# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.343 0.288 0.059 0.109 0.070 0.042 0.041 0.022 0.013 0.009 0.004 2 M 0.285 0.203 0.041 0.124 0.119 0.073 0.077 0.041 0.019 0.011 0.007 3 Q 0.493 0.319 0.046 0.068 0.036 0.012 0.011 0.007 0.004 0.002 0.001 4 E 0.314 0.349 0.056 0.105 0.088 0.036 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 5 E 0.420 0.200 0.071 0.124 0.079 0.038 0.038 0.018 0.007 0.004 0.001 6 D 0.267 0.102 0.088 0.136 0.105 0.112 0.110 0.047 0.020 0.009 0.003 7 T 0.144 0.345 0.166 0.171 0.071 0.042 0.039 0.012 0.006 0.003 0.001 8 F 0.013 0.023 0.022 0.052 0.085 0.210 0.308 0.164 0.075 0.032 0.017 9 R 0.562 0.085 0.198 0.081 0.028 0.022 0.013 0.006 0.003 0.002 0.001 10 E 0.142 0.103 0.300 0.270 0.086 0.064 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 11 L 0.002 0.005 0.016 0.016 0.025 0.049 0.159 0.204 0.237 0.159 0.127 12 R 0.005 0.011 0.076 0.106 0.172 0.249 0.231 0.068 0.045 0.029 0.009 13 I 0.013 0.019 0.798 0.095 0.038 0.019 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 14 F 0.001 0.006 0.054 0.053 0.086 0.179 0.323 0.160 0.086 0.038 0.015 15 L 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.007 0.048 0.090 0.234 0.342 0.267 16 R 0.002 0.006 0.155 0.183 0.336 0.160 0.112 0.023 0.012 0.009 0.002 17 N 0.005 0.023 0.490 0.203 0.154 0.064 0.041 0.012 0.005 0.002 0.001 18 V 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.012 0.087 0.170 0.257 0.269 0.196 19 T 0.003 0.003 0.015 0.014 0.015 0.044 0.184 0.176 0.231 0.188 0.128 20 H 0.019 0.028 0.493 0.206 0.108 0.070 0.039 0.018 0.010 0.007 0.002 21 R 0.006 0.020 0.088 0.154 0.186 0.268 0.208 0.044 0.018 0.006 0.002 22 L 0.001 0.001 0.004 0.002 0.002 0.004 0.027 0.074 0.215 0.332 0.336 23 A 0.012 0.031 0.074 0.110 0.138 0.173 0.234 0.107 0.065 0.038 0.017 24 I 0.015 0.071 0.499 0.153 0.084 0.059 0.047 0.025 0.021 0.016 0.009 25 D 0.047 0.036 0.048 0.107 0.150 0.199 0.247 0.088 0.044 0.023 0.012 26 K 0.495 0.178 0.084 0.096 0.049 0.026 0.029 0.016 0.013 0.010 0.004 27 R 0.107 0.103 0.054 0.160 0.130 0.129 0.128 0.077 0.056 0.034 0.022 28 F 0.016 0.017 0.026 0.041 0.046 0.076 0.135 0.149 0.192 0.166 0.136 29 R 0.063 0.103 0.101 0.224 0.178 0.122 0.110 0.044 0.030 0.016 0.007 30 V 0.018 0.042 0.062 0.085 0.080 0.104 0.163 0.129 0.136 0.112 0.070 31 F 0.005 0.005 0.008 0.016 0.015 0.028 0.089 0.133 0.200 0.227 0.274 32 T 0.017 0.035 0.040 0.138 0.134 0.166 0.181 0.110 0.088 0.056 0.035 33 K 0.116 0.148 0.143 0.198 0.145 0.084 0.070 0.033 0.029 0.023 0.011 34 P 0.088 0.063 0.037 0.158 0.160 0.134 0.161 0.085 0.058 0.035 0.020 35 V 0.013 0.013 0.008 0.018 0.019 0.031 0.083 0.151 0.223 0.238 0.204 36 D 0.062 0.386 0.075 0.187 0.127 0.062 0.052 0.022 0.013 0.009 0.004 37 P 0.252 0.222 0.056 0.132 0.118 0.075 0.068 0.040 0.020 0.011 0.007 38 D 0.822 0.101 0.020 0.031 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 39 E 0.153 0.215 0.036 0.203 0.153 0.095 0.079 0.035 0.018 0.009 0.004 40 V 0.020 0.028 0.018 0.047 0.055 0.073 0.148 0.167 0.180 0.144 0.120 41 P 0.120 0.116 0.097 0.200 0.167 0.147 0.094 0.031 0.016 0.008 0.003 42 D 0.188 0.211 0.236 0.206 0.077 0.039 0.022 0.010 0.006 0.004 0.001 43 Y 0.014 0.013 0.012 0.033 0.040 0.080 0.173 0.177 0.197 0.147 0.114 44 V 0.019 0.029 0.027 0.099 0.122 0.196 0.209 0.122 0.087 0.059 0.029 45 T 0.126 0.140 0.338 0.217 0.086 0.042 0.025 0.011 0.008 0.005 0.002 46 V 0.015 0.024 0.056 0.098 0.113 0.144 0.201 0.146 0.106 0.059 0.037 47 I 0.006 0.006 0.012 0.017 0.016 0.023 0.081 0.113 0.209 0.266 0.250 48 K 0.017 0.051 0.105 0.239 0.242 0.147 0.106 0.043 0.027 0.016 0.006 49 Q 0.116 0.165 0.261 0.175 0.112 0.066 0.051 0.022 0.017 0.010 0.004 50 P 0.097 0.046 0.037 0.109 0.118 0.135 0.192 0.098 0.084 0.057 0.027 51 M 0.087 0.062 0.035 0.059 0.064 0.079 0.148 0.144 0.143 0.117 0.062 52 D 0.023 0.142 0.095 0.150 0.131 0.102 0.138 0.084 0.065 0.050 0.022 53 L 0.015 0.021 0.026 0.055 0.066 0.123 0.207 0.181 0.144 0.096 0.067 54 S 0.512 0.121 0.122 0.127 0.058 0.021 0.017 0.008 0.006 0.005 0.002 55 S 0.069 0.125 0.079 0.266 0.220 0.108 0.077 0.029 0.016 0.008 0.003 56 V 0.002 0.004 0.007 0.010 0.009 0.020 0.064 0.077 0.218 0.274 0.314 57 I 0.008 0.021 0.061 0.213 0.263 0.204 0.158 0.042 0.019 0.009 0.003 58 S 0.078 0.087 0.595 0.142 0.060 0.018 0.011 0.005 0.003 0.002 0.001 59 K 0.014 0.032 0.055 0.113 0.131 0.183 0.263 0.095 0.061 0.035 0.016 60 I 0.007 0.006 0.013 0.013 0.014 0.034 0.129 0.179 0.231 0.219 0.156 61 D 0.077 0.206 0.409 0.189 0.071 0.024 0.014 0.005 0.003 0.002 0.001 62 L 0.049 0.085 0.175 0.210 0.162 0.158 0.105 0.033 0.014 0.006 0.002 63 H 0.652 0.079 0.076 0.061 0.034 0.024 0.030 0.015 0.013 0.011 0.004 64 K 0.074 0.148 0.084 0.239 0.224 0.124 0.077 0.018 0.008 0.003 0.001 65 Y 0.012 0.018 0.076 0.054 0.042 0.061 0.128 0.113 0.190 0.163 0.143 66 L 0.047 0.064 0.159 0.205 0.249 0.110 0.105 0.035 0.016 0.008 0.003 67 T 0.045 0.354 0.333 0.129 0.056 0.032 0.027 0.010 0.008 0.005 0.002 68 V 0.018 0.017 0.018 0.055 0.089 0.213 0.295 0.152 0.078 0.040 0.024 69 K 0.745 0.078 0.105 0.047 0.012 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 70 D 0.034 0.069 0.119 0.319 0.234 0.122 0.068 0.020 0.009 0.004 0.001 71 Y 0.003 0.007 0.016 0.012 0.015 0.028 0.099 0.111 0.249 0.231 0.228 72 L 0.008 0.017 0.073 0.148 0.232 0.261 0.187 0.040 0.021 0.010 0.003 73 R 0.034 0.054 0.685 0.139 0.053 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 74 D 0.002 0.007 0.024 0.027 0.039 0.107 0.257 0.198 0.169 0.110 0.060 75 I 0.002 0.002 0.010 0.009 0.012 0.028 0.120 0.164 0.242 0.243 0.169 76 D 0.022 0.029 0.438 0.232 0.158 0.060 0.035 0.013 0.007 0.005 0.001 77 L 0.003 0.013 0.146 0.097 0.120 0.204 0.242 0.094 0.051 0.022 0.008 78 I 0.001 0.002 0.010 0.005 0.005 0.011 0.064 0.080 0.249 0.321 0.253 79 C 0.002 0.003 0.021 0.030 0.044 0.123 0.289 0.161 0.168 0.099 0.061 80 S 0.009 0.025 0.531 0.210 0.137 0.037 0.027 0.012 0.007 0.004 0.001 81 N 0.002 0.007 0.034 0.036 0.048 0.151 0.400 0.148 0.101 0.051 0.022 82 A 0.001 0.001 0.008 0.006 0.005 0.009 0.052 0.066 0.233 0.266 0.353 83 L 0.003 0.007 0.071 0.134 0.233 0.187 0.218 0.067 0.045 0.025 0.010 84 E 0.006 0.024 0.337 0.227 0.278 0.063 0.042 0.013 0.006 0.003 0.001 85 Y 0.004 0.010 0.020 0.018 0.024 0.068 0.239 0.245 0.174 0.127 0.071 86 N 0.020 0.024 0.023 0.036 0.033 0.067 0.212 0.203 0.168 0.139 0.076 87 P 0.286 0.214 0.182 0.145 0.066 0.033 0.030 0.022 0.012 0.008 0.003 88 D 0.407 0.220 0.080 0.132 0.083 0.039 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 89 R 0.292 0.136 0.030 0.085 0.084 0.079 0.108 0.066 0.056 0.041 0.022 90 D 0.199 0.179 0.042 0.112 0.108 0.093 0.115 0.061 0.045 0.026 0.021 91 P 0.337 0.310 0.103 0.116 0.065 0.027 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 92 G 0.272 0.177 0.051 0.134 0.123 0.082 0.080 0.039 0.025 0.013 0.006 93 D 0.082 0.076 0.029 0.128 0.172 0.152 0.164 0.084 0.061 0.035 0.018 94 R 0.060 0.086 0.063 0.216 0.193 0.153 0.134 0.053 0.026 0.012 0.006 95 L 0.004 0.010 0.027 0.060 0.070 0.106 0.209 0.193 0.148 0.113 0.059 96 I 0.001 0.002 0.009 0.011 0.014 0.026 0.110 0.172 0.249 0.214 0.191 97 R 0.001 0.006 0.042 0.079 0.093 0.182 0.234 0.123 0.114 0.086 0.039 98 H 0.010 0.021 0.181 0.183 0.159 0.148 0.147 0.066 0.042 0.030 0.012 99 R 0.001 0.003 0.013 0.024 0.035 0.082 0.214 0.244 0.188 0.135 0.062 100 A 0.001 0.001 0.006 0.003 0.004 0.008 0.037 0.078 0.220 0.345 0.298 101 C 0.004 0.008 0.140 0.147 0.182 0.204 0.183 0.058 0.035 0.028 0.009 102 A 0.002 0.013 0.203 0.205 0.234 0.144 0.128 0.041 0.018 0.009 0.003 103 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.032 0.128 0.241 0.326 0.265 104 R 0.003 0.005 0.040 0.040 0.051 0.103 0.294 0.152 0.142 0.128 0.041 105 D 0.046 0.028 0.675 0.139 0.047 0.027 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 106 T 0.002 0.008 0.036 0.064 0.089 0.281 0.394 0.078 0.033 0.012 0.004 107 A 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 0.029 0.054 0.227 0.350 0.328 108 Y 0.002 0.005 0.060 0.089 0.183 0.278 0.266 0.067 0.030 0.014 0.006 109 A 0.008 0.016 0.784 0.113 0.044 0.020 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 110 I 0.001 0.004 0.024 0.021 0.031 0.104 0.356 0.209 0.125 0.086 0.039 111 I 0.001 0.003 0.011 0.005 0.006 0.013 0.086 0.189 0.236 0.257 0.193 112 K 0.008 0.015 0.421 0.168 0.183 0.093 0.066 0.026 0.010 0.009 0.002 113 E 0.044 0.035 0.627 0.143 0.079 0.038 0.023 0.006 0.002 0.001 0.001 114 E 0.031 0.036 0.059 0.062 0.073 0.123 0.281 0.137 0.101 0.072 0.025 115 L 0.050 0.074 0.050 0.049 0.057 0.112 0.246 0.148 0.107 0.072 0.035 116 D 0.246 0.170 0.356 0.117 0.048 0.027 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 117 E 0.548 0.113 0.176 0.075 0.035 0.024 0.016 0.008 0.003 0.002 0.001 118 D 0.361 0.254 0.080 0.101 0.062 0.050 0.049 0.020 0.012 0.008 0.003 119 F 0.043 0.057 0.040 0.077 0.103 0.184 0.237 0.117 0.075 0.042 0.023 120 E 0.259 0.111 0.314 0.139 0.073 0.046 0.030 0.014 0.007 0.004 0.001 121 Q 0.172 0.114 0.334 0.165 0.090 0.058 0.040 0.015 0.007 0.004 0.001 122 L 0.025 0.065 0.064 0.075 0.077 0.115 0.225 0.137 0.107 0.076 0.035 123 C 0.012 0.028 0.038 0.068 0.099 0.199 0.277 0.142 0.076 0.043 0.018 124 E 0.413 0.087 0.381 0.081 0.018 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 125 E 0.167 0.102 0.199 0.198 0.129 0.099 0.068 0.022 0.010 0.006 0.002 126 I 0.043 0.069 0.043 0.064 0.071 0.099 0.194 0.130 0.128 0.099 0.061 127 Q 0.075 0.128 0.149 0.170 0.160 0.138 0.110 0.039 0.017 0.009 0.004 128 E 0.420 0.106 0.380 0.060 0.017 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 129 S 0.394 0.170 0.118 0.127 0.073 0.057 0.039 0.012 0.006 0.003 0.001 130 R 0.118 0.058 0.042 0.083 0.089 0.145 0.191 0.106 0.085 0.053 0.029