# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.006 0.006 0.007 0.016 0.028 0.003 0.917 2 M 0.017 0.009 0.010 0.010 0.024 0.038 0.003 0.890 3 Q 0.048 0.024 0.013 0.017 0.029 0.308 0.006 0.555 4 E 0.145 0.055 0.009 0.010 0.017 0.271 0.010 0.483 5 E 0.207 0.136 0.017 0.007 0.014 0.092 0.024 0.504 6 D 0.165 0.124 0.020 0.007 0.009 0.119 0.019 0.538 7 T 0.093 0.141 0.015 0.005 0.007 0.191 0.012 0.536 8 F 0.079 0.235 0.016 0.005 0.012 0.112 0.009 0.532 9 R 0.043 0.224 0.007 0.003 0.005 0.207 0.005 0.506 10 E 0.024 0.320 0.004 0.001 0.001 0.244 0.003 0.403 11 L 0.023 0.797 0.005 0.001 0.002 0.048 0.003 0.122 12 R 0.010 0.953 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 13 I 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 14 F 0.003 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 15 L 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 16 R 0.013 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 17 N 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 18 V 0.007 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.016 19 T 0.003 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 20 H 0.014 0.947 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.021 21 R 0.019 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 22 L 0.018 0.965 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 23 A 0.015 0.951 0.005 0.001 0.001 0.003 0.006 0.019 24 I 0.078 0.791 0.014 0.003 0.003 0.011 0.033 0.067 25 D 0.247 0.523 0.025 0.007 0.005 0.009 0.066 0.118 26 K 0.076 0.319 0.046 0.009 0.004 0.055 0.033 0.459 27 R 0.074 0.147 0.043 0.009 0.009 0.248 0.036 0.433 28 F 0.424 0.142 0.070 0.013 0.016 0.051 0.045 0.238 29 R 0.106 0.149 0.120 0.080 0.043 0.095 0.014 0.393 30 V 0.016 0.019 0.030 0.011 0.015 0.021 0.003 0.886 31 F 0.088 0.060 0.124 0.107 0.162 0.073 0.012 0.375 32 T 0.105 0.032 0.059 0.085 0.182 0.059 0.014 0.464 33 K 0.098 0.022 0.090 0.142 0.124 0.126 0.011 0.387 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 V 0.024 0.003 0.070 0.121 0.244 0.123 0.003 0.412 36 D 0.096 0.003 0.024 0.167 0.112 0.156 0.004 0.438 37 P 0.004 0.001 0.003 0.004 0.007 0.010 0.001 0.971 38 D 0.007 0.002 0.004 0.004 0.006 0.730 0.002 0.245 39 E 0.360 0.003 0.001 0.001 0.001 0.547 0.021 0.065 40 V 0.567 0.148 0.021 0.010 0.017 0.060 0.024 0.154 41 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.994 42 D 0.025 0.021 0.011 0.024 0.069 0.129 0.004 0.718 43 Y 0.346 0.075 0.020 0.023 0.062 0.066 0.010 0.399 44 V 0.064 0.231 0.024 0.079 0.095 0.127 0.008 0.372 45 T 0.062 0.231 0.051 0.096 0.096 0.181 0.007 0.276 46 V 0.093 0.405 0.111 0.056 0.068 0.022 0.009 0.236 47 I 0.031 0.497 0.135 0.110 0.148 0.009 0.005 0.064 48 K 0.027 0.302 0.071 0.071 0.135 0.024 0.011 0.360 49 Q 0.082 0.201 0.098 0.089 0.192 0.042 0.021 0.275 50 P 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.990 51 M 0.037 0.029 0.116 0.078 0.086 0.114 0.008 0.533 52 D 0.069 0.026 0.075 0.030 0.035 0.168 0.007 0.590 53 L 0.074 0.114 0.068 0.022 0.050 0.106 0.007 0.558 54 S 0.022 0.070 0.014 0.009 0.012 0.434 0.003 0.435 55 S 0.040 0.104 0.004 0.002 0.003 0.645 0.003 0.199 56 V 0.063 0.845 0.008 0.003 0.010 0.012 0.004 0.054 57 I 0.006 0.950 0.005 0.002 0.006 0.006 0.001 0.024 58 S 0.013 0.848 0.001 0.003 0.004 0.050 0.005 0.077 59 K 0.067 0.889 0.002 0.001 0.002 0.002 0.014 0.023 60 I 0.037 0.904 0.021 0.002 0.004 0.001 0.011 0.019 61 D 0.018 0.846 0.016 0.012 0.006 0.016 0.014 0.072 62 L 0.083 0.650 0.012 0.004 0.006 0.014 0.037 0.195 63 H 0.344 0.330 0.039 0.005 0.005 0.023 0.111 0.144 64 K 0.263 0.193 0.141 0.021 0.009 0.075 0.053 0.245 65 Y 0.042 0.098 0.192 0.024 0.025 0.038 0.010 0.572 66 L 0.087 0.122 0.116 0.058 0.053 0.188 0.008 0.369 67 T 0.057 0.049 0.018 0.009 0.017 0.156 0.004 0.691 68 V 0.031 0.138 0.030 0.007 0.020 0.088 0.004 0.682 69 K 0.007 0.060 0.003 0.001 0.002 0.493 0.002 0.433 70 D 0.023 0.071 0.001 0.001 0.001 0.712 0.002 0.191 71 Y 0.090 0.868 0.005 0.001 0.001 0.006 0.004 0.026 72 L 0.010 0.971 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 73 R 0.013 0.956 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.023 74 D 0.022 0.945 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.019 75 I 0.150 0.744 0.004 0.001 0.001 0.005 0.035 0.061 76 D 0.007 0.858 0.025 0.001 0.001 0.030 0.006 0.072 77 L 0.021 0.794 0.025 0.003 0.002 0.039 0.005 0.111 78 I 0.014 0.958 0.011 0.001 0.001 0.002 0.001 0.013 79 C 0.003 0.983 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 80 S 0.011 0.947 0.005 0.001 0.001 0.003 0.004 0.028 81 N 0.039 0.896 0.007 0.001 0.002 0.003 0.026 0.025 82 A 0.324 0.457 0.024 0.006 0.008 0.007 0.094 0.080 83 L 0.036 0.693 0.091 0.036 0.022 0.029 0.019 0.074 84 E 0.113 0.428 0.054 0.052 0.053 0.059 0.036 0.205 85 Y 0.210 0.419 0.078 0.020 0.031 0.020 0.039 0.183 86 N 0.171 0.111 0.067 0.107 0.087 0.093 0.061 0.302 87 P 0.013 0.016 0.027 0.031 0.020 0.065 0.006 0.821 88 D 0.016 0.006 0.012 0.024 0.031 0.278 0.012 0.620 89 R 0.382 0.005 0.006 0.007 0.008 0.214 0.065 0.313 90 D 0.277 0.016 0.018 0.018 0.012 0.364 0.029 0.266 91 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 92 G 0.007 0.002 0.005 0.006 0.017 0.825 0.003 0.135 93 D 0.760 0.005 0.003 0.007 0.009 0.085 0.018 0.112 94 R 0.172 0.097 0.047 0.038 0.048 0.257 0.012 0.329 95 L 0.021 0.059 0.057 0.063 0.071 0.125 0.003 0.602 96 I 0.019 0.139 0.069 0.110 0.257 0.123 0.002 0.282 97 R 0.018 0.272 0.027 0.061 0.153 0.067 0.002 0.401 98 H 0.009 0.545 0.022 0.018 0.045 0.099 0.002 0.259 99 R 0.011 0.712 0.006 0.003 0.007 0.100 0.002 0.159 100 A 0.007 0.966 0.003 0.001 0.002 0.002 0.001 0.018 101 C 0.007 0.965 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.020 102 A 0.009 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.012 103 L 0.010 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 104 R 0.011 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 105 D 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.019 106 T 0.008 0.950 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.032 107 A 0.005 0.982 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 108 Y 0.009 0.966 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 109 A 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 110 I 0.006 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 111 I 0.006 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 112 K 0.012 0.969 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 113 E 0.071 0.865 0.002 0.001 0.001 0.003 0.028 0.031 114 E 0.205 0.677 0.004 0.001 0.001 0.005 0.057 0.051 115 L 0.147 0.605 0.023 0.002 0.001 0.026 0.056 0.140 116 D 0.108 0.352 0.046 0.007 0.005 0.063 0.047 0.371 117 E 0.104 0.133 0.024 0.003 0.002 0.059 0.017 0.657 118 D 0.072 0.134 0.014 0.003 0.002 0.277 0.017 0.481 119 F 0.263 0.195 0.021 0.002 0.003 0.088 0.023 0.405 120 E 0.069 0.391 0.030 0.004 0.005 0.151 0.009 0.341 121 Q 0.074 0.374 0.015 0.005 0.008 0.193 0.010 0.323 122 L 0.151 0.548 0.015 0.003 0.007 0.053 0.014 0.209 123 C 0.074 0.691 0.022 0.005 0.010 0.026 0.010 0.163 124 E 0.042 0.559 0.018 0.009 0.011 0.059 0.012 0.291 125 E 0.095 0.473 0.011 0.007 0.011 0.042 0.020 0.343 126 I 0.120 0.636 0.021 0.009 0.016 0.019 0.018 0.161 127 Q 0.070 0.676 0.017 0.013 0.014 0.035 0.018 0.158 128 E 0.153 0.474 0.013 0.008 0.013 0.041 0.042 0.256 129 S 0.334 0.270 0.020 0.007 0.009 0.031 0.086 0.242 130 R 0.185 0.069 0.023 0.011 0.009 0.044 0.053 0.607