# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.138 0.024 0.002 0.016 0.012 0.020 0.108 0.008 0.001 0.056 0.615 2 M 0.085 0.025 0.001 0.014 0.010 0.015 0.117 0.004 0.001 0.035 0.694 3 Q 0.096 0.030 0.002 0.013 0.009 0.014 0.119 0.003 0.001 0.092 0.622 4 E 0.046 0.056 0.001 0.014 0.012 0.013 0.115 0.003 0.001 0.048 0.691 5 E 0.060 0.114 0.001 0.012 0.009 0.012 0.101 0.004 0.001 0.027 0.661 6 D 0.024 0.213 0.002 0.014 0.021 0.018 0.101 0.002 0.001 0.032 0.572 7 T 0.016 0.823 0.001 0.003 0.003 0.003 0.017 0.004 0.001 0.017 0.113 8 F 0.020 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.008 0.014 9 R 0.007 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 0.017 10 E 0.005 0.918 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.034 0.032 11 L 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.004 12 R 0.005 0.942 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.036 0.008 13 I 0.002 0.827 0.008 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.136 0.021 14 F 0.005 0.837 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.127 0.013 15 L 0.001 0.084 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.903 0.004 16 R 0.001 0.501 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.470 0.016 17 N 0.004 0.947 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.028 0.013 18 V 0.006 0.958 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.008 0.010 19 T 0.012 0.931 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.001 0.011 0.028 20 H 0.037 0.736 0.007 0.005 0.002 0.003 0.025 0.003 0.002 0.053 0.127 21 R 0.066 0.598 0.013 0.014 0.004 0.008 0.047 0.008 0.002 0.077 0.163 22 L 0.126 0.279 0.025 0.026 0.009 0.015 0.117 0.010 0.006 0.100 0.286 23 A 0.088 0.207 0.018 0.027 0.016 0.028 0.096 0.007 0.006 0.040 0.469 24 I 0.090 0.127 0.005 0.013 0.007 0.012 0.068 0.006 0.002 0.018 0.652 25 D 0.281 0.111 0.010 0.017 0.011 0.013 0.078 0.014 0.002 0.039 0.423 26 K 0.111 0.064 0.003 0.014 0.011 0.017 0.093 0.007 0.001 0.038 0.642 27 R 0.043 0.058 0.002 0.023 0.014 0.028 0.098 0.005 0.001 0.031 0.697 28 F 0.044 0.021 0.003 0.044 0.030 0.048 0.106 0.005 0.002 0.100 0.598 29 R 0.057 0.019 0.004 0.052 0.055 0.067 0.105 0.006 0.002 0.116 0.516 30 V 0.107 0.005 0.001 0.026 0.019 0.026 0.083 0.003 0.001 0.073 0.657 31 F 0.029 0.004 0.002 0.035 0.025 0.046 0.139 0.002 0.001 0.039 0.679 32 T 0.019 0.003 0.001 0.014 0.013 0.040 0.109 0.003 0.001 0.032 0.765 33 K 0.052 0.002 0.001 0.024 0.053 0.062 0.121 0.001 0.001 0.063 0.621 34 P 0.003 0.001 0.001 0.023 0.023 0.040 0.168 0.001 0.001 0.025 0.715 35 V 0.005 0.006 0.001 0.029 0.016 0.017 0.125 0.001 0.001 0.009 0.791 36 D 0.844 0.037 0.001 0.003 0.004 0.003 0.012 0.024 0.001 0.027 0.045 37 P 0.181 0.020 0.001 0.004 0.003 0.006 0.078 0.005 0.001 0.058 0.645 38 D 0.016 0.022 0.002 0.011 0.006 0.012 0.085 0.001 0.001 0.035 0.810 39 E 0.040 0.066 0.001 0.021 0.027 0.020 0.093 0.003 0.001 0.056 0.672 40 V 0.218 0.201 0.002 0.007 0.007 0.007 0.087 0.011 0.001 0.077 0.383 41 P 0.056 0.148 0.002 0.010 0.030 0.027 0.092 0.002 0.001 0.165 0.469 42 D 0.018 0.368 0.003 0.017 0.013 0.034 0.087 0.002 0.001 0.084 0.373 43 Y 0.077 0.526 0.002 0.018 0.035 0.049 0.064 0.037 0.001 0.039 0.152 44 V 0.043 0.308 0.005 0.086 0.031 0.096 0.067 0.007 0.002 0.070 0.284 45 T 0.055 0.150 0.006 0.081 0.111 0.138 0.072 0.004 0.002 0.110 0.269 46 V 0.061 0.022 0.009 0.079 0.041 0.060 0.123 0.004 0.002 0.163 0.437 47 I 0.045 0.019 0.008 0.160 0.060 0.096 0.194 0.004 0.002 0.076 0.335 48 K 0.025 0.032 0.003 0.037 0.018 0.039 0.095 0.003 0.001 0.028 0.719 49 Q 0.136 0.068 0.002 0.025 0.014 0.016 0.116 0.005 0.001 0.034 0.584 50 P 0.063 0.058 0.002 0.016 0.010 0.020 0.128 0.004 0.001 0.088 0.611 51 M 0.011 0.092 0.002 0.034 0.009 0.011 0.158 0.001 0.001 0.073 0.608 52 D 0.026 0.876 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.009 0.001 0.032 0.043 53 L 0.015 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.005 0.016 54 S 0.005 0.296 0.001 0.002 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.653 0.033 55 S 0.006 0.434 0.002 0.003 0.002 0.003 0.019 0.001 0.001 0.501 0.028 56 V 0.029 0.917 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.014 0.001 0.010 0.018 57 I 0.024 0.834 0.004 0.007 0.003 0.012 0.011 0.004 0.001 0.017 0.082 58 S 0.039 0.596 0.004 0.008 0.005 0.012 0.042 0.002 0.003 0.055 0.235 59 K 0.071 0.155 0.189 0.018 0.011 0.016 0.078 0.019 0.054 0.182 0.206 60 I 0.608 0.023 0.011 0.009 0.004 0.005 0.067 0.007 0.003 0.038 0.224 61 D 0.196 0.020 0.003 0.009 0.003 0.007 0.076 0.003 0.001 0.022 0.660 62 L 0.012 0.012 0.001 0.014 0.002 0.006 0.107 0.001 0.001 0.006 0.840 63 H 0.029 0.029 0.002 0.020 0.013 0.032 0.130 0.003 0.001 0.122 0.620 64 K 0.027 0.037 0.001 0.026 0.064 0.046 0.097 0.003 0.001 0.042 0.656 65 Y 0.021 0.036 0.001 0.082 0.019 0.033 0.084 0.002 0.001 0.015 0.708 66 L 0.007 0.075 0.002 0.079 0.087 0.082 0.074 0.001 0.001 0.013 0.580 67 T 0.030 0.844 0.001 0.005 0.005 0.004 0.008 0.008 0.001 0.016 0.078 68 V 0.062 0.898 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.008 0.011 69 K 0.026 0.863 0.005 0.001 0.003 0.002 0.007 0.002 0.001 0.040 0.049 70 D 0.027 0.690 0.013 0.001 0.004 0.004 0.012 0.003 0.001 0.142 0.103 71 Y 0.043 0.879 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.016 0.001 0.023 0.024 72 L 0.023 0.864 0.004 0.001 0.001 0.002 0.006 0.003 0.001 0.049 0.046 73 R 0.007 0.893 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.014 0.069 74 D 0.008 0.899 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.007 0.001 0.029 0.037 75 I 0.016 0.847 0.005 0.004 0.002 0.003 0.016 0.005 0.001 0.067 0.036 76 D 0.006 0.418 0.002 0.007 0.002 0.004 0.026 0.001 0.001 0.477 0.057 77 L 0.003 0.262 0.002 0.009 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.644 0.047 78 I 0.012 0.930 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.021 0.016 79 C 0.020 0.926 0.002 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.007 0.032 80 S 0.027 0.698 0.009 0.008 0.005 0.006 0.026 0.004 0.002 0.073 0.142 81 N 0.087 0.592 0.015 0.017 0.004 0.016 0.045 0.015 0.004 0.089 0.117 82 A 0.208 0.249 0.035 0.019 0.009 0.022 0.070 0.048 0.010 0.149 0.181 83 L 0.187 0.038 0.007 0.024 0.034 0.046 0.097 0.005 0.002 0.103 0.456 84 E 0.017 0.008 0.002 0.020 0.017 0.038 0.159 0.001 0.001 0.086 0.652 85 Y 0.007 0.017 0.003 0.046 0.015 0.039 0.165 0.003 0.002 0.032 0.670 86 N 0.642 0.018 0.006 0.006 0.010 0.016 0.040 0.033 0.004 0.088 0.136 87 P 0.208 0.002 0.001 0.004 0.004 0.007 0.073 0.002 0.001 0.044 0.655 88 D 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.009 0.089 0.001 0.001 0.014 0.875 89 R 0.004 0.004 0.001 0.008 0.009 0.008 0.099 0.001 0.001 0.012 0.856 90 D 0.676 0.030 0.001 0.003 0.004 0.003 0.051 0.008 0.001 0.094 0.130 91 P 0.123 0.144 0.001 0.004 0.006 0.007 0.081 0.004 0.001 0.042 0.588 92 G 0.027 0.318 0.001 0.005 0.002 0.006 0.059 0.001 0.001 0.028 0.553 93 D 0.016 0.536 0.001 0.022 0.021 0.026 0.062 0.002 0.001 0.076 0.238 94 R 0.006 0.644 0.001 0.024 0.018 0.032 0.049 0.001 0.001 0.070 0.155 95 L 0.004 0.827 0.001 0.010 0.022 0.016 0.013 0.001 0.001 0.022 0.084 96 I 0.005 0.966 0.001 0.003 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.006 0.012 97 R 0.008 0.957 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.013 0.012 98 H 0.005 0.912 0.004 0.002 0.004 0.002 0.005 0.001 0.001 0.027 0.038 99 R 0.007 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.010 0.008 100 A 0.006 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.012 0.005 101 C 0.005 0.903 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.060 0.023 102 A 0.001 0.119 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.861 0.011 103 L 0.002 0.898 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.083 0.005 104 R 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.004 105 D 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.010 106 T 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 0.009 107 A 0.005 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.007 0.005 108 Y 0.007 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.013 0.014 109 A 0.012 0.910 0.004 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.016 0.045 110 I 0.038 0.851 0.013 0.003 0.002 0.002 0.012 0.008 0.001 0.017 0.051 111 I 0.154 0.608 0.024 0.005 0.002 0.004 0.026 0.019 0.006 0.038 0.115 112 K 0.197 0.289 0.016 0.006 0.005 0.005 0.049 0.011 0.004 0.035 0.382 113 E 0.110 0.125 0.004 0.010 0.004 0.006 0.068 0.004 0.001 0.017 0.652 114 E 0.076 0.104 0.011 0.013 0.007 0.012 0.097 0.007 0.001 0.036 0.635 115 L 0.070 0.113 0.004 0.009 0.006 0.007 0.094 0.007 0.001 0.024 0.665 116 D 0.163 0.293 0.002 0.006 0.004 0.005 0.050 0.011 0.001 0.018 0.447 117 E 0.094 0.290 0.004 0.011 0.008 0.007 0.068 0.006 0.001 0.019 0.493 118 D 0.075 0.486 0.006 0.010 0.004 0.006 0.041 0.010 0.001 0.022 0.339 119 F 0.199 0.523 0.003 0.007 0.005 0.005 0.030 0.018 0.001 0.016 0.193 120 E 0.111 0.485 0.005 0.011 0.008 0.009 0.040 0.007 0.001 0.026 0.297 121 Q 0.057 0.406 0.006 0.015 0.012 0.017 0.048 0.006 0.001 0.021 0.410 122 L 0.089 0.533 0.005 0.009 0.008 0.011 0.035 0.014 0.001 0.021 0.275 123 C 0.148 0.586 0.005 0.005 0.010 0.009 0.027 0.026 0.001 0.029 0.155 124 E 0.140 0.393 0.006 0.007 0.012 0.013 0.042 0.012 0.002 0.044 0.330 125 E 0.120 0.137 0.024 0.011 0.014 0.022 0.069 0.013 0.009 0.108 0.473 126 I 0.168 0.029 0.017 0.012 0.016 0.018 0.104 0.014 0.011 0.091 0.519 127 Q 0.374 0.006 0.002 0.007 0.006 0.008 0.059 0.004 0.001 0.029 0.504 128 E 0.028 0.003 0.001 0.007 0.003 0.006 0.066 0.001 0.001 0.012 0.874 129 S 0.012 0.002 0.001 0.007 0.003 0.005 0.091 0.001 0.001 0.011 0.868 130 R 0.036 0.005 0.001 0.010 0.016 0.013 0.139 0.002 0.001 0.030 0.748