# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.089 0.052 0.009 0.023 0.033 0.098 0.049 0.647 2 M 0.128 0.051 0.012 0.015 0.024 0.100 0.073 0.597 3 Q 0.135 0.031 0.012 0.019 0.018 0.096 0.175 0.513 4 E 0.103 0.073 0.007 0.012 0.013 0.082 0.055 0.655 5 E 0.142 0.062 0.005 0.006 0.007 0.080 0.029 0.670 6 D 0.052 0.125 0.006 0.009 0.009 0.098 0.047 0.654 7 T 0.044 0.465 0.007 0.004 0.007 0.049 0.077 0.347 8 F 0.067 0.723 0.002 0.003 0.003 0.016 0.094 0.092 9 R 0.015 0.828 0.003 0.006 0.002 0.009 0.083 0.053 10 E 0.011 0.907 0.002 0.001 0.003 0.004 0.030 0.043 11 L 0.002 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 12 R 0.004 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 13 I 0.012 0.704 0.004 0.003 0.002 0.008 0.243 0.026 14 F 0.009 0.928 0.002 0.001 0.001 0.004 0.044 0.012 15 L 0.010 0.088 0.017 0.001 0.001 0.013 0.849 0.021 16 R 0.003 0.723 0.011 0.004 0.001 0.021 0.170 0.067 17 N 0.011 0.924 0.004 0.001 0.001 0.007 0.017 0.037 18 V 0.008 0.950 0.003 0.001 0.001 0.004 0.012 0.022 19 T 0.022 0.883 0.003 0.001 0.001 0.008 0.047 0.036 20 H 0.045 0.780 0.009 0.002 0.002 0.013 0.084 0.065 21 R 0.169 0.375 0.022 0.003 0.007 0.032 0.201 0.189 22 L 0.129 0.191 0.031 0.015 0.011 0.075 0.149 0.399 23 A 0.078 0.109 0.032 0.007 0.021 0.096 0.075 0.582 24 I 0.077 0.114 0.026 0.007 0.008 0.089 0.041 0.638 25 D 0.212 0.134 0.013 0.008 0.007 0.070 0.083 0.473 26 K 0.114 0.094 0.020 0.013 0.014 0.099 0.049 0.598 27 R 0.096 0.051 0.025 0.007 0.025 0.098 0.036 0.662 28 F 0.044 0.011 0.058 0.026 0.044 0.150 0.180 0.488 29 R 0.061 0.030 0.074 0.072 0.091 0.108 0.153 0.412 30 V 0.054 0.005 0.074 0.028 0.062 0.115 0.058 0.602 31 F 0.029 0.007 0.156 0.080 0.053 0.134 0.036 0.504 32 T 0.040 0.004 0.035 0.017 0.040 0.097 0.026 0.740 33 K 0.035 0.002 0.060 0.035 0.031 0.104 0.022 0.711 34 P 0.003 0.001 0.019 0.016 0.032 0.137 0.012 0.781 35 V 0.003 0.002 0.044 0.017 0.014 0.085 0.006 0.830 36 D 0.841 0.021 0.003 0.004 0.003 0.013 0.037 0.079 37 P 0.357 0.012 0.004 0.003 0.002 0.055 0.037 0.529 38 D 0.009 0.007 0.026 0.003 0.008 0.082 0.022 0.842 39 E 0.052 0.012 0.016 0.009 0.021 0.111 0.025 0.755 40 V 0.177 0.050 0.014 0.028 0.025 0.118 0.053 0.536 41 P 0.037 0.015 0.013 0.020 0.035 0.131 0.064 0.684 42 D 0.052 0.057 0.042 0.057 0.153 0.096 0.134 0.410 43 Y 0.034 0.023 0.051 0.098 0.153 0.096 0.048 0.495 44 V 0.014 0.019 0.081 0.264 0.269 0.058 0.056 0.239 45 T 0.014 0.013 0.066 0.275 0.348 0.036 0.067 0.181 46 V 0.020 0.004 0.099 0.176 0.247 0.052 0.047 0.355 47 I 0.017 0.004 0.081 0.235 0.209 0.078 0.044 0.334 48 K 0.023 0.006 0.081 0.061 0.122 0.099 0.033 0.576 49 Q 0.072 0.043 0.024 0.028 0.032 0.108 0.040 0.652 50 P 0.108 0.025 0.004 0.005 0.005 0.114 0.081 0.657 51 M 0.021 0.144 0.018 0.023 0.020 0.131 0.155 0.488 52 D 0.046 0.814 0.003 0.002 0.006 0.017 0.020 0.093 53 L 0.019 0.902 0.001 0.002 0.005 0.009 0.021 0.041 54 S 0.002 0.609 0.008 0.019 0.015 0.014 0.308 0.026 55 S 0.003 0.813 0.005 0.019 0.027 0.006 0.108 0.019 56 V 0.021 0.896 0.006 0.012 0.013 0.003 0.039 0.011 57 I 0.020 0.744 0.010 0.068 0.017 0.011 0.083 0.047 58 S 0.037 0.475 0.017 0.034 0.066 0.028 0.127 0.216 59 K 0.107 0.160 0.075 0.045 0.055 0.059 0.200 0.300 60 I 0.404 0.054 0.022 0.031 0.023 0.047 0.097 0.322 61 D 0.238 0.043 0.009 0.008 0.014 0.056 0.024 0.608 62 L 0.075 0.014 0.012 0.005 0.006 0.105 0.013 0.771 63 H 0.050 0.024 0.027 0.011 0.018 0.116 0.127 0.627 64 K 0.027 0.048 0.054 0.023 0.029 0.113 0.043 0.664 65 Y 0.042 0.063 0.035 0.032 0.038 0.109 0.066 0.615 66 L 0.006 0.127 0.080 0.052 0.039 0.098 0.046 0.553 67 T 0.041 0.884 0.005 0.002 0.005 0.005 0.035 0.022 68 V 0.057 0.878 0.002 0.002 0.001 0.004 0.035 0.020 69 K 0.015 0.877 0.005 0.003 0.002 0.007 0.051 0.040 70 D 0.029 0.870 0.006 0.001 0.003 0.006 0.048 0.037 71 Y 0.085 0.719 0.004 0.002 0.002 0.009 0.134 0.045 72 L 0.013 0.651 0.007 0.005 0.003 0.023 0.227 0.072 73 R 0.003 0.898 0.002 0.001 0.001 0.007 0.013 0.075 74 D 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 75 I 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 76 D 0.003 0.549 0.007 0.001 0.002 0.005 0.417 0.014 77 L 0.002 0.587 0.031 0.007 0.005 0.008 0.342 0.019 78 I 0.007 0.856 0.046 0.006 0.006 0.005 0.063 0.012 79 C 0.018 0.862 0.019 0.007 0.004 0.007 0.058 0.025 80 S 0.024 0.668 0.031 0.012 0.014 0.030 0.095 0.126 81 N 0.087 0.481 0.086 0.014 0.022 0.035 0.171 0.103 82 A 0.133 0.245 0.056 0.018 0.029 0.064 0.183 0.272 83 L 0.072 0.024 0.037 0.038 0.052 0.123 0.073 0.580 84 E 0.004 0.004 0.068 0.036 0.126 0.200 0.030 0.533 85 Y 0.005 0.005 0.149 0.021 0.045 0.123 0.018 0.634 86 N 0.691 0.016 0.008 0.005 0.005 0.036 0.084 0.155 87 P 0.295 0.005 0.007 0.002 0.002 0.105 0.045 0.538 88 D 0.002 0.001 0.008 0.001 0.003 0.136 0.013 0.834 89 R 0.010 0.004 0.003 0.001 0.002 0.127 0.010 0.843 90 D 0.501 0.064 0.003 0.006 0.003 0.071 0.085 0.267 91 P 0.047 0.066 0.002 0.003 0.002 0.117 0.020 0.743 92 G 0.037 0.262 0.007 0.002 0.012 0.100 0.033 0.547 93 D 0.008 0.430 0.009 0.026 0.029 0.083 0.110 0.306 94 R 0.003 0.495 0.040 0.117 0.072 0.027 0.181 0.065 95 L 0.007 0.764 0.020 0.027 0.045 0.010 0.066 0.061 96 I 0.005 0.870 0.028 0.015 0.011 0.003 0.057 0.012 97 R 0.009 0.900 0.007 0.010 0.007 0.003 0.052 0.013 98 H 0.008 0.942 0.003 0.003 0.002 0.002 0.030 0.010 99 R 0.008 0.960 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 0.012 100 A 0.011 0.958 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.007 101 C 0.025 0.863 0.002 0.001 0.001 0.005 0.084 0.020 102 A 0.009 0.165 0.010 0.001 0.002 0.028 0.689 0.095 103 L 0.002 0.918 0.003 0.001 0.001 0.006 0.056 0.014 104 R 0.010 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.017 105 D 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 0.027 106 T 0.002 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.012 107 A 0.005 0.946 0.004 0.001 0.001 0.002 0.038 0.006 108 Y 0.005 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 109 A 0.013 0.870 0.003 0.001 0.001 0.006 0.065 0.042 110 I 0.047 0.736 0.019 0.003 0.003 0.016 0.088 0.089 111 I 0.368 0.415 0.020 0.003 0.003 0.021 0.079 0.092 112 K 0.181 0.244 0.014 0.004 0.004 0.047 0.039 0.467 113 E 0.143 0.099 0.008 0.003 0.006 0.060 0.028 0.654 114 E 0.066 0.123 0.032 0.006 0.011 0.114 0.161 0.488 115 L 0.045 0.127 0.017 0.005 0.006 0.093 0.048 0.659 116 D 0.394 0.365 0.002 0.001 0.002 0.022 0.035 0.180 117 E 0.048 0.331 0.008 0.003 0.002 0.068 0.059 0.480 118 D 0.068 0.578 0.014 0.002 0.005 0.035 0.104 0.194 119 F 0.144 0.588 0.008 0.004 0.004 0.025 0.114 0.114 120 E 0.147 0.308 0.020 0.010 0.013 0.050 0.162 0.291 121 Q 0.047 0.394 0.015 0.010 0.029 0.060 0.112 0.333 122 L 0.051 0.611 0.017 0.011 0.021 0.043 0.064 0.182 123 C 0.136 0.525 0.008 0.021 0.020 0.035 0.076 0.179 124 E 0.107 0.415 0.011 0.024 0.032 0.040 0.080 0.291 125 E 0.103 0.111 0.046 0.037 0.074 0.073 0.181 0.375 126 I 0.137 0.021 0.068 0.069 0.066 0.082 0.227 0.331 127 Q 0.266 0.005 0.017 0.017 0.026 0.059 0.046 0.564 128 E 0.089 0.003 0.010 0.006 0.011 0.075 0.014 0.792 129 S 0.024 0.002 0.012 0.008 0.014 0.121 0.012 0.808 130 R 0.029 0.003 0.008 0.016 0.019 0.124 0.017 0.784