# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.033 0.007 0.002 0.010 0.015 0.027 0.082 0.002 0.001 0.003 0.818 2 M 0.023 0.003 0.001 0.007 0.006 0.015 0.067 0.001 0.001 0.003 0.874 3 Q 0.049 0.005 0.002 0.011 0.008 0.017 0.214 0.001 0.001 0.004 0.688 4 E 0.035 0.006 0.001 0.006 0.005 0.008 0.125 0.001 0.001 0.003 0.811 5 E 0.054 0.030 0.002 0.011 0.011 0.023 0.148 0.001 0.001 0.003 0.718 6 D 0.123 0.067 0.002 0.012 0.011 0.019 0.144 0.002 0.001 0.006 0.614 7 T 0.116 0.100 0.005 0.010 0.008 0.015 0.125 0.002 0.001 0.006 0.614 8 F 0.103 0.207 0.011 0.014 0.008 0.023 0.124 0.002 0.001 0.005 0.503 9 R 0.029 0.336 0.004 0.007 0.007 0.010 0.126 0.001 0.001 0.004 0.477 10 E 0.015 0.348 0.002 0.002 0.002 0.004 0.099 0.001 0.001 0.002 0.525 11 L 0.017 0.833 0.002 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.001 0.001 0.122 12 R 0.009 0.945 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.038 13 I 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 14 F 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 15 L 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 16 R 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 17 N 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 18 V 0.019 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.031 19 T 0.005 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 20 H 0.004 0.974 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.017 21 R 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.014 22 L 0.023 0.960 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 23 A 0.019 0.954 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.011 24 I 0.069 0.812 0.015 0.002 0.001 0.001 0.006 0.049 0.001 0.001 0.045 25 D 0.216 0.599 0.019 0.004 0.001 0.003 0.005 0.069 0.001 0.001 0.083 26 K 0.082 0.172 0.035 0.008 0.004 0.004 0.023 0.040 0.001 0.005 0.627 27 R 0.058 0.055 0.198 0.015 0.007 0.007 0.199 0.010 0.001 0.004 0.446 28 F 0.255 0.085 0.028 0.050 0.016 0.033 0.161 0.007 0.001 0.009 0.357 29 R 0.149 0.173 0.014 0.083 0.049 0.052 0.094 0.005 0.001 0.006 0.376 30 V 0.011 0.021 0.002 0.030 0.014 0.017 0.035 0.002 0.001 0.001 0.867 31 F 0.062 0.054 0.006 0.131 0.081 0.182 0.062 0.004 0.001 0.006 0.411 32 T 0.159 0.099 0.008 0.090 0.057 0.134 0.078 0.005 0.001 0.010 0.361 33 K 0.105 0.055 0.004 0.104 0.105 0.100 0.048 0.007 0.001 0.003 0.468 34 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.977 35 V 0.069 0.014 0.007 0.080 0.067 0.165 0.115 0.002 0.001 0.004 0.477 36 D 0.108 0.019 0.005 0.032 0.029 0.057 0.296 0.002 0.001 0.008 0.445 37 P 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.987 38 D 0.005 0.004 0.001 0.005 0.003 0.005 0.657 0.001 0.001 0.005 0.314 39 E 0.558 0.004 0.001 0.002 0.001 0.002 0.320 0.001 0.001 0.028 0.084 40 V 0.504 0.244 0.021 0.017 0.006 0.013 0.058 0.004 0.001 0.003 0.129 41 P 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.983 42 D 0.008 0.012 0.005 0.012 0.024 0.025 0.138 0.001 0.001 0.002 0.773 43 Y 0.396 0.080 0.001 0.024 0.047 0.101 0.067 0.003 0.001 0.007 0.274 44 V 0.194 0.242 0.004 0.044 0.064 0.088 0.066 0.003 0.001 0.004 0.291 45 T 0.083 0.131 0.004 0.152 0.221 0.166 0.081 0.002 0.001 0.006 0.153 46 V 0.069 0.075 0.004 0.151 0.118 0.128 0.020 0.005 0.001 0.002 0.427 47 I 0.026 0.046 0.004 0.210 0.216 0.331 0.037 0.001 0.001 0.003 0.126 48 K 0.017 0.025 0.004 0.104 0.128 0.203 0.064 0.003 0.001 0.003 0.449 49 Q 0.016 0.012 0.002 0.106 0.124 0.173 0.046 0.004 0.001 0.001 0.517 50 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 0.001 0.983 51 M 0.012 0.002 0.003 0.041 0.025 0.032 0.168 0.001 0.001 0.003 0.714 52 D 0.057 0.004 0.001 0.011 0.007 0.012 0.229 0.001 0.001 0.008 0.671 53 L 0.163 0.015 0.002 0.056 0.006 0.030 0.050 0.001 0.001 0.006 0.672 54 S 0.007 0.033 0.001 0.006 0.004 0.004 0.594 0.001 0.001 0.008 0.343 55 S 0.047 0.050 0.001 0.002 0.001 0.002 0.725 0.001 0.001 0.007 0.166 56 V 0.044 0.888 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.053 57 I 0.004 0.956 0.003 0.001 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 58 S 0.004 0.971 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 59 K 0.031 0.941 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.013 60 I 0.018 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 61 D 0.012 0.905 0.007 0.002 0.008 0.003 0.007 0.012 0.001 0.001 0.044 62 L 0.080 0.762 0.004 0.002 0.002 0.003 0.010 0.036 0.001 0.001 0.101 63 H 0.390 0.467 0.009 0.003 0.001 0.003 0.004 0.055 0.001 0.002 0.065 64 K 0.281 0.216 0.260 0.015 0.007 0.005 0.063 0.034 0.001 0.002 0.117 65 Y 0.209 0.160 0.161 0.053 0.014 0.014 0.036 0.025 0.001 0.002 0.326 66 L 0.115 0.174 0.062 0.085 0.036 0.040 0.069 0.008 0.001 0.003 0.409 67 T 0.010 0.037 0.007 0.012 0.005 0.009 0.310 0.006 0.001 0.001 0.603 68 V 0.023 0.023 0.002 0.032 0.003 0.032 0.014 0.001 0.001 0.001 0.869 69 K 0.001 0.032 0.001 0.003 0.001 0.003 0.559 0.001 0.001 0.003 0.398 70 D 0.063 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.815 0.001 0.001 0.006 0.075 71 Y 0.056 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 72 L 0.002 0.985 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 73 R 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 74 D 0.011 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.019 75 I 0.018 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.004 76 D 0.003 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 77 L 0.004 0.981 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 78 I 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 79 C 0.004 0.987 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 80 S 0.010 0.958 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.018 81 N 0.040 0.878 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.025 0.001 0.001 0.044 82 A 0.103 0.808 0.027 0.002 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.035 83 L 0.038 0.829 0.017 0.007 0.020 0.009 0.014 0.017 0.001 0.001 0.049 84 E 0.105 0.655 0.020 0.007 0.016 0.017 0.019 0.067 0.001 0.001 0.093 85 Y 0.355 0.408 0.022 0.010 0.010 0.020 0.006 0.093 0.001 0.001 0.075 86 N 0.126 0.374 0.036 0.014 0.074 0.067 0.045 0.056 0.001 0.005 0.203 87 P 0.007 0.004 0.003 0.002 0.002 0.002 0.008 0.007 0.001 0.002 0.963 88 D 0.003 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.682 0.002 0.001 0.001 0.305 89 R 0.658 0.004 0.002 0.007 0.003 0.005 0.086 0.002 0.001 0.106 0.128 90 D 0.256 0.054 0.049 0.022 0.007 0.009 0.321 0.003 0.001 0.009 0.270 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.982 92 G 0.010 0.003 0.005 0.009 0.005 0.010 0.410 0.001 0.001 0.004 0.543 93 D 0.519 0.016 0.001 0.012 0.008 0.025 0.180 0.001 0.001 0.023 0.213 94 R 0.194 0.165 0.005 0.041 0.017 0.022 0.107 0.002 0.001 0.013 0.436 95 L 0.037 0.151 0.014 0.048 0.027 0.033 0.206 0.001 0.001 0.006 0.477 96 I 0.030 0.298 0.003 0.041 0.033 0.064 0.187 0.001 0.001 0.004 0.338 97 R 0.029 0.635 0.002 0.018 0.016 0.051 0.035 0.001 0.001 0.002 0.212 98 H 0.008 0.828 0.002 0.005 0.008 0.009 0.019 0.001 0.001 0.001 0.119 99 R 0.011 0.870 0.001 0.002 0.003 0.005 0.036 0.001 0.001 0.001 0.070 100 A 0.017 0.944 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.031 101 C 0.007 0.961 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 102 A 0.011 0.943 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.036 103 L 0.017 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.027 104 R 0.004 0.976 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 105 D 0.003 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.036 106 T 0.006 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.032 107 A 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 108 Y 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 109 A 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 110 I 0.012 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.011 111 I 0.008 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 112 K 0.008 0.971 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.012 113 E 0.038 0.893 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.033 114 E 0.128 0.778 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 0.031 115 L 0.096 0.636 0.057 0.003 0.001 0.001 0.010 0.051 0.001 0.001 0.144 116 D 0.077 0.331 0.130 0.009 0.002 0.002 0.045 0.028 0.001 0.003 0.373 117 E 0.095 0.235 0.027 0.008 0.002 0.002 0.090 0.012 0.001 0.004 0.525 118 D 0.087 0.237 0.014 0.007 0.002 0.003 0.172 0.008 0.001 0.006 0.464 119 F 0.136 0.379 0.024 0.012 0.002 0.006 0.101 0.006 0.001 0.007 0.327 120 E 0.055 0.552 0.013 0.007 0.004 0.004 0.111 0.004 0.001 0.003 0.247 121 Q 0.065 0.643 0.005 0.003 0.003 0.004 0.070 0.006 0.001 0.002 0.198 122 L 0.063 0.796 0.005 0.002 0.002 0.004 0.010 0.008 0.001 0.001 0.110 123 C 0.039 0.808 0.008 0.002 0.003 0.005 0.010 0.007 0.001 0.001 0.117 124 E 0.040 0.762 0.009 0.002 0.004 0.004 0.018 0.008 0.001 0.001 0.151 125 E 0.059 0.763 0.004 0.002 0.003 0.004 0.011 0.013 0.001 0.001 0.140 126 I 0.097 0.726 0.006 0.002 0.002 0.004 0.010 0.019 0.001 0.001 0.133 127 Q 0.091 0.731 0.011 0.004 0.007 0.008 0.014 0.017 0.001 0.001 0.115 128 E 0.112 0.551 0.014 0.006 0.007 0.009 0.018 0.031 0.001 0.001 0.251 129 S 0.179 0.336 0.021 0.008 0.006 0.010 0.033 0.032 0.001 0.002 0.372 130 R 0.191 0.127 0.020 0.013 0.009 0.011 0.040 0.019 0.001 0.005 0.564