# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.020 0.771 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 0.008 0.133 0.024 0.012 0.016 2 M 0.001 0.016 0.725 0.002 0.014 0.018 0.001 0.001 0.005 0.136 0.070 0.005 0.010 3 Q 0.001 0.017 0.504 0.003 0.072 0.058 0.001 0.001 0.004 0.157 0.172 0.005 0.007 4 E 0.001 0.014 0.380 0.001 0.109 0.127 0.001 0.001 0.004 0.143 0.209 0.005 0.007 5 E 0.001 0.018 0.336 0.002 0.093 0.191 0.001 0.001 0.003 0.134 0.209 0.005 0.008 6 D 0.001 0.021 0.461 0.002 0.047 0.208 0.001 0.001 0.004 0.144 0.093 0.008 0.011 7 T 0.001 0.020 0.483 0.002 0.029 0.295 0.001 0.001 0.003 0.089 0.056 0.008 0.014 8 F 0.001 0.005 0.094 0.001 0.015 0.843 0.001 0.001 0.001 0.018 0.016 0.002 0.004 9 R 0.001 0.001 0.015 0.001 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.005 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.063 0.001 0.001 24 I 0.001 0.003 0.063 0.001 0.012 0.751 0.001 0.001 0.001 0.037 0.127 0.001 0.004 25 D 0.001 0.003 0.364 0.001 0.014 0.357 0.001 0.001 0.003 0.143 0.106 0.004 0.004 26 K 0.001 0.002 0.163 0.001 0.047 0.276 0.001 0.001 0.003 0.087 0.413 0.002 0.004 27 R 0.001 0.009 0.196 0.003 0.102 0.200 0.001 0.001 0.008 0.100 0.366 0.006 0.007 28 F 0.003 0.019 0.401 0.006 0.082 0.152 0.002 0.003 0.027 0.177 0.088 0.014 0.027 29 R 0.006 0.023 0.547 0.008 0.045 0.099 0.002 0.002 0.034 0.103 0.053 0.035 0.043 30 V 0.013 0.023 0.245 0.029 0.171 0.152 0.004 0.002 0.024 0.078 0.152 0.025 0.082 31 F 0.008 0.014 0.230 0.019 0.081 0.131 0.005 0.004 0.037 0.110 0.284 0.051 0.026 32 T 0.014 0.019 0.312 0.010 0.124 0.073 0.007 0.005 0.027 0.114 0.140 0.020 0.136 33 K 0.008 0.011 0.441 0.004 0.024 0.016 0.002 0.001 0.039 0.205 0.074 0.146 0.029 34 P 0.006 0.065 0.494 0.003 0.032 0.009 0.002 0.001 0.024 0.097 0.147 0.017 0.103 35 V 0.002 0.165 0.426 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.015 0.294 0.026 0.044 0.014 36 D 0.001 0.005 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.001 0.001 0.009 37 P 0.001 0.001 0.013 0.001 0.800 0.061 0.001 0.001 0.001 0.010 0.113 0.001 0.001 38 D 0.001 0.002 0.011 0.001 0.550 0.031 0.001 0.001 0.001 0.012 0.391 0.002 0.001 39 E 0.001 0.014 0.089 0.001 0.643 0.057 0.001 0.001 0.002 0.087 0.097 0.002 0.008 40 V 0.001 0.055 0.628 0.001 0.037 0.050 0.001 0.001 0.010 0.171 0.029 0.010 0.008 41 P 0.001 0.032 0.430 0.007 0.122 0.072 0.001 0.001 0.004 0.131 0.178 0.005 0.018 42 D 0.001 0.023 0.169 0.018 0.169 0.082 0.001 0.001 0.005 0.129 0.384 0.009 0.009 43 Y 0.006 0.009 0.133 0.010 0.335 0.283 0.002 0.001 0.015 0.060 0.078 0.010 0.058 44 V 0.025 0.014 0.165 0.056 0.196 0.250 0.008 0.006 0.037 0.055 0.076 0.062 0.050 45 T 0.068 0.016 0.115 0.032 0.078 0.197 0.025 0.024 0.108 0.039 0.062 0.134 0.103 46 V 0.087 0.018 0.102 0.029 0.046 0.196 0.029 0.026 0.115 0.048 0.093 0.037 0.174 47 I 0.058 0.021 0.217 0.024 0.029 0.109 0.023 0.013 0.150 0.068 0.099 0.142 0.049 48 K 0.024 0.030 0.348 0.012 0.027 0.044 0.012 0.010 0.079 0.117 0.065 0.029 0.202 49 Q 0.002 0.009 0.595 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.026 0.248 0.025 0.055 0.018 50 P 0.001 0.015 0.555 0.003 0.015 0.053 0.001 0.001 0.013 0.138 0.171 0.004 0.031 51 M 0.001 0.026 0.472 0.003 0.031 0.113 0.001 0.001 0.015 0.192 0.115 0.022 0.008 52 D 0.001 0.013 0.489 0.003 0.039 0.237 0.001 0.001 0.010 0.134 0.034 0.006 0.032 53 L 0.001 0.003 0.042 0.002 0.047 0.856 0.001 0.001 0.001 0.015 0.028 0.001 0.005 54 S 0.001 0.001 0.010 0.003 0.043 0.903 0.001 0.001 0.001 0.008 0.025 0.003 0.002 55 S 0.004 0.001 0.010 0.001 0.027 0.930 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.002 0.013 56 V 0.004 0.001 0.004 0.001 0.012 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 57 I 0.004 0.001 0.002 0.001 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 58 S 0.002 0.001 0.003 0.001 0.010 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.001 0.002 59 K 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.947 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.001 0.003 60 I 0.002 0.002 0.048 0.001 0.010 0.837 0.001 0.001 0.001 0.016 0.071 0.006 0.006 61 D 0.002 0.003 0.068 0.003 0.036 0.663 0.001 0.001 0.001 0.030 0.176 0.008 0.010 62 L 0.001 0.001 0.035 0.002 0.027 0.304 0.001 0.001 0.001 0.061 0.562 0.002 0.003 63 H 0.001 0.002 0.113 0.005 0.046 0.127 0.001 0.001 0.002 0.167 0.527 0.005 0.005 64 K 0.004 0.012 0.236 0.003 0.083 0.146 0.002 0.001 0.030 0.176 0.247 0.026 0.034 65 Y 0.005 0.063 0.343 0.004 0.044 0.133 0.003 0.002 0.057 0.119 0.142 0.015 0.069 66 L 0.003 0.074 0.534 0.004 0.009 0.069 0.002 0.001 0.049 0.136 0.025 0.074 0.021 67 T 0.001 0.020 0.759 0.002 0.004 0.043 0.001 0.001 0.010 0.099 0.009 0.004 0.048 68 V 0.001 0.001 0.018 0.001 0.026 0.941 0.001 0.001 0.001 0.007 0.005 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.090 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.022 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 79 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.001 0.001 81 N 0.001 0.001 0.011 0.001 0.009 0.904 0.001 0.001 0.001 0.012 0.058 0.001 0.002 82 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.024 0.905 0.001 0.001 0.001 0.007 0.040 0.001 0.003 83 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.060 0.864 0.001 0.001 0.001 0.005 0.058 0.002 0.001 84 E 0.002 0.002 0.011 0.001 0.056 0.754 0.001 0.001 0.001 0.013 0.158 0.002 0.002 85 Y 0.003 0.011 0.039 0.002 0.085 0.635 0.001 0.001 0.002 0.048 0.163 0.001 0.010 86 N 0.002 0.017 0.482 0.002 0.016 0.090 0.001 0.001 0.007 0.272 0.077 0.024 0.009 87 P 0.001 0.013 0.468 0.002 0.061 0.052 0.001 0.001 0.004 0.139 0.234 0.004 0.022 88 D 0.001 0.009 0.205 0.001 0.070 0.034 0.001 0.001 0.002 0.134 0.537 0.004 0.003 89 R 0.001 0.008 0.172 0.001 0.062 0.031 0.001 0.001 0.001 0.336 0.383 0.002 0.003 90 D 0.001 0.022 0.521 0.001 0.044 0.029 0.001 0.001 0.002 0.252 0.118 0.004 0.007 91 P 0.001 0.020 0.269 0.004 0.062 0.095 0.001 0.001 0.003 0.248 0.286 0.006 0.006 92 G 0.001 0.024 0.184 0.004 0.034 0.138 0.001 0.001 0.003 0.196 0.402 0.005 0.008 93 D 0.002 0.016 0.265 0.007 0.038 0.391 0.001 0.001 0.003 0.138 0.109 0.009 0.021 94 R 0.007 0.012 0.128 0.007 0.013 0.690 0.001 0.001 0.005 0.050 0.023 0.042 0.023 95 L 0.021 0.007 0.043 0.005 0.013 0.734 0.005 0.002 0.007 0.011 0.015 0.016 0.120 96 I 0.018 0.002 0.017 0.009 0.010 0.893 0.002 0.001 0.003 0.004 0.006 0.018 0.015 97 R 0.005 0.001 0.003 0.002 0.004 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 98 H 0.003 0.001 0.003 0.001 0.004 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 99 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 110 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.009 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.020 0.001 0.015 0.831 0.001 0.001 0.001 0.012 0.119 0.001 0.001 114 E 0.001 0.004 0.163 0.001 0.020 0.618 0.001 0.001 0.002 0.061 0.126 0.003 0.003 115 L 0.001 0.008 0.382 0.001 0.024 0.330 0.001 0.001 0.003 0.106 0.137 0.002 0.007 116 D 0.001 0.006 0.462 0.001 0.030 0.267 0.001 0.001 0.002 0.115 0.111 0.003 0.002 117 E 0.001 0.004 0.164 0.001 0.071 0.500 0.001 0.001 0.002 0.072 0.183 0.001 0.002 118 D 0.001 0.006 0.171 0.001 0.090 0.528 0.001 0.001 0.002 0.046 0.153 0.001 0.003 119 F 0.001 0.004 0.086 0.001 0.090 0.744 0.001 0.001 0.002 0.024 0.044 0.002 0.003 120 E 0.001 0.005 0.063 0.001 0.049 0.806 0.001 0.001 0.002 0.017 0.051 0.002 0.004 121 Q 0.001 0.005 0.067 0.001 0.048 0.782 0.001 0.001 0.002 0.018 0.067 0.003 0.006 122 L 0.001 0.003 0.095 0.001 0.026 0.806 0.001 0.001 0.002 0.017 0.040 0.002 0.007 123 C 0.001 0.002 0.074 0.001 0.028 0.845 0.001 0.001 0.001 0.014 0.029 0.003 0.004 124 E 0.001 0.002 0.050 0.001 0.043 0.826 0.001 0.001 0.001 0.015 0.053 0.003 0.005 125 E 0.001 0.002 0.059 0.001 0.049 0.795 0.001 0.001 0.001 0.019 0.061 0.004 0.007 126 I 0.001 0.003 0.118 0.001 0.035 0.670 0.001 0.001 0.002 0.023 0.136 0.003 0.008 127 Q 0.001 0.005 0.219 0.002 0.044 0.489 0.001 0.001 0.002 0.034 0.190 0.007 0.006 128 E 0.001 0.007 0.314 0.001 0.038 0.310 0.001 0.001 0.004 0.081 0.221 0.008 0.013 129 S 0.001 0.014 0.522 0.002 0.019 0.081 0.001 0.001 0.006 0.152 0.180 0.006 0.017 130 R 0.001 0.007 0.838 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.009 0.102 0.016 0.011 0.005