# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.082 0.064 0.161 0.200 0.014 0.241 0.019 0.015 0.011 0.013 0.039 0.042 0.066 0.004 0.008 0.020 2 M 0.034 0.160 0.122 0.201 0.009 0.120 0.010 0.017 0.010 0.008 0.165 0.061 0.059 0.005 0.006 0.016 3 Q 0.025 0.088 0.074 0.148 0.010 0.207 0.012 0.010 0.010 0.006 0.074 0.231 0.085 0.004 0.008 0.010 4 E 0.019 0.085 0.118 0.095 0.009 0.095 0.017 0.013 0.007 0.004 0.204 0.107 0.187 0.007 0.009 0.023 5 E 0.025 0.099 0.116 0.123 0.005 0.072 0.015 0.012 0.010 0.004 0.075 0.189 0.201 0.007 0.019 0.028 6 D 0.024 0.053 0.168 0.099 0.004 0.061 0.013 0.008 0.006 0.007 0.059 0.096 0.351 0.003 0.013 0.034 7 T 0.017 0.026 0.051 0.039 0.002 0.192 0.004 0.006 0.002 0.004 0.102 0.090 0.443 0.002 0.004 0.015 8 F 0.006 0.012 0.019 0.014 0.001 0.069 0.002 0.002 0.001 0.001 0.189 0.115 0.561 0.001 0.002 0.004 9 R 0.001 0.006 0.004 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.280 0.619 0.001 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.049 0.915 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.026 0.965 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.985 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.004 0.001 0.006 22 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.965 0.009 0.009 0.006 23 A 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.889 0.020 0.010 0.049 24 I 0.009 0.010 0.063 0.014 0.001 0.003 0.032 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.641 0.055 0.051 0.112 25 D 0.008 0.004 0.049 0.004 0.003 0.150 0.052 0.002 0.001 0.002 0.012 0.008 0.640 0.013 0.031 0.021 26 K 0.006 0.042 0.011 0.003 0.001 0.012 0.007 0.008 0.001 0.001 0.648 0.015 0.200 0.017 0.008 0.020 27 R 0.018 0.135 0.021 0.024 0.001 0.007 0.008 0.004 0.014 0.001 0.013 0.575 0.112 0.008 0.032 0.027 28 F 0.030 0.018 0.472 0.034 0.001 0.012 0.015 0.002 0.005 0.001 0.004 0.010 0.271 0.002 0.023 0.101 29 R 0.046 0.026 0.376 0.091 0.007 0.110 0.046 0.003 0.001 0.002 0.032 0.015 0.204 0.009 0.004 0.027 30 V 0.032 0.114 0.150 0.298 0.005 0.080 0.008 0.030 0.003 0.002 0.093 0.030 0.120 0.008 0.014 0.014 31 F 0.011 0.058 0.093 0.350 0.015 0.102 0.038 0.006 0.017 0.006 0.037 0.086 0.128 0.016 0.009 0.029 32 T 0.023 0.203 0.250 0.370 0.002 0.009 0.015 0.004 0.005 0.001 0.005 0.010 0.045 0.003 0.013 0.041 33 K 0.022 0.017 0.294 0.600 0.001 0.012 0.007 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.009 0.001 0.003 0.023 34 P 0.048 0.023 0.377 0.322 0.010 0.181 0.007 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 0.015 35 V 0.004 0.184 0.033 0.769 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.005 0.004 0.138 0.007 0.001 0.002 0.013 0.001 0.006 0.001 0.003 0.003 0.241 0.003 0.021 0.553 40 V 0.057 0.009 0.563 0.016 0.002 0.020 0.045 0.002 0.001 0.001 0.013 0.009 0.201 0.004 0.004 0.052 41 P 0.033 0.030 0.121 0.040 0.003 0.255 0.016 0.017 0.001 0.006 0.075 0.035 0.352 0.003 0.005 0.006 42 D 0.006 0.117 0.012 0.100 0.002 0.155 0.003 0.008 0.012 0.005 0.139 0.153 0.273 0.001 0.002 0.013 43 Y 0.008 0.039 0.028 0.079 0.001 0.025 0.002 0.002 0.004 0.001 0.117 0.137 0.540 0.001 0.004 0.012 44 V 0.004 0.007 0.125 0.032 0.001 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.023 0.092 0.663 0.002 0.002 0.004 45 T 0.002 0.019 0.022 0.056 0.001 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.025 0.022 0.817 0.002 0.004 0.005 46 V 0.004 0.026 0.028 0.115 0.002 0.027 0.018 0.001 0.003 0.001 0.012 0.039 0.644 0.018 0.005 0.058 47 I 0.005 0.015 0.098 0.069 0.006 0.036 0.066 0.002 0.001 0.001 0.011 0.015 0.635 0.014 0.012 0.014 48 K 0.006 0.228 0.208 0.191 0.002 0.010 0.018 0.010 0.003 0.001 0.006 0.008 0.174 0.019 0.027 0.090 49 Q 0.045 0.019 0.152 0.360 0.007 0.075 0.031 0.008 0.009 0.012 0.017 0.010 0.137 0.013 0.024 0.080 50 P 0.054 0.076 0.385 0.089 0.008 0.100 0.020 0.005 0.003 0.003 0.075 0.008 0.117 0.003 0.008 0.046 51 M 0.023 0.297 0.086 0.415 0.002 0.015 0.002 0.007 0.002 0.003 0.028 0.076 0.028 0.001 0.002 0.011 52 D 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.024 0.001 0.001 0.001 53 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.002 0.019 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.982 0.010 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.976 0.001 0.001 0.004 56 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.984 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.971 0.002 0.001 0.001 58 S 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.002 0.004 0.002 59 K 0.001 0.003 0.009 0.004 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.850 0.021 0.004 0.088 60 I 0.005 0.002 0.016 0.006 0.002 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.878 0.014 0.021 0.010 61 D 0.001 0.002 0.005 0.001 0.011 0.002 0.065 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.065 0.830 0.004 0.012 62 L 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.034 0.001 0.001 0.007 0.003 0.044 0.008 0.886 0.004 63 H 0.003 0.019 0.026 0.002 0.001 0.001 0.007 0.001 0.055 0.012 0.006 0.008 0.039 0.004 0.019 0.799 64 K 0.894 0.007 0.030 0.008 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.013 0.001 0.003 0.023 65 Y 0.031 0.011 0.618 0.008 0.003 0.248 0.017 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.033 0.002 0.002 0.017 66 L 0.003 0.660 0.138 0.171 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.003 0.005 0.001 0.002 0.002 67 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.991 0.001 0.001 0.002 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.001 0.001 0.014 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 76 D 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.984 0.001 0.001 0.003 78 I 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.953 0.005 0.001 0.007 79 C 0.001 0.002 0.003 0.003 0.002 0.017 0.027 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.916 0.013 0.006 0.002 80 S 0.001 0.014 0.005 0.011 0.001 0.006 0.002 0.014 0.001 0.001 0.037 0.012 0.828 0.003 0.046 0.019 81 N 0.006 0.005 0.003 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 0.005 0.002 0.010 0.071 0.826 0.002 0.003 0.043 82 A 0.011 0.003 0.013 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.023 0.027 0.901 0.001 0.003 0.003 83 L 0.001 0.003 0.018 0.008 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.020 0.041 0.882 0.008 0.003 0.003 84 E 0.001 0.007 0.009 0.027 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.899 0.004 0.010 0.013 85 Y 0.005 0.022 0.101 0.113 0.001 0.003 0.027 0.001 0.003 0.001 0.001 0.007 0.259 0.056 0.014 0.385 86 N 0.010 0.010 0.227 0.036 0.004 0.215 0.059 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.390 0.003 0.020 0.018 87 P 0.004 0.021 0.048 0.011 0.026 0.127 0.103 0.005 0.001 0.002 0.401 0.005 0.163 0.068 0.002 0.013 88 D 0.013 0.223 0.007 0.022 0.001 0.019 0.003 0.074 0.008 0.001 0.178 0.215 0.049 0.012 0.164 0.011 89 R 0.011 0.075 0.077 0.015 0.001 0.002 0.007 0.001 0.072 0.006 0.013 0.034 0.067 0.014 0.016 0.589 90 D 0.068 0.002 0.068 0.003 0.047 0.106 0.560 0.001 0.001 0.001 0.007 0.023 0.087 0.020 0.004 0.004 91 P 0.003 0.088 0.070 0.004 0.005 0.019 0.017 0.302 0.001 0.001 0.321 0.010 0.065 0.009 0.075 0.010 92 G 0.006 0.056 0.009 0.034 0.002 0.011 0.006 0.012 0.301 0.066 0.015 0.310 0.040 0.009 0.020 0.104 93 D 0.326 0.017 0.146 0.025 0.001 0.043 0.015 0.004 0.014 0.009 0.020 0.040 0.263 0.001 0.029 0.048 94 R 0.064 0.081 0.436 0.055 0.001 0.024 0.003 0.002 0.005 0.002 0.082 0.055 0.132 0.001 0.002 0.057 95 L 0.060 0.013 0.204 0.129 0.002 0.120 0.002 0.001 0.001 0.002 0.059 0.177 0.222 0.001 0.001 0.005 96 I 0.002 0.038 0.098 0.079 0.002 0.073 0.001 0.002 0.001 0.001 0.081 0.048 0.574 0.001 0.001 0.002 97 R 0.001 0.007 0.003 0.038 0.001 0.115 0.002 0.001 0.001 0.001 0.031 0.105 0.695 0.001 0.001 0.001 98 H 0.001 0.005 0.003 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.052 0.845 0.001 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.072 0.901 0.001 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.977 0.001 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.982 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 110 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.008 0.001 0.005 111 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.004 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.003 0.006 113 E 0.003 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.859 0.053 0.010 0.051 114 E 0.004 0.006 0.075 0.003 0.001 0.005 0.054 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.659 0.058 0.055 0.071 115 L 0.006 0.020 0.166 0.011 0.001 0.012 0.052 0.004 0.001 0.001 0.014 0.007 0.558 0.017 0.060 0.071 116 D 0.024 0.027 0.056 0.016 0.003 0.152 0.025 0.008 0.004 0.006 0.043 0.039 0.500 0.021 0.021 0.056 117 E 0.028 0.072 0.042 0.017 0.002 0.027 0.011 0.009 0.003 0.002 0.371 0.049 0.303 0.016 0.018 0.028 118 D 0.013 0.062 0.052 0.020 0.001 0.068 0.011 0.005 0.004 0.002 0.036 0.394 0.279 0.007 0.027 0.019 119 F 0.011 0.017 0.084 0.019 0.001 0.038 0.014 0.003 0.002 0.001 0.114 0.049 0.597 0.008 0.012 0.030 120 E 0.012 0.031 0.072 0.034 0.002 0.031 0.015 0.005 0.002 0.001 0.064 0.154 0.545 0.006 0.011 0.016 121 Q 0.011 0.024 0.065 0.048 0.002 0.032 0.014 0.006 0.003 0.002 0.037 0.056 0.639 0.011 0.011 0.039 122 L 0.012 0.035 0.108 0.073 0.003 0.049 0.022 0.006 0.003 0.002 0.029 0.047 0.542 0.016 0.018 0.036 123 C 0.008 0.013 0.083 0.037 0.002 0.108 0.015 0.007 0.002 0.002 0.046 0.034 0.607 0.005 0.016 0.017 124 E 0.011 0.046 0.051 0.056 0.001 0.029 0.005 0.008 0.003 0.002 0.167 0.060 0.519 0.006 0.007 0.029 125 E 0.026 0.036 0.048 0.080 0.002 0.046 0.011 0.003 0.005 0.001 0.030 0.128 0.525 0.020 0.008 0.030 126 I 0.006 0.028 0.174 0.054 0.003 0.033 0.038 0.003 0.001 0.001 0.028 0.025 0.563 0.010 0.017 0.018 127 Q 0.006 0.047 0.116 0.094 0.006 0.057 0.029 0.009 0.003 0.001 0.037 0.033 0.493 0.012 0.016 0.041 128 E 0.028 0.070 0.140 0.169 0.015 0.032 0.035 0.012 0.009 0.005 0.045 0.032 0.293 0.039 0.016 0.060 129 S 0.022 0.039 0.134 0.076 0.067 0.118 0.139 0.010 0.006 0.006 0.031 0.037 0.204 0.056 0.027 0.027 130 R 0.016 0.115 0.136 0.076 0.032 0.042 0.066 0.072 0.006 0.004 0.122 0.025 0.140 0.036 0.068 0.044