# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.095 0.068 0.185 0.198 0.011 0.169 0.010 0.007 0.026 0.013 0.044 0.063 0.071 0.002 0.005 0.033 2 M 0.061 0.096 0.148 0.279 0.013 0.088 0.008 0.011 0.005 0.002 0.127 0.054 0.087 0.003 0.004 0.013 3 Q 0.015 0.092 0.075 0.143 0.013 0.297 0.010 0.013 0.007 0.004 0.058 0.166 0.087 0.004 0.007 0.009 4 E 0.013 0.047 0.044 0.091 0.013 0.091 0.018 0.013 0.006 0.002 0.340 0.082 0.202 0.011 0.009 0.017 5 E 0.014 0.074 0.054 0.076 0.004 0.093 0.010 0.017 0.009 0.002 0.088 0.310 0.199 0.005 0.027 0.019 6 D 0.016 0.042 0.121 0.071 0.002 0.040 0.012 0.004 0.007 0.004 0.075 0.119 0.417 0.003 0.010 0.057 7 T 0.019 0.010 0.029 0.017 0.002 0.171 0.006 0.002 0.001 0.001 0.053 0.110 0.559 0.002 0.003 0.014 8 F 0.003 0.006 0.014 0.011 0.001 0.032 0.003 0.001 0.001 0.001 0.296 0.070 0.555 0.003 0.002 0.004 9 R 0.001 0.006 0.003 0.004 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.278 0.636 0.001 0.003 0.002 10 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.023 0.955 0.001 0.001 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.032 0.960 0.001 0.001 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.004 0.002 0.006 22 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.977 0.003 0.004 0.008 23 A 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.893 0.027 0.010 0.031 24 I 0.008 0.017 0.037 0.017 0.001 0.004 0.026 0.002 0.001 0.001 0.005 0.005 0.652 0.049 0.034 0.144 25 D 0.014 0.004 0.034 0.005 0.001 0.111 0.034 0.002 0.002 0.002 0.010 0.016 0.695 0.018 0.018 0.035 26 K 0.018 0.025 0.024 0.015 0.002 0.012 0.010 0.009 0.001 0.001 0.455 0.019 0.350 0.017 0.023 0.018 27 R 0.019 0.196 0.040 0.058 0.001 0.011 0.020 0.004 0.015 0.001 0.018 0.423 0.096 0.014 0.031 0.053 28 F 0.028 0.015 0.451 0.073 0.001 0.010 0.027 0.003 0.003 0.001 0.007 0.013 0.262 0.004 0.042 0.060 29 R 0.025 0.032 0.368 0.127 0.012 0.110 0.026 0.004 0.003 0.003 0.025 0.013 0.169 0.019 0.005 0.062 30 V 0.034 0.135 0.114 0.313 0.006 0.131 0.008 0.014 0.004 0.001 0.047 0.030 0.106 0.007 0.014 0.035 31 F 0.013 0.078 0.132 0.257 0.026 0.197 0.023 0.006 0.014 0.006 0.021 0.052 0.105 0.024 0.004 0.042 32 T 0.035 0.331 0.242 0.268 0.003 0.014 0.004 0.013 0.004 0.001 0.007 0.007 0.035 0.001 0.018 0.018 33 K 0.017 0.028 0.219 0.670 0.002 0.012 0.002 0.001 0.007 0.003 0.003 0.003 0.007 0.001 0.001 0.025 34 P 0.053 0.017 0.276 0.229 0.018 0.376 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.009 0.001 0.001 0.003 35 V 0.002 0.119 0.028 0.817 0.001 0.004 0.001 0.006 0.001 0.001 0.016 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 36 D 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.968 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.003 0.001 0.001 0.001 37 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 38 D 0.001 0.036 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.941 0.002 0.001 0.011 0.001 39 E 0.003 0.004 0.202 0.003 0.001 0.001 0.032 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.084 0.003 0.025 0.632 40 V 0.124 0.004 0.439 0.011 0.001 0.022 0.031 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.201 0.004 0.013 0.138 41 P 0.020 0.054 0.234 0.036 0.002 0.250 0.012 0.008 0.002 0.004 0.071 0.023 0.247 0.010 0.006 0.019 42 D 0.015 0.098 0.018 0.165 0.002 0.202 0.003 0.008 0.005 0.002 0.193 0.102 0.167 0.003 0.005 0.013 43 Y 0.023 0.049 0.081 0.153 0.001 0.035 0.004 0.001 0.006 0.001 0.249 0.182 0.192 0.003 0.004 0.017 44 V 0.009 0.043 0.267 0.183 0.001 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.160 0.295 0.001 0.005 0.009 45 T 0.002 0.012 0.085 0.283 0.001 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.560 0.001 0.002 0.012 46 V 0.004 0.027 0.064 0.404 0.002 0.063 0.004 0.002 0.001 0.001 0.013 0.010 0.377 0.003 0.002 0.024 47 I 0.003 0.024 0.059 0.311 0.018 0.158 0.019 0.005 0.002 0.001 0.005 0.011 0.360 0.015 0.004 0.006 48 K 0.004 0.243 0.102 0.404 0.008 0.017 0.008 0.019 0.003 0.001 0.012 0.004 0.124 0.005 0.012 0.035 49 Q 0.029 0.019 0.066 0.378 0.040 0.194 0.037 0.012 0.013 0.017 0.019 0.019 0.094 0.026 0.008 0.028 50 P 0.069 0.068 0.298 0.101 0.027 0.109 0.022 0.036 0.005 0.003 0.101 0.013 0.073 0.010 0.043 0.022 51 M 0.015 0.256 0.056 0.460 0.004 0.027 0.003 0.019 0.010 0.010 0.027 0.062 0.018 0.001 0.008 0.026 52 D 0.014 0.002 0.006 0.007 0.004 0.841 0.003 0.001 0.001 0.012 0.017 0.030 0.058 0.001 0.001 0.002 53 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.007 0.026 0.001 0.001 0.001 54 S 0.001 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.964 0.019 0.001 0.001 0.001 55 S 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.967 0.001 0.001 0.002 56 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.978 0.001 0.001 0.001 57 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.982 0.002 0.001 0.001 58 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.002 0.002 59 K 0.001 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.902 0.008 0.002 0.065 60 I 0.003 0.001 0.007 0.004 0.001 0.004 0.020 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.919 0.016 0.010 0.007 61 D 0.001 0.006 0.008 0.001 0.018 0.012 0.060 0.005 0.001 0.001 0.014 0.003 0.393 0.455 0.009 0.015 62 L 0.004 0.010 0.002 0.006 0.001 0.004 0.006 0.052 0.004 0.001 0.051 0.016 0.306 0.040 0.474 0.023 63 H 0.009 0.013 0.048 0.004 0.001 0.003 0.031 0.001 0.062 0.006 0.009 0.075 0.138 0.030 0.054 0.518 64 K 0.585 0.008 0.131 0.015 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.004 0.009 0.087 0.002 0.041 0.099 65 Y 0.046 0.016 0.454 0.032 0.002 0.180 0.020 0.001 0.005 0.002 0.006 0.008 0.114 0.004 0.007 0.104 66 L 0.015 0.403 0.280 0.272 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 0.003 0.009 0.001 0.001 0.008 67 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.957 0.001 0.008 0.017 71 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.971 0.004 0.001 0.010 72 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.948 0.021 0.007 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.955 0.003 0.010 0.020 74 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.973 0.004 0.001 0.007 75 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.986 0.001 0.003 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 77 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 78 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.992 0.001 0.001 0.001 79 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.004 0.001 0.001 80 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 0.001 81 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.965 0.011 0.003 0.010 82 A 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.936 0.009 0.011 0.013 83 L 0.002 0.004 0.017 0.007 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.851 0.025 0.012 0.032 84 E 0.006 0.015 0.056 0.028 0.006 0.010 0.057 0.004 0.001 0.001 0.007 0.006 0.568 0.117 0.032 0.086 85 Y 0.015 0.063 0.174 0.112 0.001 0.011 0.012 0.010 0.010 0.001 0.008 0.012 0.256 0.008 0.060 0.246 86 N 0.071 0.037 0.199 0.070 0.006 0.179 0.032 0.004 0.019 0.014 0.010 0.016 0.220 0.008 0.010 0.104 87 P 0.076 0.040 0.060 0.022 0.035 0.193 0.046 0.009 0.002 0.002 0.268 0.020 0.156 0.055 0.004 0.012 88 D 0.009 0.169 0.024 0.046 0.013 0.072 0.013 0.101 0.005 0.002 0.169 0.196 0.084 0.020 0.070 0.008 89 R 0.010 0.205 0.137 0.071 0.005 0.017 0.022 0.008 0.049 0.012 0.027 0.163 0.061 0.004 0.044 0.166 90 D 0.069 0.005 0.042 0.005 0.069 0.086 0.407 0.002 0.004 0.009 0.030 0.040 0.149 0.058 0.006 0.020 91 P 0.009 0.017 0.041 0.009 0.007 0.025 0.007 0.269 0.001 0.001 0.376 0.029 0.111 0.010 0.084 0.005 92 G 0.004 0.031 0.005 0.014 0.001 0.014 0.009 0.006 0.122 0.080 0.059 0.493 0.081 0.018 0.010 0.053 93 D 0.091 0.005 0.026 0.007 0.001 0.013 0.004 0.003 0.002 0.001 0.042 0.079 0.667 0.001 0.049 0.008 94 R 0.008 0.012 0.076 0.024 0.001 0.035 0.002 0.001 0.002 0.001 0.092 0.090 0.607 0.001 0.001 0.048 95 L 0.012 0.007 0.033 0.034 0.001 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.013 0.127 0.742 0.002 0.001 0.003 96 I 0.001 0.002 0.010 0.018 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.935 0.001 0.001 0.001 97 R 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 98 H 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.972 0.001 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.976 0.001 0.001 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 110 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 111 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 112 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.007 0.004 0.005 113 E 0.001 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.896 0.017 0.010 0.056 114 E 0.007 0.004 0.062 0.004 0.001 0.003 0.030 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.690 0.035 0.028 0.126 115 L 0.017 0.019 0.130 0.026 0.001 0.012 0.018 0.005 0.001 0.001 0.011 0.009 0.577 0.007 0.067 0.100 116 D 0.017 0.017 0.036 0.015 0.004 0.270 0.027 0.002 0.005 0.004 0.025 0.022 0.477 0.019 0.006 0.056 117 E 0.026 0.039 0.022 0.032 0.001 0.017 0.003 0.008 0.001 0.001 0.511 0.034 0.276 0.006 0.012 0.010 118 D 0.004 0.033 0.023 0.015 0.001 0.065 0.006 0.001 0.004 0.002 0.030 0.625 0.166 0.005 0.008 0.014 119 F 0.009 0.007 0.043 0.015 0.001 0.013 0.012 0.001 0.001 0.001 0.131 0.042 0.687 0.004 0.015 0.019 120 E 0.005 0.031 0.053 0.031 0.001 0.024 0.010 0.002 0.002 0.001 0.024 0.231 0.547 0.004 0.010 0.026 121 Q 0.004 0.008 0.045 0.036 0.001 0.018 0.009 0.001 0.001 0.001 0.020 0.022 0.796 0.005 0.007 0.027 122 L 0.007 0.024 0.073 0.073 0.002 0.048 0.011 0.002 0.002 0.001 0.027 0.047 0.627 0.011 0.007 0.037 123 C 0.007 0.014 0.034 0.042 0.001 0.076 0.007 0.002 0.002 0.001 0.036 0.034 0.717 0.004 0.010 0.012 124 E 0.008 0.040 0.045 0.104 0.002 0.025 0.004 0.003 0.003 0.001 0.077 0.037 0.606 0.005 0.006 0.035 125 E 0.017 0.046 0.071 0.143 0.002 0.030 0.010 0.002 0.004 0.001 0.024 0.095 0.497 0.012 0.011 0.037 126 I 0.007 0.021 0.156 0.079 0.003 0.037 0.026 0.003 0.001 0.001 0.013 0.025 0.576 0.009 0.018 0.026 127 Q 0.007 0.045 0.080 0.124 0.017 0.077 0.029 0.015 0.004 0.002 0.031 0.017 0.474 0.021 0.017 0.043 128 E 0.020 0.059 0.057 0.117 0.067 0.058 0.080 0.025 0.013 0.004 0.066 0.032 0.200 0.128 0.024 0.051 129 S 0.028 0.050 0.102 0.060 0.036 0.068 0.079 0.081 0.013 0.008 0.045 0.047 0.141 0.062 0.141 0.038 130 R 0.039 0.085 0.132 0.083 0.013 0.051 0.030 0.056 0.045 0.024 0.073 0.033 0.111 0.012 0.081 0.131