.188 0.330 0.264 0.112 0.008 45 T 0.171 0.358 0.237 0.150 0.059 0.022 0.002 46 V 0.026 0.063 0.159 0.298 0.276 0.157 0.021 47 I 0.031 0.036 0.062 0.163 0.297 0.343 0.068 48 K 0.135 0.287 0.271 0.176 0.091 0.036 0.005 49 Q 0.178 0.268 0.194 0.173 0.122 0.058 0.008 50 P 0.129 0.168 0.191 0.215 0.172 0.111 0.014 51 M 0.100 0.118 0.169 0.245 0.226 0.123 0.019 52 D 0.150 0.218 0.247 0.177 0.127 0.068 0.012 53 L 0.085 0.091 0.144 0.236 0.267 0.157 0.019 54 S 0.499 0.378 0.078 0.027 0.015 0.004 0.001 55 S 0.222 0.333 0.210 0.161 0.056 0.015 0.002 56 V 0.041 0.053 0.105 0.184 0.361 0.236 0.021 57 I 0.107 0.240 0.325 0.239 0.074 0.015 0.001 58 S 0.399 0.419 0.115 0.046 0.018 0.003 0.001 59 K 0.067 0.182 0.331 0.301 0.100 0.018 0.001 60 I 0.070 0.073 0.191 0.327 0.272 0.065 0.001 61 D 0.559 0.372 0.054 0.011 0.003 0.001 0.001 62 L 0.542 0.303 0.104 0.043 0.007 0.001 0.001 63 H 0.586 0.286 0.088 0.031 0.008 0.001 0.001 64 K 0.402 0.438 0.115 0.037 0.008 0.001 0.001 65 Y 0.082 0.097 0.279 0.313 0.201 0.028 0.001 66 L 0.287 0.408 0.208 0.075 0.019 0.002 0.001 67 T 0.279 0.345 0.222 0.113 0.035 0.007 0.001 68 V 0.054 0.105 0.227 0.344 0.214 0.053 0.001 69 K 0.418 0.417 0.113 0.038 0.012 0.002 0.001 70 D 0.128 0.345 0.292 0.171 0.055 0.009 0.001 71 Y 0.016 0.034 0.067 0.158 0.400 0.297 0.028 72 L 0.022 0.112 0.298 0.381 0.147 0.039 0.001 73 R 0.175 0.444 0.225 0.111 0.035 0.009 0.001 74 D 0.009 0.035 0.129 0.317 0.313 0.176 0.021 75 I 0.002 0.005 0.011 0.034 0.219 0.589 0.140 76 D 0.026 0.167 0.290 0.296 0.144 0.066 0.011 77 L 0.008 0.031 0.095 0.202 0.343 0.238 0.083 78 I 0.001 0.002 0.003 0.009 0.065 0.503 0.417 79 C 0.003 0.012 0.044 0.123 0.257 0.380 0.182 80 S 0.022 0.128 0.260 0.285 0.153 0.111 0.040 81 N 0.005 0.017 0.057 0.136 0.355 0.342 0.087 82 A 0.004 0.007 0.010 0.034 0.167 0.558 0.220 83 L 0.021 0.105 0.241 0.276 0.240 0.108 0.010 84 E 0.074 0.295 0.322 0.219 0.065 0.024 0.002 85 Y 0.020 0.042 0.113 0.252 0.363 0.199 0.010 86 N 0.062 0.112 0.200 0.301 0.254 0.068 0.002 87 P 0.437 0.352 0.137 0.054 0.017 0.003 0.001 88 D 0.651 0.277 0.050 0.017 0.004 0.001 0.001 89 R 0.475 0.311 0.129 0.066 0.016 0.004 0.001 90 D 0.278 0.205 0.213 0.187 0.095 0.021 0.001 91 P 0.288 0.323 0.221 0.111 0.042 0.014 0.001 92 G 0.105 0.128 0.158 0.205 0.235 0.147 0.021 93 D 0.084 0.155 0.227 0.245 0.184 0.093 0.011 94 R 0.106 0.207 0.266 0.223 0.135 0.054 0.009 95 L 0.032 0.061 0.107 0.163 0.258 0.287 0.092 96 I 0.020 0.040 0.076 0.160 0.295 0.331 0.078 97 R 0.069 0.240 0.307 0.238 0.104 0.038 0.004 98 H 0.044 0.173 0.267 0.279 0.182 0.050 0.005 99 R 0.007 0.023 0.043 0.123 0.343 0.415 0.045 100 A 0.018 0.098 0.222 0.350 0.226 0.083 0.003 101 C 0.089 0.328 0.346 0.177 0.045 0.013 0.001 102 A 0.024 0.083 0.245 0.397 0.202 0.047 0.002 103 L 0.017 0.027 0.054 0.133 0.392 0.354 0.022 104 R 0.075 0.248 0.329 0.255 0.078 0.015 0.001 105 D 0.432 0.452 0.085 0.023 0.006 0.001 0.001 106 T 0.117 0.275 0.278 0.257 0.063 0.010 0.001 107 A 0.050 0.075 0.164 0.284 0.333 0.092 0.002 108 Y 0.243 0.355 0.251 0.113 0.033 0.005 0.001 109 A 0.496 0.394 0.082 0.021 0.005 0.001 0.001 110 I 0.085 0.128 0.228 0.345 0.177 0.035 0.001 111 I 0.185 0.225 0.273 0.204 0.099 0.014 0.001 112 K 0.585 0.308 0.078 0.022 0.006 0.001 0.001 113 E 0.664 0.259 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 114 E 0.571 0.287 0.097 0.037 0.008 0.001 0.001 115 L 0.414 0.256 0.194 0.106 0.027 0.003 0.001 116 D 0.669 0.231 0.074 0.020 0.005 0.001 0.001 117 E 0.719 0.225 0.042 0.011 0.002 0.001 0.001 118 D 0.639 0.257 0.075 0.023 0.005 0.001 0.001 119 F 0.314 0.199 0.261 0.176 0.045 0.005 0.001 120 E 0.757 0.203 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 121 Q 0.741 0.222 0.029 0.007 0.001 0.001 0.001 122 L 0.483 0.247 0.158 0.087 0.022 0.003 0.001 123 C 0.560 0.244 0.138 0.047 0.010 0.001 0.001 124 E 0.826 0.154 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 125 E 0.774 0.187 0.032 0.007 0.001 0.001 0.001 126 I 0.460 0.208 0.196 0.111 0.023 0.002 0.001 127 Q 0.826 0.150 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 128 E 0.824 0.152 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 129 S 0.815 0.151 0.024 0.007 0.002 0.001 0.001 130 R 0.636 0.197 0.102 0.051 0.012 0.002 0.001