# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.093 0.077 0.002 0.011 0.017 0.024 0.086 0.006 0.001 0.048 0.635 2 M 0.095 0.096 0.002 0.009 0.015 0.018 0.078 0.005 0.001 0.053 0.628 3 Q 0.115 0.056 0.002 0.011 0.016 0.018 0.081 0.005 0.001 0.118 0.577 4 E 0.079 0.116 0.002 0.007 0.010 0.014 0.087 0.004 0.001 0.051 0.627 5 E 0.072 0.185 0.001 0.006 0.009 0.010 0.066 0.004 0.001 0.041 0.606 6 D 0.045 0.368 0.002 0.007 0.009 0.011 0.057 0.004 0.001 0.056 0.441 7 T 0.015 0.815 0.001 0.002 0.003 0.003 0.015 0.002 0.001 0.017 0.128 8 F 0.011 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.011 0.032 9 R 0.008 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 10 E 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.011 11 L 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 12 R 0.003 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.005 13 I 0.007 0.818 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.146 0.020 14 F 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 15 L 0.025 0.471 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.003 0.455 0.034 16 R 0.005 0.864 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.095 0.019 17 N 0.007 0.958 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.014 0.013 18 V 0.012 0.935 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.004 0.017 0.018 19 T 0.046 0.840 0.012 0.001 0.001 0.001 0.008 0.005 0.010 0.031 0.045 20 H 0.073 0.677 0.023 0.002 0.001 0.002 0.024 0.007 0.013 0.061 0.118 21 R 0.102 0.457 0.025 0.005 0.003 0.003 0.042 0.018 0.015 0.084 0.248 22 L 0.162 0.206 0.022 0.011 0.004 0.006 0.066 0.017 0.019 0.099 0.389 23 A 0.071 0.091 0.021 0.019 0.008 0.011 0.088 0.009 0.011 0.059 0.612 24 I 0.067 0.064 0.008 0.011 0.005 0.007 0.131 0.012 0.005 0.044 0.645 25 D 0.277 0.070 0.006 0.017 0.007 0.010 0.070 0.020 0.005 0.067 0.451 26 K 0.165 0.038 0.003 0.020 0.007 0.007 0.116 0.006 0.003 0.050 0.584 27 R 0.035 0.028 0.002 0.020 0.008 0.014 0.076 0.004 0.001 0.030 0.782 28 F 0.079 0.013 0.001 0.017 0.012 0.019 0.145 0.007 0.001 0.079 0.627 29 R 0.147 0.034 0.003 0.043 0.036 0.063 0.121 0.006 0.001 0.072 0.474 30 V 0.034 0.006 0.001 0.016 0.028 0.039 0.062 0.001 0.001 0.032 0.782 31 F 0.037 0.010 0.001 0.047 0.070 0.109 0.083 0.003 0.001 0.059 0.579 32 T 0.022 0.002 0.001 0.025 0.067 0.108 0.084 0.001 0.001 0.054 0.637 33 K 0.018 0.001 0.001 0.076 0.071 0.098 0.110 0.001 0.001 0.039 0.586 34 P 0.002 0.001 0.001 0.092 0.041 0.052 0.179 0.001 0.001 0.016 0.616 35 V 0.006 0.005 0.002 0.027 0.029 0.032 0.197 0.002 0.001 0.013 0.686 36 D 0.870 0.027 0.001 0.004 0.003 0.005 0.010 0.011 0.001 0.006 0.064 37 P 0.735 0.014 0.001 0.005 0.001 0.002 0.029 0.002 0.001 0.011 0.200 38 D 0.014 0.015 0.001 0.013 0.002 0.005 0.104 0.001 0.001 0.019 0.825 39 E 0.034 0.059 0.002 0.008 0.004 0.007 0.073 0.005 0.001 0.026 0.782 40 V 0.300 0.099 0.004 0.006 0.014 0.011 0.084 0.022 0.002 0.086 0.372 41 P 0.057 0.037 0.002 0.010 0.030 0.021 0.105 0.004 0.001 0.137 0.597 42 D 0.038 0.162 0.003 0.033 0.050 0.063 0.095 0.005 0.001 0.090 0.461 43 Y 0.038 0.250 0.004 0.041 0.060 0.086 0.068 0.006 0.001 0.038 0.409 44 V 0.032 0.110 0.004 0.050 0.148 0.233 0.052 0.006 0.001 0.071 0.294 45 T 0.020 0.034 0.003 0.042 0.154 0.384 0.059 0.004 0.001 0.077 0.223 46 V 0.023 0.031 0.003 0.052 0.239 0.133 0.073 0.003 0.001 0.078 0.365 47 I 0.053 0.026 0.003 0.091 0.122 0.189 0.127 0.004 0.002 0.097 0.287 48 K 0.015 0.020 0.003 0.032 0.037 0.053 0.094 0.002 0.001 0.046 0.697 49 Q 0.075 0.076 0.003 0.038 0.060 0.054 0.059 0.007 0.001 0.054 0.574 50 P 0.139 0.061 0.002 0.027 0.013 0.023 0.130 0.005 0.001 0.184 0.415 51 M 0.014 0.089 0.002 0.022 0.007 0.007 0.144 0.002 0.001 0.137 0.575 52 D 0.028 0.768 0.001 0.006 0.002 0.004 0.019 0.004 0.001 0.032 0.134 53 L 0.014 0.946 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.026 54 S 0.013 0.556 0.002 0.006 0.007 0.011 0.015 0.004 0.001 0.287 0.100 55 S 0.009 0.838 0.009 0.003 0.003 0.004 0.011 0.002 0.003 0.091 0.027 56 V 0.021 0.918 0.006 0.002 0.003 0.002 0.004 0.004 0.002 0.014 0.022 57 I 0.035 0.862 0.005 0.003 0.005 0.005 0.006 0.004 0.003 0.027 0.045 58 S 0.026 0.508 0.020 0.013 0.022 0.032 0.028 0.005 0.008 0.115 0.222 59 K 0.082 0.174 0.072 0.013 0.017 0.031 0.114 0.014 0.024 0.256 0.202 60 I 0.482 0.072 0.039 0.009 0.007 0.013 0.054 0.018 0.019 0.060 0.228 61 D 0.326 0.015 0.002 0.007 0.004 0.005 0.055 0.006 0.002 0.021 0.556 62 L 0.025 0.015 0.001 0.006 0.004 0.007 0.056 0.002 0.001 0.013 0.871 63 H 0.019 0.006 0.001 0.009 0.011 0.017 0.139 0.002 0.001 0.065 0.730 64 K 0.045 0.021 0.002 0.050 0.029 0.048 0.122 0.005 0.001 0.063 0.615 65 Y 0.013 0.025 0.001 0.043 0.029 0.027 0.112 0.002 0.001 0.024 0.726 66 L 0.012 0.133 0.002 0.067 0.045 0.044 0.124 0.004 0.001 0.036 0.533 67 T 0.029 0.848 0.001 0.007 0.004 0.006 0.010 0.005 0.001 0.010 0.079 68 V 0.073 0.893 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.006 0.019 69 K 0.025 0.891 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.025 0.046 70 D 0.024 0.835 0.009 0.001 0.001 0.002 0.008 0.006 0.004 0.058 0.052 71 Y 0.048 0.842 0.011 0.001 0.002 0.002 0.007 0.009 0.005 0.036 0.038 72 L 0.038 0.839 0.004 0.001 0.001 0.002 0.011 0.004 0.003 0.040 0.055 73 R 0.002 0.927 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 0.045 74 D 0.002 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.008 75 I 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 76 D 0.004 0.537 0.003 0.002 0.001 0.002 0.006 0.002 0.002 0.419 0.023 77 L 0.005 0.468 0.053 0.006 0.003 0.003 0.007 0.003 0.018 0.414 0.020 78 I 0.026 0.830 0.030 0.008 0.003 0.002 0.006 0.004 0.016 0.044 0.032 79 C 0.053 0.759 0.015 0.008 0.003 0.004 0.010 0.010 0.011 0.043 0.085 80 S 0.045 0.479 0.012 0.013 0.008 0.014 0.042 0.009 0.011 0.088 0.279 81 N 0.085 0.318 0.021 0.014 0.010 0.021 0.066 0.015 0.011 0.211 0.229 82 A 0.168 0.080 0.021 0.030 0.025 0.026 0.091 0.028 0.010 0.169 0.351 83 L 0.067 0.016 0.003 0.059 0.021 0.030 0.125 0.005 0.003 0.103 0.567 84 E 0.008 0.004 0.001 0.061 0.032 0.049 0.101 0.002 0.001 0.045 0.697 85 Y 0.013 0.005 0.002 0.038 0.025 0.024 0.142 0.003 0.001 0.052 0.693 86 N 0.474 0.016 0.002 0.019 0.015 0.023 0.039 0.017 0.002 0.076 0.318 87 P 0.152 0.003 0.001 0.012 0.004 0.004 0.063 0.002 0.001 0.031 0.730 88 D 0.011 0.005 0.001 0.019 0.004 0.007 0.140 0.001 0.001 0.031 0.782 89 R 0.015 0.009 0.001 0.004 0.002 0.004 0.190 0.001 0.001 0.046 0.728 90 D 0.585 0.031 0.002 0.004 0.005 0.007 0.051 0.006 0.001 0.128 0.180 91 P 0.141 0.029 0.001 0.003 0.003 0.004 0.058 0.002 0.001 0.022 0.738 92 G 0.021 0.101 0.001 0.007 0.009 0.012 0.053 0.001 0.001 0.031 0.764 93 D 0.014 0.107 0.001 0.008 0.025 0.060 0.135 0.002 0.001 0.089 0.560 94 R 0.012 0.405 0.002 0.024 0.085 0.113 0.057 0.003 0.001 0.103 0.197 95 L 0.009 0.588 0.001 0.010 0.094 0.091 0.022 0.003 0.001 0.049 0.132 96 I 0.004 0.942 0.001 0.002 0.018 0.009 0.002 0.001 0.001 0.007 0.015 97 R 0.009 0.922 0.001 0.002 0.007 0.013 0.003 0.001 0.001 0.024 0.017 98 H 0.005 0.963 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.015 0.008 99 R 0.005 0.964 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 100 A 0.007 0.963 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.010 101 C 0.006 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.022 0.018 102 A 0.009 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.785 0.050 103 L 0.004 0.943 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.033 0.009 104 R 0.010 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.012 105 D 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 106 T 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 107 A 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 108 Y 0.005 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 109 A 0.007 0.957 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.017 0.011 110 I 0.021 0.891 0.012 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.034 0.027 111 I 0.131 0.669 0.028 0.001 0.001 0.001 0.010 0.013 0.028 0.057 0.063 112 K 0.206 0.429 0.016 0.002 0.001 0.001 0.025 0.014 0.018 0.042 0.246 113 E 0.092 0.185 0.006 0.003 0.001 0.002 0.045 0.010 0.008 0.047 0.601 114 E 0.069 0.138 0.009 0.005 0.002 0.002 0.101 0.010 0.009 0.078 0.577 115 L 0.089 0.191 0.006 0.003 0.001 0.002 0.083 0.013 0.005 0.044 0.564 116 D 0.197 0.495 0.002 0.002 0.001 0.001 0.032 0.010 0.002 0.025 0.232 117 E 0.061 0.572 0.002 0.003 0.001 0.001 0.029 0.006 0.001 0.027 0.298 118 D 0.027 0.832 0.002 0.002 0.001 0.001 0.013 0.003 0.001 0.023 0.095 119 F 0.054 0.844 0.002 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.001 0.022 0.059 120 E 0.061 0.767 0.005 0.002 0.002 0.002 0.012 0.006 0.003 0.041 0.100 121 Q 0.029 0.832 0.002 0.001 0.001 0.002 0.010 0.003 0.002 0.021 0.096 122 L 0.020 0.880 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.001 0.017 0.067 123 C 0.046 0.874 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.002 0.023 0.040 124 E 0.054 0.788 0.003 0.001 0.002 0.004 0.010 0.004 0.002 0.035 0.097 125 E 0.076 0.283 0.011 0.004 0.009 0.012 0.055 0.009 0.005 0.222 0.313 126 I 0.228 0.060 0.035 0.008 0.010 0.019 0.071 0.011 0.021 0.230 0.308 127 Q 0.360 0.012 0.007 0.006 0.006 0.008 0.052 0.004 0.005 0.037 0.504 128 E 0.054 0.002 0.001 0.002 0.003 0.005 0.046 0.001 0.001 0.009 0.877 129 S 0.014 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.104 0.001 0.001 0.012 0.858 130 R 0.022 0.004 0.001 0.007 0.008 0.016 0.156 0.001 0.001 0.027 0.757