# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.037 0.012 0.002 0.016 0.016 0.017 0.101 0.001 0.001 0.002 0.796 2 M 0.031 0.009 0.002 0.011 0.012 0.019 0.028 0.001 0.001 0.001 0.886 3 Q 0.025 0.018 0.003 0.027 0.019 0.031 0.296 0.001 0.001 0.004 0.577 4 E 0.074 0.021 0.002 0.010 0.011 0.014 0.147 0.001 0.001 0.005 0.714 5 E 0.089 0.074 0.008 0.016 0.015 0.029 0.126 0.002 0.001 0.007 0.633 6 D 0.112 0.078 0.009 0.013 0.011 0.018 0.199 0.003 0.001 0.009 0.548 7 T 0.088 0.098 0.004 0.006 0.005 0.008 0.239 0.002 0.001 0.004 0.546 8 F 0.076 0.214 0.009 0.006 0.007 0.014 0.145 0.003 0.001 0.004 0.522 9 R 0.027 0.271 0.006 0.003 0.007 0.013 0.230 0.002 0.001 0.003 0.440 10 E 0.021 0.208 0.002 0.001 0.001 0.002 0.158 0.001 0.001 0.001 0.604 11 L 0.026 0.748 0.002 0.001 0.001 0.003 0.054 0.001 0.001 0.001 0.164 12 R 0.013 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.054 13 I 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.027 14 F 0.005 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.019 15 L 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 16 R 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 17 N 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 18 V 0.006 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 19 T 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 20 H 0.003 0.981 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.009 21 R 0.008 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.008 22 L 0.016 0.967 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.004 23 A 0.017 0.940 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.013 24 I 0.090 0.784 0.015 0.001 0.001 0.002 0.004 0.059 0.001 0.001 0.043 25 D 0.228 0.564 0.031 0.004 0.003 0.004 0.008 0.074 0.001 0.001 0.084 26 K 0.093 0.307 0.065 0.005 0.006 0.007 0.041 0.030 0.001 0.003 0.445 27 R 0.053 0.101 0.066 0.010 0.007 0.011 0.329 0.010 0.001 0.010 0.404 28 F 0.278 0.120 0.062 0.017 0.016 0.030 0.122 0.010 0.001 0.026 0.318 29 R 0.165 0.147 0.037 0.031 0.055 0.058 0.099 0.006 0.001 0.007 0.394 30 V 0.020 0.014 0.002 0.014 0.015 0.021 0.036 0.001 0.001 0.001 0.876 31 F 0.075 0.037 0.008 0.083 0.130 0.231 0.045 0.004 0.001 0.005 0.382 32 T 0.116 0.030 0.014 0.058 0.075 0.144 0.063 0.004 0.001 0.010 0.485 33 K 0.053 0.009 0.006 0.081 0.187 0.143 0.071 0.001 0.001 0.003 0.444 34 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.984 35 V 0.023 0.003 0.002 0.046 0.141 0.366 0.080 0.001 0.001 0.002 0.335 36 D 0.021 0.002 0.001 0.031 0.041 0.040 0.155 0.001 0.001 0.007 0.703 37 P 0.009 0.001 0.001 0.004 0.005 0.010 0.011 0.001 0.001 0.001 0.958 38 D 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.682 0.001 0.001 0.006 0.298 39 E 0.762 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.093 0.001 0.001 0.053 0.082 40 V 0.372 0.148 0.031 0.005 0.012 0.010 0.120 0.002 0.001 0.008 0.292 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.991 42 D 0.031 0.013 0.001 0.013 0.039 0.089 0.082 0.001 0.001 0.001 0.731 43 Y 0.234 0.079 0.002 0.028 0.042 0.053 0.074 0.002 0.001 0.003 0.484 44 V 0.063 0.166 0.007 0.061 0.149 0.258 0.069 0.002 0.001 0.002 0.222 45 T 0.026 0.121 0.019 0.059 0.219 0.209 0.062 0.002 0.001 0.002 0.281 46 V 0.034 0.165 0.003 0.051 0.180 0.245 0.021 0.004 0.001 0.001 0.295 47 I 0.043 0.179 0.007 0.100 0.160 0.349 0.017 0.007 0.001 0.001 0.137 48 K 0.051 0.097 0.016 0.100 0.099 0.249 0.043 0.014 0.001 0.003 0.330 49 Q 0.055 0.048 0.017 0.046 0.128 0.084 0.075 0.008 0.001 0.003 0.536 50 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 51 M 0.017 0.004 0.002 0.018 0.023 0.089 0.151 0.001 0.001 0.001 0.695 52 D 0.138 0.013 0.002 0.008 0.005 0.009 0.214 0.001 0.001 0.007 0.602 53 L 0.126 0.163 0.005 0.022 0.012 0.019 0.111 0.001 0.001 0.004 0.537 54 S 0.023 0.180 0.004 0.011 0.011 0.025 0.340 0.001 0.001 0.006 0.399 55 S 0.046 0.297 0.002 0.012 0.005 0.007 0.354 0.001 0.001 0.003 0.274 56 V 0.012 0.909 0.001 0.003 0.002 0.003 0.016 0.001 0.001 0.001 0.053 57 I 0.002 0.970 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 58 S 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.001 0.001 0.031 59 K 0.028 0.924 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.015 0.001 0.001 0.025 60 I 0.016 0.946 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.010 61 D 0.020 0.864 0.008 0.001 0.002 0.004 0.006 0.027 0.001 0.001 0.069 62 L 0.095 0.723 0.022 0.003 0.003 0.004 0.008 0.034 0.001 0.001 0.107 63 H 0.219 0.489 0.043 0.007 0.005 0.007 0.025 0.037 0.001 0.005 0.164 64 K 0.275 0.248 0.095 0.008 0.008 0.008 0.092 0.019 0.001 0.004 0.243 65 Y 0.187 0.177 0.074 0.023 0.012 0.022 0.039 0.016 0.001 0.003 0.447 66 L 0.152 0.207 0.032 0.037 0.033 0.065 0.076 0.014 0.001 0.006 0.379 67 T 0.090 0.089 0.006 0.012 0.007 0.010 0.155 0.004 0.001 0.003 0.624 68 V 0.057 0.069 0.005 0.012 0.005 0.015 0.048 0.001 0.001 0.002 0.787 69 K 0.011 0.049 0.002 0.004 0.003 0.011 0.284 0.001 0.001 0.004 0.632 70 D 0.098 0.076 0.002 0.004 0.001 0.001 0.542 0.001 0.001 0.004 0.271 71 Y 0.074 0.825 0.003 0.001 0.001 0.001 0.020 0.002 0.001 0.001 0.072 72 L 0.008 0.950 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.031 73 R 0.011 0.913 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.061 74 D 0.056 0.840 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.001 0.081 75 I 0.013 0.948 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 76 D 0.007 0.887 0.006 0.001 0.003 0.004 0.015 0.006 0.001 0.001 0.070 77 L 0.011 0.897 0.007 0.003 0.002 0.003 0.017 0.006 0.001 0.001 0.054 78 I 0.007 0.965 0.005 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.011 79 C 0.004 0.961 0.004 0.003 0.003 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.015 80 S 0.017 0.862 0.006 0.012 0.009 0.013 0.005 0.013 0.001 0.001 0.063 81 N 0.065 0.721 0.008 0.028 0.015 0.020 0.014 0.027 0.001 0.001 0.100 82 A 0.115 0.614 0.033 0.010 0.019 0.033 0.015 0.020 0.001 0.001 0.139 83 L 0.065 0.375 0.036 0.047 0.054 0.090 0.057 0.021 0.001 0.002 0.254 84 E 0.117 0.215 0.046 0.040 0.074 0.119 0.049 0.024 0.001 0.004 0.311 85 Y 0.121 0.239 0.027 0.045 0.060 0.105 0.046 0.027 0.001 0.004 0.326 86 N 0.084 0.089 0.050 0.039 0.152 0.178 0.069 0.016 0.001 0.006 0.317 87 P 0.007 0.002 0.001 0.007 0.010 0.018 0.013 0.001 0.001 0.001 0.941 88 D 0.005 0.002 0.002 0.015 0.011 0.023 0.167 0.001 0.001 0.002 0.773 89 R 0.217 0.005 0.007 0.010 0.012 0.024 0.110 0.002 0.001 0.028 0.587 90 D 0.102 0.022 0.010 0.013 0.025 0.012 0.338 0.002 0.001 0.011 0.465 91 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.991 92 G 0.010 0.003 0.001 0.011 0.010 0.036 0.365 0.001 0.001 0.007 0.556 93 D 0.670 0.010 0.003 0.005 0.011 0.008 0.119 0.001 0.001 0.024 0.148 94 R 0.098 0.103 0.005 0.015 0.030 0.030 0.172 0.001 0.001 0.004 0.542 95 L 0.033 0.089 0.018 0.034 0.071 0.094 0.284 0.001 0.001 0.003 0.374 96 I 0.015 0.246 0.002 0.034 0.063 0.139 0.152 0.001 0.001 0.001 0.347 97 R 0.009 0.365 0.001 0.023 0.088 0.157 0.079 0.001 0.001 0.001 0.276 98 H 0.008 0.626 0.002 0.010 0.019 0.042 0.049 0.001 0.001 0.001 0.243 99 R 0.011 0.851 0.001 0.002 0.003 0.009 0.041 0.001 0.001 0.001 0.080 100 A 0.008 0.940 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.002 0.001 0.001 0.032 101 C 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.014 102 A 0.004 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.017 103 L 0.007 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 104 R 0.004 0.984 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 105 D 0.003 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.013 106 T 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.016 107 A 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.012 108 Y 0.003 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 109 A 0.003 0.978 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.015 110 I 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.011 111 I 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.005 112 K 0.005 0.980 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 113 E 0.034 0.925 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.018 114 E 0.119 0.826 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.013 115 L 0.090 0.725 0.024 0.001 0.001 0.002 0.008 0.054 0.001 0.001 0.096 116 D 0.120 0.422 0.082 0.003 0.003 0.004 0.034 0.050 0.001 0.001 0.280 117 E 0.124 0.289 0.033 0.005 0.002 0.003 0.045 0.016 0.001 0.003 0.481 118 D 0.047 0.140 0.012 0.003 0.002 0.002 0.347 0.004 0.001 0.004 0.440 119 F 0.122 0.205 0.029 0.004 0.003 0.003 0.229 0.004 0.001 0.007 0.394 120 E 0.035 0.502 0.017 0.005 0.005 0.008 0.193 0.003 0.001 0.006 0.227 121 Q 0.041 0.519 0.004 0.004 0.003 0.004 0.115 0.003 0.001 0.002 0.304 122 L 0.042 0.780 0.003 0.002 0.003 0.005 0.026 0.004 0.001 0.001 0.134 123 C 0.037 0.821 0.005 0.002 0.004 0.006 0.024 0.007 0.001 0.001 0.092 124 E 0.025 0.764 0.005 0.002 0.004 0.006 0.025 0.007 0.001 0.001 0.161 125 E 0.060 0.716 0.008 0.002 0.005 0.008 0.022 0.012 0.001 0.001 0.165 126 I 0.110 0.713 0.012 0.002 0.006 0.010 0.016 0.019 0.001 0.001 0.111 127 Q 0.074 0.702 0.022 0.003 0.009 0.013 0.021 0.026 0.001 0.001 0.127 128 E 0.121 0.507 0.036 0.005 0.011 0.020 0.024 0.030 0.001 0.003 0.242 129 S 0.228 0.252 0.031 0.009 0.015 0.024 0.041 0.027 0.001 0.005 0.368 130 R 0.193 0.073 0.027 0.009 0.013 0.015 0.062 0.012 0.001 0.005 0.592