# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.083 0.047 0.010 0.014 0.020 0.083 0.043 0.700 2 M 0.085 0.040 0.006 0.007 0.012 0.084 0.042 0.724 3 Q 0.103 0.043 0.007 0.014 0.015 0.096 0.163 0.558 4 E 0.058 0.096 0.007 0.011 0.015 0.102 0.088 0.622 5 E 0.065 0.150 0.010 0.010 0.021 0.097 0.046 0.602 6 D 0.036 0.216 0.014 0.018 0.019 0.106 0.041 0.550 7 T 0.026 0.692 0.006 0.005 0.007 0.037 0.033 0.195 8 F 0.017 0.889 0.003 0.002 0.002 0.010 0.026 0.051 9 R 0.006 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 0.011 10 E 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.006 11 L 0.001 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 12 R 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 13 I 0.002 0.815 0.002 0.001 0.001 0.002 0.171 0.007 14 F 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.003 15 L 0.006 0.245 0.001 0.001 0.001 0.002 0.741 0.005 16 R 0.003 0.671 0.002 0.001 0.001 0.004 0.305 0.015 17 N 0.010 0.936 0.002 0.001 0.001 0.006 0.018 0.027 18 V 0.012 0.951 0.003 0.001 0.001 0.004 0.014 0.015 19 T 0.044 0.856 0.014 0.001 0.001 0.009 0.039 0.036 20 H 0.079 0.667 0.013 0.001 0.001 0.023 0.048 0.167 21 R 0.067 0.444 0.098 0.004 0.003 0.050 0.157 0.178 22 L 0.179 0.317 0.084 0.004 0.004 0.072 0.114 0.226 23 A 0.071 0.124 0.051 0.007 0.006 0.078 0.059 0.605 24 I 0.028 0.074 0.030 0.002 0.003 0.054 0.036 0.772 25 D 0.243 0.160 0.027 0.008 0.007 0.078 0.123 0.355 26 K 0.164 0.083 0.020 0.014 0.012 0.097 0.042 0.568 27 R 0.047 0.029 0.015 0.005 0.012 0.082 0.040 0.769 28 F 0.038 0.015 0.055 0.019 0.025 0.121 0.136 0.592 29 R 0.149 0.018 0.047 0.040 0.054 0.111 0.098 0.483 30 V 0.053 0.004 0.032 0.020 0.033 0.097 0.050 0.711 31 F 0.023 0.002 0.052 0.039 0.091 0.164 0.021 0.608 32 T 0.013 0.001 0.030 0.038 0.109 0.074 0.028 0.707 33 K 0.023 0.003 0.035 0.066 0.058 0.150 0.026 0.639 34 P 0.008 0.002 0.045 0.037 0.059 0.158 0.028 0.663 35 V 0.015 0.002 0.014 0.012 0.008 0.078 0.013 0.858 36 D 0.793 0.021 0.006 0.005 0.004 0.018 0.059 0.092 37 P 0.297 0.024 0.008 0.004 0.005 0.078 0.040 0.544 38 D 0.015 0.009 0.020 0.011 0.026 0.117 0.018 0.783 39 E 0.023 0.015 0.013 0.008 0.019 0.103 0.022 0.796 40 V 0.121 0.053 0.015 0.028 0.032 0.172 0.056 0.524 41 P 0.054 0.032 0.026 0.012 0.023 0.105 0.158 0.591 42 D 0.058 0.228 0.026 0.031 0.047 0.080 0.196 0.334 43 Y 0.054 0.174 0.050 0.032 0.075 0.092 0.086 0.436 44 V 0.050 0.056 0.079 0.132 0.165 0.066 0.118 0.333 45 T 0.044 0.031 0.076 0.155 0.235 0.063 0.080 0.316 46 V 0.047 0.009 0.077 0.077 0.140 0.109 0.070 0.471 47 I 0.023 0.005 0.060 0.104 0.133 0.121 0.033 0.522 48 K 0.023 0.005 0.020 0.024 0.041 0.088 0.022 0.776 49 Q 0.071 0.041 0.024 0.030 0.040 0.132 0.074 0.587 50 P 0.044 0.039 0.035 0.019 0.029 0.148 0.050 0.636 51 M 0.038 0.036 0.029 0.018 0.016 0.104 0.198 0.562 52 D 0.088 0.608 0.010 0.006 0.006 0.035 0.120 0.126 53 L 0.062 0.726 0.006 0.002 0.003 0.031 0.030 0.140 54 S 0.028 0.479 0.021 0.013 0.015 0.044 0.202 0.198 55 S 0.027 0.702 0.012 0.004 0.009 0.023 0.166 0.057 56 V 0.035 0.878 0.006 0.003 0.004 0.010 0.033 0.031 57 I 0.049 0.721 0.023 0.016 0.019 0.020 0.057 0.095 58 S 0.033 0.538 0.027 0.015 0.021 0.043 0.074 0.250 59 K 0.086 0.238 0.108 0.028 0.032 0.080 0.153 0.275 60 I 0.443 0.084 0.052 0.017 0.014 0.064 0.086 0.240 61 D 0.185 0.067 0.011 0.007 0.010 0.053 0.056 0.610 62 L 0.021 0.018 0.007 0.003 0.009 0.057 0.013 0.873 63 H 0.026 0.025 0.031 0.039 0.045 0.117 0.137 0.579 64 K 0.025 0.090 0.021 0.040 0.037 0.109 0.073 0.606 65 Y 0.033 0.158 0.026 0.023 0.038 0.098 0.029 0.595 66 L 0.013 0.164 0.032 0.046 0.030 0.090 0.059 0.566 67 T 0.020 0.891 0.003 0.002 0.002 0.007 0.042 0.034 68 V 0.014 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 69 K 0.011 0.928 0.002 0.001 0.001 0.003 0.035 0.018 70 D 0.019 0.767 0.008 0.001 0.001 0.007 0.166 0.030 71 Y 0.029 0.864 0.002 0.001 0.001 0.005 0.083 0.016 72 L 0.038 0.808 0.006 0.001 0.001 0.010 0.075 0.060 73 R 0.007 0.759 0.002 0.002 0.002 0.021 0.050 0.157 74 D 0.004 0.950 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.025 75 I 0.005 0.939 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.011 76 D 0.011 0.502 0.016 0.002 0.003 0.012 0.431 0.024 77 L 0.006 0.148 0.015 0.002 0.002 0.010 0.799 0.018 78 I 0.016 0.841 0.038 0.003 0.003 0.011 0.066 0.022 79 C 0.057 0.712 0.047 0.004 0.006 0.030 0.035 0.109 80 S 0.025 0.368 0.075 0.013 0.013 0.063 0.096 0.346 81 N 0.201 0.322 0.054 0.012 0.023 0.069 0.091 0.228 82 A 0.214 0.064 0.082 0.017 0.027 0.120 0.181 0.296 83 L 0.103 0.039 0.049 0.034 0.033 0.143 0.063 0.536 84 E 0.009 0.009 0.027 0.013 0.033 0.110 0.026 0.773 85 Y 0.011 0.004 0.032 0.019 0.024 0.124 0.024 0.763 86 N 0.581 0.019 0.022 0.042 0.034 0.061 0.095 0.147 87 P 0.235 0.008 0.006 0.007 0.010 0.115 0.023 0.598 88 D 0.009 0.004 0.007 0.007 0.018 0.126 0.013 0.815 89 R 0.034 0.008 0.004 0.003 0.004 0.106 0.013 0.828 90 D 0.530 0.106 0.003 0.006 0.004 0.073 0.034 0.244 91 P 0.099 0.253 0.005 0.004 0.008 0.078 0.014 0.538 92 G 0.049 0.426 0.006 0.007 0.029 0.055 0.036 0.391 93 D 0.022 0.572 0.011 0.036 0.054 0.039 0.104 0.162 94 R 0.007 0.648 0.017 0.059 0.062 0.033 0.065 0.109 95 L 0.007 0.800 0.019 0.033 0.045 0.014 0.030 0.052 96 I 0.009 0.897 0.010 0.013 0.020 0.005 0.030 0.016 97 R 0.015 0.876 0.012 0.009 0.011 0.004 0.058 0.015 98 H 0.007 0.917 0.003 0.008 0.005 0.004 0.038 0.017 99 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 100 A 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.005 101 C 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.003 0.047 0.016 102 A 0.002 0.046 0.001 0.001 0.001 0.002 0.942 0.007 103 L 0.004 0.533 0.001 0.001 0.001 0.002 0.454 0.005 104 R 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 105 D 0.002 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.027 106 T 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.007 107 A 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 108 Y 0.009 0.967 0.003 0.001 0.001 0.002 0.012 0.008 109 A 0.009 0.921 0.013 0.001 0.001 0.006 0.027 0.024 110 I 0.024 0.867 0.038 0.001 0.001 0.007 0.037 0.027 111 I 0.179 0.655 0.053 0.001 0.001 0.008 0.050 0.052 112 K 0.141 0.316 0.037 0.003 0.002 0.033 0.116 0.353 113 E 0.078 0.199 0.016 0.001 0.001 0.045 0.048 0.612 114 E 0.099 0.110 0.017 0.002 0.002 0.084 0.061 0.624 115 L 0.072 0.128 0.008 0.002 0.002 0.079 0.039 0.671 116 D 0.166 0.304 0.005 0.001 0.001 0.045 0.041 0.436 117 E 0.066 0.292 0.009 0.003 0.003 0.079 0.055 0.494 118 D 0.070 0.452 0.014 0.004 0.004 0.060 0.071 0.325 119 F 0.094 0.644 0.008 0.003 0.003 0.032 0.041 0.174 120 E 0.072 0.595 0.015 0.005 0.006 0.042 0.033 0.232 121 Q 0.047 0.494 0.022 0.010 0.011 0.057 0.056 0.303 122 L 0.064 0.566 0.013 0.007 0.008 0.047 0.059 0.237 123 C 0.096 0.597 0.015 0.009 0.010 0.033 0.075 0.165 124 E 0.106 0.404 0.013 0.014 0.015 0.049 0.062 0.337 125 E 0.083 0.102 0.025 0.026 0.029 0.075 0.211 0.449 126 I 0.079 0.038 0.022 0.025 0.028 0.109 0.166 0.532 127 Q 0.249 0.019 0.010 0.015 0.020 0.071 0.075 0.541 128 E 0.060 0.005 0.004 0.007 0.010 0.076 0.021 0.817 129 S 0.020 0.005 0.007 0.008 0.018 0.105 0.022 0.816 130 R 0.027 0.006 0.013 0.022 0.042 0.135 0.031 0.724