# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.154 0.224 0.301 0.091 0.088 0.041 0.040 0.011 0.034 0.013 0.003 2 M 0.196 0.194 0.389 0.082 0.038 0.040 0.020 0.003 0.030 0.004 0.004 3 Q 0.320 0.148 0.365 0.055 0.033 0.030 0.014 0.004 0.020 0.007 0.004 4 E 0.400 0.119 0.290 0.088 0.027 0.035 0.014 0.003 0.016 0.004 0.003 5 E 0.536 0.111 0.176 0.114 0.019 0.015 0.013 0.003 0.009 0.002 0.002 6 D 0.511 0.075 0.151 0.145 0.030 0.027 0.030 0.013 0.010 0.006 0.002 7 T 0.429 0.124 0.190 0.149 0.039 0.034 0.012 0.002 0.018 0.002 0.001 8 F 0.815 0.017 0.086 0.057 0.004 0.012 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 9 R 0.959 0.006 0.016 0.013 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 10 E 0.986 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 L 0.984 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 I 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 F 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 18 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 T 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 H 0.979 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 R 0.970 0.002 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 L 0.917 0.010 0.016 0.049 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.826 0.026 0.051 0.056 0.008 0.009 0.016 0.002 0.005 0.001 0.001 24 I 0.498 0.059 0.068 0.328 0.012 0.015 0.009 0.001 0.007 0.001 0.001 25 D 0.232 0.085 0.268 0.149 0.043 0.068 0.058 0.015 0.074 0.008 0.001 26 K 0.796 0.015 0.108 0.062 0.003 0.005 0.005 0.001 0.003 0.001 0.002 27 R 0.312 0.058 0.060 0.478 0.013 0.014 0.051 0.005 0.006 0.001 0.001 28 F 0.173 0.222 0.215 0.146 0.115 0.028 0.060 0.016 0.020 0.004 0.001 29 R 0.128 0.391 0.337 0.033 0.037 0.034 0.014 0.001 0.022 0.001 0.001 30 V 0.193 0.389 0.282 0.049 0.019 0.038 0.008 0.001 0.020 0.001 0.002 31 F 0.168 0.274 0.226 0.133 0.092 0.054 0.017 0.005 0.027 0.003 0.003 32 T 0.066 0.378 0.257 0.159 0.042 0.038 0.030 0.002 0.025 0.001 0.002 33 K 0.005 0.440 0.273 0.002 0.076 0.015 0.005 0.001 0.182 0.002 0.001 34 P 0.029 0.003 0.823 0.005 0.003 0.046 0.002 0.001 0.001 0.002 0.087 35 V 0.081 0.378 0.328 0.103 0.058 0.024 0.002 0.002 0.022 0.001 0.001 36 D 0.003 0.076 0.456 0.001 0.011 0.093 0.003 0.001 0.354 0.002 0.001 37 P 0.909 0.001 0.068 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 38 D 0.835 0.019 0.015 0.115 0.002 0.003 0.008 0.002 0.002 0.001 0.001 39 E 0.143 0.016 0.023 0.791 0.007 0.008 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 40 V 0.058 0.188 0.334 0.007 0.026 0.010 0.023 0.001 0.350 0.003 0.001 41 P 0.419 0.002 0.535 0.009 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.019 42 D 0.515 0.045 0.094 0.227 0.019 0.019 0.044 0.026 0.010 0.002 0.001 43 Y 0.401 0.155 0.192 0.171 0.039 0.016 0.012 0.003 0.010 0.001 0.001 44 V 0.383 0.342 0.165 0.060 0.016 0.019 0.006 0.001 0.009 0.001 0.001 45 T 0.236 0.468 0.168 0.032 0.034 0.031 0.014 0.001 0.015 0.001 0.001 46 V 0.256 0.509 0.128 0.025 0.012 0.048 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 47 I 0.201 0.410 0.250 0.037 0.010 0.065 0.008 0.001 0.017 0.001 0.001 48 K 0.347 0.180 0.242 0.142 0.026 0.034 0.008 0.001 0.015 0.002 0.002 49 Q 0.009 0.257 0.189 0.002 0.046 0.015 0.005 0.001 0.476 0.001 0.001 50 P 0.223 0.001 0.672 0.013 0.002 0.025 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 51 M 0.382 0.122 0.204 0.192 0.055 0.015 0.006 0.009 0.010 0.004 0.001 52 D 0.071 0.066 0.498 0.034 0.026 0.220 0.012 0.001 0.067 0.004 0.001 53 L 0.934 0.003 0.028 0.030 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 S 0.970 0.008 0.005 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 55 S 0.948 0.020 0.007 0.015 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 56 V 0.982 0.008 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 I 0.983 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 58 S 0.922 0.007 0.005 0.056 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 59 K 0.808 0.014 0.030 0.115 0.006 0.009 0.012 0.003 0.003 0.001 0.001 60 I 0.674 0.143 0.088 0.053 0.006 0.011 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 61 D 0.623 0.045 0.153 0.085 0.011 0.036 0.026 0.003 0.008 0.007 0.002 62 L 0.307 0.032 0.040 0.566 0.014 0.011 0.016 0.007 0.005 0.002 0.001 63 H 0.257 0.052 0.087 0.187 0.047 0.025 0.222 0.098 0.012 0.011 0.001 64 K 0.171 0.256 0.212 0.236 0.034 0.026 0.048 0.003 0.011 0.001 0.001 65 Y 0.087 0.307 0.378 0.097 0.030 0.062 0.025 0.003 0.009 0.002 0.001 66 L 0.226 0.290 0.269 0.113 0.043 0.038 0.006 0.001 0.011 0.002 0.001 67 T 0.061 0.198 0.403 0.015 0.062 0.158 0.005 0.001 0.095 0.002 0.001 68 V 0.964 0.002 0.021 0.009 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 K 0.983 0.007 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 D 0.969 0.004 0.002 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 Y 0.950 0.002 0.005 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 L 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 R 0.990 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 D 0.966 0.001 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 I 0.992 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 D 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 L 0.988 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 I 0.979 0.008 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 C 0.912 0.011 0.019 0.041 0.003 0.006 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 80 S 0.799 0.006 0.015 0.163 0.003 0.004 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 81 N 0.516 0.012 0.022 0.308 0.029 0.011 0.060 0.028 0.008 0.006 0.001 82 A 0.857 0.016 0.046 0.058 0.007 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 83 L 0.795 0.086 0.045 0.052 0.003 0.007 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 84 E 0.570 0.152 0.077 0.117 0.040 0.013 0.019 0.001 0.010 0.001 0.001 85 Y 0.228 0.184 0.147 0.324 0.063 0.019 0.006 0.002 0.024 0.001 0.001 86 N 0.029 0.113 0.433 0.014 0.022 0.055 0.031 0.001 0.297 0.004 0.001 87 P 0.783 0.004 0.161 0.027 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 88 D 0.469 0.044 0.105 0.317 0.010 0.015 0.026 0.004 0.007 0.001 0.002 89 R 0.174 0.028 0.123 0.556 0.029 0.022 0.031 0.021 0.009 0.005 0.002 90 D 0.036 0.113 0.353 0.008 0.020 0.022 0.022 0.001 0.412 0.011 0.001 91 P 0.657 0.001 0.272 0.031 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.029 92 G 0.349 0.005 0.035 0.058 0.033 0.005 0.028 0.410 0.003 0.074 0.001 93 D 0.496 0.015 0.078 0.382 0.007 0.009 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 94 R 0.827 0.050 0.054 0.039 0.008 0.006 0.011 0.002 0.003 0.001 0.001 95 L 0.838 0.089 0.044 0.007 0.002 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 96 I 0.848 0.079 0.039 0.007 0.003 0.017 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 97 R 0.970 0.008 0.010 0.005 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 98 H 0.989 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 99 R 0.929 0.005 0.005 0.053 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 100 A 0.988 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 101 C 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 102 A 0.991 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 103 L 0.992 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 104 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 105 D 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 106 T 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 107 A 0.993 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 108 Y 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 109 A 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 110 I 0.987 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 111 I 0.978 0.001 0.004 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 112 K 0.965 0.004 0.008 0.018 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 113 E 0.857 0.008 0.007 0.117 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 114 E 0.643 0.039 0.100 0.167 0.005 0.015 0.015 0.001 0.015 0.001 0.001 115 L 0.658 0.034 0.154 0.105 0.007 0.012 0.016 0.002 0.008 0.002 0.001 116 D 0.389 0.053 0.202 0.165 0.030 0.047 0.068 0.014 0.015 0.016 0.002 117 E 0.760 0.032 0.098 0.084 0.008 0.007 0.003 0.002 0.004 0.001 0.001 118 D 0.558 0.044 0.082 0.247 0.010 0.031 0.015 0.003 0.009 0.001 0.001 119 F 0.717 0.042 0.073 0.128 0.009 0.012 0.009 0.001 0.008 0.001 0.001 120 E 0.768 0.067 0.090 0.046 0.004 0.008 0.009 0.001 0.005 0.001 0.001 121 Q 0.720 0.077 0.082 0.084 0.012 0.010 0.008 0.001 0.006 0.001 0.001 122 L 0.595 0.067 0.122 0.152 0.016 0.019 0.013 0.002 0.012 0.001 0.001 123 C 0.567 0.083 0.175 0.096 0.024 0.017 0.014 0.004 0.017 0.003 0.001 124 E 0.711 0.048 0.118 0.074 0.009 0.015 0.014 0.002 0.006 0.002 0.001 125 E 0.634 0.087 0.113 0.110 0.017 0.018 0.007 0.002 0.011 0.001 0.001 126 I 0.556 0.122 0.195 0.083 0.009 0.015 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 127 Q 0.595 0.099 0.159 0.080 0.015 0.017 0.016 0.003 0.013 0.002 0.002 128 E 0.378 0.134 0.188 0.160 0.037 0.023 0.043 0.008 0.021 0.005 0.002 129 S 0.280 0.124 0.270 0.141 0.053 0.029 0.044 0.023 0.020 0.014 0.003 130 R 0.204 0.176 0.310 0.128 0.044 0.035 0.054 0.012 0.027 0.008 0.003