# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1424 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.644 0.174 0.098 0.043 0.023 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.477 0.174 0.115 0.109 0.076 0.028 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 3 Q 0.556 0.193 0.099 0.082 0.043 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.651 0.177 0.086 0.048 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 E 0.652 0.165 0.090 0.048 0.029 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 D 0.537 0.166 0.112 0.090 0.058 0.021 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 T 0.520 0.176 0.126 0.080 0.055 0.025 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 F 0.261 0.105 0.125 0.169 0.167 0.091 0.042 0.021 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 9 R 0.655 0.175 0.072 0.053 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.513 0.228 0.133 0.064 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.095 0.059 0.086 0.159 0.219 0.178 0.103 0.060 0.028 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 12 R 0.159 0.151 0.201 0.181 0.151 0.087 0.039 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.597 0.199 0.086 0.055 0.034 0.015 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.061 0.083 0.112 0.220 0.211 0.147 0.093 0.051 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 15 L 0.013 0.013 0.032 0.081 0.163 0.239 0.211 0.125 0.089 0.026 0.006 0.002 0.001 0.001 16 R 0.258 0.256 0.191 0.146 0.082 0.037 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.423 0.302 0.168 0.060 0.026 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.016 0.019 0.037 0.108 0.205 0.245 0.178 0.124 0.051 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 19 T 0.015 0.036 0.084 0.193 0.257 0.169 0.134 0.063 0.033 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 20 H 0.596 0.265 0.084 0.030 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.107 0.167 0.210 0.200 0.173 0.077 0.042 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.025 0.020 0.053 0.125 0.221 0.207 0.190 0.103 0.038 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 23 A 0.227 0.168 0.221 0.164 0.122 0.059 0.024 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 I 0.634 0.135 0.080 0.071 0.044 0.020 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.282 0.222 0.138 0.181 0.108 0.039 0.015 0.006 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 K 0.511 0.217 0.130 0.063 0.036 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 R 0.191 0.134 0.142 0.148 0.185 0.103 0.050 0.023 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 28 F 0.082 0.048 0.072 0.133 0.174 0.178 0.141 0.077 0.040 0.029 0.017 0.005 0.002 0.001 29 R 0.231 0.163 0.135 0.139 0.121 0.078 0.055 0.032 0.022 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 30 V 0.069 0.040 0.052 0.088 0.119 0.137 0.130 0.145 0.089 0.062 0.037 0.021 0.009 0.003 31 F 0.035 0.028 0.039 0.077 0.110 0.149 0.161 0.155 0.103 0.067 0.040 0.023 0.009 0.003 32 T 0.088 0.086 0.110 0.145 0.139 0.127 0.106 0.072 0.053 0.035 0.024 0.011 0.003 0.002 33 K 0.156 0.118 0.134 0.143 0.141 0.114 0.076 0.047 0.033 0.019 0.011 0.004 0.001 0.001 34 P 0.125 0.095 0.111 0.150 0.168 0.134 0.092 0.063 0.034 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 35 V 0.107 0.091 0.133 0.176 0.180 0.130 0.085 0.050 0.027 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 36 D 0.367 0.186 0.152 0.126 0.084 0.045 0.019 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 37 P 0.505 0.198 0.121 0.091 0.049 0.019 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 D 0.654 0.208 0.077 0.036 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.507 0.239 0.131 0.059 0.036 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 V 0.162 0.109 0.129 0.155 0.191 0.129 0.069 0.033 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 41 P 0.396 0.196 0.141 0.106 0.081 0.041 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 42 D 0.372 0.204 0.158 0.111 0.074 0.041 0.020 0.010 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 43 Y 0.063 0.045 0.057 0.118 0.189 0.193 0.132 0.086 0.074 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 44 V 0.068 0.083 0.098 0.174 0.175 0.149 0.112 0.064 0.035 0.020 0.014 0.005 0.002 0.001 45 T 0.473 0.253 0.139 0.061 0.027 0.020 0.013 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 46 V 0.086 0.061 0.104 0.127 0.180 0.170 0.126 0.071 0.040 0.016 0.012 0.005 0.002 0.001 47 I 0.043 0.033 0.055 0.085 0.152 0.182 0.185 0.134 0.066 0.035 0.018 0.008 0.004 0.001 48 K 0.247 0.199 0.157 0.136 0.109 0.060 0.042 0.026 0.013 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 49 Q 0.183 0.134 0.145 0.154 0.134 0.101 0.064 0.032 0.024 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 50 P 0.100 0.076 0.094 0.127 0.182 0.160 0.107 0.066 0.051 0.022 0.009 0.004 0.001 0.001 51 M 0.119 0.083 0.093 0.142 0.152 0.145 0.109 0.080 0.039 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 52 D 0.139 0.129 0.139 0.174 0.166 0.110 0.067 0.031 0.026 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 53 L 0.044 0.035 0.055 0.093 0.149 0.220 0.152 0.084 0.087 0.044 0.025 0.007 0.004 0.002 54 S 0.378 0.208 0.146 0.122 0.076 0.033 0.019 0.008 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 55 S 0.294 0.230 0.197 0.116 0.074 0.041 0.023 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 56 V 0.031 0.020 0.033 0.085 0.177 0.229 0.161 0.127 0.097 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 57 I 0.096 0.162 0.204 0.277 0.149 0.051 0.034 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 58 S 0.766 0.175 0.043 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.107 0.135 0.167 0.209 0.227 0.091 0.040 0.016 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 60 I 0.049 0.043 0.091 0.183 0.235 0.163 0.133 0.069 0.024 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.559 0.239 0.117 0.047 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 L 0.590 0.169 0.097 0.078 0.038 0.015 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 H 0.564 0.228 0.112 0.052 0.027 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 K 0.393 0.230 0.168 0.092 0.070 0.031 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 Y 0.190 0.085 0.107 0.151 0.202 0.135 0.070 0.034 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 66 L 0.454 0.194 0.127 0.114 0.065 0.026 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 T 0.474 0.248 0.128 0.079 0.038 0.019 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.114 0.082 0.091 0.197 0.216 0.151 0.073 0.034 0.030 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 69 K 0.552 0.288 0.102 0.038 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.536 0.284 0.131 0.026 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.039 0.036 0.074 0.131 0.261 0.219 0.138 0.067 0.024 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 72 L 0.109 0.136 0.178 0.197 0.212 0.089 0.044 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.478 0.233 0.113 0.080 0.047 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.064 0.076 0.097 0.201 0.216 0.154 0.102 0.053 0.024 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 75 I 0.018 0.017 0.042 0.078 0.140 0.213 0.212 0.155 0.073 0.032 0.012 0.005 0.002 0.001 76 D 0.202 0.187 0.171 0.143 0.130 0.080 0.045 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 77 L 0.085 0.065 0.098 0.143 0.168 0.163 0.105 0.064 0.051 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 78 I 0.021 0.017 0.030 0.087 0.152 0.175 0.204 0.149 0.094 0.043 0.015 0.008 0.003 0.002 79 C 0.025 0.028 0.045 0.076 0.120 0.185 0.199 0.142 0.091 0.048 0.025 0.010 0.005 0.002 80 S 0.168 0.156 0.152 0.142 0.140 0.092 0.059 0.043 0.024 0.010 0.007 0.003 0.002 0.001 81 N 0.048 0.061 0.088 0.161 0.190 0.171 0.124 0.067 0.042 0.027 0.012 0.005 0.002 0.001 82 A 0.015 0.014 0.027 0.071 0.132 0.159 0.188 0.164 0.148 0.061 0.013 0.005 0.002 0.001 83 L 0.068 0.092 0.136 0.177 0.166 0.138 0.099 0.067 0.031 0.015 0.007 0.002 0.001 0.001 84 E 0.289 0.215 0.184 0.118 0.091 0.045 0.025 0.016 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 85 Y 0.049 0.042 0.076 0.164 0.201 0.186 0.137 0.088 0.030 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 86 N 0.111 0.096 0.127 0.176 0.212 0.124 0.070 0.039 0.032 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 87 P 0.338 0.171 0.128 0.174 0.101 0.045 0.020 0.012 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 88 D 0.645 0.198 0.088 0.041 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 R 0.518 0.178 0.116 0.093 0.057 0.023 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 D 0.621 0.202 0.090 0.048 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 91 P 0.676 0.174 0.087 0.033 0.016 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 92 G 0.561 0.179 0.120 0.056 0.042 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 93 D 0.314 0.184 0.142 0.123 0.113 0.058 0.033 0.018 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 94 R 0.326 0.180 0.130 0.103 0.092 0.063 0.048 0.028 0.014 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 95 L 0.069 0.056 0.072 0.106 0.152 0.170 0.123 0.121 0.058 0.037 0.021 0.009 0.004 0.001 96 I 0.043 0.034 0.046 0.090 0.128 0.159 0.153 0.112 0.091 0.063 0.039 0.029 0.008 0.004 97 R 0.052 0.054 0.077 0.111 0.134 0.159 0.134 0.102 0.076 0.052 0.028 0.014 0.004 0.002 98 H 0.170 0.131 0.128 0.125 0.123 0.098 0.070 0.059 0.043 0.023 0.018 0.008 0.003 0.001 99 R 0.042 0.060 0.090 0.149 0.163 0.160 0.136 0.094 0.052 0.027 0.016 0.006 0.002 0.001 100 A 0.013 0.016 0.033 0.066 0.129 0.171 0.182 0.163 0.141 0.060 0.017 0.005 0.002 0.001 101 C 0.152 0.175 0.165 0.179 0.144 0.087 0.047 0.028 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 102 A 0.191 0.255 0.215 0.143 0.100 0.046 0.025 0.016 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.006 0.007 0.018 0.070 0.134 0.237 0.225 0.180 0.090 0.029 0.004 0.001 0.001 0.001 104 R 0.029 0.070 0.149 0.258 0.257 0.129 0.061 0.024 0.016 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.656 0.235 0.072 0.022 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.053 0.102 0.153 0.263 0.194 0.116 0.075 0.036 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.009 0.011 0.036 0.082 0.180 0.230 0.244 0.111 0.081 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.216 0.250 0.189 0.183 0.095 0.040 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.812 0.151 0.030 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 I 0.085 0.108 0.162 0.231 0.249 0.100 0.039 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.057 0.052 0.097 0.170 0.239 0.178 0.115 0.056 0.028 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.604 0.216 0.092 0.055 0.021 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.786 0.157 0.042 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.269 0.160 0.178 0.155 0.154 0.055 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 115 L 0.315 0.154 0.153 0.156 0.125 0.056 0.025 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 116 D 0.722 0.153 0.061 0.035 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 117 E 0.660 0.181 0.081 0.049 0.019 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 118 D 0.503 0.197 0.132 0.075 0.053 0.024 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 119 F 0.190 0.108 0.120 0.175 0.200 0.112 0.049 0.025 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 120 E 0.526 0.188 0.115 0.084 0.048 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.543 0.180 0.123 0.072 0.043 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 122 L 0.148 0.094 0.112 0.173 0.200 0.121 0.072 0.046 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 123 C 0.131 0.099 0.110 0.188 0.184 0.125 0.073 0.049 0.022 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 124 E 0.632 0.192 0.087 0.046 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.460 0.178 0.144 0.102 0.066 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 126 I 0.267 0.114 0.136 0.154 0.154 0.093 0.045 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 127 Q 0.435 0.156 0.135 0.121 0.090 0.035 0.015 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 128 E 0.698 0.131 0.072 0.050 0.027 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 129 S 0.531 0.175 0.113 0.086 0.058 0.021 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 130 R 0.366 0.149 0.136 0.126 0.102 0.058 0.031 0.019 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001