# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.813 0.166 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 2 M 0.782 0.187 0.025 0.005 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.724 0.200 0.062 0.013 0.001 0.001 0.001 4 E 0.791 0.176 0.027 0.005 0.001 0.001 0.001 5 E 0.822 0.160 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 6 D 0.701 0.240 0.046 0.011 0.001 0.001 0.001 7 T 0.600 0.316 0.067 0.015 0.003 0.001 0.001 8 F 0.137 0.167 0.310 0.279 0.095 0.012 0.001 9 R 0.426 0.324 0.174 0.056 0.018 0.002 0.001 10 E 0.329 0.402 0.175 0.069 0.021 0.004 0.001 11 L 0.058 0.110 0.187 0.291 0.265 0.084 0.006 12 R 0.040 0.152 0.272 0.298 0.173 0.063 0.002 13 I 0.135 0.306 0.270 0.184 0.081 0.024 0.002 14 F 0.019 0.067 0.202 0.306 0.288 0.105 0.012 15 L 0.008 0.019 0.030 0.080 0.286 0.484 0.093 16 R 0.027 0.148 0.310 0.315 0.147 0.049 0.003 17 N 0.075 0.267 0.322 0.244 0.072 0.018 0.002 18 V 0.003 0.012 0.032 0.095 0.343 0.460 0.054 19 T 0.007 0.032 0.081 0.244 0.374 0.241 0.021 20 H 0.083 0.335 0.319 0.168 0.071 0.023 0.001 21 R 0.043 0.181 0.337 0.317 0.101 0.020 0.001 22 L 0.023 0.034 0.079 0.186 0.392 0.271 0.015 23 A 0.127 0.254 0.311 0.215 0.076 0.016 0.001 24 I 0.388 0.370 0.150 0.065 0.021 0.006 0.001 25 D 0.252 0.246 0.227 0.191 0.070 0.015 0.001 26 K 0.438 0.313 0.134 0.070 0.035 0.009 0.001 27 R 0.185 0.285 0.241 0.175 0.080 0.030 0.004 28 F 0.076 0.096 0.155 0.235 0.284 0.138 0.016 29 R 0.103 0.245 0.281 0.215 0.107 0.046 0.005 30 V 0.060 0.111 0.184 0.224 0.235 0.154 0.034 31 F 0.025 0.041 0.058 0.129 0.289 0.371 0.086 32 T 0.070 0.165 0.241 0.266 0.173 0.079 0.008 33 K 0.146 0.269 0.244 0.198 0.102 0.038 0.002 34 P 0.131 0.242 0.295 0.206 0.096 0.029 0.001 35 V 0.082 0.091 0.203 0.346 0.219 0.057 0.002 36 D 0.612 0.306 0.059 0.015 0.006 0.001 0.001 37 P 0.646 0.254 0.066 0.027 0.006 0.001 0.001 38 D 0.773 0.197 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 39 E 0.440 0.361 0.133 0.053 0.010 0.002 0.001 40 V 0.089 0.114 0.248 0.276 0.221 0.050 0.002 41 P 0.231 0.317 0.267 0.131 0.044 0.009 0.001 42 D 0.269 0.369 0.217 0.099 0.037 0.008 0.001 43 Y 0.033 0.064 0.096 0.196 0.295 0.272 0.043 44 V 0.032 0.086 0.209 0.332 0.240 0.094 0.007 45 T 0.218 0.377 0.218 0.121 0.048 0.017 0.002 46 V 0.034 0.076 0.174 0.310 0.255 0.134 0.018 47 I 0.037 0.041 0.072 0.187 0.303 0.300 0.060 48 K 0.159 0.305 0.261 0.159 0.081 0.030 0.005 49 Q 0.196 0.285 0.190 0.160 0.113 0.050 0.007 50 P 0.123 0.183 0.190 0.217 0.172 0.103 0.013 51 M 0.080 0.108 0.171 0.244 0.235 0.140 0.023 52 D 0.127 0.198 0.249 0.191 0.142 0.078 0.016 53 L 0.069 0.085 0.142 0.224 0.286 0.172 0.023 54 S 0.421 0.405 0.107 0.039 0.022 0.006 0.001 55 S 0.190 0.317 0.231 0.179 0.064 0.018 0.002 56 V 0.033 0.045 0.093 0.173 0.375 0.257 0.025 57 I 0.094 0.237 0.328 0.246 0.079 0.015 0.001 58 S 0.422 0.435 0.095 0.033 0.013 0.002 0.001 59 K 0.064 0.196 0.343 0.297 0.086 0.014 0.001 60 I 0.060 0.068 0.203 0.332 0.274 0.061 0.001 61 D 0.567 0.369 0.051 0.010 0.003 0.001 0.001 62 L 0.627 0.285 0.065 0.020 0.003 0.001 0.001 63 H 0.573 0.301 0.089 0.030 0.007 0.001 0.001 64 K 0.389 0.459 0.113 0.032 0.006 0.001 0.001 65 Y 0.073 0.096 0.300 0.319 0.190 0.022 0.001 66 L 0.299 0.424 0.200 0.061 0.015 0.001 0.001 67 T 0.315 0.349 0.208 0.094 0.028 0.005 0.001 68 V 0.057 0.116 0.244 0.347 0.194 0.040 0.001 69 K 0.449 0.425 0.091 0.026 0.008 0.001 0.001 70 D 0.111 0.344 0.313 0.175 0.049 0.007 0.001 71 Y 0.011 0.025 0.056 0.142 0.426 0.312 0.028 72 L 0.014 0.096 0.295 0.409 0.149 0.036 0.001 73 R 0.155 0.447 0.230 0.117 0.040 0.010 0.001 74 D 0.005 0.026 0.116 0.318 0.328 0.186 0.021 75 I 0.001 0.004 0.009 0.027 0.209 0.603 0.147 76 D 0.021 0.154 0.316 0.305 0.134 0.059 0.011 77 L 0.008 0.034 0.106 0.211 0.330 0.230 0.081 78 I 0.001 0.002 0.003 0.010 0.072 0.526 0.388 79 C 0.003 0.013 0.047 0.128 0.267 0.378 0.164 80 S 0.031 0.172 0.268 0.258 0.142 0.096 0.033 81 N 0.006 0.023 0.070 0.158 0.358 0.314 0.072 82 A 0.006 0.012 0.019 0.058 0.225 0.525 0.154 83 L 0.031 0.133 0.263 0.267 0.215 0.084 0.007 84 E 0.092 0.338 0.312 0.182 0.058 0.017 0.001 85 Y 0.022 0.053 0.133 0.279 0.364 0.143 0.005 86 N 0.072 0.137 0.239 0.286 0.221 0.043 0.001 87 P 0.447 0.373 0.128 0.039 0.011 0.001 0.001 88 D 0.657 0.267 0.057 0.016 0.003 0.001 0.001 89 R 0.515 0.271 0.145 0.060 0.009 0.001 0.001 90 D 0.581 0.233 0.113 0.054 0.017 0.002 0.001 91 P 0.684 0.257 0.044 0.012 0.003 0.001 0.001 92 G 0.442 0.332 0.138 0.063 0.021 0.004 0.001 93 D 0.130 0.240 0.269 0.212 0.115 0.032 0.002 94 R 0.072 0.192 0.280 0.259 0.148 0.046 0.004 95 L 0.018 0.048 0.119 0.180 0.317 0.256 0.061 96 I 0.004 0.013 0.024 0.057 0.187 0.502 0.214 97 R 0.005 0.029 0.096 0.228 0.276 0.288 0.077 98 H 0.009 0.059 0.144 0.235 0.294 0.206 0.054 99 R 0.002 0.014 0.048 0.110 0.308 0.410 0.109 100 A 0.001 0.006 0.014 0.050 0.206 0.564 0.160 101 C 0.017 0.133 0.326 0.311 0.150 0.059 0.005 102 A 0.020 0.134 0.345 0.345 0.122 0.030 0.004 103 L 0.002 0.005 0.011 0.043 0.272 0.585 0.081 104 R 0.009 0.064 0.175 0.410 0.254 0.085 0.003 105 D 0.173 0.501 0.211 0.081 0.024 0.009 0.001 106 T 0.025 0.101 0.262 0.396 0.179 0.035 0.002 107 A 0.012 0.024 0.044 0.106 0.383 0.398 0.032 108 Y 0.043 0.190 0.344 0.286 0.113 0.024 0.001 109 A 0.311 0.479 0.146 0.048 0.014 0.003 0.001 110 I 0.051 0.147 0.260 0.355 0.157 0.030 0.001 111 I 0.046 0.069 0.158 0.272 0.354 0.098 0.002 112 K 0.313 0.408 0.186 0.067 0.022 0.003 0.001 113 E 0.547 0.355 0.071 0.021 0.006 0.001 0.001 114 E 0.228 0.250 0.267 0.194 0.053 0.007 0.001 115 L 0.332 0.243 0.242 0.136 0.042 0.005 0.001 116 D 0.705 0.222 0.055 0.014 0.003 0.001 0.001 117 E 0.693 0.217 0.064 0.022 0.005 0.001 0.001 118 D 0.681 0.235 0.060 0.019 0.005 0.001 0.001 119 F 0.392 0.240 0.203 0.124 0.034 0.006 0.001 120 E 0.582 0.267 0.101 0.036 0.013 0.002 0.001 121 Q 0.518 0.312 0.113 0.043 0.012 0.002 0.001 122 L 0.277 0.210 0.237 0.186 0.074 0.016 0.001 123 C 0.330 0.211 0.233 0.155 0.060 0.011 0.001 124 E 0.724 0.216 0.044 0.012 0.004 0.001 0.001 125 E 0.702 0.222 0.053 0.018 0.004 0.001 0.001 126 I 0.533 0.226 0.142 0.074 0.022 0.003 0.001 127 Q 0.728 0.193 0.058 0.016 0.004 0.001 0.001 128 E 0.844 0.129 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 129 S 0.800 0.155 0.033 0.009 0.002 0.001 0.001 130 R 0.649 0.192 0.093 0.048 0.015 0.003 0.001