# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.226 0.137 0.303 0.117 0.084 0.039 0.036 0.013 0.024 0.020 0.002 2 M 0.256 0.124 0.273 0.181 0.054 0.036 0.030 0.011 0.020 0.012 0.002 3 Q 0.213 0.178 0.357 0.096 0.051 0.036 0.025 0.005 0.029 0.008 0.002 4 E 0.470 0.068 0.286 0.086 0.021 0.029 0.015 0.007 0.009 0.005 0.004 5 E 0.391 0.130 0.191 0.169 0.032 0.027 0.028 0.007 0.018 0.004 0.001 6 D 0.336 0.104 0.197 0.176 0.032 0.056 0.053 0.013 0.026 0.004 0.002 7 T 0.396 0.130 0.202 0.127 0.034 0.057 0.030 0.004 0.017 0.003 0.001 8 F 0.658 0.059 0.145 0.073 0.018 0.028 0.006 0.001 0.011 0.001 0.001 9 R 0.923 0.009 0.039 0.016 0.003 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 10 E 0.975 0.002 0.008 0.009 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.968 0.003 0.006 0.020 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.929 0.005 0.011 0.039 0.001 0.008 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 24 I 0.748 0.026 0.017 0.186 0.005 0.009 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 25 D 0.479 0.031 0.087 0.258 0.012 0.044 0.046 0.004 0.038 0.001 0.001 26 K 0.768 0.011 0.057 0.118 0.004 0.012 0.022 0.004 0.002 0.001 0.001 27 R 0.547 0.038 0.050 0.295 0.010 0.016 0.033 0.004 0.006 0.001 0.001 28 F 0.269 0.124 0.138 0.297 0.058 0.027 0.057 0.008 0.018 0.004 0.001 29 R 0.271 0.216 0.296 0.074 0.047 0.037 0.032 0.003 0.020 0.003 0.001 30 V 0.378 0.193 0.268 0.081 0.020 0.034 0.005 0.001 0.017 0.001 0.002 31 F 0.250 0.312 0.155 0.143 0.068 0.033 0.014 0.002 0.018 0.003 0.001 32 T 0.160 0.378 0.203 0.108 0.077 0.038 0.011 0.001 0.022 0.001 0.002 33 K 0.011 0.306 0.434 0.004 0.044 0.017 0.007 0.001 0.174 0.002 0.001 34 P 0.079 0.011 0.829 0.011 0.002 0.025 0.003 0.001 0.004 0.001 0.035 35 V 0.037 0.488 0.335 0.079 0.018 0.022 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 36 D 0.008 0.100 0.620 0.005 0.040 0.068 0.004 0.001 0.151 0.003 0.002 37 P 0.949 0.001 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 38 D 0.339 0.015 0.013 0.581 0.006 0.007 0.031 0.005 0.003 0.001 0.001 39 E 0.490 0.063 0.040 0.313 0.007 0.026 0.037 0.007 0.015 0.001 0.002 40 V 0.115 0.168 0.437 0.014 0.007 0.016 0.009 0.001 0.233 0.001 0.001 41 P 0.459 0.004 0.487 0.026 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 42 D 0.470 0.040 0.106 0.233 0.017 0.021 0.077 0.026 0.008 0.002 0.001 43 Y 0.386 0.200 0.156 0.155 0.034 0.028 0.020 0.004 0.015 0.001 0.001 44 V 0.299 0.387 0.212 0.038 0.030 0.015 0.005 0.001 0.012 0.001 0.001 45 T 0.300 0.311 0.237 0.027 0.036 0.058 0.007 0.001 0.021 0.001 0.002 46 V 0.270 0.383 0.220 0.047 0.018 0.040 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 47 I 0.222 0.374 0.238 0.043 0.016 0.062 0.003 0.001 0.041 0.001 0.001 48 K 0.257 0.269 0.258 0.104 0.033 0.048 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 49 Q 0.024 0.272 0.293 0.005 0.066 0.028 0.007 0.001 0.301 0.002 0.001 50 P 0.226 0.004 0.690 0.015 0.001 0.021 0.002 0.001 0.002 0.001 0.037 51 M 0.349 0.180 0.235 0.125 0.044 0.022 0.011 0.012 0.019 0.003 0.001 52 D 0.162 0.064 0.520 0.065 0.025 0.098 0.009 0.001 0.052 0.002 0.003 53 L 0.862 0.008 0.065 0.048 0.003 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 54 S 0.933 0.010 0.015 0.027 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.933 0.016 0.018 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 V 0.966 0.014 0.010 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.978 0.005 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 58 S 0.953 0.003 0.003 0.033 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.845 0.015 0.011 0.103 0.006 0.006 0.012 0.001 0.002 0.001 0.001 60 I 0.810 0.063 0.057 0.028 0.003 0.019 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 61 D 0.766 0.012 0.027 0.125 0.003 0.038 0.022 0.001 0.006 0.001 0.001 62 L 0.329 0.019 0.013 0.583 0.008 0.005 0.035 0.004 0.003 0.001 0.001 63 H 0.138 0.025 0.049 0.305 0.037 0.023 0.332 0.075 0.010 0.006 0.001 64 K 0.236 0.295 0.232 0.143 0.025 0.025 0.029 0.002 0.011 0.001 0.001 65 Y 0.137 0.383 0.282 0.079 0.031 0.054 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 66 L 0.110 0.358 0.317 0.125 0.037 0.035 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 67 T 0.044 0.234 0.408 0.021 0.117 0.063 0.008 0.001 0.099 0.006 0.001 68 V 0.926 0.004 0.055 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 69 K 0.979 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.960 0.006 0.006 0.019 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.961 0.007 0.009 0.013 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.959 0.008 0.011 0.015 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 73 R 0.958 0.003 0.003 0.030 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.902 0.004 0.006 0.070 0.002 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.982 0.004 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.993 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.985 0.004 0.003 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.973 0.006 0.002 0.008 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 C 0.947 0.008 0.006 0.021 0.001 0.013 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 80 S 0.925 0.002 0.003 0.063 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 81 N 0.433 0.003 0.005 0.426 0.006 0.005 0.109 0.011 0.003 0.001 0.001 82 A 0.717 0.036 0.061 0.149 0.007 0.009 0.013 0.001 0.007 0.001 0.001 83 L 0.890 0.025 0.033 0.031 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 84 E 0.629 0.105 0.074 0.159 0.010 0.015 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 85 Y 0.261 0.136 0.083 0.459 0.023 0.014 0.010 0.001 0.011 0.001 0.001 86 N 0.011 0.064 0.198 0.032 0.023 0.072 0.080 0.001 0.516 0.001 0.001 87 P 0.837 0.005 0.124 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 88 D 0.534 0.040 0.057 0.321 0.009 0.013 0.013 0.007 0.004 0.001 0.001 89 R 0.286 0.069 0.096 0.404 0.015 0.031 0.038 0.020 0.034 0.005 0.001 90 D 0.046 0.127 0.382 0.074 0.028 0.033 0.075 0.001 0.226 0.006 0.001 91 P 0.816 0.002 0.139 0.033 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 92 G 0.573 0.009 0.019 0.143 0.018 0.007 0.056 0.150 0.002 0.023 0.001 93 D 0.580 0.029 0.055 0.265 0.011 0.013 0.035 0.004 0.007 0.001 0.001 94 R 0.709 0.099 0.097 0.038 0.009 0.010 0.031 0.002 0.006 0.001 0.001 95 L 0.698 0.094 0.123 0.012 0.004 0.057 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 96 I 0.824 0.059 0.045 0.014 0.004 0.042 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 97 R 0.976 0.005 0.008 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 H 0.983 0.002 0.003 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.960 0.002 0.002 0.033 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.984 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 C 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.994 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 I 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.983 0.001 0.002 0.008 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 112 K 0.968 0.001 0.004 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.858 0.003 0.005 0.123 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.645 0.028 0.092 0.202 0.003 0.010 0.008 0.001 0.011 0.001 0.001 115 L 0.569 0.030 0.197 0.134 0.005 0.021 0.028 0.002 0.012 0.001 0.001 116 D 0.505 0.035 0.188 0.167 0.016 0.032 0.034 0.010 0.010 0.003 0.001 117 E 0.665 0.042 0.115 0.129 0.012 0.014 0.008 0.005 0.007 0.002 0.001 118 D 0.435 0.048 0.119 0.264 0.019 0.045 0.042 0.009 0.016 0.003 0.001 119 F 0.532 0.088 0.119 0.146 0.031 0.029 0.030 0.006 0.012 0.005 0.001 120 E 0.634 0.085 0.143 0.080 0.016 0.019 0.008 0.001 0.010 0.002 0.001 121 Q 0.538 0.094 0.171 0.094 0.024 0.039 0.013 0.003 0.019 0.002 0.001 122 L 0.420 0.097 0.205 0.171 0.019 0.046 0.016 0.002 0.021 0.002 0.002 123 C 0.382 0.140 0.297 0.061 0.044 0.024 0.013 0.002 0.032 0.005 0.001 124 E 0.688 0.030 0.186 0.044 0.014 0.018 0.008 0.003 0.004 0.002 0.004 125 E 0.553 0.102 0.150 0.108 0.024 0.027 0.014 0.004 0.015 0.002 0.001 126 I 0.439 0.129 0.247 0.111 0.014 0.031 0.007 0.001 0.019 0.001 0.001 127 Q 0.394 0.170 0.271 0.075 0.027 0.026 0.012 0.002 0.020 0.002 0.001 128 E 0.423 0.114 0.243 0.102 0.033 0.038 0.018 0.006 0.018 0.004 0.001 129 S 0.327 0.087 0.232 0.216 0.032 0.031 0.041 0.010 0.017 0.005 0.001 130 R 0.226 0.153 0.178 0.143 0.092 0.030 0.087 0.046 0.023 0.020 0.001