# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.090 0.195 0.116 0.038 0.187 0.025 0.039 0.096 0.077 0.091 0.046 2 M 0.073 0.196 0.103 0.023 0.158 0.023 0.047 0.122 0.104 0.107 0.045 3 Q 0.077 0.244 0.154 0.022 0.165 0.019 0.037 0.113 0.072 0.061 0.035 4 E 0.049 0.188 0.091 0.023 0.102 0.025 0.054 0.201 0.139 0.092 0.035 5 E 0.059 0.166 0.079 0.024 0.108 0.021 0.043 0.221 0.120 0.111 0.048 6 D 0.032 0.146 0.078 0.017 0.074 0.022 0.045 0.336 0.121 0.100 0.031 7 T 0.037 0.181 0.072 0.008 0.068 0.007 0.019 0.412 0.078 0.093 0.025 8 F 0.013 0.023 0.006 0.002 0.020 0.002 0.004 0.758 0.139 0.025 0.007 9 R 0.001 0.005 0.003 0.001 0.003 0.002 0.003 0.915 0.064 0.003 0.001 10 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.023 0.003 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.024 0.002 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.010 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.008 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.029 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.042 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.983 0.013 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.963 0.025 0.004 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.113 0.002 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.920 0.070 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.034 0.862 0.080 0.016 0.001 22 L 0.022 0.021 0.006 0.002 0.026 0.004 0.033 0.630 0.155 0.080 0.020 23 A 0.017 0.020 0.010 0.004 0.023 0.010 0.041 0.610 0.161 0.085 0.020 24 I 0.024 0.126 0.042 0.010 0.050 0.014 0.097 0.331 0.136 0.151 0.020 25 D 0.085 0.199 0.154 0.014 0.220 0.010 0.022 0.146 0.068 0.051 0.032 26 K 0.015 0.032 0.013 0.006 0.025 0.020 0.069 0.492 0.276 0.042 0.011 27 R 0.035 0.041 0.017 0.010 0.049 0.013 0.073 0.306 0.149 0.276 0.032 28 F 0.085 0.118 0.047 0.013 0.145 0.010 0.016 0.179 0.124 0.202 0.061 29 R 0.069 0.174 0.078 0.011 0.181 0.017 0.028 0.250 0.134 0.035 0.022 30 V 0.075 0.104 0.023 0.008 0.111 0.030 0.091 0.305 0.171 0.057 0.025 31 F 0.091 0.113 0.029 0.021 0.153 0.017 0.076 0.173 0.088 0.141 0.099 32 T 0.078 0.182 0.117 0.023 0.174 0.017 0.028 0.063 0.059 0.175 0.085 33 K 0.031 0.447 0.242 0.010 0.214 0.007 0.008 0.012 0.007 0.010 0.012 34 P 0.236 0.239 0.076 0.014 0.186 0.012 0.018 0.030 0.026 0.067 0.098 35 V 0.034 0.401 0.187 0.035 0.141 0.049 0.040 0.038 0.022 0.035 0.019 36 D 0.163 0.323 0.072 0.004 0.387 0.001 0.002 0.013 0.009 0.007 0.021 37 P 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.017 0.307 0.612 0.038 0.004 38 D 0.008 0.021 0.017 0.006 0.017 0.010 0.056 0.647 0.165 0.048 0.004 39 E 0.023 0.026 0.009 0.004 0.029 0.004 0.024 0.220 0.122 0.521 0.019 40 V 0.149 0.202 0.139 0.017 0.224 0.007 0.008 0.104 0.046 0.054 0.051 41 P 0.019 0.149 0.060 0.021 0.051 0.073 0.066 0.355 0.176 0.024 0.007 42 D 0.041 0.071 0.035 0.016 0.072 0.018 0.094 0.241 0.124 0.264 0.024 43 Y 0.196 0.051 0.013 0.005 0.186 0.006 0.021 0.251 0.099 0.104 0.067 44 V 0.116 0.123 0.015 0.004 0.315 0.017 0.032 0.256 0.068 0.026 0.028 45 T 0.172 0.114 0.014 0.003 0.507 0.008 0.029 0.095 0.028 0.012 0.018 46 V 0.255 0.086 0.010 0.004 0.488 0.007 0.018 0.064 0.021 0.016 0.030 47 I 0.232 0.103 0.015 0.008 0.370 0.011 0.022 0.091 0.024 0.032 0.092 48 K 0.126 0.176 0.075 0.031 0.230 0.036 0.052 0.069 0.043 0.089 0.073 49 Q 0.049 0.364 0.294 0.033 0.160 0.013 0.013 0.026 0.014 0.018 0.016 50 P 0.122 0.157 0.040 0.015 0.146 0.017 0.041 0.173 0.134 0.098 0.058 51 M 0.038 0.143 0.062 0.014 0.088 0.041 0.086 0.278 0.133 0.088 0.030 52 D 0.139 0.267 0.081 0.006 0.216 0.005 0.009 0.150 0.030 0.056 0.042 53 L 0.006 0.008 0.002 0.001 0.010 0.003 0.005 0.698 0.246 0.019 0.003 54 S 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.002 0.007 0.908 0.071 0.004 0.001 55 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.937 0.038 0.015 0.001 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.039 0.002 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.913 0.084 0.001 0.001 58 S 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 0.947 0.031 0.001 0.001 59 K 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.048 0.877 0.039 0.017 0.004 60 I 0.014 0.036 0.011 0.003 0.031 0.003 0.012 0.625 0.232 0.025 0.006 61 D 0.013 0.012 0.008 0.008 0.014 0.033 0.160 0.607 0.100 0.031 0.014 62 L 0.017 0.129 0.063 0.021 0.039 0.014 0.170 0.338 0.132 0.063 0.015 63 H 0.052 0.097 0.077 0.023 0.068 0.019 0.030 0.158 0.098 0.260 0.117 64 K 0.065 0.214 0.040 0.007 0.188 0.009 0.032 0.149 0.101 0.131 0.063 65 Y 0.253 0.125 0.025 0.007 0.227 0.011 0.018 0.075 0.041 0.075 0.142 66 L 0.040 0.316 0.169 0.037 0.143 0.071 0.065 0.069 0.023 0.044 0.024 67 T 0.099 0.491 0.183 0.005 0.167 0.001 0.002 0.015 0.003 0.011 0.022 68 V 0.005 0.008 0.002 0.001 0.009 0.002 0.003 0.616 0.337 0.013 0.003 69 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.004 0.013 0.851 0.120 0.005 0.001 70 D 0.004 0.005 0.002 0.001 0.006 0.001 0.005 0.863 0.064 0.044 0.004 71 Y 0.009 0.007 0.002 0.001 0.006 0.001 0.007 0.883 0.048 0.029 0.007 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.896 0.092 0.005 0.001 73 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.950 0.033 0.002 0.001 74 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.959 0.023 0.008 0.001 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.047 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.984 0.011 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.967 0.025 0.002 0.001 79 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.098 0.002 0.001 80 S 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.905 0.048 0.002 0.001 81 N 0.013 0.014 0.011 0.003 0.013 0.004 0.069 0.755 0.050 0.058 0.012 82 A 0.033 0.014 0.003 0.001 0.035 0.001 0.007 0.658 0.200 0.032 0.016 83 L 0.017 0.010 0.002 0.001 0.027 0.006 0.025 0.663 0.220 0.017 0.012 84 E 0.037 0.041 0.015 0.005 0.063 0.012 0.154 0.533 0.087 0.038 0.015 85 Y 0.074 0.112 0.059 0.018 0.127 0.024 0.095 0.182 0.079 0.177 0.052 86 N 0.159 0.192 0.116 0.008 0.323 0.004 0.006 0.071 0.053 0.033 0.035 87 P 0.015 0.040 0.013 0.006 0.028 0.024 0.085 0.394 0.342 0.042 0.012 88 D 0.038 0.145 0.089 0.020 0.115 0.019 0.126 0.237 0.110 0.088 0.014 89 R 0.053 0.054 0.019 0.009 0.060 0.013 0.035 0.077 0.098 0.524 0.060 90 D 0.090 0.279 0.278 0.007 0.258 0.004 0.005 0.034 0.015 0.015 0.015 91 P 0.008 0.027 0.011 0.005 0.015 0.023 0.086 0.518 0.275 0.024 0.007 92 G 0.029 0.081 0.058 0.041 0.048 0.027 0.106 0.245 0.110 0.230 0.023 93 D 0.078 0.072 0.025 0.018 0.095 0.015 0.015 0.242 0.103 0.214 0.124 94 R 0.046 0.141 0.031 0.007 0.118 0.017 0.056 0.398 0.088 0.074 0.022 95 L 0.168 0.124 0.015 0.003 0.359 0.005 0.013 0.256 0.026 0.015 0.016 96 I 0.108 0.107 0.012 0.006 0.172 0.009 0.014 0.478 0.042 0.022 0.030 97 R 0.043 0.023 0.006 0.002 0.058 0.005 0.005 0.758 0.073 0.012 0.015 98 H 0.003 0.008 0.003 0.001 0.007 0.003 0.009 0.910 0.048 0.005 0.002 99 R 0.004 0.009 0.003 0.001 0.005 0.001 0.005 0.911 0.040 0.019 0.002 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.941 0.053 0.002 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.040 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.011 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.027 0.002 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.048 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.979 0.018 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.980 0.015 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.044 0.003 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.936 0.063 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.957 0.034 0.001 0.001 110 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.921 0.051 0.008 0.001 111 I 0.004 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.765 0.190 0.022 0.003 112 K 0.002 0.006 0.002 0.001 0.004 0.004 0.028 0.778 0.160 0.013 0.002 113 E 0.007 0.027 0.014 0.002 0.018 0.004 0.087 0.585 0.158 0.089 0.009 114 E 0.053 0.079 0.037 0.005 0.083 0.008 0.051 0.332 0.133 0.173 0.045 115 L 0.045 0.267 0.080 0.012 0.110 0.015 0.038 0.210 0.098 0.089 0.036 116 D 0.057 0.148 0.087 0.017 0.104 0.016 0.038 0.260 0.119 0.108 0.047 117 E 0.019 0.114 0.051 0.008 0.056 0.013 0.050 0.421 0.196 0.058 0.013 118 D 0.040 0.080 0.032 0.007 0.066 0.011 0.038 0.426 0.140 0.123 0.036 119 F 0.037 0.060 0.019 0.006 0.066 0.007 0.019 0.455 0.202 0.105 0.026 120 E 0.027 0.065 0.025 0.006 0.062 0.013 0.029 0.544 0.157 0.055 0.016 121 Q 0.032 0.068 0.029 0.006 0.065 0.010 0.041 0.534 0.126 0.073 0.017 122 L 0.050 0.075 0.031 0.008 0.076 0.009 0.032 0.449 0.122 0.119 0.028 123 C 0.048 0.106 0.039 0.008 0.106 0.009 0.015 0.458 0.148 0.044 0.018 124 E 0.016 0.042 0.016 0.005 0.037 0.012 0.038 0.614 0.176 0.034 0.009 125 E 0.030 0.042 0.017 0.004 0.058 0.006 0.041 0.576 0.142 0.068 0.013 126 I 0.058 0.049 0.015 0.006 0.079 0.008 0.034 0.486 0.159 0.078 0.029 127 Q 0.046 0.087 0.038 0.015 0.087 0.025 0.054 0.407 0.143 0.073 0.025 128 E 0.045 0.131 0.060 0.020 0.091 0.027 0.086 0.313 0.110 0.088 0.028 129 S 0.077 0.137 0.081 0.021 0.136 0.020 0.054 0.155 0.080 0.175 0.064 130 R 0.103 0.254 0.102 0.017 0.217 0.018 0.030 0.091 0.049 0.069 0.048