# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.504 0.189 0.051 0.088 0.054 0.031 0.037 0.021 0.013 0.008 0.004 2 M 0.191 0.131 0.052 0.121 0.104 0.088 0.132 0.075 0.055 0.033 0.019 3 Q 0.312 0.304 0.093 0.138 0.069 0.035 0.025 0.012 0.007 0.004 0.002 4 E 0.287 0.273 0.094 0.170 0.083 0.042 0.029 0.013 0.006 0.003 0.001 5 E 0.373 0.167 0.074 0.138 0.087 0.055 0.053 0.029 0.013 0.007 0.003 6 D 0.231 0.117 0.087 0.145 0.112 0.107 0.104 0.050 0.026 0.015 0.005 7 T 0.070 0.309 0.203 0.224 0.094 0.050 0.029 0.013 0.005 0.003 0.001 8 F 0.025 0.034 0.048 0.066 0.089 0.170 0.270 0.138 0.088 0.053 0.018 9 R 0.441 0.140 0.220 0.125 0.044 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 10 E 0.109 0.113 0.239 0.281 0.148 0.054 0.035 0.015 0.004 0.002 0.001 11 L 0.002 0.005 0.014 0.015 0.031 0.071 0.191 0.193 0.206 0.198 0.074 12 R 0.007 0.015 0.080 0.110 0.167 0.248 0.246 0.076 0.033 0.016 0.004 13 I 0.006 0.014 0.805 0.110 0.039 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 14 F 0.002 0.007 0.049 0.057 0.089 0.227 0.342 0.123 0.062 0.033 0.009 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.043 0.090 0.256 0.327 0.273 16 R 0.008 0.017 0.395 0.191 0.187 0.107 0.063 0.019 0.008 0.004 0.001 17 N 0.010 0.029 0.700 0.149 0.070 0.025 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 18 V 0.001 0.002 0.006 0.005 0.014 0.042 0.148 0.174 0.230 0.214 0.165 19 T 0.004 0.004 0.007 0.016 0.035 0.071 0.209 0.193 0.206 0.175 0.082 20 H 0.017 0.036 0.626 0.181 0.078 0.034 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 21 R 0.016 0.033 0.227 0.187 0.171 0.159 0.150 0.037 0.012 0.005 0.002 22 L 0.002 0.001 0.005 0.003 0.006 0.017 0.064 0.102 0.233 0.277 0.291 23 A 0.031 0.041 0.081 0.135 0.184 0.152 0.182 0.098 0.050 0.032 0.013 24 I 0.016 0.084 0.420 0.185 0.100 0.080 0.058 0.024 0.016 0.012 0.004 25 D 0.052 0.060 0.084 0.116 0.136 0.176 0.202 0.085 0.046 0.028 0.015 26 K 0.533 0.209 0.069 0.087 0.037 0.022 0.020 0.012 0.006 0.003 0.001 27 R 0.151 0.136 0.077 0.189 0.137 0.097 0.094 0.058 0.032 0.018 0.011 28 F 0.017 0.013 0.017 0.025 0.042 0.076 0.153 0.148 0.183 0.178 0.148 29 R 0.081 0.128 0.186 0.248 0.164 0.090 0.057 0.025 0.012 0.006 0.003 30 V 0.026 0.033 0.067 0.088 0.101 0.154 0.200 0.129 0.097 0.065 0.041 31 F 0.008 0.009 0.013 0.026 0.035 0.040 0.098 0.138 0.217 0.204 0.212 32 T 0.036 0.039 0.040 0.105 0.126 0.146 0.201 0.122 0.093 0.065 0.028 33 K 0.075 0.136 0.201 0.266 0.148 0.076 0.047 0.025 0.014 0.008 0.005 34 P 0.120 0.055 0.034 0.092 0.108 0.115 0.186 0.129 0.077 0.051 0.031 35 V 0.039 0.021 0.011 0.027 0.035 0.049 0.115 0.148 0.198 0.198 0.159 36 D 0.056 0.432 0.100 0.159 0.088 0.063 0.047 0.021 0.017 0.012 0.006 37 P 0.300 0.182 0.053 0.159 0.125 0.072 0.056 0.026 0.014 0.007 0.005 38 D 0.942 0.042 0.005 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 E 0.169 0.180 0.034 0.200 0.133 0.098 0.091 0.046 0.027 0.013 0.007 40 V 0.014 0.025 0.013 0.028 0.043 0.069 0.122 0.147 0.189 0.189 0.162 41 P 0.119 0.116 0.129 0.225 0.175 0.108 0.070 0.032 0.015 0.007 0.004 42 D 0.143 0.176 0.249 0.229 0.097 0.048 0.029 0.015 0.007 0.004 0.002 43 Y 0.012 0.016 0.014 0.052 0.074 0.082 0.165 0.188 0.174 0.131 0.092 44 V 0.033 0.023 0.021 0.066 0.097 0.145 0.248 0.162 0.106 0.067 0.031 45 T 0.089 0.129 0.421 0.217 0.083 0.033 0.016 0.006 0.003 0.002 0.001 46 V 0.030 0.025 0.050 0.080 0.111 0.142 0.259 0.146 0.082 0.052 0.024 47 I 0.023 0.023 0.019 0.030 0.030 0.045 0.126 0.127 0.223 0.227 0.125 48 K 0.067 0.138 0.189 0.225 0.146 0.103 0.066 0.029 0.020 0.012 0.004 49 Q 0.094 0.219 0.295 0.221 0.088 0.043 0.022 0.010 0.005 0.002 0.001 50 P 0.128 0.058 0.036 0.100 0.124 0.116 0.175 0.143 0.061 0.035 0.023 51 M 0.346 0.081 0.045 0.070 0.067 0.061 0.099 0.098 0.065 0.046 0.024 52 D 0.022 0.290 0.143 0.217 0.134 0.082 0.062 0.025 0.014 0.008 0.004 53 L 0.020 0.016 0.026 0.045 0.094 0.108 0.233 0.185 0.129 0.077 0.067 54 S 0.883 0.057 0.037 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.063 0.074 0.085 0.281 0.237 0.093 0.105 0.042 0.013 0.005 0.003 56 V 0.003 0.004 0.008 0.008 0.015 0.016 0.057 0.115 0.228 0.312 0.234 57 I 0.006 0.015 0.078 0.159 0.217 0.251 0.186 0.050 0.024 0.011 0.003 58 S 0.003 0.021 0.868 0.082 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.003 0.008 0.036 0.076 0.117 0.244 0.323 0.125 0.043 0.020 0.006 60 I 0.004 0.002 0.005 0.003 0.005 0.014 0.073 0.119 0.254 0.309 0.211 61 D 0.027 0.127 0.514 0.210 0.080 0.024 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 62 L 0.045 0.059 0.370 0.178 0.135 0.093 0.074 0.026 0.011 0.006 0.002 63 H 0.452 0.156 0.092 0.084 0.057 0.052 0.060 0.029 0.012 0.005 0.002 64 K 0.190 0.220 0.113 0.223 0.112 0.058 0.050 0.022 0.008 0.003 0.001 65 Y 0.026 0.015 0.050 0.040 0.059 0.091 0.175 0.160 0.141 0.157 0.086 66 L 0.053 0.087 0.153 0.194 0.168 0.155 0.112 0.042 0.022 0.011 0.003 67 T 0.028 0.323 0.238 0.167 0.082 0.063 0.054 0.024 0.012 0.007 0.003 68 V 0.014 0.012 0.016 0.044 0.094 0.170 0.278 0.155 0.114 0.063 0.039 69 K 0.885 0.048 0.037 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.019 0.046 0.097 0.224 0.176 0.199 0.159 0.045 0.021 0.010 0.003 71 Y 0.001 0.002 0.005 0.005 0.010 0.019 0.073 0.114 0.236 0.285 0.249 72 L 0.012 0.015 0.078 0.135 0.198 0.241 0.206 0.069 0.028 0.014 0.005 73 R 0.006 0.033 0.769 0.129 0.039 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 74 D 0.001 0.004 0.013 0.036 0.080 0.120 0.285 0.240 0.113 0.078 0.030 75 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.068 0.095 0.273 0.345 0.197 76 D 0.029 0.048 0.523 0.249 0.101 0.031 0.013 0.004 0.002 0.001 0.001 77 L 0.003 0.003 0.057 0.036 0.075 0.154 0.315 0.182 0.087 0.060 0.029 78 I 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.025 0.055 0.228 0.296 0.383 79 C 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.078 0.265 0.204 0.189 0.148 0.083 80 S 0.009 0.033 0.712 0.174 0.048 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 81 N 0.001 0.003 0.015 0.031 0.080 0.153 0.385 0.216 0.066 0.033 0.015 82 A 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.015 0.048 0.193 0.338 0.395 83 L 0.007 0.013 0.045 0.089 0.150 0.179 0.259 0.124 0.070 0.044 0.020 84 E 0.011 0.035 0.419 0.205 0.136 0.091 0.051 0.023 0.015 0.010 0.005 85 Y 0.004 0.005 0.014 0.014 0.025 0.066 0.174 0.165 0.195 0.182 0.156 86 N 0.021 0.034 0.021 0.046 0.052 0.084 0.171 0.143 0.179 0.149 0.101 87 P 0.274 0.165 0.102 0.157 0.110 0.063 0.065 0.030 0.019 0.010 0.006 88 D 0.526 0.166 0.077 0.109 0.055 0.027 0.021 0.010 0.005 0.003 0.002 89 R 0.307 0.179 0.038 0.106 0.081 0.075 0.095 0.054 0.033 0.021 0.012 90 D 0.204 0.228 0.041 0.119 0.096 0.085 0.083 0.058 0.038 0.028 0.020 91 P 0.248 0.242 0.064 0.150 0.113 0.065 0.050 0.034 0.017 0.010 0.007 92 G 0.330 0.163 0.049 0.124 0.095 0.061 0.069 0.051 0.029 0.019 0.010 93 D 0.080 0.050 0.032 0.113 0.126 0.141 0.185 0.117 0.084 0.048 0.025 94 R 0.109 0.092 0.097 0.227 0.168 0.111 0.103 0.050 0.025 0.011 0.007 95 L 0.006 0.009 0.021 0.039 0.063 0.086 0.163 0.157 0.178 0.143 0.134 96 I 0.001 0.003 0.009 0.014 0.028 0.035 0.098 0.133 0.225 0.234 0.220 97 R 0.003 0.006 0.041 0.074 0.139 0.181 0.222 0.119 0.107 0.074 0.034 98 H 0.019 0.032 0.271 0.212 0.163 0.116 0.099 0.045 0.023 0.015 0.006 99 R 0.001 0.006 0.015 0.039 0.068 0.142 0.308 0.179 0.127 0.085 0.031 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.050 0.074 0.250 0.329 0.279 101 C 0.017 0.019 0.369 0.204 0.167 0.100 0.082 0.024 0.011 0.005 0.002 102 A 0.004 0.020 0.259 0.195 0.163 0.165 0.134 0.035 0.015 0.008 0.003 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.018 0.039 0.191 0.316 0.431 104 R 0.003 0.005 0.019 0.050 0.136 0.241 0.358 0.105 0.051 0.025 0.008 105 D 0.008 0.017 0.877 0.077 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.002 0.005 0.022 0.037 0.074 0.312 0.404 0.089 0.034 0.016 0.005 107 A 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.036 0.086 0.255 0.341 0.269 108 Y 0.005 0.011 0.135 0.138 0.204 0.241 0.185 0.051 0.019 0.009 0.003 109 A 0.004 0.014 0.857 0.083 0.028 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 110 I 0.003 0.005 0.025 0.028 0.058 0.182 0.343 0.184 0.093 0.055 0.024 111 I 0.002 0.003 0.007 0.007 0.012 0.029 0.119 0.155 0.252 0.275 0.140 112 K 0.013 0.037 0.350 0.203 0.162 0.110 0.081 0.025 0.011 0.006 0.002 113 E 0.048 0.062 0.639 0.148 0.062 0.023 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 114 E 0.096 0.064 0.081 0.082 0.094 0.141 0.226 0.116 0.055 0.032 0.013 115 L 0.053 0.072 0.035 0.059 0.063 0.102 0.211 0.156 0.122 0.089 0.038 116 D 0.130 0.245 0.260 0.182 0.088 0.045 0.029 0.011 0.005 0.003 0.001 117 E 0.464 0.133 0.189 0.115 0.055 0.021 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 118 D 0.406 0.257 0.087 0.112 0.055 0.031 0.027 0.015 0.006 0.003 0.001 119 F 0.023 0.037 0.023 0.064 0.086 0.148 0.238 0.161 0.117 0.073 0.030 120 E 0.220 0.131 0.199 0.185 0.116 0.066 0.047 0.021 0.008 0.004 0.002 121 Q 0.095 0.088 0.331 0.200 0.118 0.081 0.054 0.021 0.008 0.004 0.001 122 L 0.029 0.068 0.090 0.106 0.098 0.135 0.211 0.120 0.078 0.049 0.017 123 C 0.019 0.021 0.027 0.060 0.084 0.145 0.280 0.162 0.111 0.067 0.025 124 E 0.236 0.162 0.426 0.127 0.034 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 125 E 0.155 0.107 0.201 0.217 0.147 0.072 0.063 0.026 0.008 0.003 0.002 126 I 0.056 0.046 0.041 0.057 0.074 0.089 0.198 0.174 0.122 0.095 0.049 127 Q 0.142 0.241 0.216 0.188 0.101 0.052 0.035 0.015 0.006 0.003 0.001 128 E 0.157 0.169 0.368 0.174 0.072 0.031 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 129 S 0.366 0.214 0.122 0.114 0.068 0.040 0.042 0.020 0.008 0.004 0.002 130 R 0.400 0.180 0.073 0.115 0.079 0.047 0.053 0.030 0.014 0.006 0.003