# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.007 0.008 0.010 0.015 0.058 0.002 0.885 2 M 0.012 0.009 0.005 0.006 0.012 0.043 0.002 0.912 3 Q 0.045 0.023 0.008 0.007 0.018 0.125 0.005 0.769 4 E 0.061 0.042 0.007 0.004 0.009 0.126 0.007 0.744 5 E 0.107 0.133 0.008 0.006 0.009 0.107 0.011 0.619 6 D 0.148 0.148 0.011 0.007 0.008 0.072 0.013 0.593 7 T 0.116 0.122 0.013 0.008 0.009 0.102 0.011 0.619 8 F 0.083 0.130 0.016 0.006 0.019 0.112 0.006 0.630 9 R 0.043 0.188 0.006 0.005 0.014 0.201 0.004 0.539 10 E 0.028 0.356 0.002 0.002 0.004 0.194 0.003 0.411 11 L 0.017 0.875 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.082 12 R 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.024 13 I 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 14 F 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 15 L 0.006 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 16 R 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 17 N 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 18 V 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 19 T 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 20 H 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 21 R 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 22 L 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 23 A 0.022 0.940 0.005 0.002 0.002 0.003 0.008 0.017 24 I 0.096 0.763 0.013 0.006 0.005 0.009 0.034 0.075 25 D 0.159 0.584 0.034 0.008 0.009 0.013 0.046 0.147 26 K 0.076 0.232 0.033 0.009 0.009 0.037 0.036 0.567 27 R 0.077 0.110 0.037 0.012 0.015 0.215 0.041 0.492 28 F 0.317 0.114 0.068 0.024 0.032 0.124 0.039 0.282 29 R 0.134 0.106 0.078 0.040 0.045 0.125 0.016 0.456 30 V 0.009 0.018 0.024 0.018 0.018 0.033 0.004 0.876 31 F 0.084 0.047 0.093 0.102 0.199 0.126 0.018 0.330 32 T 0.129 0.073 0.071 0.106 0.169 0.072 0.022 0.358 33 K 0.073 0.023 0.127 0.245 0.185 0.055 0.015 0.277 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 35 V 0.018 0.004 0.073 0.103 0.312 0.065 0.004 0.422 36 D 0.027 0.007 0.037 0.101 0.112 0.079 0.004 0.633 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 38 D 0.018 0.001 0.006 0.011 0.029 0.707 0.003 0.224 39 E 0.708 0.003 0.002 0.002 0.003 0.128 0.023 0.132 40 V 0.493 0.033 0.022 0.019 0.019 0.116 0.006 0.292 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 42 D 0.011 0.009 0.014 0.037 0.090 0.163 0.004 0.673 43 Y 0.256 0.033 0.020 0.039 0.094 0.073 0.012 0.474 44 V 0.113 0.044 0.040 0.103 0.202 0.120 0.004 0.373 45 T 0.055 0.068 0.057 0.215 0.184 0.093 0.007 0.321 46 V 0.060 0.131 0.103 0.149 0.178 0.044 0.010 0.325 47 I 0.043 0.131 0.169 0.175 0.281 0.037 0.012 0.152 48 K 0.018 0.179 0.097 0.142 0.205 0.031 0.014 0.314 49 Q 0.041 0.058 0.115 0.079 0.134 0.073 0.018 0.482 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 51 M 0.040 0.011 0.047 0.029 0.051 0.230 0.009 0.583 52 D 0.087 0.021 0.016 0.010 0.011 0.149 0.007 0.698 53 L 0.042 0.089 0.026 0.008 0.036 0.052 0.003 0.744 54 S 0.026 0.042 0.005 0.003 0.006 0.529 0.003 0.387 55 S 0.092 0.141 0.002 0.001 0.003 0.515 0.004 0.243 56 V 0.014 0.931 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.045 57 I 0.001 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 58 S 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 59 K 0.048 0.923 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.016 60 I 0.024 0.954 0.003 0.002 0.003 0.001 0.004 0.008 61 D 0.026 0.882 0.008 0.005 0.006 0.012 0.021 0.039 62 L 0.103 0.723 0.018 0.005 0.004 0.009 0.052 0.087 63 H 0.386 0.330 0.034 0.009 0.005 0.014 0.088 0.134 64 K 0.203 0.090 0.147 0.012 0.011 0.086 0.037 0.413 65 Y 0.054 0.075 0.122 0.027 0.047 0.067 0.010 0.598 66 L 0.099 0.044 0.122 0.057 0.071 0.191 0.011 0.405 67 T 0.051 0.042 0.041 0.026 0.032 0.227 0.007 0.575 68 V 0.050 0.066 0.049 0.011 0.087 0.036 0.004 0.698 69 K 0.011 0.020 0.007 0.003 0.011 0.330 0.003 0.616 70 D 0.028 0.019 0.001 0.001 0.001 0.697 0.002 0.252 71 Y 0.063 0.703 0.001 0.001 0.002 0.025 0.002 0.204 72 L 0.004 0.909 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.079 73 R 0.009 0.829 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.147 74 D 0.037 0.887 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.064 75 I 0.009 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 76 D 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 77 L 0.006 0.970 0.002 0.001 0.001 0.004 0.002 0.015 78 I 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 79 C 0.002 0.990 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 80 S 0.006 0.973 0.006 0.001 0.001 0.002 0.004 0.007 81 N 0.060 0.861 0.005 0.003 0.003 0.006 0.023 0.039 82 A 0.064 0.832 0.021 0.005 0.010 0.012 0.012 0.043 83 L 0.023 0.820 0.011 0.011 0.010 0.032 0.017 0.076 84 E 0.074 0.734 0.021 0.023 0.018 0.023 0.024 0.083 85 Y 0.134 0.531 0.031 0.034 0.047 0.032 0.027 0.162 86 N 0.050 0.424 0.036 0.142 0.094 0.028 0.015 0.210 87 P 0.003 0.008 0.005 0.006 0.006 0.008 0.002 0.963 88 D 0.042 0.021 0.011 0.028 0.056 0.409 0.016 0.416 89 R 0.551 0.016 0.008 0.008 0.007 0.058 0.043 0.309 90 D 0.126 0.037 0.022 0.016 0.019 0.537 0.008 0.234 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.996 92 G 0.012 0.004 0.005 0.006 0.018 0.658 0.003 0.294 93 D 0.390 0.009 0.004 0.005 0.009 0.291 0.014 0.279 94 R 0.209 0.205 0.018 0.016 0.019 0.134 0.005 0.394 95 L 0.043 0.167 0.025 0.034 0.057 0.192 0.005 0.477 96 I 0.048 0.338 0.023 0.049 0.082 0.130 0.006 0.324 97 R 0.021 0.601 0.011 0.022 0.075 0.035 0.002 0.232 98 H 0.006 0.771 0.005 0.012 0.025 0.032 0.002 0.148 99 R 0.006 0.903 0.001 0.002 0.004 0.018 0.002 0.064 100 A 0.006 0.970 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.017 101 C 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 102 A 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 103 L 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.014 104 R 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 105 D 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 106 T 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 107 A 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 108 Y 0.001 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 109 A 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 110 I 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 111 I 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 112 K 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 113 E 0.028 0.923 0.002 0.001 0.001 0.003 0.011 0.032 114 E 0.079 0.857 0.004 0.001 0.001 0.003 0.018 0.037 115 L 0.093 0.678 0.020 0.003 0.003 0.015 0.031 0.158 116 D 0.091 0.367 0.037 0.007 0.009 0.049 0.030 0.411 117 E 0.087 0.165 0.031 0.004 0.006 0.056 0.016 0.635 118 D 0.053 0.156 0.013 0.003 0.005 0.229 0.012 0.529 119 F 0.098 0.179 0.016 0.003 0.007 0.119 0.011 0.567 120 E 0.044 0.312 0.016 0.004 0.007 0.194 0.006 0.417 121 Q 0.066 0.395 0.009 0.005 0.007 0.178 0.009 0.332 122 L 0.075 0.707 0.006 0.003 0.006 0.038 0.006 0.160 123 C 0.046 0.730 0.006 0.005 0.012 0.023 0.007 0.171 124 E 0.045 0.552 0.010 0.008 0.014 0.056 0.013 0.302 125 E 0.077 0.597 0.006 0.007 0.010 0.053 0.014 0.236 126 I 0.077 0.724 0.005 0.005 0.010 0.021 0.008 0.150 127 Q 0.044 0.720 0.009 0.010 0.015 0.030 0.012 0.160 128 E 0.086 0.510 0.014 0.010 0.014 0.043 0.024 0.300 129 S 0.158 0.380 0.013 0.011 0.012 0.037 0.040 0.349 130 R 0.254 0.163 0.017 0.012 0.012 0.038 0.040 0.463