# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.010 0.806 0.002 0.008 0.005 0.001 0.001 0.007 0.094 0.010 0.029 0.029 2 M 0.001 0.024 0.658 0.003 0.049 0.040 0.001 0.001 0.008 0.090 0.067 0.007 0.054 3 Q 0.001 0.012 0.669 0.004 0.100 0.037 0.001 0.001 0.007 0.081 0.044 0.028 0.018 4 E 0.001 0.009 0.304 0.003 0.243 0.130 0.001 0.001 0.006 0.088 0.172 0.006 0.039 5 E 0.001 0.011 0.276 0.003 0.174 0.202 0.001 0.001 0.004 0.101 0.205 0.009 0.014 6 D 0.001 0.021 0.366 0.002 0.073 0.224 0.001 0.001 0.006 0.174 0.103 0.014 0.017 7 T 0.001 0.014 0.543 0.001 0.026 0.232 0.001 0.001 0.004 0.100 0.046 0.006 0.026 8 F 0.001 0.004 0.098 0.001 0.016 0.828 0.001 0.001 0.001 0.019 0.028 0.001 0.004 9 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.017 0.940 0.001 0.001 0.001 0.008 0.011 0.001 0.001 10 E 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.011 0.001 0.017 0.861 0.001 0.001 0.001 0.007 0.098 0.001 0.002 24 I 0.001 0.003 0.070 0.001 0.020 0.679 0.001 0.001 0.003 0.032 0.182 0.002 0.008 25 D 0.001 0.004 0.487 0.001 0.027 0.255 0.001 0.001 0.003 0.086 0.120 0.006 0.010 26 K 0.001 0.004 0.171 0.002 0.113 0.306 0.001 0.001 0.004 0.078 0.312 0.003 0.007 27 R 0.001 0.007 0.179 0.003 0.134 0.145 0.001 0.001 0.012 0.111 0.382 0.011 0.014 28 F 0.004 0.042 0.343 0.011 0.125 0.107 0.001 0.002 0.020 0.184 0.097 0.021 0.042 29 R 0.007 0.026 0.518 0.004 0.051 0.033 0.001 0.001 0.021 0.116 0.050 0.114 0.057 30 V 0.017 0.028 0.312 0.018 0.093 0.069 0.003 0.002 0.040 0.048 0.192 0.016 0.163 31 F 0.010 0.027 0.301 0.027 0.077 0.065 0.008 0.003 0.037 0.078 0.122 0.224 0.021 32 T 0.019 0.017 0.457 0.010 0.062 0.015 0.006 0.001 0.025 0.113 0.069 0.016 0.190 33 K 0.004 0.012 0.380 0.007 0.009 0.004 0.002 0.001 0.030 0.128 0.025 0.370 0.029 34 P 0.002 0.031 0.584 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.012 0.079 0.020 0.011 0.256 35 V 0.001 0.062 0.742 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.100 0.001 0.074 0.010 36 D 0.001 0.001 0.956 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.002 0.031 37 P 0.001 0.001 0.018 0.002 0.237 0.046 0.001 0.001 0.001 0.006 0.688 0.001 0.002 38 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.613 0.033 0.001 0.001 0.001 0.016 0.325 0.001 0.001 39 E 0.001 0.028 0.148 0.001 0.263 0.111 0.001 0.001 0.001 0.288 0.129 0.003 0.027 40 V 0.001 0.045 0.614 0.001 0.012 0.040 0.001 0.001 0.003 0.218 0.032 0.019 0.015 41 P 0.001 0.024 0.499 0.009 0.023 0.110 0.001 0.001 0.006 0.108 0.178 0.011 0.030 42 D 0.005 0.016 0.219 0.016 0.088 0.153 0.001 0.001 0.007 0.098 0.347 0.026 0.025 43 Y 0.034 0.019 0.214 0.036 0.080 0.224 0.007 0.002 0.020 0.051 0.096 0.027 0.190 44 V 0.069 0.037 0.128 0.046 0.081 0.204 0.039 0.009 0.048 0.045 0.036 0.138 0.119 45 T 0.146 0.023 0.071 0.018 0.052 0.146 0.049 0.023 0.095 0.028 0.027 0.173 0.150 46 V 0.212 0.025 0.081 0.022 0.034 0.075 0.045 0.046 0.125 0.017 0.030 0.084 0.203 47 I 0.051 0.025 0.289 0.061 0.030 0.071 0.035 0.017 0.090 0.055 0.082 0.096 0.100 48 K 0.008 0.014 0.440 0.020 0.032 0.033 0.005 0.004 0.073 0.178 0.101 0.052 0.039 49 Q 0.001 0.008 0.642 0.002 0.009 0.011 0.001 0.001 0.029 0.213 0.038 0.022 0.024 50 P 0.001 0.009 0.734 0.002 0.014 0.029 0.001 0.001 0.006 0.134 0.054 0.004 0.014 51 M 0.001 0.020 0.600 0.002 0.029 0.086 0.001 0.001 0.007 0.201 0.035 0.015 0.004 52 D 0.001 0.006 0.725 0.001 0.031 0.137 0.001 0.001 0.005 0.059 0.009 0.002 0.025 53 L 0.001 0.001 0.023 0.001 0.030 0.921 0.001 0.001 0.001 0.004 0.018 0.001 0.002 54 S 0.001 0.001 0.006 0.001 0.025 0.954 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.003 0.001 0.016 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 58 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 59 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 0.001 0.003 60 I 0.001 0.001 0.020 0.001 0.016 0.885 0.001 0.001 0.001 0.005 0.059 0.002 0.010 61 D 0.001 0.001 0.047 0.002 0.023 0.807 0.001 0.001 0.001 0.019 0.087 0.009 0.003 62 L 0.001 0.001 0.024 0.001 0.045 0.468 0.001 0.001 0.003 0.027 0.424 0.001 0.005 63 H 0.001 0.003 0.123 0.002 0.066 0.127 0.001 0.001 0.002 0.111 0.558 0.006 0.003 64 K 0.001 0.016 0.421 0.001 0.059 0.098 0.001 0.001 0.012 0.181 0.171 0.014 0.024 65 Y 0.001 0.040 0.576 0.001 0.018 0.091 0.001 0.001 0.032 0.105 0.077 0.008 0.047 66 L 0.001 0.056 0.566 0.002 0.005 0.042 0.001 0.001 0.027 0.228 0.020 0.045 0.006 67 T 0.001 0.001 0.933 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.001 0.017 68 V 0.001 0.001 0.015 0.001 0.053 0.906 0.001 0.001 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 69 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.174 0.806 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.115 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 Y 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 74 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 75 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 79 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 81 N 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.860 0.001 0.001 0.001 0.007 0.116 0.001 0.001 82 A 0.001 0.001 0.036 0.001 0.032 0.758 0.001 0.001 0.001 0.010 0.155 0.001 0.004 83 L 0.002 0.002 0.067 0.002 0.063 0.714 0.001 0.001 0.004 0.026 0.098 0.005 0.016 84 E 0.005 0.006 0.040 0.002 0.079 0.607 0.002 0.001 0.015 0.021 0.177 0.019 0.025 85 Y 0.014 0.031 0.127 0.006 0.048 0.410 0.004 0.005 0.028 0.068 0.153 0.027 0.076 86 N 0.003 0.011 0.699 0.005 0.010 0.053 0.001 0.001 0.005 0.120 0.031 0.043 0.020 87 P 0.001 0.008 0.329 0.002 0.083 0.100 0.001 0.001 0.005 0.124 0.313 0.005 0.030 88 D 0.001 0.005 0.062 0.002 0.058 0.032 0.001 0.001 0.003 0.074 0.756 0.004 0.004 89 R 0.001 0.021 0.167 0.001 0.057 0.023 0.001 0.001 0.001 0.290 0.430 0.004 0.005 90 D 0.001 0.018 0.556 0.001 0.042 0.015 0.001 0.001 0.001 0.293 0.062 0.004 0.008 91 P 0.001 0.013 0.109 0.002 0.075 0.063 0.001 0.001 0.001 0.128 0.601 0.001 0.004 92 G 0.001 0.009 0.038 0.002 0.025 0.040 0.001 0.001 0.001 0.121 0.762 0.001 0.001 93 D 0.003 0.031 0.348 0.004 0.035 0.118 0.001 0.001 0.002 0.273 0.165 0.005 0.016 94 R 0.007 0.029 0.304 0.006 0.016 0.355 0.001 0.001 0.008 0.153 0.055 0.032 0.032 95 L 0.015 0.048 0.078 0.006 0.019 0.634 0.010 0.003 0.014 0.025 0.035 0.021 0.092 96 I 0.045 0.021 0.039 0.008 0.013 0.739 0.007 0.005 0.010 0.016 0.011 0.043 0.041 97 R 0.012 0.002 0.013 0.003 0.007 0.928 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.008 0.012 98 H 0.002 0.001 0.003 0.001 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.003 99 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 110 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 113 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.034 0.838 0.001 0.001 0.001 0.008 0.107 0.001 0.002 114 E 0.001 0.004 0.154 0.001 0.032 0.622 0.001 0.001 0.002 0.056 0.120 0.004 0.006 115 L 0.001 0.007 0.457 0.001 0.017 0.298 0.001 0.001 0.004 0.107 0.101 0.003 0.005 116 D 0.001 0.003 0.590 0.001 0.036 0.226 0.001 0.001 0.003 0.070 0.064 0.002 0.005 117 E 0.001 0.002 0.083 0.001 0.103 0.544 0.001 0.001 0.002 0.038 0.224 0.001 0.002 118 D 0.001 0.003 0.171 0.001 0.164 0.478 0.001 0.001 0.003 0.048 0.122 0.002 0.006 119 F 0.001 0.003 0.083 0.001 0.149 0.693 0.001 0.001 0.003 0.020 0.040 0.001 0.007 120 E 0.001 0.004 0.063 0.001 0.067 0.787 0.001 0.001 0.004 0.021 0.043 0.003 0.006 121 Q 0.001 0.005 0.060 0.001 0.069 0.760 0.001 0.001 0.005 0.027 0.053 0.005 0.013 122 L 0.002 0.006 0.114 0.002 0.030 0.703 0.001 0.001 0.004 0.030 0.081 0.006 0.022 123 C 0.001 0.004 0.135 0.003 0.037 0.698 0.001 0.001 0.004 0.033 0.064 0.006 0.015 124 E 0.001 0.002 0.063 0.002 0.061 0.746 0.001 0.001 0.003 0.025 0.082 0.005 0.010 125 E 0.001 0.004 0.056 0.003 0.119 0.687 0.001 0.001 0.003 0.018 0.082 0.004 0.024 126 I 0.002 0.006 0.094 0.005 0.145 0.588 0.001 0.001 0.003 0.027 0.101 0.010 0.019 127 Q 0.002 0.006 0.155 0.004 0.126 0.422 0.001 0.001 0.008 0.049 0.182 0.018 0.027 128 E 0.002 0.014 0.213 0.003 0.085 0.248 0.001 0.001 0.008 0.091 0.284 0.014 0.036 129 S 0.002 0.021 0.488 0.003 0.019 0.073 0.001 0.001 0.006 0.207 0.138 0.025 0.018 130 R 0.001 0.006 0.733 0.001 0.015 0.025 0.001 0.001 0.003 0.153 0.038 0.012 0.015