# TARGET TR432 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment TR432.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1442 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.083 0.270 0.178 0.035 0.191 0.014 0.028 0.055 0.045 0.058 0.043 2 M 0.087 0.228 0.102 0.027 0.166 0.021 0.051 0.100 0.089 0.083 0.046 3 Q 0.062 0.271 0.167 0.034 0.156 0.022 0.041 0.093 0.065 0.053 0.036 4 E 0.068 0.146 0.071 0.025 0.113 0.026 0.055 0.208 0.137 0.106 0.042 5 E 0.060 0.102 0.047 0.016 0.105 0.021 0.044 0.246 0.164 0.146 0.048 6 D 0.049 0.128 0.068 0.023 0.097 0.032 0.049 0.259 0.113 0.137 0.045 7 T 0.063 0.228 0.096 0.012 0.107 0.011 0.020 0.234 0.064 0.123 0.042 8 F 0.019 0.049 0.015 0.004 0.033 0.004 0.007 0.674 0.138 0.043 0.013 9 R 0.002 0.010 0.004 0.001 0.004 0.003 0.004 0.900 0.065 0.004 0.001 10 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.942 0.043 0.005 0.001 11 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.036 0.006 0.001 12 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 13 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 14 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.989 0.007 0.001 0.001 15 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.026 0.002 0.001 16 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.029 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.985 0.009 0.001 0.001 18 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.978 0.017 0.002 0.001 19 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.938 0.058 0.001 0.001 20 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.954 0.038 0.001 0.001 21 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.931 0.039 0.008 0.001 22 L 0.005 0.007 0.002 0.001 0.007 0.002 0.017 0.812 0.121 0.024 0.004 23 A 0.006 0.010 0.004 0.002 0.009 0.004 0.034 0.790 0.110 0.026 0.005 24 I 0.015 0.043 0.024 0.007 0.023 0.013 0.082 0.436 0.104 0.242 0.011 25 D 0.088 0.211 0.081 0.012 0.206 0.010 0.030 0.217 0.071 0.043 0.030 26 K 0.007 0.021 0.011 0.004 0.011 0.012 0.031 0.492 0.350 0.053 0.009 27 R 0.014 0.040 0.017 0.005 0.019 0.009 0.067 0.457 0.162 0.193 0.017 28 F 0.054 0.138 0.029 0.008 0.096 0.012 0.019 0.269 0.133 0.203 0.038 29 R 0.069 0.172 0.049 0.018 0.113 0.022 0.045 0.317 0.121 0.044 0.030 30 V 0.045 0.062 0.025 0.010 0.072 0.021 0.047 0.366 0.209 0.117 0.025 31 F 0.056 0.064 0.027 0.016 0.115 0.034 0.083 0.229 0.184 0.169 0.024 32 T 0.092 0.148 0.080 0.048 0.153 0.029 0.060 0.144 0.126 0.094 0.027 33 K 0.066 0.212 0.195 0.034 0.197 0.023 0.054 0.080 0.058 0.047 0.034 34 P 0.168 0.219 0.048 0.002 0.298 0.005 0.026 0.069 0.034 0.062 0.069 35 V 0.063 0.383 0.081 0.010 0.248 0.021 0.039 0.045 0.020 0.055 0.036 36 D 0.155 0.238 0.202 0.004 0.360 0.001 0.001 0.010 0.003 0.003 0.023 37 P 0.005 0.007 0.002 0.001 0.006 0.002 0.006 0.376 0.581 0.012 0.003 38 D 0.003 0.047 0.014 0.005 0.008 0.021 0.091 0.534 0.238 0.035 0.004 39 E 0.021 0.032 0.014 0.009 0.028 0.009 0.021 0.164 0.089 0.580 0.034 40 V 0.081 0.188 0.110 0.037 0.123 0.017 0.037 0.143 0.087 0.115 0.062 41 P 0.042 0.223 0.125 0.041 0.108 0.047 0.062 0.184 0.112 0.034 0.023 42 D 0.102 0.121 0.058 0.016 0.139 0.032 0.075 0.205 0.107 0.107 0.039 43 Y 0.202 0.081 0.014 0.005 0.276 0.007 0.013 0.155 0.121 0.089 0.036 44 V 0.144 0.102 0.019 0.013 0.235 0.027 0.051 0.240 0.099 0.038 0.031 45 T 0.160 0.148 0.044 0.010 0.334 0.014 0.044 0.121 0.036 0.032 0.057 46 V 0.300 0.095 0.015 0.010 0.293 0.013 0.027 0.080 0.032 0.079 0.057 47 I 0.176 0.178 0.027 0.009 0.426 0.015 0.031 0.051 0.029 0.022 0.037 48 K 0.174 0.140 0.070 0.027 0.267 0.026 0.042 0.078 0.057 0.050 0.069 49 Q 0.058 0.315 0.218 0.033 0.210 0.017 0.029 0.038 0.025 0.023 0.035 50 P 0.226 0.149 0.027 0.005 0.280 0.007 0.028 0.059 0.057 0.076 0.084 51 M 0.066 0.339 0.069 0.010 0.279 0.029 0.052 0.053 0.036 0.031 0.037 52 D 0.213 0.230 0.078 0.004 0.357 0.004 0.005 0.031 0.010 0.020 0.048 53 L 0.018 0.019 0.005 0.002 0.025 0.003 0.004 0.417 0.455 0.044 0.010 54 S 0.003 0.008 0.005 0.003 0.005 0.008 0.015 0.828 0.112 0.011 0.002 55 S 0.008 0.019 0.005 0.001 0.013 0.001 0.005 0.870 0.059 0.014 0.005 56 V 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.926 0.053 0.007 0.001 57 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.912 0.075 0.002 0.001 58 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.947 0.024 0.002 0.001 59 K 0.011 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.028 0.923 0.016 0.010 0.001 60 I 0.016 0.023 0.008 0.003 0.028 0.003 0.020 0.800 0.076 0.015 0.008 61 D 0.007 0.007 0.004 0.006 0.006 0.010 0.040 0.819 0.075 0.021 0.006 62 L 0.013 0.387 0.101 0.017 0.057 0.018 0.078 0.232 0.060 0.029 0.009 63 H 0.047 0.053 0.045 0.047 0.039 0.035 0.034 0.132 0.096 0.292 0.181 64 K 0.055 0.186 0.053 0.016 0.133 0.029 0.101 0.184 0.077 0.110 0.056 65 Y 0.239 0.122 0.020 0.005 0.311 0.005 0.012 0.068 0.039 0.096 0.083 66 L 0.068 0.231 0.112 0.030 0.170 0.092 0.094 0.079 0.031 0.047 0.046 67 T 0.087 0.484 0.189 0.001 0.190 0.001 0.001 0.011 0.002 0.008 0.027 68 V 0.009 0.017 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 0.542 0.392 0.018 0.004 69 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.847 0.139 0.002 0.001 70 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.919 0.059 0.010 0.001 71 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.876 0.080 0.035 0.001 72 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.889 0.097 0.003 0.001 73 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.949 0.040 0.002 0.001 74 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.969 0.015 0.006 0.001 75 I 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.929 0.058 0.003 0.001 76 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.018 0.001 0.001 77 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.967 0.021 0.002 0.001 78 I 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.025 0.947 0.013 0.002 0.001 79 C 0.006 0.007 0.004 0.002 0.009 0.003 0.019 0.881 0.056 0.011 0.004 80 S 0.007 0.021 0.006 0.005 0.011 0.006 0.048 0.785 0.081 0.023 0.006 81 N 0.022 0.047 0.019 0.008 0.034 0.010 0.024 0.546 0.163 0.104 0.023 82 A 0.017 0.034 0.007 0.003 0.035 0.005 0.023 0.543 0.290 0.035 0.008 83 L 0.029 0.028 0.009 0.006 0.055 0.017 0.056 0.541 0.192 0.055 0.012 84 E 0.133 0.058 0.017 0.006 0.169 0.010 0.095 0.298 0.077 0.102 0.036 85 Y 0.072 0.147 0.071 0.020 0.205 0.039 0.082 0.110 0.054 0.144 0.056 86 N 0.133 0.231 0.205 0.012 0.301 0.004 0.004 0.023 0.013 0.014 0.059 87 P 0.020 0.032 0.010 0.004 0.027 0.007 0.018 0.360 0.468 0.042 0.011 88 D 0.014 0.149 0.052 0.012 0.037 0.025 0.119 0.319 0.153 0.111 0.010 89 R 0.049 0.080 0.040 0.049 0.069 0.019 0.034 0.135 0.069 0.385 0.071 90 D 0.044 0.218 0.447 0.058 0.115 0.006 0.007 0.057 0.018 0.013 0.017 91 P 0.003 0.013 0.008 0.004 0.005 0.013 0.053 0.713 0.171 0.012 0.004 92 G 0.014 0.061 0.031 0.012 0.016 0.023 0.028 0.446 0.156 0.184 0.030 93 D 0.026 0.140 0.022 0.007 0.072 0.007 0.008 0.559 0.088 0.047 0.024 94 R 0.022 0.024 0.008 0.002 0.043 0.004 0.007 0.790 0.066 0.021 0.014 95 L 0.040 0.039 0.006 0.002 0.068 0.001 0.007 0.788 0.035 0.007 0.007 96 I 0.032 0.020 0.005 0.002 0.028 0.002 0.010 0.869 0.023 0.006 0.004 97 R 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.003 0.960 0.021 0.001 0.001 98 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.969 0.022 0.001 0.001 99 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.945 0.039 0.009 0.001 100 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.027 0.001 0.001 101 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.033 0.001 0.001 102 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.982 0.010 0.001 0.001 103 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.037 0.010 0.001 104 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.962 0.036 0.001 0.001 105 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.986 0.011 0.001 0.001 106 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.981 0.014 0.001 0.001 107 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.037 0.004 0.001 108 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.043 0.001 0.001 109 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.979 0.010 0.001 0.001 110 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.952 0.025 0.005 0.001 111 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.808 0.153 0.020 0.002 112 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.003 0.018 0.775 0.183 0.011 0.001 113 E 0.007 0.018 0.009 0.002 0.014 0.006 0.156 0.583 0.129 0.071 0.004 114 E 0.065 0.114 0.045 0.005 0.101 0.008 0.098 0.231 0.086 0.199 0.048 115 L 0.057 0.312 0.127 0.027 0.123 0.021 0.039 0.090 0.051 0.095 0.056 116 D 0.121 0.194 0.106 0.034 0.172 0.015 0.023 0.142 0.072 0.067 0.053 117 E 0.012 0.043 0.024 0.007 0.031 0.024 0.068 0.427 0.293 0.061 0.011 118 D 0.048 0.079 0.033 0.008 0.064 0.015 0.053 0.354 0.118 0.198 0.031 119 F 0.051 0.083 0.018 0.006 0.087 0.007 0.012 0.378 0.197 0.131 0.031 120 E 0.037 0.057 0.020 0.010 0.062 0.021 0.026 0.525 0.171 0.051 0.022 121 Q 0.032 0.058 0.026 0.007 0.052 0.012 0.053 0.573 0.108 0.062 0.017 122 L 0.049 0.060 0.027 0.010 0.058 0.016 0.044 0.343 0.105 0.257 0.031 123 C 0.064 0.220 0.051 0.017 0.142 0.016 0.022 0.309 0.099 0.037 0.022 124 E 0.025 0.062 0.033 0.015 0.048 0.023 0.054 0.512 0.167 0.044 0.017 125 E 0.053 0.044 0.024 0.006 0.069 0.011 0.070 0.358 0.123 0.208 0.033 126 I 0.091 0.239 0.050 0.011 0.199 0.014 0.029 0.188 0.073 0.069 0.036 127 Q 0.068 0.104 0.059 0.028 0.099 0.037 0.068 0.303 0.116 0.071 0.047 128 E 0.064 0.093 0.055 0.020 0.095 0.028 0.067 0.248 0.133 0.152 0.044 129 S 0.062 0.163 0.081 0.038 0.115 0.032 0.055 0.161 0.100 0.150 0.043 130 R 0.078 0.137 0.070 0.035 0.110 0.028 0.047 0.186 0.114 0.139 0.056